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生体高分子が化学反応ネットワークに与える微小空間効果の解明

公募研究

研究領域少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―
研究課題/領域番号 26115709
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関京都大学

研究代表者

市川 正敏  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (40403919)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
12,090千円 (直接経費: 9,300千円、間接経費: 2,790千円)
2015年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2014年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
キーワードナノバイオ / 微小空間効果 / 非線形 / 非平衡 / 細胞サイズリポソーム
研究実績の概要

本年度はX線小角散乱を用いて水和初期過程の測定を行い、微小空間にDNAが取り込まれるダイナミクスを明らかにする事を試みた。初年度において、脂質膜堆積フィルムからの再水和の際にDNAドメインを核としてリポソームの成長が起きる事を明らかにした。ここでは、高濃度高分子の知見を生かして封入効率を劇的に高める事が出来きたが、水和直後の数秒~十数秒は対象の揺動が激しく、水和の初期段階の動態を明らかにする事が出来ていなかった。これを解決する為に、X線小角散乱を用いて水和初期過程のアンサンブル測定を行った。散乱測定であるため、空間平均ではあるものの、ナノメータースケールでミリ秒というダイナミクスに迫れる十分な空間解像度と時間解像度で水和初期過程のダイナミクスを明らかにすることが出来た。以上の結果をまとめ、詳細な議論を加えた論文を準備中である。この知見を活かすことで、封入分子の種類に応じてより効率的に封入する条件の提案や設計が行えるようになると考えている。

一方で、微小空間が持つ特異性に着目し、運動タンパク質を用いて動態を解析する実験も行った。初年度の研究で、液滴の内部にアクチンとミオシンからなる運動タンパク質を液滴に封入したとき、膜界面との相互作用によって、自発的な変形運動が顕れる事を発見した。本年度は、この実験系の再現性を高めて系統的な実験結果を取得した。アクチン繊維とミオシン束が自発的に作るネットワーク構造が膜界面に力を伝達することや、液滴サイズ依存的な応答が明らかになった。これらの挙動を数理的に解析、その性質を議論して2報の論文として報告した。

以上の様に、生体高分子を細胞サイズの微小空間に閉じ込めた時に起きる特異的な動態を明らかにすることが出来た。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件、 謝辞記載あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 8件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Non-periodic oscillatory deformation of an actomyosin microdroplet encapsulated within a lipid interface2016

    • 著者名/発表者名
      Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe & Masatoshi Ichikawa
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1

    • DOI

      10.1038/srep18964

    • NAID

      120005758237

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Direct observations of transition dynamics from macro- to micro-phase separation in asymmetric lipid bilayers induced by externally added glycolipids2016

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa and Takashi Taniguchi
    • 雑誌名

      Europhysics Letters

      巻: 113 号: 5 ページ: 56005-56005

    • DOI

      10.1209/0295-5075/113/56005

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Wrinkling of a spherical lipid interface induced by actomyosin cortex2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe and Masatoshi Ichikawa
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 92 号: 6

    • DOI

      10.1103/physreve.92.062711

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Molecular behavior of DNA in a cell-sized compartment coated by lipids2015

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Hamada, Rie Fujimoto, Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Masahiro Takagi
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E

      巻: 91 号: 6 ページ: 62717-62717

    • DOI

      10.1103/physreve.91.062717

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 試験管内再構築系を用いたブレブ駆動型アメーバ運動機構の研究2015

    • 著者名/発表者名
      西上 幸範,伊藤 弘明,市川 正敏
    • 雑誌名

      植物科学最前線 6:82 (2015)

      巻: 6 ページ: 82-91

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Emergence of DNA-Encapsulating Liposomes from a DNA-Lipid Blend Film2014

    • 著者名/発表者名
      S. F. Shimobayashi and M. Ichikawa
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 118 号: 36 ページ: 10688-10694

    • DOI

      10.1021/jp506096h

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 人工細胞システムの創成と構造制御2014

    • 著者名/発表者名
      濱田勉、市川正敏
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 86 ページ: 209-213

