システム癌新次元国際連携支援

2021 年度 実績報告書

• 研究領域: がんシステムの新次元俯瞰と攻略
• 研究課題/領域番号: 15K21741
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 宮野 悟 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 特任教授 (50128104)
• 研究期間 (年度): 2015-11-06 – 2022-03-31
• キーワード: がん / システム生物学 / ゲノム科学 / バイオインフォマティクス / 人工知能

研究実績の概要

COVID-19が2021年度も治まることなく、研究者の派遣や受け入れについては極めて限定的にならざるを得なかった。しかし、ZoomやWebExなのどの活用が全世界的に普及し、コミュニケーションは加速したといってもよい。特に、スウェーデンカロリンスカ研究所の客員教授の小川誠司の連携は優れた実績を生み、拠点形成に大きく貢献したと考えている。また、スウェーデン、ドイツ、米国とも共著の研究成果を発表できている。連携のベースは、がんに関するデータの解析であり、これまでと同様、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータSHIROKANEをフルに活用する支援を実施することでCOVID-19の影響を受けることなく研究を発展させた。その成果は一連の国際共同研究論文や、国際学会でのリーダーシップ的講演（オンライン）として結実している。人的交流がほぼ不可能であったなかで、本国際共同研究支援班のこれまでの活動から、ドイツ・フンボルト大学Edda Klipp教授などが、来日し、経費はこれまでの研究で産生されたデータ及び2021年度に新たに産生されたデータを高速ディスクアレイに保管して解析することに用いることで、国際連携と拠点形成のミッションを果たすことができた。この連携活動は、班員の岡田随象、小川誠司、宮野悟等によりCOVID-19 Host Genetics Initiativeという国際連携への参加を実現した(Nature 2021)。「システム癌新次元」は、がん研究に限るという方針ではなく、新たな方法論を生命科学に導入・展開し有効性をみることも目的の一つであり、結果、大きな波及効果があった。

