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細胞増殖に伴う集団秩序の維持

公募研究

研究領域動く細胞と場のクロストークによる秩序の生成
研究課題/領域番号 25111715
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関筑波大学

研究代表者

イン ベイウェン  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (90422401)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2013年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードゆらぎ / 確率性 / 細胞分化 / 遺伝子発現 / 細胞間相互作用
研究実績の概要

本研究課題は、細胞内タンパク質濃度ゆらぎ(遺伝子発現の確率性)と細胞間相互作用を利用し、単細胞大腸菌において、真核生物の細胞分化の現象を作り出すことが目的であった。昨年度では、ゲノム工学的検討が行われ、細胞分化の現象を起こす大腸菌細胞を作製した。今年度は、細胞集団や遺伝子発現など多階層レベルでの解析により、細胞の秩序に関わる普遍的規則を探索した。
まず、人工的遺伝子回路を設計し、大腸菌ゲノム上に導入したことで、遺伝子発現量の確率的変化(ゆらぎによる集団内ばらつき)を可視化した。つぎに、アミノ酸栄養素による細胞間相互作用を作り出したことにより、異なる表現型の大腸菌(分化した細胞)の定常的集団変化を可能にした。以上から、大腸菌の確率的細胞分化に成功した。分化する大腸菌の集団秩序の安定性には時間的制限があったため、普遍的規則を抽出に至らなかったが、4000次元の遺伝子発現変動においては、2次元まで抽出し、細胞内全遺伝子発現の最適化の共通的パス(遺伝子発現変動の秩序)を見出した。つまり、細胞レベルの計測による数理集団モデルから遺伝子レベルの高次元から低次元への情報抽出への方向転換に成功した。これにより、細胞種に問わない普遍的な規則があることが示唆された。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 2件)

  • [雑誌論文] Nutrient-dependent growth defects and mutability of mutators in Escherichia coli.2015

    • 著者名/発表者名
      Y Ishizawa, BW Ying, S Tsuru & T Yomo
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 20 号: 1 ページ: 68-76

    • DOI

      10.1111/gtc.12199

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Global coordination in adaptation to gene rewiring.2015

    • 著者名/発表者名
      Y Murakami, Y Matsumoto, S Tsuru, BW Ying & T Yomo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 43 号: 2 ページ: 1304-1316

    • DOI

      10.1093/nar/gku1366

    • NAID

      120007130352

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A reduced genome decreases the host carrying capacity for foreign DNA.2014

    • 著者名/発表者名
      Y Akeno, BW Ying, S Tsuru & T Yomo
    • 雑誌名

      Microbiol Cell Factories

      巻: 13 号: 1

    • DOI

      10.1186/1475-2859-13-49

    • NAID

      120007136730

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Mutation accumulation in bacteria exposed to UV radiation.2014

    • 著者名/発表者名
      A Shibai, S Tsuru, BW Ying, D Motooka, K Gotoh, S Nakamura & T Yomo
    • 雑誌名

      Artificial Life

      巻: 14

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Directed evolution of cell size in Escherichia coli.2014

    • 著者名/発表者名
      M Yoshida, S Tsuru, N Hirata, S Seno, H Matsuda, BW Ying & T Yomo
    • 雑誌名

      BMC Evol Biol

      巻: 14

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gene expression scaled by distance to the genome replication site.2014

    • 著者名/発表者名
      Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsudab, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      Mol. BioSyst., 2014

      巻: 10 号: 3 ページ: 375-379

    • DOI

      10.1039/c3mb70254e

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Growth rate-coordinated transcriptome reorganization in bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, Y., Murakami, Y., Tsuru, S., Ying, B., Yomo, T
    • 雑誌名

      BMC Genomics 2013

      巻: 14 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1186/1471-2164-14-808

    • NAID

      120007130585

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of synthetic gene circuits in the Escherichia coli.2013

    • 著者名/発表者名
      BW Ying, Y Akeno, T Yomo
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1073 ページ: 157-168

    • DOI

      10.1007/978-1-62703-625-2_13

    • ISBN
      9781627036245, 9781627036252
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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