ＲＮＡプログラム研究の総合的推進

2012 年度 実績報告書

• 研究領域: 多様性と非対称性を獲得するＲＮＡプログラム
• 研究課題/領域番号: 20112001
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 稲田 利文 東北大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (40242812)
• 研究分担者: 井上 邦夫 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (40252415) ; 大野 睦人 京都大学, ウイルス研究所, 教授 (80201979) ; 中村 輝 独立行政法人理化学研究所, 生殖系列研究室, 特別主管研究員 (90323245)
• 研究期間 (年度): 2008-04-01 – 2013-03-31
• キーワード: RNAスプライシング / RNA局在 / 翻訳制御 / RNA輸送 / 品質管理機構 / 自然免疫 / mRNA分解 / タンパク質分解

研究実績の概要

【研究の目的】生物の持つ複雑で巧妙な形態・機能の獲得には、RNA段階での遺伝子発現制御プログラムが重要な役割を果たす。本領域では、複雑で巧妙な生命体構築の基本原理としての遺伝子産物の「非対称性」と「多様性」の獲得機構と、それを支える「品質保証」機構の理解を目的とし、その最も重要な分子基盤である『RNAプログラム』の分子機構の解明を目指した。本研究（総括班）では、各研究の進捗状況を的確に把握し、成果を評価し助言を行った。国内外の関連分野の調査および情報収集にあたり、研究者間の交流と協力を推進するために、全体班会議を主催した。またポリソーム解析（名大）や質量分析（理研CDB）などの支援班活動によって、領域全体の研究を下支えした。現在までに、多様性と非対称性の獲得機構とそれを支える品質管理機構の、３つのRNAプログラムに関する数多くの重要な成果が得られており、「RNAプログラム」の総合的理解が進んだ。若手研究者育成のために、若手研究者によるRNAフロンティアミーティングを支援した。平成２２年度と２４年度に理研CDBならびに非コードRNA領域との共催で、国際シンポジウム「RNA Science in Cell and Developmental Biology」を開催し、RNA 関連研究に関する国内外の優れた研究者が一同に会する機会となった。【研究の評価】領域全体の活動に対し、中間評価では、「個々の研究では着実に研究成果を挙げつつあり、また、研究内容・成果の積極的公表・普及についても十分に行っている」との評価（A）をいただいた。平成２４年度も順調に研究は進展しており、多数の原著論文を発表した。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Widespread inference of weighted microRNA-mediated gene regulation in cancer transcriptome analysis. (2013)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, HI.*, Mihira, H., Watabe, T., Sugimoto, K., Miyazono, K*.
  • 雑誌名: Nucleic Acid Res. 巻: 41 ページ: e62
  • DOI: 10.1093/nar/gks1439.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A cyclic form of N6-threonylcarbamoyladenosine as a widely distributed tRNA hypermodification (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyauchi, K., Kimura, S. and Suzuki, T.*
  • 雑誌名: Nature Chem Biol 巻: 9 ページ: 105-111
  • DOI: 10.1038/nchembio.1137.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Decoding system for the AUA codon by tRNAIle with the UAU anticodon in Mycoplasma mobile (2013)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi, T., Miyauchi, K., Nakane, D., Miyata, M., Muto, A., Nishimura, S. and Suzuki, T
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 41 ページ: 2621-2631
  • DOI: 10.1093/nar/gks1344.
  • 査読あり
• [雑誌論文] hDbr1 is a nucleocytoplasmic shuttling protein with a protein phosphatase-like motif essential for debranching activity (2013)
  • 著者名/発表者名: Naoyuki Kataoka*, Izumi Dobashi, Masatoshi Hagiwara and Mutsuhito Ohno
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 3:1090 ページ: 1-7
  • DOI: 10.1038/srep01090.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A specific set of EJC subunits is required for the nuclear retention of unspliced RNAs in C. elegans. (2013)
  • 著者名/発表者名: Shiimori, M., Inoue, K., Sakamoto, H.
  • 雑誌名: Mol. Cell. Biol. 巻: 33 ページ: 444-456
  • DOI: 10.1128/MCB.01298-12.
  • 査読あり
• [雑誌論文] HnRNP C tetramer measures RNA length to classify RNA polymerase II transcripts for export. (2012)
  • 著者名/発表者名: McCloskey, A., Taniguchi, I., Shinmyozu, K. and Ohno, M
  • 雑誌名: Science 巻: 335 ページ: 1643-1646
  • DOI: 10.1126/science.1218469
  • 査読あり
• [雑誌論文] 40S subunit dissociation and proteasome-dependent RNA degradation in nonfunctional 25S rRNA decay. (2012)
  • 著者名/発表者名: Fujii, K., Kitabatake, M., Sakata, T. and Ohno, M.
  • 雑誌名: EMBO J. 巻: 31 ページ: 2579-2589
  • DOI: 10.1038/emboj.2012.85.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Translational inhibition by deadenylation-independent mechanisms is central to microRNA-mediated silencing in zebrafis (2012)
