• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

少数性転移を起こすコア反応モチーフの解析とその探索

公募研究

研究領域少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―
研究課題/領域番号 26115704
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

斉藤 稔  東京大学, 総合文化研究科, 助教 (20726236)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード生物物理 / 細胞内化学反応 / 確率モデリング / 触媒・化学プロセス / 化学物理 / 細胞・組織 / 確率論
研究実績の概要

分子の少数性・離散性に起因する様々な現象がこれまで議論されてきたが、これらの現象を統一的に理解する枠組みが存在しなかった。また、細胞内においてこういった現象がどのような機能を果たしうるのかも不明であった。本研究では、少数性現象の基礎理論構築と、細胞内少数性現象の探索を目的として以下の二つの研究を行った。

(1)平衡状態における濃度分布に注目し、少数性効果を数理的に特徴づける手法を確立した。この手法により、過去に報告されてきた少数性現象を統一的に理解できる。また「いくつからが少数なのか」などといった問題にも答えることができるようになった。また、この手法を用いて、1,2種の化学種からなる単純な化学反応モチーフを全列挙し、どのモチーフが少数性効果を持ち得て、どのようなモチーフが持ち得ないのかのリストを作成した。このようなモチーフのリストは、実際の生体内化学反応における少数性効果を探索する際に非常に重要なヒントになりうる。また、in vitroで実際に少数性効果を持つ系を構築するといった合成生物学的アプローチを可能にすると期待される。

(2)実際の細胞内の少数性現象の例として、キネシンが分子の数に依存して進む方向を変えるという現象の数理モデルによる解析を行った。この現象は、微小管をプラス端あるいはマイナス端方向に輸送するという相反する機能が、一種類のキネシン分子に埋め込まれているという興味深い例になっている。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Theoretical analysis of discreteness-induced transition in autocatalytic reaction dynamics2015

    • 著者名/発表者名
      Nen Saito and Kunihiko Kaneko
    • 雑誌名

      PHYSICAL REVIEW E

      巻: 91 号: 2

    • DOI

      10.1103/physreve.91.022707

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 双方向性を示すキネシン多体系の数理モデル2016

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔, 金子邦彦
    • 学会等名
      日本物理学会第71回年次大会
    • 発表場所
      東北学院大学泉キャンパス (宮城県・仙台市)
    • 年月日
      2016-03-19
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 化学反応における少数性効果の解析2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔
    • 学会等名
      ランダム力学系理論とその応用 (2015)
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所 (京都府・京都市)
    • 年月日
      2015-09-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 少数性効果によるキネシンの方向性のスイッチング2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔, 金子邦彦
    • 学会等名
      日本物理学会2015年秋季大会
    • 発表場所
      関西大学千里山キャンパス (大阪府・吹田市)
    • 年月日
      2015-09-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Motif Analysis for Understanding Small-Number Effects2015

    • 著者名/発表者名
      Nen Saito
    • 学会等名
      QBiC Symposium 2015: High-Dimensional Data for the Design Principles of Life
    • 発表場所
      RIKEN Quantitative Biology Center (QBiC) (大阪府・吹田市)
    • 年月日
      2015-08-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 化学反応における少数性効果の解析2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔、杉山友規、金子邦彦
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      早稲田大学(東京)
    • 年月日
      2015-03-21 – 2015-03-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Small-Number Effects in Biochemical Reactions2015

    • 著者名/発表者名
      Nen Saito, Yuki Sughiyama, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      Winter q-bio Meeting
    • 発表場所
      Hawaii (U.S.)
    • 年月日
      2015-02-17 – 2015-02-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 化学反応における少数性効果2014

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔、杉山友規、金子邦彦
    • 学会等名
      生命ダイナミクスの数理とその応用:異分野とのさらなる融合
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス(東京)
    • 年月日
      2014-12-02 – 2014-12-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 化学反応における少数性効果の理論解析2014

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔、杉山友規、金子邦彦
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Small Number Effect in Biochemical Reactions2014

    • 著者名/発表者名
      Nen Saito
    • 学会等名
      the Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology (JSMB/SMB 2014)
    • 発表場所
      Osaka International Convention Center (Osaka)
    • 年月日
      2014-07-28 – 2014-08-01
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi