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直接数値計算を用いたモデル微生物の動的性質に関する理学的研究

公募研究

研究領域ゆらぎと構造の協奏:非平衡系における普遍法則の確立
研究課題/領域番号 26103522
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関京都大学

研究代表者

山本 量一  京都大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10263401)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2014年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードモデル微生物 / シミュレーション / 流体力学 / アクティブマター / ソフトマター
研究実績の概要

水中を泳動する微生物は、紐状の鞭毛や表面に生えた繊毛によって水中を自己推進するが、これは船や飛行機などの人工物はもちろん、魚類や昆虫などとも全く異なるメカニズムに基づいている。近年、泳動する微生物に対する力学的・物理学的アプローチの研究が国際的に大きな注目を集めているが、ようやく微生物の単体運動に関する理解に手が届き始めたところに過ぎない。非平衡ダイナミクスの実例としてより重要で、現象の変化にも富んだそれらの集団運動については、理解が全く進んでいないのが現状である。これはこの分野の理論的手法が未熟であることに主な原因があり、ソフトマターで成功した新しい手法を導入することで大きなブレークスルーが期待できる。
我々はこれまでに、球状、および任意形状粒子の濃厚な分散系の直接数値計算を実現するSmoothed Profile(PS)法というシミュレーション法を開発し,平成27年度には、荷電コロイド粒子の動的電気泳動現象の直接数値計算と、泳動するモデル微生物の集団運動の直接数値計算を行った。電気泳動に関しては,その重要な因子である電気二重層の分極を定量的に扱うため、荷電コロイド粒子の分極率を定量的に計算した。モデル微生物については,平板間に制限された空間での分散系のシミュレーションを行った.puller型の場合に液体中に自走粒子の数密度に関する波の進行が観察された.さらに,この進行波の定量的な理解を試みて動的構造因子S(k,ω)を計算すると,通常のコロイド分散系には見られない音波的な密度の揺らぎモードが観察されるなど,自走粒子に特徴的な振る舞いを見出した.興味深いことに,この進行波がpusher型では見られないこともわかった.

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 謝辞記載あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Synchronized molecular-dynamics simulation for the thermal lubrication of a polymeric liquid between parallel plates2016

    • 著者名/発表者名
      Shugo Yasuda and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Computers and Fluids

      巻: 124 ページ: 185-189

    • DOI

      10.1016/j.compfluid.2015.05.018

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rheological evaluation of colloidal dispersions using the smooth profile method: formulation and applications2016

    • 著者名/発表者名
      John J. Molina, Kotaro Otomura, Hayato Shiba, Hideki Kobayashi, Masaki Sano, and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      J. Fluid Mech.

      巻: 792 ページ: 590-619

    • DOI

      10.1017/jfm.2016.78

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Purely hydrodynamic origin for swarming of swimming particles2016

    • 著者名/発表者名
      Norihiro Oyama, John Jairo Molina, and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E

      巻: 93 号: 4

    • DOI

      10.1103/physreve.93.043114

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic polarization of a charged colloid in an oscillating electric field2015

    • 著者名/発表者名
      Chunyu Shih, John J. Molina, and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Molec. Phys.

      巻: 113 号: 17-18 ページ: 2511-2522

    • DOI

      10.1080/00268976.2015.1059510

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutual information reveals multiple structural relaxation mechanisms in a model glassformer2015

    • 著者名/発表者名
      Andrew J. Dunleavy, Karoline Wiesner, Ryoichi Yamamoto, and C. Patrick Royall
    • 雑誌名

      Nature Comm.

      巻: 6 号: 1

    • DOI

      10.1038/ncomms7089

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Attachment of solid elongated particles on the surface of a stationary gas bubble2015

    • 著者名/発表者名
      Gregory Lecrivain, Giacomo Petrucci, Uwe Hampel and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Int. J. Multiphase Flow

      巻: 71 ページ: 83-93

    • DOI

      10.1016/j.ijmultiphaseflow.2015.01.002

    • NAID

      120005567896

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Electrophoresis of Charged Colloids in an Alternating Electric Field2014

    • 著者名/発表者名
      Chunyu Shih and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E

      巻: 89 号: 6

    • DOI

      10.1103/physreve.89.062317

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Synchronized molecular dynamics simulation via macroscopic heat and momentum transfer: an application to polymer lubrication2014

    • 著者名/発表者名
      Shugo Yasuda and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Phys. Rev. X

      巻: 4 号: 4

    • DOI

      10.1103/physrevx.4.041011

    • NAID

      120005555514

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Direct Numerical Simulations of Sedimenting Spherical Particles at Finite Reynolds Number2014

    • 著者名/発表者名
      Adnan Hamid, John J. Molina, and Ryoichi Yamamoto
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 4 号: 96 ページ: 53681-53693

    • DOI

      10.1039/c4ra11025k

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Collective motion of active swimming particles analogous to acoustic wave propagation2015

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Yamamoto
    • 学会等名
      Pacifichem2015
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of active colloids in confined systems2015

    • 著者名/発表者名
      John. J. Molina
    • 学会等名
      Pacifichem2015
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Anomalous wave-propagation in an active swimmer dispersion2015

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Yamamoto
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Simulating Particles Moving through Fluids2015

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Yamamoto
    • 学会等名
      Physics of Structural and Dynamical Hierarchy in Soft Matter
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNS of colloidal dispersions using the smoothed profile method: formulation and applications2015

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Yamamoto
    • 学会等名
      High Performance and Parallel Computing for Materials Defects and Multiphase Flows
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2015-03-02 – 2015-03-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Direct Numerical Simulations (DNS) of Swimming Particles2014

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Yamamoto
    • 学会等名
      International symposium and workshop on Computational condensed matter: advances and challenges (CompMat2014)
    • 発表場所
      Whitehaven, UK
    • 年月日
      2014-09-07 – 2014-09-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-28  

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