植物オミックス情報の統合解析によるゲノム・遺伝子相関機構の解明とデータベース構築

• 研究領域: ゲノム・遺伝子相関：新しい遺伝学分野の創成
• 研究課題/領域番号: 26113716
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 明治大学
• 研究代表者: 矢野 健太郎 明治大学, 農学部, 准教授 (00446543)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 10,790千円 (直接経費: 8,300千円、間接経費: 2,490千円); 2015年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円); 2014年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / データベース / オミックス / 遺伝子発現ネットワーク / 自然言語処理 / 知識情報 / ゲノム / 遺伝子 / 植物

研究実績の概要

植物界の様々なオミックス情報を比較することにより、種や環境条件、生育ステージ・器官における固有の生物学的プロセスや特異的な発現遺伝子群を網羅的・効率的に抽出し、ゲノム・遺伝子相関機構の共通機構・原理を解明できる。そこで、本研究課題では、ゲノム・遺伝子相関機構に関わる遺伝子群などをより高精度に同定するために、オミックス情報と高信頼度機能アノテーション情報の統合解析を実施した。
これまでに、シロイヌナズナ、イネ、トマト、ソルガム、ブドウなどの８種の植物種の網羅的な遺伝子発現ネットワークの大規模情報解析を実施している。そして、遺伝子発現ネットワークの網羅的な種間比較を可能とするデータベースPODCを構築・運営している。PODC を活用することで、進化的に保存されているネットワークや種固有のネットワーク、すなわち、ゲノム・遺伝子相関に関わる遺伝子発現制御機構や生物学的プロセスの同定が促進される。
データベースPODCは、植物のオミックス情報と知識情報の融合データベースである。デジタル遺伝子発現データは、NCBI SRAより高速シーケンサー・データ（RNA-Seq）を取得し、前処理とマッピング処理により算出している。次に、遺伝子発現プロファイルが有意に類似する遺伝子群を選抜し、遺伝子発現ネットワークを構築している。そして、配列比較解析から得たオーソログ情報を用い、遺伝子発現ネットワークの種間比較を可能とした。知識情報は、学術論文テキスト情報に対する自然言語処理とマニュアル・キュレーションにより整備している。今後、解析対象とする植物種や知識情報を拡張するとともに、データベース機能の強化を進める。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Pleurochrysome: A web-database of Pleurochrysis transcripts and orthologues among heterogeneous algae. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto N, Kudo T, Fujiwara S, Takatsuka Y, Hirokawa Y, Tsuzuki M, Takano T, Kobayashi M, Suda K, Asamizu E, Yokoyama K, Shibata D, Tabata S, Yano K
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 巻: 57 号: 1 ページ: e6-e6
  • DOI: 10.1093/pcp/pcv195
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification of reference genes for quantitative expression analysis using large-scale RNA-seq data of <i>Arabidopsis thaliana</i> and model crop plants (2016)
  • 著者名/発表者名: Toru Kudo, Yohei Sasaki, Shin Terashima, Noriko Matsuda-Imai, Tomoyuki Takano, Misa Saito, Maasa Kanno, Soichi Ozaki, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Seiji Takayama, Kentaro Yano
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 91 号: 2 ページ: 111-125
  • DOI: 10.1266/ggs.15-00065
  • NAID: 130005421205
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of microRNA profiles of rice anthers between cool-sensitive and cool-tolerant cultivars under cool-temperature stress (2016)
  • 著者名/発表者名: Shunsuke Maeda, Satomi Sakazono, Hiromi Masuko-Suzuki, Midori Taguchi, Kaori Yamamura, Kuniaki Nagano, Takashi Endo, Kenichi Saeki, Masaaki Osaka, Moe Nabemoto, Kana Ito, Toru Kudo, Masaaki Kobayashi, Mizuho Kawagishi, Kotomi Fujita, Hikaru Nanjo, Tomoe Shindo, Kentaro Yano, Go Suzuki, Keita Suwabe, and Masao Watanabe
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 91 号: 2 ページ: 97-109
  • DOI: 10.1266/ggs.15-00056
  • NAID: 130005421208
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The Arabidopsis TAC Position Viewer: a high-resolution map of transformation-competent artificial chromosome (TAC) clones aligned with the Arabidopsis thaliana Columbia-0 genome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshitsugu Hirose, Kunihiro Suda, Yao-Guang Liu, Shusei Sato, Yukino Nakamura, Koji Yokoyama, Naoki Yamamoto, Shigeru Hanano, Eiji Takita, Nozomu Sakurai, Hideyuki Suzuki, Yasukazu Nakamura, Takakazu Kaneko, Kentaro Yano, Satoshi Tabata and Daisuke Shibata
  • 雑誌名: The Plant Journal 巻: 83 号: 6 ページ: 1114-1122
  • DOI: 10.1111/tpj.12949
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of transcriptome response to salinity stress in the halophytic turf grass Sporobolus virginicus. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto N., Takano T., Tanaka K., Ishige T., Terashima S., Endo C., Kurusu T., Yajima S., Yano K., Tada Y.
