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イントロン構造を介した遺伝子発現特異性の制御

公募研究

研究領域ゲノムを支える非コードDNA領域の機能
研究課題/領域番号 26114720
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

谷内 一郎  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, グループディレクター (20284573)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円)
2015年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2014年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
キーワードイントロン構造 / ゲノム機能 / 遺伝子発現制御
研究実績の概要

ゲノムの中でタンパクをコードしない非コード領域が関与する遺伝子発現制御機構としてエンハンサー等の古典的なシス制御領域を介した制御機構に関しては多くの知見が蓄積されて来た。一方でトランスジェニック動物作製の際には外来性遺伝子の高発現には、古典的なシス制御領域に加えRNAスプライシングを可能とするイントロン構造の付加が必要であることが知られており、この現象は"intron-mediated enhancement"と呼ばれてきた。
胸腺内でのT細胞分化過程ではCd8遺伝子の分化段階且つ系列特異的な再活性化による動的な発現パターンが重要であるが、その制御機構の実体は良く解っていない。研究代表者はhCD2遺伝子cDNAをマウスCd8a遺伝子座にノックイン挿入することで作製した種々のCD8-hCD2レポーターアレルの発現解析より、Cd8遺伝子の再活性化にはイントロン構造が必要であること発見した。この観察結果はイントロン構造を介した制御が単なる遺伝子発現量の制御のみならず、発現特異性の制御にも関与することを示していることから、本研究課題ではその分子実体を明らかにすることを目的と研究を行った。
その結果、RNAスプライシングに必要なスプライシングドナー/アクセプター配列ヘの特異的な変異挿入ではCD8-hCD2レポーターアレルの発現は対照群に比較して顕著な影響をうけなかったことから、予想に反してRNAスプライシングそのものは必須でないこと、イントロン構造はエンハンサーを介したDNA脱メチル化に関与すること、内在性Cd8a遺伝子の発現におけるイントロン構造を介した制御機構はCD8-hCD2レポーターアレルと異なる可能性がある結果を得た。本研究間内では分子実体は完全に解明出来なかったが、今後は長鎖非コードRNAの関与に着目して研究を継続したい。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 3件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 4件、 招待講演 10件)

  • [雑誌論文] Views on helper/cytotoxic lineage choice from a bottom-up approach.2016

    • 著者名/発表者名
      Taniuchi I
    • 雑誌名

      Immunol Rev.

      巻: 271 号: 1 ページ: 98-113

    • DOI

      10.1111/imr.12401

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] ThPOK represses CXXC5, which induces methylation of histone H3 lysine 9 in Cd40lg promoter by association with SUV39H1: implications in repression of CD40L expression in CD8+ cytotoxic T cells.2016

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya Y, Naito T, Tenno M, Maruyama M, Koseki H, Taniuchi I, Naoe Y.
    • 雑誌名

      J Leukoc Biol.

      巻: 印刷中 号: 2 ページ: 327-338

    • DOI

      10.1189/jlb.1a0915-396rr

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] MAZR and Runx factors synergistically repress ThPOK during CD8+ T cell lineage development.2015

    • 著者名/発表者名
      Sakaguchi S, Hainberger D, Tizian C, Tanaka H, Okuda T, Taniuchi I, Ellmeier W
    • 雑誌名

      Journal of Immunology

      巻: 195 号: 6 ページ: 2879-2887

    • DOI

      10.4049/jimmunol.1500387

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] An anti-silencer- and SATB1-dependent chromatin hub regulates Rag1 and Rag2 gene expression during thymocyte development2015

    • 著者名/発表者名
      Bingtao Hao, Abani Kanta Naik , Akiko Watanabe , Hirokazu Tanaka , Liang Chen , Hunter W Richards, Motonari Kondo, Ichiro Taniuchi, Yoshinori Kohwi, Terumi Kohwi-Shigematsu, Michael S Krangel
    • 雑誌名

      Journal of experimental medicine

      巻: 212 号: 5 ページ: 809-824

    • DOI

      10.1084/jem.20142207

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel Cd8-cis-regulatory element preferentially directs expression in CD44hiCD62L+ CD8+ T cells and in CD8αα+ dendritic cells.2015

    • 著者名/発表者名
      Sakaguchi S, Hombauer M, Hassan H, Tanaka H, Yasmin N, Naoe Y, Bilic I, Moser MA, Hainberger D, Mayer H, Seiser C, Bergthaler A, Taniuchi I, Ellmeier W.
    • 雑誌名

      J Leukoc Biol.