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [学会発表] Celluar shape deformation and locomotion of free-living amoeba, Amoeba proteus2015

    • 著者名/発表者名
      Yukinori Nishigami
    • 学会等名
      第48回日本原生生物学会大会 日韓合同シンポジウム
    • 発表場所
      国立感染症研究所
    • 年月日
      2015-11-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Active shape fluctuations of an actomyosin droplet2015

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Ichikawa, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe
    • 学会等名
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • 発表場所
      Kyoto University
    • 年月日
      2015-09-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 試験管内再構築系を用いた細胞膜-アクチンコーテックス複合体変形機構の解明2015

    • 著者名/発表者名
      西上幸範、伊藤弘明、園部誠司、市川正敏
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Transformation of Vesicles at Various Speed of Osmotic Pressure Increase: from Quasi-static to Non-equilibrium2015

    • 著者名/発表者名
      Masaki Konosu, Hiroaki Ito, Miho Yanagisawa, Masatoshi Ichikawa
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Phase-Separation Transitions in Asymmetric Lipid Bilayers2015

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamic fluctuation and deformation of lipid interface induced by actomyosin contractility2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe, and Masatoshi Ichikawa
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reconstitution of contractile actomyosin cortex inside a cell-sized lipid interface2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe, and Masatoshi Ichikawa
    • 学会等名
      Engineering of Chemical Complexity 2015
    • 発表場所
      ミュンヘン、ドイツ
    • 年月日
      2015-06-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Speed of the Osmotic Pressure Increase Changes a Pathway of the Vesicle Deformation2015

    • 著者名/発表者名
      Masaki Konosu, Hiroaki Ito, Miho Yanagisawa, Masatoshi Ichikawa
    • 学会等名
      15th Conference of the International Association of Colloid and Interface Scientists
    • 発表場所
      マインツ、ドイツ
    • 年月日
      2015-05-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mimicking contractile cortex: Dynamics of actomyosin inside a cell-sized sphere2015

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Ichikawa, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe
    • 学会等名
      Hierarchical Structures and Dynamics at Soft Interfaces - from surfactants, cells to peacock's train -
    • 発表場所
      Kyoto University
    • 年月日
      2015-05-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 非平衡界面のダイナミクス:コーヒーの湯気から細胞まで2015

    • 著者名/発表者名
      市川正敏、西上幸範、伊藤弘明、園部誠司
    • 学会等名
      第14回光科学若手研究会
    • 発表場所
      京都大学吉田キャンパス
    • 年月日
      2015-04-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 再構成アメーバ液滴の自律変形と運動2015

    • 著者名/発表者名
      市川正敏、西上幸範、伊藤弘明、園部誠司
    • 学会等名
      機能物性融合科学研究会シリーズ(2)「ソフトダイナミクス」
    • 発表場所
      東京大学柏キャンパス物性研究所
    • 年月日
      2015-04-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自由生活型アメーバAmoeba proteusの運動機構2015

    • 著者名/発表者名
      西上幸範
    • 学会等名
      第84回日本寄生虫学会大会
    • 発表場所
      杏林大学三鷹キャンパス
    • 年月日
      2015-03-21 – 2015-03-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アクトミオシン液滴が示す表層コーテックス構造と動的変形2015

    • 著者名/発表者名
      西上幸範
    • 学会等名
      生体運動合同班会議2015
    • 発表場所
      学習院大学目白キャンパス
    • 年月日
      2015-01-07 – 2015-01-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Amoeba proteusの単離細胞膜が示す自発曲率と生細胞三次元曲率に関する研究2014

    • 著者名/発表者名
      西上幸範
    • 学会等名
      第47回日本原生生物学会大会
    • 発表場所
      宮城教育大学 青葉山地区
    • 年月日
      2014-10-31 – 2014-11-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 原生生物フロンティア2014

    • 著者名/発表者名
      洲崎敏伸 編 (分担執筆)
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] 論文とその概要

    • URL

      http://www.chem.scphys.kyoto-u.ac.jp/nonnonWWW/ichikawa/index.html#review

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-28  

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