  • 雑誌名: Frontiers in Plant Science 巻: 6 ページ: 241-241
  • DOI: 10.3389/fpls.2015.00241
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 統合オミックス情報解析と作物育種への利用 (2015)
  • 著者名/発表者名: 工藤徹, 寺島伸, 矢野健太郎
  • 雑誌名: 月刊バイオインダストリー 巻: 2015年12月 ページ: 10-16
• [雑誌論文] 遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座 (2015)
  • 著者名/発表者名: 神沼英里, 望月孝子, 門田有希, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • 雑誌名: 育種学研究 巻: 17 号: 2 ページ: 88-93
  • DOI: 10.1270/jsbbr.17.88
  • NAID: 130005085096
  • ISSN: 1344-7629, 1348-1290
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Plant omics data center: an integrated web repository for interspecies gene expression networks with NLP-based curation. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohyanagi, H., Takano, T., Terashima, S., Kobayashi, M., Kanno, M., Morimoto, K., Matsumura, H., Sasaki, Y., Aya, K., Suwabe, K., Suzuki, G., Watanabe, M., Matsuoka, M., Yokoyama, K., Yano, K.
  • 雑誌名: Plant and Cell Physiology 巻: 56 号: 1 ページ: 1-8
  • DOI: 10.1093/pcp/pcu188
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] De Novo Transcriptome Assembly of a Fern, Lygodium japonicum, and a Web Resource Database, Ljtrans DB (2014)
  • 著者名/発表者名: Koichiro Aya, Masaaki Kobayashi, Junmu Tanaka, Hajime Ohyanagi, Takayuki Suzuki, Kenji Yano, Tomoyuki Takano, Kentaro Yano and Makoto Matsuoka
  • 雑誌名: Plant Cell Physiology 巻: 56 号: 1 ページ: e5-e5
  • DOI: 10.1093/pcp/pcu184
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A-WINGS: an integrated genome database for Pleurocybella porrigens (Angel’s wing oyster mushroom, Sugihiratake) (2014)
  • 著者名/発表者名: Naoki Yamamoto, Tomohiro Suzuki, Masaaki Kobayashi, Hideo Dohra, Yohei Sasaki, Hirofumi Hirai, Koji Yokoyama, Hirokazu Kawagishi and Kentaro Yano
  • 雑誌名: BMC Research Notes 巻: 7 号: 1 ページ: 866-866
  • DOI: 10.1186/1756-0500-7-866
  • NAID: 120005575802
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] Transcriptome analysis for Abies sachalinensis (2016)
  • 著者名/発表者名: 上野真義, 中村幸乃, 小林正明, 石塚航, 内山憲太郎, 津村義彦, 矢野健太郎, 後藤晋
  • 学会等名: 第127回日本森林学会大会
  • 発表場所: 日本大学
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] ニホンナシの果肉障害「みつ症」感受性系統に特徴的な遺伝子のマイクロアレイ解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 西谷千佳子, 井上栄一, 奈島賢児, 尾形夏海, 喜多晃一, 郷内武, 石井亮二, 中村幸乃, 小林正明, 矢野健太郎, 山本俊哉
  • 学会等名: 園芸学会平成28年度春季大会
  • 発表場所: 東京農業大学
  • 年月日: 2016-03-26
• [学会発表] 高速シーケンサー・データからSSRマーカーを探索するバイオインフォマティクス・ツールの開発 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小林正明, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会129回講演会
  • 発表場所: 横浜市立大学
  • 年月日: 2016-03-21
• [学会発表] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度アノテーション情報を搭載したWebデータベースPODC (2016)
  • 著者名/発表者名: 寺島伸, 工藤徹, 髙野知之, 菅野真麻, 齋藤美沙, 浅野さとみ, 佐々木陽平, 横山幸治,小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会129回講演会
  • 発表場所: 横浜市立大学
  • 年月日: 2016-03-21
• [学会発表] イネのマイクロアレイ遺伝子発現データベースOryzaExpress (2016)
  • 著者名/発表者名: 工藤徹, 寺島伸, 高木諭乃, 菅野真麻, 横山幸治, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会129回講演会
  • 発表場所: 横浜市立大学
  • 年月日: 2016-03-21
• [学会発表] CATchUP: 時空間特異的に発現する遺伝子の網羅的探索とデータベースの構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 中村幸乃, 工藤徹, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 浅野さとみ, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会129回講演会
  • 発表場所: 横浜市立大学
  • 年月日: 2016-03-21
• [学会発表] 高速シークエンサー・データからSSRマーカを作成するためのバイオインフォマティクス・ツール開発 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小林正明, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第57回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 岩手大学
