システム癌新次元国際連携支援

2020 年度 実施状況報告書

• 研究領域: がんシステムの新次元俯瞰と攻略
• 研究課題/領域番号: 15K21741
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 宮野 悟 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 特任教授 (50128104)
• 研究期間 (年度): 2015-11-06 – 2022-03-31
• キーワード: がん / システム生物学 / ゲノム科学 / バイオインフォマティクス / 人工知能

研究実績の概要

COVID-19が想定外に収束せず、フェイス・ツー・フェイスの交流はできなかったが、小川誠司等のカロリンスカ研究所との交流は、データ解析を通じてほぼ順調に行われた。また、台湾、ドイツがん研究コンソーシアム、German Cancer Research Center、ヘルシンキ大学、米国Memorial Sloan Kettering Cancer Center等、共同研究の成果に到達できた。データ解析は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータSHIROKANEこれまでと同様に活用した。また、これまでに構築したオンライン形式でのコミュニケーション設備等は有効にはたらき、その総合的研究成果を国際会議Recomb2020 Computational Molecular Biology Conference　(2020年6月22日 – 2020年6月25日)では、基調講演として発表した（Miyano S: Cancer Big Data Challenges from Genomes to Networks）。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

2020年度に延期予定であったネットワーク構築のための国際会議等が最終的に中止にせざるを得なくなる中、これまでの活動で構築した研究者ネットワークはよりしっかりとしたものになった。特に、国際がんゲノムコンソーシアム関係者は、その研究成果の発表とともに強くつながった。

今後の研究の推進方策

これまでに構築した研究者ネットワークを若い世代へと継承していく。

次年度使用額が生じた理由

国際共同研究はデータ解析が進行中のもの、およびデータの一時解析の結果でてきた二次データの整理ができていないものがあり、それらのデータを整理・解析して保存するとともに、未解析のデータ解析を東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータSHIROKANEをう計画である。そのためにSHIROKANEの利用課金とPC関連消耗品として経費を使用する計画である。

