公募研究
新学術領域研究(研究領域提案型)
barcodeライブラリの完成、欠失を相補する接合可動型低コピー発現プラスミドライブラリーの構築、そして欠失株相補ライブラリーのリソース群の完成を目指した。その後構築したライブラリーによる高効率生理活性物質探索システムの構築を行うことを目的とした開発を目指した。barcodeによる混合培養液を用いて、長期定常期での各欠失株のpopulation変動を定量的にモニターすることが可能かどうかの評価を行った結果、少なくともbarcodeの量的変動をdeep sequencingで定量的に解析可能であることを確認することができた。その原理を用いて、化学物質の細胞内相互作用分子探索、作用機序解明を目的に、multi well プレートでの欠失株混合培養による競合培養とでdeep sequencingを用いた相互作用解析法の構築を行った。パイロットテストとして、細胞に対して毒性を示す溶媒など24種類の化合物を含む培地で欠失株混合液を生育させ、一定時間培養後に各wellの培養液より染色体DNAを抽出し、barcode領域をPCR増幅後、deep seqeuncingにより各欠失株のpopulation 変動を解析した。頻度解析を行い、その結果をクラスター解析を行うことで、化合物と各遺伝子との相互作用解析を行った。さらに新たな接合可動型プラスミドクローン発現ライブラリーとbarcode 欠失株を組合せ、発現誘導剤添加によるターゲット遺伝子の発現誘導増産による相互作用解析法の確立も進めた。薬剤による増産によるpopulation変動への影響は次年度に持ち越したが、ライブラリー構築は完成した。
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (1件) 図書 (2件) 備考 (2件)
Nucleic Acids Research
巻: 43 号: D1 ページ: 606-617
10.1093/nar/gku1164
120005830851
BMC Microbiol
巻: 14 号: 1 ページ: 171-182
10.1186/1471-2180-14-171
120005830845
Genes Genet Syst
巻: 88 ページ: 233-240
BMC Syst Biol
巻: 7 号: S6
10.1186/1752-0509-7-s6-s1
J Bacteriol
巻: 195 号: 9 ページ: 2039-2049
10.1128/jb.02180-12
巻: 195 号: 6 ページ: 1226-1235
10.1128/jb.02145-12
http://ecoli.naist.jp/GB
http://ecoli.naist.jp/Lab
