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ゆがんだヘムの分解機構と触媒反応への応用

公募研究

研究領域感応性化学種が拓く新物質科学
研究課題/領域番号 25109504
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関東北大学

研究代表者

松井 敏高  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (90323120)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
2014年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2013年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード酵素反応 / 反応機構 / 病原性細菌 / 水酸化ヘム / 酸素活性化 / 位置選択性 / ホルムアルデヒド
研究実績の概要

結核菌のIsdG型ヘム分解酵素(MhuD)に結合したヘムは異常に歪んでおり、特殊な生成物(マイコビリン)を与える新規反応機構に注目されている。前年度の研究により、”水酸化ヘム” がMhuD反応の中間体と予想された。そこで、化学合成した水酸化ヘムとMhuD複合体を嫌気的に調製し、酸素などとの反応を試みたところ、実際にマイコビリンの生成が確認された。さらに嫌気条件でヘム-MhuD複合体を小過剰の過酸化水素と反応させたところ、水酸化ヘムの部分的な蓄積が吸収スペクトルおよび質量分析によって確認された。以上の結果から、水酸化ヘムがMhuD反応中間体と同定された。
しかし予想に反し、水酸化ヘムの水酸基が開環部位(α-メソ位)ではなく、副次的な酸化部位と思われていたβ- またはδ-メソ位に存在する場合にのみ、マイコビリンは生成した。この結果は水酸化部位以外での酸化開裂を示しており、MhuD反応における生成物の特殊性、特に一酸化炭素が遊離しないことを合理的に説明する。この位置選択性の変化はMhuDタンパク質による立体障害では説明がつかないため、今後、水酸化ヘムの電子状態(特にラジカル構造)に関する情報が重要となる。また、水酸化段階のβ- /δ-メソ位選択性はヘムの歪みによる近接効果では説明できず、活性中心の極性残基(Asn7)と水酸化活性種(FeOOH)の相互作用に依るものと提案された。
水酸化ヘムからマイコビリンが生成する機構については、検討を始めたところであるが、既に酸素との反応で生じる中間体の検出に成功している。この中間体は鉄キレーターであるデフェロキサミンの存在下でマイコビリンを与えることから、既に開環した中間体(鉄-デフェロキサミン錯体)と予想している。今後、質量分析やEPR,ラマン分光の測定により、その構造を決定することで、機構研究が大きく進展すると考えられる。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Heme binds to an intrinsically disordered region of Bach2 and alters its conformation2014

    • 著者名/発表者名
      M. Watanabe-Matsui, T. Matsumoto, T. Matsui, M. Ikeda-Saito, A. Muto, K. Murayama, and K. Igarashi
    • 雑誌名

      Archives of Biochemistry and Biophysics

      巻: 565巻 ページ: 25-31

    • DOI

      10.1016/j.abb.2014.11.005

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 歪みで誘起される新たなヘム分解反応2014

    • 著者名/発表者名
      松井敏高
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 54 号: 2 ページ: 104-105

    • DOI

      10.2142/biophys.54.104

    • NAID

      130003391409

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme degradation by Staphylococcus aureus IsdG and IsdI liberates formaldehyde rather than carbon monoxide2013

    • 著者名/発表者名
      Matsui T, Nambu S, Ono Y, Goulding CW, Tsumoto K, Ikeda-Saito M.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 52 号: 18 ページ: 3025-3027

    • DOI

      10.1021/bi400382p

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Unique reaction mechanism of MhuD, a heme-degrading enzyme from Mycobacterial tuberculosis2014

    • 著者名/発表者名
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Masao Ikeda-Saito
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 結核菌MhuDの特殊なヘム分解機構2014

    • 著者名/発表者名
      松井敏高, 南部周介, 藤井浩, 齋藤正男
    • 学会等名
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Heme Ruffling Opens Novel Pathways of Its Enzymatic Degradation2014

    • 著者名/発表者名
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Celia W. Goulding, Kohei Tsumoto, Masao Ikeda-Saito
    • 学会等名
      Eighth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-8)
    • 発表場所
      トルコ、イスタンブール
    • 年月日
      2014-06-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 結核菌由来MhuDの特殊なヘム分解メカニズム2014

    • 著者名/発表者名
      松井 敏高, 南部 周介, 齋藤 正男
    • 学会等名
      第41回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2014-06-07
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Heme Degradation without Releasing CO: Unique Reaction Mechanism of IsdG-type Heme Degrading Enzymes

    • 著者名/発表者名
      T. Matsui, S. Nambu, Y. Ono, C.W. Goulding, S. Takahashi, K. Tsumoto, M. Ikeda-Saito
    • 学会等名
      NIH - Tohoku University - JSPS Symposium
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ヘム分解の多様な分子機構

    • 著者名/発表者名
      松井敏高
    • 学会等名
      生物無機化学の新潮流と展望
    • 発表場所
      名大(名古屋)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヘム代謝の多様な戦略

    • 著者名/発表者名
      松井敏高
    • 学会等名
      分子研シンポジウム2013
    • 発表場所
      分子研(岡崎)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 歪みで誘起される新たなヘム代謝反応

    • 著者名/発表者名
      松井敏高
    • 学会等名
      第13回 日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Heme Degradation without Releasing CO: Unique Reaction Mechanism of IsdG-type Heme Degrading Enzymes

    • 著者名/発表者名
      T. Matsui, S. Nambu, Y. Ono, S. Takahashi, M. Ikeda-Saito, C.W. Goulding, K. Tsumoto
    • 学会等名
      International Conference on BioInorganic Chemistry (ICBIC16)
    • 発表場所
      Grenoble, France
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Unique reaction mechanisms of IsdG-type heme dagrading enzymes from pathogenic bacteria

    • 著者名/発表者名
      T. Matsui
    • 学会等名
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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