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プラズマ照射による生体膜損傷の分子動力学的モデリング

公募研究

研究領域プラズマ医療科学の創成
研究課題/領域番号 25108510
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関首都大学東京

研究代表者

内田 諭  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (90305417)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2014年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2013年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワードプラズマ / 生体膜 / 損傷 / 分子動力学 / モデリング
研究実績の概要

本研究では、プラズマ-生体膜界面における活性種の力学的挙動および活性種による膜構成分子の解離について、古典および量子分子動力学法を併用して解析することにより、プラズマ照射による脂質二重膜の損傷機構を理論的かつ定量的に解明していくものである。
期間内において、(1)希ガス-大気混合プラズマ中における酸素活性種の放電パラメータを流体モデルにより計算する、(2)古典MDによりプラズマ-生体膜間における酸素活性種の挙動を模擬する、(3)酸素活性種によるリン脂質の解離機構を量子計算的に解明する、(4)断片化した脂質二重膜の分子モデルを構築し、膜安定性を評価する、(5)等価エッチングレートを導出するとともに、動力学解析結果をデータベース化する、といった各目標を達成するとともに、成果の有機的連携により研究全体を推進する計画であった。
本年度(平成26年度)は前年度の結果を用いて、プラズマ照射による生体膜損傷をモデル化するとともに膜安定性を評価することを目的として、【課題1】脂質二重膜における平衡状態の高速計算、【課題2】膜安定性の評価とデータベース化、【課題3】脂質二重膜中の活性種輸送の評価、を行った。
【課題1】に関しては、蛋白質構造データバンクに基づき、脂質二重膜モデルを数値的に構築するとともに、分子動力学計算による挙動解析から膜の平衡状態を確認した。【課題2】に関しては、気中及び水中における酸素原子とリン脂質膜との反応工程の相違を模擬し、データベース化した。【課題3】に関しては、膜近傍における各種放電活性種の浸透度や拡散係数を導出し、ラジカル輸送特性の変化を定量的に検証した。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (28件)

  • [雑誌論文] 誘電泳動デバイスにおける電極構造と捕捉粒子数の数値相関検証2014

    • 著者名/発表者名
      青木 玲仁,白井 直機,内田 諭,杤久保 文嘉
    • 雑誌名

      電気学会論文誌E(センサ・マイクロマシン部門誌)

      巻: 134 号: 7 ページ: 235-240

    • DOI

      10.1541/ieejsmas.134.235

    • NAID

      130004849032

    • ISSN
      1341-8939, 1347-5525
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Influence of oxygen gas on characteristics of self-organized luminous pattern formation observed in atmospheric DC glow discharge using liquid electrode2014

    • 著者名/発表者名
      Naoki Shirai, Satoshi Uchida and Fumiyoshi Tochikubo
    • 雑誌名

      Plasma Sources Science and Technology

      巻: 23 号: 5 ページ: 054010-054010

    • DOI

      10.1088/0963-0252/23/5/054010

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 3.食品産業における誘電泳動技術の利用 ∼泳動濃縮及び膜変性計測∼2014

    • 著者名/発表者名
      内田 諭
    • 雑誌名

      Electrochemistry

      巻: 82 号: 11 ページ: 1007-1011

    • DOI

      10.5796/electrochemistry.82.1007

    • NAID

      130004707686

    • ISSN
      1344-3542, 2186-2451
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Liquid-phase reactions induced by atmospheric pressure glow discharge with liquid electrode2014

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Tochikubo, Yudai Shimokawa, Naoki Shirai and Satoshi Uchida
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics

      巻: 53 号: 12 ページ: 126201-126201

    • DOI

      10.7567/jjap.53.126201

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Liquid-phase reactions induced by atmospheric pressure glow discharge with liquid electrode2014

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Tochikubo, Naoki Shirai and Satoshi Uchida
    • 雑誌名

      Liquid-phase reactions induced by atmospheric pressure glow discharge with liquid electrode

      巻: 565 ページ: 012010-012010

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of effect of ion irradiation to liquid surface on water molecule kinetics by classical molecular dynamics simulation2014

    • 著者名/発表者名
      Y.Minagawa, N.Shirai, S.Uchida, F.TochikuboY.Minagawa, N.Shirai, S.Uchida, F.Tochikubo
    • 雑誌名

      Jpn. J. Appl. Phys

      巻: Vol.53 号: 1 ページ: 10210-10210

    • DOI

      10.7567/jjap.53.010210

    • NAID

      210000143222

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atmospheric negative corona discharge using Taylor cone as a liquid cathode2014

    • 著者名/発表者名
      N. Shirai, R. Sekine, S. Uchida, F. Tochikubo
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics

      巻: 53 号: 2 ページ: 1-6

    • DOI

      10.7567/jjap.53.026001

    • NAID

      210000143330

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 誘電泳動速度計測による加温処理酵母の膜変性評価2014

