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基質消費スクリーニングを用いたテルペン酵素の多様化と機能進化

公募研究

研究領域生合成マシナリー:生物活性物質構造多様性創出システムの解明と制御
研究課題/領域番号 25108704
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関千葉大学

研究代表者

梅野 太輔  千葉大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (00400812)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
2014年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2013年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワードテルペノイド / 進化分子工学 / 代謝工学 / スクリーニング / 反応特異性 / カロテノイド / ランダム変異
研究実績の概要

本研究では,ランダム変異によって多様化したテルペン酵素の変異体プールの中から,独自技術を用いたハイスループットスクリーニングによって活性を保持した変異体を濃縮・回収する実験を多世代にわたって実施することを目標としている。世代を経るにつれ,テルペン酵素の反応特異性が変化し,その変異体の機能・配列相関をみることによって,このクラスの酵素の進化能を試すとともに,その反応特異性にかかわる部位の網羅的な洗い出しを目指した。
最初のアイデアは,カロテノイド合成経路との基質競合によってテルペン酵素の機能保持をコロニー色によって可視化するというシステムであった。これは手法として確立することができ,それをもとに複数の酵素の活性進化工学が可能となった。この手法をもって反応ポケットに集中的に変異を導入し,活性を保持しつつも配列の異なる種々のテルペン酵素変異体を得ることができた。
一方,更なるスループットの向上を目指し,蛍光タンパク質と薬剤耐性遺伝子の癒合タンパク質を,更にテルペン酵素に融合する実験を行った。この手法を用いることで,基質消費ではなくフォールディング(タンパク質構造)の保持に対して超高速に淘汰を与えることができるようになった。この技術により,テルペン酵素の配列発散速度を飛躍的に高めることができると期待される。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 9件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 10件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Production of squalene by squalene synthases and their truncated mutants in Escherichia coli.2015

    • 著者名/発表者名
      Katabami, A, Li, L., Iwasaki, M., Furubayashi, M., Saito, K., Umeno, D
    • 雑誌名

      J. Bioscience Bioengin

      巻: 119 号: 2 ページ: 165-171

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2014.07.013

    • NAID

      110009922576

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Liquid-based iterative recombineering method tolerant to counter-selection escapes.2015

    • 著者名/発表者名
      Tominaga M, Kawai-Noma S, Kawagishi I, Sowa Y, Saito K, Umeno D.
    • 雑誌名

      PLoS One.

      巻: 5 号: 3 ページ: e0119818-e0119818

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0119818

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rapid and Liquid-Based Selection of Genetic Switches Using Nucleoside Kinase Fused with Aminoglycoside Phosphotransferase2015

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Tominaga, Kohei Ike, Shigeko Kawai-Noma, Kyoichi Saito, and Daisuke Umeno
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 3 ページ: e0120243-e0120243

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0120243

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Directed evolution of squalene synthase for dehydrosqualene biosynthesis2014

    • 著者名/発表者名
      Furubayashi M, Li L, Katabami A, Saito K, Umeno D.
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 588 号: 18 ページ: 3375-3381

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2014.07.028

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of carotenoid biosynthetic pathways using squalene synthase.2014

    • 著者名/発表者名
      M. Furubayashi, L. Li, A. Katabami, K. Saito, D. Umeno
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 588 ページ: 436-442

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A high-throughput colorimetric screening assay for terpene synthase activity based on substrate consumption2014

    • 著者名/発表者名
      Furubayashi M, Ikezumi M, Kajiwara J, Iwasaki M, Fujii A, Li L, Saito K, Umeno D
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 号: 3 ページ: e93317-e93317

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0093317

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 1. The nucleoside-based positive/negative selection platform for evolutionary engineering of gene expression controllers2014

    • 著者名/発表者名
      Kohei Ike, and Daisuke Umeno,
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1111 ページ: 141-152

