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2019 年度 実績報告書

染色体オーケストレーションシステム

総括班

研究領域染色体オーケストレーションシステム
研究課題/領域番号 15H05970
研究機関東京大学

研究代表者

白髭 克彦  東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (90273854)

研究期間 (年度) 2015-06-29 – 2020-03-31
キーワードゲノム構造 / 染色体機能 / 生命情報 / 数理解析 / データベース / モデル化
研究実績の概要

班全体の活動としては、国際班会議を12/9-12/11の日程でスイスバーゼルにて開催し、領域内での情報交換と研究の評価と活性化の機会とした。また、8/4-8/9まで香港にてGordon Research Conference「The Eukaryotic Genome in 4 Dimensions: Integrative Approaches to Bridging Genotype and Phenotype」を共催、9/10-13はEMBO Workshop「Organization of bacterial and eukaryotic genomes by SMC complexes」をオーガナイザーを兼ねて共催した。10/17にはサイエンスカフェ、11/30、12/5、12/26にサイエンススクールを東京と山形にて主催し、基礎研究および研究倫理等の科学を取り巻く問題の情報発信を行うと共に、遺伝子とは何か、複製とはなにか、モデル生物とは何かについて中高生、子供向けの演習と講義を行った。
領域内連携も活発であり、白髭ー今井によるウィルス感染時のゲノム高次構造変化や、平野ー岡田によるin vitroにおける染色体再構成、深川ー伊藤によるキネトコア高次構造の解析、その他、伊藤を中心として開発された染色体プラットフォームデータベースを活用したゲノム高次構造についての共同研究や数理モデル構築が進展した(今井、石井、深川、広田、新海)。西山の一分子観察系や平野の染色体再構成系を用いた多くの共同研究が現在も進行中であり、論文として発表されつつある。
領域の大きな目標であるモデル染色体の構築と染色体OS情報プラットフォームについては、前者については平野の染色体再構成系が組換型タンパクにて置き換えられ、変異蛋白の評価が可能になるなど、さらに洗練されたものになりつつあり、白髭、岡田、らとの共同研究が進められている。後者については東大・中井グループが開発したOpen Looperデータベースとの連携強化を図ってきたが、最終的に東大・医科研・中井グループに機能を集約化し、機能面を充実した上で公開する予定である。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (37件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 13件、 招待講演 14件) 学会・シンポジウム開催 (7件)

  • [国際共同研究] コペンハーゲン大学(デンマーク)

    • 国名
      デンマーク
    • 外国機関名
      コペンハーゲン大学
  • [国際共同研究] オックスフォード大学/クリック研究所/エジンバラ大学(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      オックスフォード大学/クリック研究所/エジンバラ大学
  • [国際共同研究] FMI(スイス)

    • 国名
      スイス
    • 外国機関名
      FMI
  • [国際共同研究] EMBL(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      EMBL
  • [国際共同研究] カロリンスカ研究所(スウェーデン)

    • 国名
      スウェーデン
    • 外国機関名
      カロリンスカ研究所
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      4
  • [雑誌論文] Real-time tracking reveals catalytic roles for the two DNA binding sites of Rad512020

    • 著者名/発表者名
      Ito K, Murayama Y, Kurokawa Y, Kanamaru S, Kokabu Y, Maki T, Argunhan B, Tsubouchi H, Ikeguchi M, Takahashi M, Iwasaki H*
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: - ページ: -

    • DOI

      -

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two auxiliary factors promote Dmc1-driven DNA strand exchange via stepwise mechanisms2020

    • 著者名/発表者名
      Tsubouchi Hideo、Argunhan Bilge、Ito Kentaro、Takahashi Masayuki、Iwasaki Hiroshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 115 ページ: 17419-17419

    • DOI

      10.1073/pnas.1917419117

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Combined Cohesin?RUNX1 Deficiency Synergistically Perturbs Chromatin Looping and Causes Myelodysplastic Syndromes2020

    • 著者名/発表者名
      Ochi Yotaro、Kon Ayana、.....Ogawa Seishi
    • 雑誌名

      Cancer Discovery

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1158/2159-8290.CD-19-0982

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] CDK1-mediated CENP-C phosphorylation modulates CENP-A binding and mitotic kinetochore localization2019

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Reito、Hara Masatoshi、Okumura Ei-ichi、Herve Solene、Fachinetti Daniele、Ariyoshi Mariko、Fukagawa Tatsuo
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: 218 ページ: 4042~4062

    • DOI

      10.1083/jcb.201907006

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Centromere maintenance during DNA replication2019

    • 著者名/発表者名
      Hara Masatoshi、Fukagawa Tatsuo
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology

