公募研究
新学術領域研究(研究領域提案型)
本研究では、生合成関連酵素遺伝子の「単離」に有益な解析手法の一つである遺伝子共発現解析を簡便な操作で実行可能なネットワーク解析ソフト（金平糖Java-GUI）を改良し、本ソフトをウリ科植物ニガウリ（Momordica charantia）由来の苦味配糖体サポニン（Cucurbitacin類）生合成経路の全貌解明に適用し、サポニン生合成経路に関与する酵素遺伝子の探索を行った。（１）「ニガウリのRNA-Seq解析及び遺伝子機能解析」ニガウリ由来の10種類の器官（葉、茎、果実、根など）のRNA-Seq解析データを用いて各植物器官の相対遺伝子発現量を表現するため、Total countsを算出し、この値をもとに全遺伝子間のコサイン相関係数を計算した。McCBS遺伝子と遺伝子共発現の関係にあると推測できるMcCYP遺伝子のリストを相関係数が高い順に並べ、逐次、Cucurbitadienol生産酵母に導入し、機能解析を行った。全29種類のMcCYP遺伝子の機能解析を行った結果、Cucurbitadienolの23位の水酸化酵素（McCYP81-6）、7位の水酸化酵素（McCYP873）及び7, 19位の水酸化酵素（McCYP79-1）の3種類の酵素遺伝子の機能同定に成功した。（２）「金平糖Java-GUIの改良とその検証」本研究では、相関係数の閾値で描画する遺伝子ネットワークの外側と内側の関係性（トポロジー）を考慮する独自の金平糖アルゴリズムを搭載した金平糖Java-GUIのネットワーク描画機能の強化を行った。ニガウリ由来のMcCYP遺伝子（997 contigs）と注目候補遺伝子（McCBS遺伝子）にて金平糖解析を行った。その結果、5種類の遺伝子（McCBS遺伝子を含む）から成るモジュールが単離され、先の機能同定に成功した3種類のMcCYP遺伝子も全て含まれていた。
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)
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