  • 著者名/発表者名: Mishima, Y., Fukao, A., Kishimoto, T., Sakamoto, H., Fujiwara, T., Inoue, K.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 巻: 109 ページ: 1104-1109
  • DOI: 10.1073/pnas.1113350109.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alternative 3'-end processing of long noncoding RNA initiates construction of nuclear paraspeckles. (2012)
  • 著者名/発表者名: Naganuma T, Nakagawa S, Tanigawa A, Sasaki YF, Goshima N, Hirose T.
  • 雑誌名: EMBO J. 巻: 31 ページ: 4020-4034
  • DOI: doi: 10.1038/emboj.2012.251.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dom34:Hbs1 Plays a General Role in Quality Control Systems by Dissociation of Stalled Ribosome at 3’ End of Aberrant mRNA (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuboi T, Kuroha K, Kudo K, Makino S, Inoue E, Kashima I, Inada T.
  • 雑誌名: Mol. Cell 巻: 151 ページ: 1042-1054
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2012.03.013.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Muscle-Specific Splicing Factors ASD-2 and SUP-12 Cooperatively Switch Alternative Pre-mRNA Processing Patterns of the ADF/Cofilin Gene in Caenorhabditis elegans. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohno, G., Ono, K., Togo, M., Watanabe, Y., Ono, S., Hagiwara, M., and Kuroyanagi, H.
  • 雑誌名: PLoS Genet 巻: 8 ページ: e1002991
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002991.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Neurula rotation determines left-right asymmetry in ascidian tadpole larvae. (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishide, K., Mugitani, M., Kumano, G., and Nishida, H.
  • 雑誌名: Development 巻: 139 ページ: 1467-1475
  • DOI: 10.1242/dev.076083.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Trmt61B is a methyltransferase responsible for 1-methyladenosine at position 58 of human mitochondrial tRNAs (2012)
  • 著者名/発表者名: Chujo, T. and Suzuki, T.
  • 雑誌名: RNA 巻: 22 ページ: 2269-2276
  • DOI: 10.1261/rna.035600.112.
  • 査読あり
• [雑誌論文] LRPPRC/SLIRP suppresses PNPase-mediated mRNA decay and promotes polyadenylation in human mitochondria. (2012)
  • 著者名/発表者名: Chujo, T., Ohira, T., Sakaguchi, Y., Goshima, N., Nomura, N., Nagao, A. and Suzuki, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 40 ページ: 8033-8047
  • DOI: 10.1093/nar/gks506.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimura, S., Ikeuchi, Y., Kitahara, K., Sakaguchi, Y., Suzuki, T. and Suzuki, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 40 ページ: 4071-4085
  • DOI: 10.1093/nar/gkr1287.
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA surveillance is required for endoplasmic reticulum homeostasis. (2012)
  • 著者名/発表者名: Sakaki K, Yoshina S, Shen X, Han J, DeSantis MR, Xiong M, Mitani S, Kaufman RJ.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 109 ページ: 8079-8084
  • DOI: 10.1073/pnas.1110589109.
  • 査読あり
• [雑誌論文] TDP-43 promotes microRNA biogenesis as a component of the Drosha and Dicer complexes. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kawahara, Y., Mieda-Sato, A.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 109 ページ: 3347-3352
  • DOI: 10.1073/pnas.1112427109.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantification of adenosine-to-inosine editing of microRNAs using a conventional method. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kawahara, Y.
  • 雑誌名: Nature Protocols. 巻: 7 ページ: 1426-1437
  • DOI: 10.1038/nprot.2012.073.
  • 査読あり
• [備考] RNA制御学領域ホームページ
  • URL: http://www.org.kobe-u.ac.jp/rna/