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] 複数植物種の遺伝子発現ネットワークと知識情報をを統合したWebデータベースPODC (2016)
  • 著者名/発表者名: 寺島伸，工藤徹，髙野知之，菅野真麻，齋藤美沙，松田典子，浅野さとみ，佐々木陽平，横山幸治，小林正明，大柳一，矢野健太郎
  • 学会等名: 第57回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 岩手大学
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] シロイヌナズナおよび作物植物のRNA-seqデータを用いた遺伝子発現解析用リファレンス遺伝子の探索 (2016)
  • 著者名/発表者名: 工藤徹，佐々木陽平，寺島伸，松田(今井)典子，高野知之，齋藤美沙，菅野真麻，諏訪部圭太，鈴木剛，渡辺正夫，松岡誠，高山誠司，矢野健太郎
  • 学会等名: 第57回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 岩手大学
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] CATchUP: 大規模遺伝子発現データに基づく特異的発現遺伝子の網羅的探索とデータベース構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 中村幸乃，工藤徹，寺島伸，菅野真麻，齋藤美沙，松田典子，浅野さとみ，矢野健太郎
  • 学会等名: 第57回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 岩手大学
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] トマトにおけるステロイドグルコアルカロイド生合成の転写制御 (2016)
  • 著者名/発表者名: Chonprakun Thagun，今西俊介，工藤徹，中林亮，大山清，森哲哉，河本晃一，佐々木陽平，中村雪乃，野中聡子，松倉千昭，矢野健太郎，江面浩，斉藤和季，橋本隆，庄司翼
  • 学会等名: 第57回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 岩手大学
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] 京野菜であるミズナとミブナに見られる葉形変異のQTL解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 川勝弥一，中山北斗，上ノ山華織，五十嵐香理，八杉公基，工藤洋，永野惇，矢野健太郎，久保中央，木村成介
  • 学会等名: 第57回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 岩手大学
  • 年月日: 2016-03-18
• [学会発表] A GUI Application 'CA Plot Viewer' for Large-Scale Gene Expression Analysis and Databases for Gene Expression Networks. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Yano, Shin Terashima, Yukino Nakamura, Minami Katayama, Yuno Takaki, Kataru Onosato, Tomoyuki Takano, Yohei Sasak, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda, Satomi Asano, Koji Yokoyama, Yoshifumi Tada, Hiroshi Chiba, Hajime Ohyanagi, Toru Kudo, Masaaki Kobayashi
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIV
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2016-01-09
  • 国際学会
• [学会発表] Identification of Reference Genes for Quantitative Expression Analysis Using Large-scale RNA-seq Data of Arabidopsis thaliana and Model Crop Plants. (2016)
  • 著者名/発表者名: Toru Kudo, Yohei Sasaki, Shin Terashima, Noriko Matsuda, Tomoyuki Takano, Misa Saito, Maasa Kanno, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Seiji Takayama, Kentaro Yano
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIV
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2016-01-09
  • 国際学会
• [学会発表] Plant Omics Data Center: An Integrated Web Repository for Interspecies Gene Expression Networks with NLP-based Curation. (2016)
  • 著者名/発表者名: Shin Terashima, Toru Kudo, Tomoyuki Takano, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda, Satomi Asano, Yohei Sasaki, Koji Yokoyama, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIV
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2016-01-09
  • 国際学会
• [学会発表] A Bioinformatics Tool Searching for Genome-Wide SSR Markers by Using High-Throughput Sequencing Data. (2016)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Kobayashi, Kentaro Yano
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIV
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2016-01-09
  • 国際学会
• [学会発表] Web-databases podc and tomatomics for the seamless integration of large-scale omics and knowledge-based information. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Yano, Shin Terashima, Minami Katayama, Tomoyuki Takano, Toru Kudo, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda-Imai, Satomi Asano, Koji Yokoyama, Koh Aoki, Hajime Ohyanagi
