公募研究
新学術領域研究(研究領域提案型)
代謝経路は、要素としての化合物情報・酵素情報とそれらを有機的に結びつける反応ペア情報により構成されており、多要素が相互作用する生体分子ネットワークの一つである。本研究では、すでに開発している化学・生物情報解析による網羅的な人工代謝経路の設計基盤をもとに化合物・酵素で構成される代謝ネットワークのスコープを多要素化の観点から有機的に拡張していくための検討を行った。具体的には、PubChemデータベースより様々な化合物群を網羅的に抽出し、各化合物に対して代謝経路を網羅的に設計していくことで、得られた代謝パスウェイ候補群を化合物データベースに関連づけた代謝設計プラットフォームを開発した。網羅的な代謝経路設計をもとに、マニュアルキュレーションを実施し、新規の酵素反応ならびにバイオ合成可能な化合物群を同定した。また、化合物種毎に体系化した独自の化合物データベースと代謝経路のユーザインターフェイスを統合した新たな人工代謝経路データベースを構築した。さらに、特定のモデル生物毎にウェブベースの代謝経路エディタを構築し、推定された人工代謝経路を既存の代謝経路に統合したデータ形式に変換することで、新たな拡張代謝パスウェイの再構築と視覚化を行うシステムを開発した。これを利用して、人工代謝経路の静的ネットワーク解析・代謝フラックス解析による評価方法を開発するとともに、得られた結果を視覚化できる基盤を開発した。
27年度が最終年度であるため、記入しない。
すべて 2016 2015 2014 その他
すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 5件) 図書 (2件) 備考 (3件)
Appl. Microbiol. Biotechnol.
巻: 99 号: 22 ページ: 9771-9778
10.1007/s00253-015-6847-z
Microbial Cell Factories
巻: 14 号: 1 ページ: 56-56
10.1186/s12934-015-0239-z
Bioinformatics
巻: 31 号: 6 ページ: 905-911
10.1093/bioinformatics/btu750
巻: 13 号: 1 ページ: 173-173
10.1186/s12934-014-0173-5
http://bp.scitec.kobe-u.ac.jp/m-path/server/