研究成果

• [国際共同研究] カロリンスカ研究所(スウェーデン)
  • 国名: スウェーデン
  • 外国機関名: カロリンスカ研究所
• [国際共同研究] Sanger Institute(英国)
  • 国名: 英国
  • 外国機関名: Sanger Institute
• [国際共同研究] Icahn School of Medicine at Mount Sinai/Harvard Medical School(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: Icahn School of Medicine at Mount Sinai/Harvard Medical School
• [国際共同研究] フンボルト大学(ドイツ)
  • 国名: ドイツ
  • 外国機関名: フンボルト大学
• [国際共同研究] Seoul National University/National Cancer Center(韓国)
  • 国名: 韓国
  • 外国機関名: Seoul National University/National Cancer Center
• [雑誌論文] Co-mutation pattern, clonal hierarchy, and clone size concur to determine disease phenotype of SRSF2P95-mutated neoplasms (2021)
  • 著者名/発表者名: Todisco G, Creignou M, Guglielmelli P, Rumi E, Roncador M, Rizzo E, Nannya Y, Pietra D, Elena C, Bono E, Molteni E, Rosti V, Catricalá S, Sarchi M, Dimitriou M, Ungerstedt J, Vannucchi AM, Hellström-Lindberg E, Ogawa S, Cazzola M, Malcovati L
  • 雑誌名: Leukemia 巻: 35(8) ページ: 2371-2381
  • DOI: 10.1038/s41375-020-01106-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Clonal evolution and clinical implications of genetic abnormalities in blastic transformation of chronic myeloid leukaemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Ochi Y, Yoshida K, Huang YJ, Kuo MC, Nannya Y, Sasaki K, Mitani K, Hosoya N, Hiramoto N, Ishikawa T, Branford S, Shanmuganathan N, Bera R, Shiozawa Y, Zhao L, Takeda J, Watatani Y, Okuda R, Makishima H, Shiraishi Y, Sanada M, Takaori-Kondo A, Miyano S, Ogawa S, Shih LY
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 12(1) ページ: 2833
  • DOI: 10.1038/s41467-021-23097-w
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Somatic mutations in lymphocytes in patients with immune-mediated aplastic anemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Lundgren S, Kankainen M, Huuhtanen J, Walldin G, Kerr CM, Clemente M, Ebeling F, Rajala H, Brück O, Lähdesmäki H, Hannula S, Hannunen T, Ellonen P, Young NS, Ogawa S, Maciejewski JP, Hellström-Lindberg E, Mustjoki S
  • 雑誌名: Leukemia 巻: 35(5) ページ: 1365-1379
  • DOI: 10.1038/s41375-021-01231-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A genetically defined signature of responsiveness to erlotinib in early-stage pancreatic cancer patients: Results from the CONKO-005 trial (2021)
  • 著者名/発表者名: Hoyer K, Hablesreiter R, Inoue Y, Yoshida K, Briest F, Christen F, Kakiuchi N, Yoshizato T, Shiozawa Y, Shiraishi Y, Striefler JK, Bischoff S, Lohneis P, Putter H, Blau O, Keilholz U, Bullinger L, Pelzer U, Hummel M, Riess H, Ogawa S, Sinn M, Damm F
  • 雑誌名: EBioMedicine 巻: 66 ページ: 103327
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2021.103327
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Discovery of Functional Alternatively Spliced PKM Transcripts in Human Cancers (2021)
  • 著者名/発表者名: Li X, Kim W, Arif M, Gao C, Hober A, Kotol D, Strandberg L, Forsström B, Sivertsson Å, Oksvold P, Turkez H, Grøtli M, Sato Y, Kume H, Ogawa S, Boren J, Nielsen J, Uhlen M, Zhang C, Mardinoglu A
  • 雑誌名: Cancers (Basel) 巻: 13(2) ページ: 348-348
  • DOI: 10.3390/cancers13020348
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Frequent mutations in HLA and related genes in extranodal NK/T cell lymphomas. Leuk Lymphoma (2021)
  • 著者名/発表者名: Polprasert C, Takeuchi Y, Makishima H, Wudhikarn K, Kakiuchi N, Tangnuntachai N, Assanasen T, Sitthi W, Muhamad H, Lawasut P, Kongkiatkamon S, Bunworasate U, Izutsu K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Ogawa S, Yoshida K, Rojnuckarin P
  • 雑誌名: Leuk Lymphoma 巻: 62(1) ページ: 95-103
  • DOI: 10.1080/10428194.2020.1821011
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Two Aldehyde Clearance Systems Are Essential to Prevent Lethal Formaldehyde Accumulation in Mice and Humans (2020)
  • 著者名/発表者名: Dingler FA, Wang M, Mu A, Millington CL, Monks PS, Yu R, Wilson NK, Hira A, Yoshida K, Mori M, Okamoto Y, Okuno Y, Muramatsu H, Shiraishi Y, Kobayashi M, Moriguchi T, Osumi T, Kato M, Miyano S, Ito E, Kojima S, Yabe H, Yabe M, Matsuo K, Ogawa S, Hodskinson MRG, Takata M, Patel KJ
  • 雑誌名: Mol Cell 巻: 80(6) ページ: 996-1012
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2020.10.012
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Implications of TP53 allelic state for genome stability, clinical presentation and outcomes in myelodysplastic syndromes (2020)
  • 著者名/発表者名: Bernard E, Nannya Y, Hasserjian RP, Ogawa S, Papaemmanuil E
  • 雑誌名: Nat Med 巻: 26(10) ページ: 1549-1556
  • DOI: 10.1038/s41591-020-1008-z
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] AIで支援する臨床ゲノム解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 日本がん分子標的治療学会TRワークショップ
  • 招待講演
• [学会発表] がん研究・医療とAIに関わる進捗と課題 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第17回日本婦人科がん会議
  • 招待講演
• [学会発表] Digesting Cancer Big Networks by Explainable AI and Supercomputers (2021)
  • 著者名/発表者名: Satoru Miyano
  • 学会等名: The 3rd R-CCS International Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] AIでがんのゲノム医療はどこまで的確にかつ効率的になるのか (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第85回日本循環器学会_第三回医療AIコンテスト
  • 招待講演
• [学会発表] Cancer Big Data Challenges from Genomes to Networks (2020)
  • 著者名/発表者名: Satoru Miyano
  • 学会等名: The 24th International Conference on Research in Computational Molecular Biology
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] がん研究・医療のための自然言語処理と説明可能 AI (2020)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第79回日本癌学会学術集会
  • 国際学会 / 招待講演
• [備考] システム癌新次元ホームページ
  • URL: http://neosystemscancer.hgc.jp/