  • 学会等名: The 12th Solanaceae Conference
  • 発表場所: France, Bordeaux, ENSEIRB conference hall
  • 年月日: 2015-10-25
  • 国際学会
• [学会発表] 次世代シークエンサーを利用した配列解読と遺伝子発現ネットワーク解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢野健太郎
  • 学会等名: 平成27年度園芸学会秋季大会
  • 発表場所: 徳島大学
  • 年月日: 2015-09-26
  • 招待講演
• [学会発表] Perl講習会 Be happy with your Perl scripts (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会・第128回講演会 第57回シンポジウム (シンポジウム・ワークショップ)
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] 野生イネOryza属200ゲノムの解読と多様性・系統関係の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 倉田のり, 豊田敦, Shenton Matt, 藤田雅丈, 大柳一, 伊川浩司, 小林正明, 高野知之, 寺島伸, 矢野健太郎, 久保貴彦, 古海弘康, 新濱充, 野々村賢一, Copetti Dario, RodWing, 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] 野生イネOryza officinalisゲノムのde novoアセンブル (2015)
  • 著者名/発表者名: 小林正明, 大柳一, 倉田のり, 藤田雅丈, 豊田敦, 藤山秋佐夫, Copetti Dario, Wing Rod, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] Oryza o cinalis complexについての遺伝的多様性の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: Shenton Matt, 藤田雅丈, 大柳一, 小林正明, 高野知之, 寺島伸, 矢野健太郎, 豊田敦, 藤山秋佐男, Copetti Dario, Wing Rod, 倉田のり
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度機能アノテーション情報を搭載したWebデータベースPODC (2015)
  • 著者名/発表者名: 寺島伸, 高野智之, 工藤徹, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 浅野さとみ, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 小林正明, 横山幸治, 諏訪部圭太, 鈴木剛, 渡辺正夫, 松岡信, 大柳一, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] 高精度なシス配列予測ツール"COMET"の開発およびその活用法 (2015)
  • 著者名/発表者名: 佐々木陽平, 寺島伸, 大柳一, 山本直樹, 小林正明, 高野知之, 大谷征史, 南原英司, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] シロイヌナズナおよびモデル農作物の大規模RNA-seqデータを用いたリファレンス遺伝子候補の網羅的選抜 (2015)
  • 著者名/発表者名: 工藤徹, 寺島伸, 佐々木陽平, 高野知之, 松田(今井)典子, 菅野真麻, 齋藤美沙, 尾崎崇一, 浅野さとみ, 横山幸治, 矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] 形質調査およびジェノタイピングの大規模情報を統合した圃場情報管理システム整備 (2015)
  • 著者名/発表者名: 浅野さとみ，釜付香，大柳一, 小林正明，鐘ケ江弘美，高梨秀樹，徳永毅，佐塚隆志，岩田洋佳，堤伸浩，矢野健太郎
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] TOMATOMICS:トマト統合オミックス情報データベース (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢野健太郎，尾崎崇一，寺島伸，片山南美，菅野真麻，浅野さとみ，齋藤美沙，小林正明，大柳一，青木考
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] ソナレシバのglycine-rich RNA-binding proteinを発現するシロイヌナズナの耐塩性と遺伝子発現解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 多田雄一，且原真木，尾崎崇一，寺島伸，遠藤千里，矢野健太郎，来須孝光
  • 学会等名: 日本育種学会第128回講演会
  • 発表場所: 新潟大学
  • 年月日: 2015-09-11
• [学会発表] Diverse physiological functions of plant non-coding RNA, Analysis of gene expression changes in two Arabidopsis accessions and their reciprocal hybrids. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Shiba, Takuya Shimura, Yutaka Taono, Takashi Yamaguchi, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Akira Isogai, Seiji Takayama
  • 学会等名: 日本植物学会・第79回大会 シンポジウム
  • 発表場所: 朱鷺メッセ
  • 年月日: 2015-09-06
• [学会発表] 京野菜であるミズナとミブナに見られる葉形変異のQTL解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 川勝弥一, 上ノ山華織, 五十嵐香理, 中山北斗, 八杉公基, 工藤洋, 永野惇, 矢野健太郎, 久保中央, 木村成介
  • 学会等名: 日本植物学会・第79回大会
  • 発表場所: 朱鷺メッセ
  • 年月日: 2015-09-06
• [学会発表] ダイコンの品種間に見られる葉形の変異に寄与する遺伝子の同定 (2015)
  • 著者名/発表者名: 久保俊彰, 上ノ山華織, 川勝弥一, 五十嵐香理, 矢野健太郎, 木村成介
  • 学会等名: 日本植物学会・第79回大会
  • 発表場所: 朱鷺メッセ
  • 年月日: 2015-09-06
• [学会発表] Development of strategies for the seamless integration of large-scale omics and knowledge-based information. (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソーシアム年会
  • 発表場所: 明治大学生田キャンパス
  • 年月日: 2015-09-04
  • 招待講演
• [学会発表] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度アノテーション情報を搭載したWeb データベースPODC (2015)