      巻: 21 ページ: 669~671

    • DOI

      10.1038/s41556-019-0335-0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation of SNP calling methods for closely related bacterial isolates and a novel high-accuracy pipeline: BactSNP2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshimura Dai、Kajitani Rei、Gotoh Yasuhiro、Katahira Katsuyuki、Okuno Miki、Ogura Yoshitoshi、Hayashi Tetsuya、Itoh Takehiko
    • 雑誌名

      Microbial Genomics

      巻: 5 ページ: -

    • DOI

      10.1099/mgen.0.000261

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human RAD51 paralogue SWSAP1 fosters RAD51 filament by regulating the anti-recombinase FIGNL1 AAA+ ATPase2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki Kenichiro、Kondo Shizuka、Ishikawa Tatsuya、Shinohara Akira
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-019-09190-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Folding the genome into mitotic chromosomes2019

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Motoko、Hirota Toru
    • 雑誌名

      Current Opinion in Cell Biology

      巻: 60 ページ: 19~26

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2019.03.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells2019

    • 著者名/発表者名
      Nakato Ryuichiro、...Shirahige Katsuhiko
    • 雑誌名

      Epigenetics & Chromatin

      巻: 12 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s13072-019-0319-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Missense Mutations in NKAP Cause a Disorder of Transcriptional Regulation Characterized by Marfanoid Habitus and Cognitive Impairment2019

    • 著者名/発表者名
      Fiordaliso Sarah K.、.....Shirahige Katsuhiko、Izumi Kosuke
    • 雑誌名

      The American Journal of Human Genetics

      巻: 105 ページ: 987~995

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2019.09.009

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Human RAD51 paralog, SWSAP1, promotes RAD51 assembly by regulating the anti-recombinase, FIGNL1 AAA+ ATPase2019

    • 著者名/発表者名
      Akira Shinohara
    • 学会等名
      EMBO workshop on meiosis
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Human RAD51 paralog, SWSAP1, promotes RAD51 assembly by regulating the anti-recombinase, FIGNL1 AAA+ ATPase2019

    • 著者名/発表者名
      Akira Shinohara
    • 学会等名
      FASEB meeting on recombination & genome rearrangement
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The homeostatic control of chromosomes2019

    • 著者名/発表者名
      Toru Hirota
    • 学会等名
      The 71st Annual meeting of the Japan Society for Cell Biology
    • 招待講演
  • [学会発表] A robust control of mitotic transitions prevents chromosome missegregation2019

    • 著者名/発表者名
      Toru Hirota
    • 学会等名
      International Symposium Cancer Etiology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Immediate response to chromosomal aneuploidy2019

    • 著者名/発表者名
      Kojiro Ishii
    • 学会等名
      Chromosome Orchestration System
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] CDK1 Regulates CENP-A-CENP-C Interaction In Vertebrate Kinetochore2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Fukagawa
    • 学会等名
      ASCB/EMBO 2019 Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Activation of Mre11 endonuclease by Ctp1 in Schizosaccharomyces pombe2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Iwasaki
    • 学会等名
      EMBO Workshop on Fission Yeast, The 10th International Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Requirements for replication fork pausing at the barriers2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Araki
    • 学会等名
      The 2019 meeting on Eukaryotic DNA Replication and Genome Maintenance
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Formation and progression of replication forks in budding yeast; replication fork pausing at the barriers2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Araki
    • 学会等名
      The 44th FEBS Congress
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Condensin-based chromosome organization: new insights from in vitro assays2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Hirano
    • 学会等名
      ASCB | EMBO 2019 meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The two faces of condensin I2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Hirano
    • 学会等名
      EMBO Workshop on “SMC proteins”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Condensin-based chromosome organization: new insights from cell-free extracts2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Hirano
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on “Chromosome Dynamics”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Transcriptional Regulation by Cohesin and its loader2019

    • 著者名/発表者名
      Katsuhiko Shirahige
    • 学会等名
      EMBO Workshop on “SMC proteins”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Transcriptional Regulation by Cohesin and its loader2019

    • 著者名/発表者名
      KATSUHIKO SHIRAHIGE
    • 学会等名
      Chromosome dynamics 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] 第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会、神戸国際会議場2019

  • [学会・シンポジウム開催] 第25回DNA複製・組換え・修復ワークショップ2019

  • [学会・シンポジウム開催] 第13回日本エピジェネティクス研究会年会2019

  • [学会・シンポジウム開催] Gordon Research Conferences ”Genome Architecture in Cell Fate and Disease”2019

  • [学会・シンポジウム開催] EMBO Workshop on Organization of bacterial and eukaryotic genomes by SMC complexes2019

  • [学会・シンポジウム開催] Chromosome dynamics 20192019

  • [学会・シンポジウム開催] 第4回定量生命科学研究所シンポジウム2019

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公開日: 2021-01-27  

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