| 研究領域 | マトリョーシカ型進化原理 |
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| 研究課題/領域番号 |
24117518
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 琉球大学 |
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研究代表者 |
新里 尚也 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 助教 (00381252)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2013年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2012年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
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| キーワード | 細胞内共生 / 原生動物 / 嫌気 / 水素 / メタン |
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| 研究概要 |
本研究では、メタン生成アーキアと機能未知の真正細菌共生体の２つの共生体を細胞内に保持するトリミエマ原虫を細胞内共生研究のモデルとすべく、共生体の機能推定やゲノム解析に取り組んでいる。昨年度までの研究により、真正細菌共生体TC1のドラフトゲノムを得ることに成功していることから、今年度は、これらの完全長ゲノム解読を進めるとともに、ドラフトゲノムの情報から当該共生体のゲノムの特徴や基本的代謝系の推定を行った。完全長ゲノム解読への取り組みとしては、抽出ゲノムならびにphi29 DNA polymeraseによるゲノム増幅産物を用いたPacBio RSによるシーケンスを実施した。しかしながら、ゲノム増幅産物では、多数存在する内部のリピート配列が集中的に増幅されコンティグのscaffoldingを改善することはできなかった。また、抽出ゲノムについても、高いATバイアスによると思われる断片化が著しく、長い配列（＞3kb）の取得には至らなかった。この点については改善して再度シーケンスを実施する予定である。ドラフトゲノムの解析では、本共生体の推定ゲノムサイズは約1.6 Mbであり、35 kb程度のプラスミドを保持していることが明らかとなった。また、2200余りのCDSの内、約半数がORFの分断や末端の欠損等によりシュードジーン化しており、本共生体が著しいゲノム縮退の過程にあることが示された。また、基本的代謝系の推定ではピルビン酸等の嫌気的代謝を行っている可能性が考えられた。共生体の宿主への寄与としては、リポ酸あるいはリポプロテインの合成と供給がひとつの候補として考えられた。今年度はこの他に、TC1を保持する野生株と、抗生物質処理により共生体を除去した株の比較RNAにも着手し、イルミナの出力データを解析中である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
理由
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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