      巻: 97 号: 4 ページ: 635-644

    • DOI

      10.1189/jlb.1hi1113-597rr

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Lineage-specific compaction of Tcrb requires a chromatin barrier to protect the function of a long-range tethering element.2015

    • 著者名/発表者名
      Majumder K, Koues O, Chan E, Kyle K, Horowitz J, Yang-Iott K, Bassing C, Taniuchi I, Krangel M, Oltz E
    • 雑誌名

      J.Exp.Med.

      巻: 212 号: 1 ページ: 107-20

    • DOI

      10.1084/jem.20141479

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Runx/Cbfb signaling regulates postnatal development of granular convoluted tubule in the mouse submandibular gland.2015

    • 著者名/発表者名
      Islam MN, Itoh S, Yanagita T, Sumiyoshi K, Hayano S, Kuremoto K, Kurosaka H, Honjo T, Kawanabe N, Kamioka H, Sakai T, Ishimaru N, Taniuchi I, Yamashiro T
    • 雑誌名

      Dev Dyn.

      巻: 244(3) 号: 3 ページ: 488-496

    • DOI

      10.1002/dvdy.24231

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cbfb regulates bone development by stabilizing Runx family proteins.2015

    • 著者名/発表者名
      Qin X, Jiang Q, Matsuo Y, Kawane T, Komori H, Moriishi T, Taniuchi I, Ito K, Kawai Y, Rokutanda S, Izumi S, Komori T.
    • 雑誌名

      Journal of bone and mineral research

      巻: 30 号: 4 ページ: 706-714

    • DOI

      10.1002/jbmr.2379

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Histone acetylation mediated by Brd1 is crucial for Cd8 gene activation during early thymocyte development.2014

    • 著者名/発表者名
      Mishima Y, Wang C, Miyagi S, Saraya A, Hosokawa H, Mochizuki-Kashio M, Nakajima-Takagi Y, Koide S, Negishi M, Sashida G, Naito T, Ishikura T, Onodera A, Nakayama T, Tenen DG, Yamaguchi N, Koseki H, Taniuchi I, Iwama A.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 18 号: 1 ページ: 5872-5882

    • DOI

      10.1038/ncomms6872

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cbfb deficiency results in differentiation blocks and stem/progenitor cell expansion in hematopoiesis.2014

    • 著者名/発表者名
      Wang CQ, Chin DW, Chooi JY, Wee Joo C, Taniuchi I, Tergaonkar V, Osato M.
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 29 号: 3 ページ: 753-7

    • DOI

      10.1038/leu.2014.316

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Role of BTB-Zinc Finger Transcription Factors During T Cell Development and in the Regulation of T Cell-mediated Immunity.2014

    • 著者名/発表者名
      Ellmeier W, Taniuchi I.
    • 雑誌名

      Curr Top Microbiol Immunol.