  • 著者名/発表者名: 寺島伸, 高野智之, 工藤徹, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田(今井)典子, 浅野さとみ, 佐々木陽平, 小林正明, 横山幸治, 諏訪部圭太, 鈴木剛, 渡辺正夫, 松岡信, 大柳一, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] 自然言語処理とマニュアル・キュレーションを併用した高信頼度機能アノテーションの作成 (2015)
  • 著者名/発表者名: 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田(今井)典子, 寺島伸, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] トマト（Solanum lycopersicum）の高信頼度機能アノテーション情報整備 (2015)
  • 著者名/発表者名: 齋藤美沙, 菅野真麻, 松田(今井)典子, 寺島伸, 工藤徹, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] PODCにおける高信頼度機能アノテーションの意義と展望 (2015)
  • 著者名/発表者名: 松田(今井)典子, 菅野真麻, 齋藤美沙, 寺島伸, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] 植物オミックスデータベースPODC(Plant Omics Data Center)を用いた環境応答遺伝子の解析事例 (2015)
  • 著者名/発表者名: 浅野さとみ, 高野知之, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田(今井)典子, 工藤徹, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 久保康隆, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] TOMATOMICS:トマトのオミックス統合データベース (2015)
  • 著者名/発表者名: 片山南美, 尾崎崇一, 寺島伸, 菅野真麻, 浅野さとみ, 斉藤美沙, 小林正明, 大柳一, 青木考, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] NGSデータを用いた野生植物種ゲノムのde novoアセンブル (2015)
  • 著者名/発表者名: 小林正明, 大柳一, 倉田のり, 藤田雅丈, 豊田敦, 藤山秋佐夫, Copetti Dario, Wing Rod, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] 高速シークエンサー・データに基づくゲノム配列解読のためのバイオインフォマティクス解析基盤整備 (2015)
  • 著者名/発表者名: 髙野知之, 山本直樹, 鈴木智大, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] Identification of Reference Genes for Quantitative Expression Analysis in Broad Experimental Conditions Using Large-scale RNA-seq Data of Arabidopsis thaliana and Model Crop Plants (2015)
  • 著者名/発表者名: Toru Kudo, Yohei Sasaki, Shin Terashima, Noriko Matsuda-Imai, Tomoyuki Takano, Misa Saito, Maasa Kanno, Soichi Ozaki, Suwabe Keita, Go Suzuki, Masao Watanabe, Matsuoka Makoto, Takayama Seiji, Kentaro Yano
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] COMET:大規模塩基配列情報に基づく高精度なシス配列予測ツール (2015)
  • 著者名/発表者名: 佐々木陽平, 寺島伸, 大柳一, 山本直樹, 小林正明, 高野知之, 大谷征史, 南原英司, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] DNAアレイによるトマト果実成熟関連遺伝子のエチレン，RIN, NOR 依存性の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 久保康隆, 閻瑞, 青木考, 矢野健太郎, 牛島幸一郎, 中野龍平
  • 学会等名: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2015-09-04
• [学会発表] 植物オミックスデータベースPODC （Plant Omics Data Center）を用いた環境応答遺伝子の解析事例 (2015)
  • 著者名/発表者名: 浅野さとみ, 高野知之, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 工藤徹, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2015-08-10
• [学会発表] 植物オミクス統合データベースPODCに搭載された遺伝子発現ネットワーク情報からのデータマイニング例 (2015)
  • 著者名/発表者名: 工藤徹, 高野知之, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 浅野さとみ, 松田典子, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 大柳一, 矢野 健太郎
  • 学会等名: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2015-08-10
• [学会発表] TOMATOMICS:トマトのオミックス統合データベース (2015)
  • 著者名/発表者名: 尾崎崇一, 寺島伸, 菅野真麻, 浅野さとみ, 齋藤美沙, 小林正明, 大柳一, 青木考, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2015-08-10
• [学会発表] Heap: 低depthの高速シーケンスデータから高感度にSNPを検出するツール (2015)
  • 著者名/発表者名: 小林正明, 大柳一, 浅野さとみ, 工藤徹, 尾崎崇一, 高梨秀樹, 鐘ヶ江弘美, 永野惇, 田井中均, 徳永毅, 佐塚隆志, 岩田洋佳, 堤伸浩, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2015-08-10
• [学会発表] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度アノテーション情報を搭載したWebデータベースPODC (2015)
  • 著者名/発表者名: 寺島伸, 高野知之, 工藤徹, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 浅野さとみ, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • 学会等名: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2015-08-10
• [学会発表] Plant Omics Data Center: An Integrated Web Repository for Interspecies Gene Expression Networks with NLP-based Curation (2015)
