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ウイルス感染時の細胞・個体レベルでの網羅的状態把握法の確立とその応用

公募研究

研究領域ウイルス感染現象における宿主細胞コンピテンシーの分子基盤
研究課題/領域番号 25115512
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関滋慶医療科学大学院大学 (2014)
神戸大学 (2013)

研究代表者

田中 恭子 (新矢 恭子)  滋慶医療科学大学院大学, 医療管理学研究科, 教授 (90374925)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
23,400千円 (直接経費: 18,000千円、間接経費: 5,400千円)
2014年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
2013年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
キーワードグループ相関 / ウイルス感染 / 大規模データ / データマイニング / アルゴリズム / シミュレーション / Webツール
研究実績の概要

協同研究者の鈴木は、以前から、Lotka-Volterra (LV)方程式を基礎とし、振動システムの安定性についての数理モデルを研究しており、LVモデルの中にバランサーを加えることで平衡点が2点だったものが、無限数に増加することを見出していた(Suzuki Y., 21stDNA, Massachusetts, USA, Aug. 2015)。彼らは、このバランサーを加えたLVモデルが、フィードバック制御下で生産・消費を繰り返している生体内の物質やエネルギーの安定化にも応用されている機構であることを発表していた(Suzuki et al., eds. WSH 2011 and IWNC 2012, PICT 6, pp. 49-70, 2013)。
本研究は、鈴木の数理モデルを活用して、生物学的データの変動から、恒常性維持システムのバランサーとなっている要素の逆推定が可能ではないかという発想で行った。逆推定の計算システム開発には、和情報網の冨永氏の協力を得た。(Clustering Service: http://133.6.218.187:12123/)。本計算システムは無料のWebサービスとして公開しており、ユーザーは数万の要素からなる手持ちの時系列データから、相反するクラスタペアを抽出することができる。その後、相反クラスタの内容を調べることで、相反関係のバランサーとなっている候補要素を探索することが可能である。既に公開済みの遺伝子発現データを用いて、本Webサービスの評価を行ったところ、このアルゴリズムは、遺伝子発現パターンの負の相関関係に基づいて、特定の分子カスケードにおいて重要な役割を果たすバランサーを同定するために活用できることがわかった。システムのバランサーは、システム挙動の方向性を決定する要素であり、感染病の重症化や死亡を防ぐための有力な制御標的である。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 学会発表 (3件) 備考 (2件)

  • [学会発表] Clustering and Visualizing Global Gene Expression2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ro , Kyoko Shinya, Kazuto Tominaga, Yasuhiro Suzuki
    • 学会等名
      VISUALIZING BIOLOGICAL DATA VIZBI 2014
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] TOWARD HARNESSING THE LETHAL INFLUENZA INFECTION2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki, Hiroshi Ro, Kyoko Shinya
    • 学会等名
      HARNESSING IMMUNITY TO PREVENT & TREAT DISEASE
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Viral infection as an external stimulus for investigating cellular and tissue gene expression dynamics.2013

    • 著者名/発表者名
      Kyoko Shinya, Hiroshi Ro, Mitsutaka Yoshida, Kenji Sasahara, Yasuhiro Suzuki
    • 学会等名
      Functional Genomics and Systems Biology
    • 発表場所
      Wellcome Trust Conference Centre, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] Welcome to Clustering Service

    • URL

      http://133.6.218.187:12123/

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] CLUSTERING SERVICE How to use

    • URL

      http://oyakudachinet.jimdo.com/

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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