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [雑誌論文] Evolutionary analysis of the functional plasticity of Staphylococcus aureus C30 carotenoid synthases.2013

    • 著者名/発表者名
      M. Furubayashi, K. Saito, D. Umeno
    • 雑誌名

      J. Bioscience Bioengin.

      巻: 79 ページ: 7298-7304

    • NAID

      210000004775

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Removal of urea from water using urease-immobilized fibers.2013

    • 著者名/発表者名
      M. Sugiyama, K. Ikeda, D. Umeno, K. Saito, T. Kikuchi,k K. Ando
    • 雑誌名

      J. Chem. Engin., JPN

      巻: 46 ページ: 509-513

    • NAID

      10031188024

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of dose on mole percentages of polymer brush and root grafted onto porous polyethylene sheet by radiation-induced graft polymerization2013

    • 著者名/発表者名
      R.Ishihara, S. Uchiyama, H. Ikezawa, S. Yamada, H. Hirota, D. Umeno, K. Saito
    • 雑誌名

      Ind. Eng. Che.m. Res.

      巻: 52 ページ: 12582-12586

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 1. 代謝経路と制御ネットワークの組織的な進化工学技術2013

    • 著者名/発表者名
      梅野 太輔, 冨永 将大, 古林 真衣子, 池 紘平
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 91 ページ: 26-29

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] テルペノイド酵素と生合成経路の進化工学2014

    • 著者名/発表者名
      梅野太輔
    • 学会等名
      I-BIO-K 合成生物工学シンポジウム
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2014-11-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] テルペン・イソプレノイド酵素の進化デザイン2014

    • 著者名/発表者名
      梅野太輔
    • 学会等名
      第3回植物二次代謝フロンティア研究会
    • 発表場所
      小田原
    • 年月日
      2014-11-23 – 2014-11-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 実験室内で新規カロテノイド経路を創り,育てる2014

    • 著者名/発表者名
      梅野太輔
    • 学会等名
      第28回カロテノイド談話会
    • 発表場所
      石川文教会館
    • 年月日
      2014-09-04 – 2014-09-05
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] SELECTION TOOLS FOR EVOLUTIONARY ENGINEERING OF GENETIC CIRCUITS AND GENOMIC DNA2014

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Umeno
    • 学会等名
      SEED meeting
    • 発表場所
      米国 カリフォルニア
    • 年月日
      2014-07-14 – 2014-07-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 代謝ネットワークの進化デザイン2014

    • 著者名/発表者名
      梅野太輔
    • 学会等名
      新化学技術推進協会講演会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-06-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 代謝ネットワークの進化デザイン2014

    • 著者名/発表者名
      梅野太輔
    • 学会等名
      農芸化学会シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A highly specific synthetic metabolic pathways assembled from promiscuous enzymes2013

    • 著者名/発表者名
      Maiko Furubayashi and Daisuke Umeno
    • 学会等名
      SB6.0
    • 発表場所
      ロンドン, イギリス
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子触媒の「多体問題」と戦う? 合成生物学の世界2013

    • 著者名/発表者名
      梅野太輔
    • 学会等名
      第44回触媒サマーセミナー
    • 発表場所
      箱根
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction of the highly specific pathways out of promiscuous activity of engineered enzyme2013

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Umeno
    • 学会等名
      ECI Conference on Enzyme Engineering
    • 発表場所
      富山
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Evolutionary design of genetic switches and circuits2013

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Umeno
    • 学会等名
      iBIO-B
    • 発表場所
      北京, 中国
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 進化分子工学~高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発2013

    • 著者名/発表者名
      伏見譲(監修)
    • 総ページ数
      466
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [産業財産権] テルペン合成酵素をコードする遺伝子のスクリーニング方法2013

    • 発明者名
      梅野太輔,岩嵜美希
    • 権利者名
      梅野太輔,岩嵜美希
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2013-104412
    • 出願年月日
      2013-05-16
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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