公募研究
新学術領域研究(研究領域提案型)
ピロリ菌の日本の一つのコレクションからの３０株について、イルミナのメイトペア法で全ゲノム解読を行った。集団構造を染色体ペインティング法で明らかにした。制限修飾系の有無、標的認識配列のアミノ酸配列による分類をおこない、多様性を明らかにした。逆位を網羅的に解析しシンテニーの進化を明らかにした。集団構造と制限修飾系とシンテニーの間には、密接な関係がないことを示した。世界のピロリ菌株の全ゲノム配列を比較し、適応的なアミノ酸置換の起きたコドンを探索した。外膜タンパク質、DNAメチル化系の遺伝子内にあった。種内の全ゲノム配列から相同組み換えのホットスポットを探索する方法を開発した。PabIファミリーの制限修飾遺伝子が、東アジア株の一部とアメリカ先住民株で、失われていることを発見した。制限修飾系の配列特異性伝子をノックアウトした。それらのPacbioによるメチローム解読から、メチル化配列を決定した。それらのトランスクリプトーム解析（RNA-seq, Illumina）から、発現変動遺伝子を同定した。それらの機能カテゴリー解析から、影響される適応的形質を推定した。運動性、酸化ストレス耐性、酸耐性など、適応的形質が影響されていることを実験で証明した。一つの形質に複数のメチル化系が逆の制御を及ぼすことを発見した。メチル化酵素遺伝子の間に互いの遺伝子発現に影響する複雑なネットワークを発見した。同一家族メンバーからのピロリ菌について、全ゲノム配列をイルミナショットガンで解読し、非同義アミノ酸置換が病原遺伝子、外膜タンパク質遺伝子、DNAメチル化系遺伝子に起きていることを発見した。以上の結果は、「エピゲノム駆動進化仮説」を支持する。日本、中国、インドの１００株を収集し、Pacbioでゲノム、メチロームを解読した（ゲノム支援）。
27年度が最終年度であるため、記入しない。
すべて 2016 2015 その他
すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 7件、 招待講演 6件) 図書 (2件)
DNA Research
巻: - 号: 2 ページ: 135-43
10.1093/dnares/dsw003
「種生物学研究」第39号「エコロジカル・エピジェネティクス－生物の柔軟性の分子生態学－」
巻: -
「化学と生物」日本農芸化学会
130006772570
PLoS ONE
巻: 10 号: 5 ページ: e0127197-e0127197
10.1371/journal.pone.0127197
BMC Genomics
巻: 16 号: 1 ページ: 817-817
10.1186/s12864-015-2021-3
Molecular Biology and Evolution
巻: 33 号: 2 ページ: 456-471
10.1093/molbev/msv237
