| 研究領域 | 動的・多要素な生体分子ネットワークを理解するための合成生物学の基盤構築 |
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| 研究課題/領域番号 |
24119508
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
複合領域
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| 研究機関 | 神戸大学 (2013)
京都大学 (2012) |
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研究代表者 |
荒木 通啓 神戸大学, 自然科学系先端融合研究環重点研究部, 准教授 (40396867)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2013年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2012年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
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| キーワード | 合成生物学 / 代謝工学 / バイオインフォマティクス |
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| 研究概要 |
本研究では、すでに開発している人工代謝経路の設計基盤をもとに、より広範な代謝パスウェイを探索していくために、設計基盤の高度化を実施した。利用データの拡張では、設計基盤に利用する化学・反応データをアップデートした。化合物データについては、PubChemデータベースのアップデートに対応し、47百万化合物のデータを抽出し、化合物データベースを構築した。反応データはKEGGデータに加えて、BRENDAデータベースよりデータ抽出を行うことで、基質・生成物ペアとして合計1万余の反応データベースを構築した。また、上記のデータアップデートならびに設計基盤利用を受けて、反応データの取捨選択の必要が出てきたことから、反応データキュレーションを行い、特徴的な反応について取捨選択を実施した。さらに、設計基盤の実用化に向け、設計プログラムの一部改良ならびにユーザインターフェイスの高度化を実施した。結果画面では、以前より化学構造変化を可視化したビューアを開発していたが、特に酵素情報の効率的選択に向けた独自の酵素反応データベースを構築するとともに、共同研究推進に向け、入出力インターフェイスをウェブサーバ上に実装した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
理由
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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