研究成果

• [国際共同研究] カロリンスカ研究所(スウェーデン)
  • 国名: スウェーデン
  • 外国機関名: カロリンスカ研究所
• [国際共同研究] Sanger Institute(英国)
  • 国名: 英国
  • 外国機関名: Sanger Institute
• [国際共同研究] Ichahn School of Medicine at Mount Sinai/Harvard Medical School(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: Ichahn School of Medicine at Mount Sinai/Harvard Medical School
• [国際共同研究] フンボルト大学(ドイツ)
  • 国名: ドイツ
  • 外国機関名: フンボルト大学
• [国際共同研究] Seoul National University(韓国)
  • 国名: 韓国
  • 外国機関名: Seoul National University
• [雑誌論文] The landscape of genetic aberrations in myxofibrosarcoma (2022)
  • 著者名/発表者名: Takeuchi Y, Yoshida K, Halik A, Kunitz A, Suzuki H, Kakiuchi N, Shiozawa Y, Yokoyama A, Inoue Y, Hirano T, Yoshizato T, Aoki K, Fujii Y, Nannya Y, Makishima H, Pfitzner BM, Bullinger L, Hirata M, Jinnouchi K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Okamoto T, Haga H, Ogawa S, Damm F.
  • 雑誌名: Int J Cancer 巻: - ページ: -
  • DOI: 10.1002/ijc.34051
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Prediction of drug candidates for clear cell renal cell carcinoma using a systems biology-based drug repositioning approach (2022)
  • 著者名/発表者名: Li X, Shong K, Kim W, Yuan M, Yang H, Sato Y, Kume H, Ogawa S, Turkez H, Shoaie S, Boren J, Nielsen J, Uhlen M, Zhang C, Mardinoglu A
  • 雑誌名: EBioMedicine 巻: - ページ: -
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2022.103963
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Pseudouridine-modified tRNA fragments repress aberrant protein synthesis and predict leukaemic progression in myelodysplastic syndrome (2022)
  • 著者名/発表者名: Guzzi N, Muthukumar S, Todisco G, Ngoc PCT, Madej M, Munita R, Fazio S, Ekström S, Mortera-Blanco T, Jansson M, Nannya Y, Cazzola M, Ogawa S, Malcovati L, Hellström-Lindberg E, Dimitriou M, Bellodi C
  • 雑誌名: Nat Cell Biol 巻: 24(3) ページ: 299-306
  • DOI: 10.1038/s41556-022-00852-9
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Aged healthy mice acquire clonal hematopoiesis mutations (2022)
  • 著者名/発表者名: Chin DWL, Yoshizato T, Virding Culleton S, Grasso F, Barbachowska M, Ogawa S, Jacobsen SEW, Woll PS
  • 雑誌名: Blood 巻: 139(4) ページ: 629-634
  • DOI: 10.1182/blood.2021014235
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Mapping the human genetic architecture of COVID-19 (2022)
  • 著者名/発表者名: COVID-19 Host Genetics Initiative
  • 雑誌名: Nature 巻: 600(7889) ページ: 472-477
  • DOI: 10.1038/s41586-021-03767-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Patient-specific MDS-RS iPSCs define the mis-spliced transcript repertoire and chromatin landscape of SF3B1-mutant HSPCs (2022)
  • 著者名/発表者名: Asimomitis G, Deslauriers AG, Kotini AG, Bernard E, Esposito D, Olszewska M, Spyrou N, Arango Ossa J, Mortera-Blanco T, Koche R, Nannya Y, Malcovati L, Ogawa S, Cazzola M, Aaronson SA, Hellström-Lindberg E, Papaemmanuil E, Papapetrou EP
  • 雑誌名: Blood Adv 巻: 6(10) ページ: 2992-3005
  • DOI: 10.1182/bloodadvances
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Co-mutation pattern, clonal hierarchy, and clone size concur to determine disease phenotype of SRSF2P95-mutated neoplasms (2021)
  • 著者名/発表者名: Todisco G, Creignou M, Guglielmelli P, Rumi E, Roncador M, Rizzo E, Nannya Y, Pietra D, Elena C, Bono E, Molteni E, Rosti V, Catricalá S, Sarchi M, Dimitriou M, Ungerstedt J, Vannucchi AM, Hellström-Lindberg E, Ogawa S, Cazzola M, Malcovati L
  • 雑誌名: Leukemia 巻: 35(8) ページ: 2371-2381
  • DOI: 10.1038/s41375-020-01106-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Molecular classification and diagnostics of upper urinary tract urothelial carcinoma (2021)
  • 著者名/発表者名: Fujii Y, Sato Y, Suzuki H, Kakiuchi N, Yoshizato T, Lenis AT, Maekawa S, Yokoyama A, Takeuchi Y, Inoue Y, Ochi Y, Shiozawa Y, Aoki K, Yoshida K, Kataoka K, Nakagawa MM, Nannya Y, Makishima H, Miyakawa J, Kawai T, Morikawa Miyano S, Coleman JA, Homma Y, Solit DB, Kume H, Ogawa S
  • 雑誌名: Cancer Cell 巻: 39(6) ページ: 793-809
  • DOI: 10.1016/j.ccell.2021.05.008
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Stratification of patients with clear cell renal cell carcinoma to facilitate drug repositioning (2021)
  • 著者名/発表者名: Li X, Kim W, Juszczak K, Arif M, Sato Y, Kume H, Ogawa S, Turkez H, Boren J, Nielsen J, Uhlen M, Zhang C, Mardinoglu A
  • 雑誌名: iScience 巻: 24(7) ページ: 102722
  • DOI: 10.1016/j.isci.2021.102722
