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RNA-ペプチド複合体による人工チャネルの進化工学的創製

公募研究

研究領域感覚と知能を備えた分子ロボットの創成
研究課題/領域番号 25104503
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関埼玉大学

研究代表者

根本 直人  埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (60509727)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2014年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2013年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード進化工学 / リポソーム / ペプチド / チャネル / 分子ロボティクス
研究実績の概要

分子ロボティクスにおいて外的環境に感応してリポソームのような人工細胞が自律的に運動し、外的環境に応じて外部と内部の物質的なやり取りが可能になればその医療応用への波及効果は計り知れない。そのような物質のやり取りは天然のチャネルも行っているが、人工的にチャネルを創製できれば外的環境をより人為的に操作可能となる。すでに進化工学的手法によりリポソームに特異的に結合するペプチド(LP-1)を取得していたため、このペプチドがどのようにリポソームに結合しているかを解析することは、上述のようなペプチドを創出する上で重要である。そこで、数種類のリポソーム結合ペプチド(LP-1)を化学合成しリポソームとの相互作用をレーザー共焦点顕微鏡を用いて観察し機能解析を行なった。その結果、N末端側がリポソームの2重脂質膜内部に埋め込まれ、C末端側がリポソーム表面に露出して存在することを明らかにした。このことから人工的な進化工学の手法により膜貫通するペプチドの取得可能性が示唆された。この結果を踏まえ、RNA-ペプチド複合体の進化システムの構築を目指した。まず、RNAとペプチドが複合体としてリポソームに結合・貫通するものをスクリーニングする上で、進化システム自体の効率化が重要となる。そこで、細胞分離用FACS(fluorescence activated cell sorting)を用いて、特定のリポソームを選択的に分離する系を構築した。スクリーニングにあたり、30残基のペプチドは20種類のアミノ酸を提示する場合、その組み合わせの数は膨大なため天然のチャネルを参考にしてαへリックスをもとに新規のライブラリをデザイン、構築した。これを用いてRNA-ペプチド複合体によるリポソーム結合ペプチドのスクリーニングを実施し、FACSにより結合ペプチドが選択されることを実証した。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Functional Analysis of Liposome Anchoring Peptide Selected by Complementary DNA display (cDNA display)2015

    • 著者名/発表者名
      Naoto Nemoto, Yuki Yoshikawa, Toshiki Miyajima, and Shota Kobayashi
    • 雑誌名

      Peptide Science 2014 (Edited by Akira Otaka)

      巻: 51 ページ: 71-72

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Versatile C-terminal specific biotinylation of proteins using both a puromycin-linker and a cell-free translation system for studying high-throughput protein-molecule interactions2014

    • 著者名/発表者名
      Nemoto N, Fukushima T, Kumachi S, Suzuki M, Nishigaki K, Kubo T.
    • 雑誌名

      Anal Chem.

      巻: 86 号: 17 ページ: 8535-8540

    • DOI

      10.1021/ac501601g

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] cDNA displayによる分子デザイン -mRNA display(in vitro virus)からcDNA displayへ-2013

    • 著者名/発表者名
      根本直人、望月佑樹、上野真吾
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 53 ページ: 250-253

    • NAID

      10031191846

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ペプチドアプタマーと熱応答性磁性ナノ粒子を用いた高感度検出方法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      蛙田 佑介, 眞山 博幸, 根本 直人
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜パシフィコ(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2014-11-23 – 2014-11-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 進化工学による機能分子創出・・・cDNA display法からのアプローチ2014

    • 著者名/発表者名
      根本直人
    • 学会等名
      第19回分子複合医薬研究会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(大阪府池田)
    • 年月日
      2014-11-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro Selection of Liposome Binding Peptide by cDNA Display2014

    • 著者名/発表者名
      NaotNemoto, Toshiki Miyajima, Yuki Yoshikawa, Shota Kobayashi
    • 学会等名
      20th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      京都大学 芝蘭会館 (京都府京都市)
    • 年月日
      2014-09-22 – 2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 標的分子の多様性を拡張するペプチドアプタマー取得ためのcDNA display法

    • 著者名/発表者名
      根本直人
    • 学会等名
      Biotech 2013
    • 発表場所
      東京ビックサイト
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Functional analysis of Liposome binding peptide selected by cDNA display

    • 著者名/発表者名
      Y. Yoshikawa、S. Kobayashi, M. Suzuki, K. Nishigaki, N. Nemoto
    • 学会等名
      CBI学会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Functional property of Lipid-bilayer binding peptide selected by cDNA display

    • 著者名/発表者名
      Y. Yoshikawa, S. Kobayashi, T. Miyajima, M. Suzuki, N. Nemoto
    • 学会等名
      第23回日本MRS年次大会
    • 発表場所
      横浜情報文化センター
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] 『進化分子工学-高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発-』2013

    • 著者名/発表者名
      根本直人
    • 総ページ数
      20
    • 出版者
      (株)エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [産業財産権] 磁性体ゲルビーズを用いた標的分子の高感度検出方法及び検出用キット2014

    • 発明者名
      根本直人、蛙田佑介
    • 権利者名
      埼玉大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2014-113367
    • 出願年月日
      2014-05-30
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [産業財産権] リポソーム結合ペプチド及びその作製方法2013

    • 発明者名
      根本直人、小林省太、吉川 裕紀
    • 権利者名
      埼玉大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2013-203708
    • 出願年月日
      2013-09-30
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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