      巻: 381 ページ: 21-49

    • DOI

      10.1007/82_2014_374

    • ISBN
      9783319073941, 9783319073958
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional B-1 progenitor cells are present in the hematopoietic stem cell deficient embryo and depend on Cbfβ for their development.2014

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi M, Shelly CW, Seo W, Vemula S, Liu Y, Taniuchi I and Yoshimoto M.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 111 号: 33 ページ: 12151-6

    • DOI

      10.1073/pnas.1407370111

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Disruption of Runx1 and Runx3 leads to bone marrow failure and leukemia predisposition due to transcriptional and DNA repair defects.2014

    • 著者名/発表者名
      Wang CQ, Krishnan V, Tay LS, Chin DW, Koh CP, Chooi JY, Nah GS, Du L, Jacob B, Yamashita N, Lai SK, Tan TZ, Mori S, Taniuchi I, Tergaonkar V, Ito Y, Osato M.
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 8 ページ: 767-82

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CD4^+ T cell lineage integrity is controlled by the histone deacetylases HDAC1 and HDAC22014

    • 著者名/発表者名
      Boucheron N, Tschismarov R, Goeschl L, Moser M.A, Lagger S, Sakaguchi S, Winter M, Lenz F, Vitko D, Breitwieser FP, Muller L, Hassan H, Bennett K.L, Colinge J, Schreiner W, Egawa T, Taniuchi I, Matthias P, Seiser C Ellmeier W
    • 雑誌名

      Nat. Immunol

      巻: 15 号: 5 ページ: 439-448

    • DOI

      10.1038/ni.2864

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Repression of CCL5 by Runx/Cbfb is essential to prevent lung infiltration2015

    • 著者名/発表者名
      Taniuchi I
    • 学会等名
      Runx2015
    • 発表場所
      Rehovot, Israel
    • 年月日
      2015-10-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Linking environment cues with mechanisms that control specification of T lymphocyte lineages requires a proper positioning of regulatory regions2015

    • 著者名/発表者名
      Taniuchi I
    • 学会等名
      EMBO conference
    • 発表場所
      Paris, France
    • 年月日
      2015-10-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Roles of SATB1 during Thymocyte Development2015

    • 著者名/発表者名
      Taniuchi I
    • 学会等名
      FASEB Conference
    • 発表場所
      Montana, USA.
    • 年月日
      2015-08-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Transcriptional Regulation of T Cell Development in the Thymus2015

    • 著者名/発表者名
      Taniuchi I
    • 学会等名
      Keystone Symposium
    • 発表場所
      Snowbirds, USA
    • 年月日
      2015-04-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cell fate determination in the thymus2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      The 43rd Annual Meeting of Japanese Society of Immunology
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2014-12-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Road to become CD4 helper T cells2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      Seminar at Duke University Medical Center, Department of Immunology
    • 発表場所
      Durham, NC, USA
    • 年月日
      2014-11-13
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Road to become CD4 helper T Cells2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      Seminar at Washington University in St. Louis, School of Medicine, Department of Pathology & Immunology
    • 発表場所
      Saint Louis, MO, USA
    • 年月日
      2014-11-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Transcriptional regulation of CD4/CD8 lineage choice: roles of Bcl11b and SATB12014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      France - Japan Immunology meeting
    • 発表場所
      Cassis, France
    • 年月日
      2014-10-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Roles of Runx Transcription Factor Family During T Lymphocyte Development2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      SIgN Immunology Seminar
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2014-08-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Transcriptional Control of Helper/Cytotoxic Lineage Choice in The Thymus2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      RIKEN IMS-JSI International Symposium on Immunology 2014
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-06-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulation of CD4 helper versus Cd8 cytotoxic lineage choice by transcription factors2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      AIM Series Seminar
    • 発表場所
      Pohang, Korea
    • 年月日
      2014-05-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulation of local chromatin loop at the Thpok in the CD4/CD8 lineage decision2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      The 24th Kyoto T Cell Conference (KTCC 2014)
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2014-05-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Transcriptional conotrol of helper/cytotoxic lineage choice in the thymus2014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      AAI Immunology 2014
    • 発表場所
      Pittsburgh, Pennsylvania, USA
    • 年月日
      2014-05-05
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulation of local chromatin loop at the Thpok in the CD4/CD8 lineage decision by Bcl11b and SATB12014

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Taniuchi
    • 学会等名
      Gene Expression & Signaling in the Immune System
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, NY, USA
    • 年月日
      2014-04-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-28  

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