    • 著者名/発表者名
      高澤 晋,白井直機,内田 諭,杤久保文嘉
    • 雑誌名

      静電気学会誌

      巻: 37 ページ: 2-8

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis of metal nanoparticles by dual plasma electrolysis using atmospheric dc glow discharge in contact with liquid2014

    • 著者名/発表者名
      N.Shirai, S.Uchida, F.Tochikubo
    • 雑誌名

      JPn. J. ApPl. Phys

      巻: Vol.53 号: 4 ページ: 46202-46202

    • DOI

      10.7567/jjap.53.046202

    • NAID

      210000143533

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 誘電泳動デバイスにおける電極構造と捕捉粒子数の数値相関2014

    • 著者名/発表者名
      青木玲仁,白井直機,内田 諭,杤久保文嘉
    • 雑誌名

      電気学会論文誌E

      巻: 134

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 泳動濃縮および画像解析を併用した飲料混入菌の定量計測2013

    • 著者名/発表者名
      髙瀬亜希,圓城寺隆治,内田 諭
    • 雑誌名

      日本食品工学会誌

      巻: 14 ページ: 97-106

    • NAID

      130005078819

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] マイクロギャップリアクタを用いたパルス電界による酵母の生育活性評価2015

    • 著者名/発表者名
      香野 健太郎,白井 直機,内田 諭,杤久保 文嘉,和田 圭二
    • 学会等名
      平成27年電気学会全国大会
    • 発表場所
      東京、日本
    • 年月日
      2015-03-24 – 2015-03-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 誘電泳動によるT4ファージの効率的捕集に関する定量評価2015

    • 著者名/発表者名
      久保田 浩史,白井 直機,内田 諭,杤久保 文嘉,片山 浩之
    • 学会等名
      平成27年電気学会全国大会
    • 発表場所
      東京、日本
    • 年月日
      2015-03-24 – 2015-03-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 誘電泳動速度計測による熱処理酵母の膜損傷診断2015

    • 著者名/発表者名
      石田 高広,白井 直機,内田 諭,杤久保 文嘉
    • 学会等名
      平成27年電気学会全国大会
    • 発表場所
      東京、日本
    • 年月日
      2015-03-24 – 2015-03-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF TRANSPORTATION OF PLASMA RADICALS IN BIOMEMBRANE2015

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Uchida and Fumiyoshi Tochikubo
    • 学会等名
      2nd International Workshop on Plasma for Cancer Treatment
    • 発表場所
      名古屋、日本
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 三次元構造誘電泳動デバイスを用いた金属ナノ材料の立体形成2015

    • 著者名/発表者名
      片岡 良介,時田 寛也,内田 諭,佐野 遼, 西川 宏之
    • 学会等名
      第62回応用物理学会春季講演会
    • 発表場所
      神奈川、日本
    • 年月日
      2015-03-11 – 2015-03-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 大気圧下におけるプラズマ-液体相互作用の数値モデリングとシミュレーション解析2014

    • 著者名/発表者名
      内田 諭
    • 学会等名
      Plasma Conference 2014
    • 発表場所
      新潟、日本
    • 年月日
      2014-11-18 – 2014-11-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 誘電泳動デバイスにおける捕捉粒子数の構造・制御因依存性値検証2014

    • 著者名/発表者名
      青木 玲仁,白井 直機,内田 諭,杤久保 文嘉
    • 学会等名
      電気学会センサ・マイクロマシン部門大会第31回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム
    • 発表場所
      松江、日本
    • 年月日
      2014-10-20 – 2014-10-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ナノ粒子の誘電泳動捕集における構造因子の影響2014

    • 著者名/発表者名
      片岡 良介,内田 諭,白井 直機,杤久保 文嘉
    • 学会等名
      第75回応用物理学会秋季学術講演会
    • 発表場所
      札幌、日本
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 誘電泳動による金属ナノ材料の立体配置の基礎検討2014

    • 著者名/発表者名
      時田 寛也,内田 諭,佐野 遼,西川 宏之
    • 学会等名
      第75回応用物理学会秋季学術講演会
    • 発表場所
      札幌、日本
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] プラズマ-生体界面の分子動力学モデリング2014

    • 著者名/発表者名
      内田 諭,杤久保 文嘉
    • 学会等名
      新学術領域研究合同シンポジウム「新学術の最前線~プラズマと生物と医療の協奏曲~」
    • 発表場所
      名古屋、日本
    • 年月日
      2014-08-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 誘電泳動によるT4ファージの効率的捕集に関する検証2014

    • 著者名/発表者名
      内田 諭,久保田浩史,二戸愛仁,圓城寺隆治
    • 学会等名
      日本食品工学会第15回年次大会
    • 発表場所
      つくば、日本
    • 年月日
      2014-08-07 – 2014-08-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] プラズマ活性種とリン脂質の反応相互作用における温度効果の数値検証2014

