公募研究
新学術領域研究(研究領域提案型)
トランスポゾン再挿入部位の網羅的同定に関して、前年度までの解析で用いた次世代シークエンサー(GAIIx)のread長が短い欠点を補うため、より長いread長の得られるGS FLXによる解析を実施し、両者のデータを比較することで解析精度の向上を計った。解析の結果、マウスES細胞の発生関連遺伝子座を起点として転移させたトランスポゾンの再挿入分布は、特定のエピジェネティックマークと相関を示すことが判明した。コントロール実験としては、プラスミドから染色体へのトランスポゾン転移分布を測定する実験を実施した。なお、ES細胞からのin vitro分化過程でトランスポゾンを転移させた実験では、今回の条件下では再挿入分布に顕著な変化が見られず、さらなる検討を要する。また、２倍体ゲノムにおける再挿入部位のアレル識別が問題となったため、半数体ゲノムでの動態を調べる目的で英国のLeebらが開発した半数体マウスES細胞を用いた実験を行った。半数体ES細胞に関しては、Cell Stem Cell誌に概説を発表した。さらに、トランスポゾン転移によって生じるDNA二重鎖切断と修復過程が３次元ゲノム構造を反映している可能性があることから、ゲノム安定化遺伝子であるBlmを一時的に抑制できるES細胞を用いて、酵素的にDNA二重鎖切断を導入した際のゲノム修復・再構成の様相を高密度SNPタイピング及びarray-CGH法によって包括的に解析した。その結果、ゲノム再構成断端ではマイクロホモロジーが関与すること、再構成断端の一方がゲノムのinverted repeat領域に集積しやすい傾向があることが示された。この現象と核内３次元ゲノム構造との関連については、さらにゲノムワイドな解析が必要と考えられた。ここまでの成果については、Genome Research誌に論文発表を行った。
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件)
Cell Stem Cell.
巻: 14 号: 3 ページ: 265-267
10.1016/j.stem.2014.02.001
Genome Research
巻: 23 号: 9 ページ: 1462-1473
10.1101/gr.152744.112
実験医学
巻: 第30巻 ページ: 1632-1638
