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天然変性構造を持つEGF受容体分子認識ドメインの1分子構造ダイナミクス解析

公募研究

研究領域天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
研究課題/領域番号 24113726
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

佐甲 靖志  独立行政法人理化学研究所, 佐甲細胞情報研究室, 主任研究員 (20215700)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
12,350千円 (直接経費: 9,500千円、間接経費: 2,850千円)
2013年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2012年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
キーワード1分子計測 / 蛋白質 / 構造ダイナミクス / 蛍光共鳴エネルギー移動 / 細胞増殖因子
研究概要

上皮成長因子受容体(EGFR)分子認識ドメインの構造ダイナミクスを1分子解析し、細胞内情報処理における役割の理解を目指す。EGFRはチロシンキナーゼ型細胞膜受容体であり、天然変性状態にある細胞質末端約220アミノ酸残基の分子認識ドメインで細胞質蛋白質と多状態相互作用する。
本研究では、分子認識ドメインの構造分布と構造状態遷移ダイナミクスを、2チャンネルタイムスタンプ法による単一分子内FRET検出を用いて計測する。具体的には、大腸菌でリコンビナント精製した分子認識ドメインのアミノ末端を蛍光色素Alexa488、末端から約70残基の位置にある内在性のシステインを蛍光色素Alexa555で2重標識してFRET計測を行った。また、作成分子の分子認識活性を調べるため、2カ所のチロシン残基をグルタミン酸置換したリン酸化模倣体を作成し、細胞質蛋白質Grb2との1分子結合反応計測を行った。
リン酸化模倣体と蛍光標識Grb2は3~4成分の結合時間分布を示し、速い3成分は以前に細胞膜から調整したリン酸化EGFRとGrb2の間で観測された3成分の結合時間と類似の時定数および成分比であったことから、リン酸化模倣体は野生型のリン酸化分子と同様の構造・機能を有すると考えた。リン酸化模倣体の構造分布をFRET計測したところ、非リン酸型と比べ、中間的なFRET効率を示す画分の成分比が上昇し、かつ、この画分のFRET効率分布幅が拡大していることが示唆された。リン酸化模倣体とGrb2を混合すると、この画分のFRET効率が減少することが分かった。この画分を含めGrb2存在下でのリン酸化模倣体にはFRET効率の異なる4つの構造があると推定されたが、構造間の遷移(> 10s)はGrb2の結合時間(< 1s)に比べて遅く、何らかの構造ヒステリシスが存在すると思われる。我々の以前の研究から、EGFRとGrb2の間の反応記憶が発見されているが、構造ヒステリシスの存在は反応記憶の構造的基盤となっている可能性がある。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Ligand-induced population shift leads to the activation of rhodopsin, a G-protein coupled receptor2014

    • 著者名/発表者名
      Maeda, R., Hiroshima, M., Yamashita, T., Wada, A., Nishimura, S., Sako, Y., Shichida, Y., and Imamoto, Y
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 106 (4) 号: 4 ページ: 915-924

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2014.01.020

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rolling circle amplification in prokaryotic translation system using small circular RNA.2013

    • 著者名/発表者名
      Abe, N., Hiroshima, M., Maruyama, H., Nakashima, Y., Nakano, Y., Matsuda, A., Sako, Y., Ito, Y., and Abe, H.
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 52 号: 27 ページ: 7004-7008

    • DOI

      10.1002/anie.201302044

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clearance of yeast eRF-3 prion [PSI+] by amyloid enlargement due to the imbalance between chaperone Ssa1 and cochaperone Sgt22013

    • 著者名/発表者名
      Arai, C., Kurahashi, H., Pack, C.-G.., Sako, Y., and Nakamura, Y.
    • 雑誌名

      Translation.

      巻: 1 号: 2 ページ: e26574-e26574

    • DOI

      10.4161/trla.26574

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-Markovian Properties and Multiscale Hidden Markovian Network Buried in Single Molecule Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 139 号: 24 ページ: 245101-245101

    • DOI

      10.1063/1.4848719

    • NAID

      120005385318

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamically varying interactions between heregulin and ErbB proteins detected by single-molecule analysis in living cells.2012

    • 著者名/発表者名
      Hirhoshima, M.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

      巻: 109 ページ: 13984-13989

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microenvironments and different nanoparticle dynamics in living cells revealed by a standard nanoparticle.2012

    • 著者名/発表者名
      Pack, C.-G.
    • 雑誌名

      J. Contr. Rel.

      巻: 163 ページ: 315-321

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Variational Bayes analysis of a photon-based hidden Markov model for single-molecule FRET trajectories.2012

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, K.
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: 103 ページ: 1315-1324

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Single-molecule imaging analysis of dynamics and reactions of a cell signaling molecule, epidermal growth factor receptor.2013

    • 著者名/発表者名
      Sako, Y.
    • 学会等名
      4-th France-Japan Joint Seminar “Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells #8211; an overview of dynamics from molecules to cells #8211;“
    • 発表場所
      Harima
    • 年月日
      2013-01-09
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule FRET measurement of an intrinsically disordered C-tail domain of an epidermal growth factor receptor.2012

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, K.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第50回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule imaging in life sciences.2012

    • 著者名/発表者名
      Sako, Y.
    • 学会等名
      OIST workshop “Fluorescence Microscopy: from Basics to Advanced”
    • 発表場所
      Onna
    • 年月日
      2012-06-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule imaging of ErbB-Ras-MAPK systems

    • 著者名/発表者名
      Sako, Y.
    • 学会等名
      1st Korea Symposium on Current Trends in Biophysics
    • 発表場所
      Jeju
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule analysis of intracellular reaction networks

    • 著者名/発表者名
      Sako, Y.
    • 学会等名
      KHUPO 14th Annual International Proteomics Conference
    • 発表場所
      Busan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] Single-molecule imaging measurements of protein-protein interactions in living cells2013

    • 著者名/発表者名
      Hibino, K., Hiroshima, M., Nakamura, Y., and Sako, Y.
    • 総ページ数
      21
    • 出版者
      InTech
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.riken.go.jp/cell-info/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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