    • 著者名/発表者名
      内田 諭,鈴木 陽文,白井 直機,杤久保 文嘉
    • 学会等名
      ロボティクス・メカトロニクス講演会2014(ROBOMECH2014)
    • 発表場所
      富山、日本
    • 年月日
      2014-05-25 – 2014-05-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Reactive Molecular Dynamics between Oxygen Radial and Phosphatidylcholine by Plasma Irradiation2014

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Uchida, Akifumi Suzuki, Naoki Shirai, Fumiyoshi Tochikubo
    • 学会等名
      5th International Conference on Plasma Medicine
    • 発表場所
      奈良、日本
    • 年月日
      2014-05-18 – 2014-05-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Chemical reaction in liquid induced by atmospheric DC glow discharge with liquid electrode2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Shimokawa, N. Shirai, T. Aoki, S. Uchida, F. Tochikubo
    • 学会等名
      8th International Conference on Reactive Plasmas/31st Symposium on Plasma Processing
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Control of plasma-liquid interaction of atmospheric DC glow discharge in contact with liquid2014

    • 著者名/発表者名
      N. Shirai, Y. Shimokawa, T. Aoki, S. Uchida, F. Tochikubo
    • 学会等名
      8th International Conference on Reactive Plasmas/31st Symposium on Plasma Processing
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] プラズマ照射における酸素ラジカル種とリン脂質の反応相互作用の分子動力学解析2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木 陽文, 内田 諭, 白井直機, 杤久保文嘉
    • 学会等名
      第61回応用物理学会春季講演会
    • 発表場所
      相模原, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 直流グロー放電の自己組織化現象の二次元シミュレーション2014

    • 著者名/発表者名
      平原洋行, 白井直機, 内田 諭, 杤久保文嘉
    • 学会等名
      平成26年電気学会全国大会
    • 発表場所
      松山, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] プラズマ支援電解反応における液中プロセスの検討2013

    • 著者名/発表者名
      下川雄大, 白井直機, 内田 諭, 杤久保文嘉
    • 学会等名
      電気学会プラズマパルスパワー放電合同研究会
    • 発表場所
      長岡, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Plasma-liquid interfacial phenomena of atmospheric DC glow discharge using liquid electrode2013

    • 著者名/発表者名
      N. Shirai, S. Uchida, F. Tochikubo
    • 学会等名
      The 7th International Workshop on Microplasmas
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Atmospheric pressure glow discharge with liquid electrode2013

    • 著者名/発表者名
      F. Tochikubo, N. Shirai, S. Uchida
    • 学会等名
      JAWS25 Japan-Australia Commemorative Workshop
    • 発表場所
      Canberra, Australia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Plasma-induced liquid phase reaction in atmospheric pressure glow discharge electrolysis2013

    • 著者名/発表者名
      F. Tochikubo, N. Shirai, S. Uchida
    • 学会等名
      21st International Symposium on Plasma Chemistry
    • 発表場所
      Cairns, Australia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 液体電極を用いた大気圧グロー放電の特性の周辺ガスによる影響2013

    • 著者名/発表者名
      白井直機, 下川雄大, 青木拓也, 内田 諭, 杤久保文嘉
    • 学会等名
      電気学会プラズマ研究会
    • 発表場所
      長崎, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 液体電極放電における液中の化学的作用の検討2013

    • 著者名/発表者名
      下川雄大, 白井直機, 内田 諭, 杤久保文嘉
    • 学会等名
      平成25年電気学会基礎材料共通部門大会
    • 発表場所
      横浜, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 直流グロー放電を電極とした電解反応のシミュレーション2013

    • 著者名/発表者名
      杤久保文嘉, 白井直機, 内田 諭, 白藤 立
    • 学会等名
      平成25年電気学会基礎材料共通部門大会
    • 発表場所
      横浜, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] プラズマからのイオン照射による水のスパッタリング過程とパラメータ依存性2013

    • 著者名/発表者名
      皆川優大, 白井直機, 内田 諭, 杤久保文嘉
    • 学会等名
      第74回応用物理学会秋季学術講演会
    • 発表場所
      京田辺, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 液面へ電子または正イオンが照射された際に液中へ誘起される反応のシミュレーション2013

    • 著者名/発表者名
      杤久保文嘉, 白井直機, 内田 諭, 白藤 立
    • 学会等名
      第74回応用物理学会秋季学術講演会
    • 発表場所
      京田辺, 日本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Influence of gas and liquid condition on characteristics of self-organized pattern formation observed in atmospheric DC glow discharge2013

    • 著者名/発表者名
      N. Shirai, H. Hirahara, S. Uchida, F. Tochikubo
    • 学会等名
      66th Annual Gaseous Electronics Conference
    • 発表場所
      Princeton, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation analysis of ion irradiation effects on plasma-liquid interface2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Minagawa, N. Shirai, S. Uchida, F. Tochikubo
    • 学会等名
      66th Annual Gaseous Electronics Conference
    • 発表場所
      Princeton, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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