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Clonal evolution and clinical implications of genetic abnormalities in blastic transformation of chronic myeloid leukaemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Ochi Y, Yoshida K, Huang YJ, Kuo MC, Nannya Y, Sasaki K, Mitani K, Hosoya N, Hiramoto N, Ishikawa T, Branford S, Shanmuganathan N, Bera R, Shiozawa Y, Zhao L, Takeda J, Watatani Y, Okuda R, Makishima H, Shiraishi Y, Sanada M, Takaori-Kondo A, Miyano S, Ogawa S, Shih LY
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 12(1) ページ: 2833
  • DOI: 10.1038/s41467-021-23097-w
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Implications of TP53 allelic state for genome stability, clinical presentation and outcomes in myelodysplastic syndromes (2021)
  • 著者名/発表者名: Bernard E, Nannya Y, Hasserjian RP, Devlin SM, Follo MY, Thol F, Pinheiro RF, Schanz J, T, Polprasert C, Bennett JM, Klimek VM, Savona MR, Belickova M, Ganster C, Palomo L, Sanz G, Ades L, Della Porta MG, Elias HK, Smith AG, Werner Y, Patel M, Viale A, Vanness K, Neuberg DS, Stevenson KE, Ogawa S, Papaemmanuil E
  • 雑誌名: Nat Med 巻: 27(5) ページ: 927
  • DOI: 10.1038/s41591-021-01367-w
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Somatic mutations in lymphocytes in patients with immune-mediated aplastic anemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Lundgren S, Kankainen M, Huuhtanen J, Walldin G, Kerr CM, Clemente M, Ebeling F, Rajala H, Brück O, Lähdesmäki H, Hannula S, Hannunen T, Ellonen P, Young NS, Ogawa S, Maciejewski JP, Hellström-Lindberg E, Mustjoki S
  • 雑誌名: Leukemia 巻: 35(5) ページ: 1365-1379
  • DOI: 10.1038/s41375-021-01231-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A genetically defined signature of responsiveness to erlotinib in early-stage pancreatic cancer patients: Results from the CONKO-005 trial (2021)
  • 著者名/発表者名: Hoyer K, Hablesreiter R, Inoue Y, Yoshida K, Briest F, Christen F, Kakiuchi N, Yoshizato T, Shiozawa Y, Shiraishi Y, Striefler JK, Bischoff S, Lohneis P, Putter H, Blau O, Keilholz U, Bullinger L, Pelzer U, Hummel M, Riess H, Ogawa S, Sinn M, Damm F
  • 雑誌名: EBioMedicine 巻: 66 ページ: 103327
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2021.103327
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Clonal expansion in non-cancer tissues (2021)
  • 著者名/発表者名: 14.Kakiuchi N, Ogawa S
  • 雑誌名: Nat Rev Cancer 巻: 21(4) ページ: 239-256
  • DOI: 10.1038/s41568-021-00335-3
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Cancer mutations in normal tissues (2021)
  • 著者名/発表者名: Seishi Ogawa
  • 学会等名: The 1st International Symposium of CCII-Bioinformatics and its application to cancer and other diseases
  • 国際学会
• [学会発表] Clonal Expansion in Apparently Normal Tissues (2021)
  • 著者名/発表者名: Seishi Ogawa
  • 学会等名: JCA-AACR Precision Cancer Medicine International Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Inflammation (2021)
  • 著者名/発表者名: Seishi Ogawa
  • 学会等名: AACR-JCA Joint Session explores tumor evolution
  • 国際学会
• [学会発表] Important Issues for Realizing AI Hospital : from cancer genomic medicine (2021)
  • 著者名/発表者名: Satoru Miyano
  • 学会等名: German Centre for Research Innovation Workshop (Online)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Network Approaches to Drug Target/Resistance with Supercomputers (2021)
  • 著者名/発表者名: Satoru Miyano
  • 学会等名: 第80回日本癌学会学術総会Symposia 20: Drug discovery and diagnosis enhanced with AI
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Challenges to Personalized Medicine by AI and Big Data - Genomes to Networks (2021)
  • 著者名/発表者名: Satoru Miyano
  • 学会等名: 第62回日本神経学会学術大会Neuroscience Frontier Symposium 02 “Frontiers of neuroscience and medicine accelerated by big data and AI”
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] がんゲノム医療と人工知能 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第59回日本癌治療学会学術集会会長企画シンポジウム「AI oncology の現状と今後の展望」
  • 招待講演
• [学会発表] 医療の未来を拓くために必要なAI技術 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第158回日本医学会シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] メディカルデータサイエンスの現状 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第110回日本病理学会総会. 特別企画
  • 招待講演
• [学会発表] 人工知能と大規模データ解析で変わるがんゲノム研究と医療 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第３９回日本脳腫瘍学会
  • 招待講演
• [学会発表] スーパーコンピュータを用いた医療とテクノロジーの統合 (2021)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟
  • 学会等名: 第6回医療と創造性及び世界平和シンポジウム
  • 招待講演
• [備考] システム癌新次元ホームページ
  • URL: http://neosystemscancer.hgc.jp/home