  • 著者名/発表者名: Hajime Ohyanagi, Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda, Toru Kudo, Satomi Asano, Yohei Sasaki, Soichi Ozaki, Masaaki Kobayashi, Koji Yokoyama, Kentaro Yano
  • 学会等名: Plant and Animal Genome ASIA 2015
  • 発表場所: SINGAPORE
  • 年月日: 2015-07-13
  • 国際学会
• [学会発表] Data Mining in Plant Omics Data Center Suggests Conserved Gene Expression Networks of Molecular Chaperone and Protein (2015)
  • 著者名/発表者名: Toru Kudo, Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Masaaki Kobayashi, Maasa Kanno, Kyoko Morimoto, Hiromi Kanegae, Soichi Ozaki, Yohei Sasaki, Misa Saito, Satomi Asano, Koji Yokoyama, Koichiro Aya, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIII
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [学会発表] Plant Omics Data Center (PODC) : The Integrated Web Repository for Intra- and Interspecies Gene Expression Networks. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Hajime Ohyanagi, Maasa Kanno, Yohei Sasaki, Koji Yokoyama, Koichiro Aya, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Kentaro Yano
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIII
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [学会発表] A Comprehensive Method and Tool for Identifying Conserved Cis-Element Motifs on the Basis of Large-Scale Gene Expression and Sequence Data. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yohei Sasaki, Kentaro Yano, Hajime Ohyanagi, Tomoyuki Takano, Masaaki Kobayashi, Shin Terashima, Naoki Yamamoto, Masato Otani, Eiji Nambara
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIII
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [学会発表] A GUI Application ”CA Plot Viewer” for Large-Scale Gene Expression Analysis with Next-Generation Sequencing Technology. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Yano, Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Yukino Nakamura
  • 学会等名: International Plant and Animal Genome XXIII
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [学会発表] システムズ・バイオロジー研究に向けた大規模オミックス情報解析とWebデータベース (2014)
  • 著者名/発表者名: 矢野 健太郎
  • 学会等名: 日本遺伝学会第86回大会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学
  • 年月日: 2014-09-17 – 2014-09-19
  • 招待講演
• [図書] Functional Genomics and Biotechnology in Solanaceae and Cucurbitaceae Crops. (2016)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano (Editors: Ezura H., Ariizumi T., Garcia-Mas J., Rose J.)
  • 総ページ数: 265
  • 出版者: Springer
• [図書] Advances in the Understanding of Biological Sciences Using Next Generation Sequencing (NGS) Approaches. (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano (Editors: Sablok, G. etal.)
  • 総ページ数: 653
  • 出版者: Springer
• [図書] Genomics, Proteomics and Metabolomics in Nutraceuticals and Functional Foods, Second Edition. (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano (Editors: Debasis Bagchi, Anand Swaroop, Manashi Bagchi.)
  • 総ページ数: 653
  • 出版者: John Wiley & Sons, Ltd.
• [図書] Omics databases and gene expression networks in plant sciences. (2014)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano
  • 総ページ数: 392
  • 出版者: CRC Press
• [図書] 遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • 総ページ数: 566
  • 出版者: 技術情報協会
• [備考] データベースPODC
  • URL: http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/podc/
• [備考] Plant Omics Data Center
  • URL: http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/podc/
• [備考] 明治大学農学部バイオインフォマティクス研究室
  • URL: http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/lab/