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2013 年度 実績報告書

天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現

総括班

研究領域天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
研究課題/領域番号 21113001
研究機関横浜市立大学

研究代表者

佐藤 衛  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (60170784)

研究分担者 明石 知子  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 准教授 (10280728)
石野 良純  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (30346837)
太田 元規  名古屋大学, 情報科学研究科, 教授 (40290895)
柴田 武彦  独立行政法人理化学研究所, 遺伝制御科学特別研究ユニット, ユニットリーダー (70087550)
西村 善文  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (70107390)
肥後 順一  大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員(客員教授) (80265719)
研究期間 (年度) 2009-07-23 – 2014-03-31
キーワード天然変性タンパク質 / X線小角散乱 / 高速AFM / NMR / 核内タンパク質
研究概要

当該領域では、構造生物学、分子生物学、情報生物学の3分野の研究者が連携して、「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」について、その構造科学的・機能科学的基盤を理論的・実験的に解明することを目指している。この目的を達成するために、最終年度においても、年度当初の研究推進方針に基づいて、以下のような活動を行った。
1. 若手育成講習会(平成25年5月22-23日高エネルギー加速器研究機構)「X線溶液散乱法によるタンパク質の構造解析法の基礎的理解(講義と実習)」と題する講習会を開催した。学生および若手研究者が参加者の8割以上を占め、若手育成に相応しい講習会となった(参加者は61名)。
2. 領域全体会議(平成25年9月3-5日 ひだホテルプラザ)と平成25年度第1回総括班会議(平成25年9月4日 ひだホテルプラザ)計画班及び公募班の研究代表者・分担者が一同に集まり、これまでの研究の進捗状況を発表し、事後評価に向けた取り組みの確認および今年度の活動状況ついて議論した。また、総括班会議では、本年度の活動計画の実施状況の報告およびそれぞれの研究分担者の役割の進行状況を確認し、事後評価に向けた取り組みおよび今後の活動状況ついて議論した。
4. 第3回公開シンポジウムと(平成26年2月27-28日 九州大学医学部百年講堂)と平成23年度第2回総括班会議(平成26年2月28日 九州大学医学部百年講堂)研究代表者および本領域研究において顕著な成果を挙げている若手研究者による最新の研究成果の発表を行った。なお、参加者は100名を超え、たいへん盛況であった。また、総括班会議では本年度第1回総括班会議以後の活動計画の実施状況の報告およびそれぞれの研究分担者の役割の進行状況を確認するとともに、事後評価結果を踏まえた今後の領域運営および活動状況ついて議論した。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 3件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Functional analyses of the C terminal half of the Saccharomyces cerevisiae Rad52 protein2014

    • 著者名/発表者名
      Kagawa, W., Arai, N., Ichikawa, Y., Saito, K., Sugiyama, S., Saotome, M., Shibata, T. and Kurumizaka, H.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 42 ページ: 941-951

    • DOI

      10.1093/nar/gkt986

    • 査読あり
  • [雑誌論文] IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners2014

    • 著者名/発表者名
      Fukuchi, S., Amemiya, T., Sakamoto, S., Nobe, Y., Hosoda, K., Kado, Y., Murakami, S.D., Koike, R., Hiroaki, H., and Ota, M.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 42 ページ: D320-D325

    • DOI

      10.1093/nar/gkt1010

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hierarchical description and extensive classification of protein structural changes by Motion Tree2014

    • 著者名/発表者名
      Koike, R., Ota, M., and Kidera, A.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol

      巻: 426 ページ: 752-762

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2013.10.034

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Putative antirecombinase Srs2 DNA helicase promotes noncrossover homologous recombination avoiding loss of heterozygosity2013

    • 著者名/発表者名
      Miura, T., Shibata, T. and Kusano, K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA

      巻: 110 ページ: 16067-16072

    • DOI

      10.1073/pnas.1303111110

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accidental interaction between PDZ domains and diclofenac revealed by NMR-assisted virtual screening2013

    • 著者名/発表者名
      Tenno, T., Goda, N., Umetsu, Y., Ota, M., Kinoshita, K., and Hiroaki, H.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 18 ページ: 9567-9581

    • DOI

      10.3390/molecules18089567

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: principles and applications to free-energy landscape of protein-protein interaction with an all-atom model in explicit solvent.2013

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Koji Umezawa, Haruki Nakamura.
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 138 ページ: 184106

    • DOI

      10.1063/1.4803468.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conclusive evidence of the reconstituted hexasome proved by native mass spectrometry.2013

    • 著者名/発表者名
      Azegami, N., Saikusa K, Todokoro Y, Kurumizaka H, Nagadoi A, Nishimura Y, Akashi S
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 52 ページ: 5155-5157

    • DOI

      10.1021/bi4005655

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gas-phase structure of the histone multimers characterized by ion mobility mass spectrometry and molecular dynamics simulation.2013

    • 著者名/発表者名
      Saikusa, K., Fuchigami, S., Takahashi, K., Asano, Y., Nagadoi, A., Tachiwana, H., Kurumizaka, H., Ikeguchi, M., Nishimura, Y., Akashi, S.
    • 雑誌名

      Anal. Chem.

      巻: 85 ページ: 4165-4171

    • DOI

      10.1021/ac400395j

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of Cex1p reveals the mechanism of tRNA trafficking between nucleus and cytoplasm2013

    • 著者名/発表者名
      K. Nozawa, R. Ishitani, T. Yoshihisa, M. Sato, F. Arisaka, S. Kanamaru, N. Dohmae, D. Mangroo, B. Senger, H. D. Becker and O. Nureki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 41 ページ: 3901-3914

    • DOI

      10.1093/nar/gkt010. Epub 2013 Feb 8.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Report of the wwPDB Small-Angle Scattering Task Force: Data Requirements for Biomolecular Modeling and the PDB2013

    • 著者名/発表者名
      J. Trewhella, W. A. Hendrickson, G. J. Kleywegt, A. Sali, M. Sato, T. Schwede, D. I. Svergun, J. A. Tainer, J. Westbrook, and H. M. Berman
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 21 ページ: 875-881

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.04.020.

    • 査読あり
  • [学会発表] MS と SAXS を組み合わせたタンパク質の解析2014

    • 著者名/発表者名
      明石知子
    • 学会等名
      SPRUC拡大研究会・SPring-8利用ワークショップ
    • 発表場所
      SPring-8
    • 年月日
      20140201-20140202
    • 招待講演
  • [学会発表] RecAのL1 loop領域はDNA結合を制御する2013

    • 著者名/発表者名
      篠原 赳, 井川 粛子, 岩崎 わかな, 美川 務, 柴田 武彦
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20131205-20131205
  • [学会発表] ゲノム不安定化防止に寄与するRecA組換え酵素のDNA結合順序決定機構2013

    • 著者名/発表者名
      柴田 武彦, 篠原 赳, 岩崎 わかな, 井川 粛子, 美川 務, 新井 直人
    • 学会等名
      第31回染色体ワークショップ・第12回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      ホテルおかだ(箱根)
    • 年月日
      20131125-20131125
  • [学会発表] 組換え修復における修復DNA合成なしの第2端捕捉モデル2013

    • 著者名/発表者名
      柴田 武彦, 篠原 赳, 草野 好司
    • 学会等名
      第22回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 発表場所
      ホテルニュー水戸屋(仙台)
    • 年月日
      20131120-20131120
  • [学会発表] 天然変性タンパク質(領域)をターゲットにした創薬2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤 衛
    • 学会等名
      静岡県立大学薬学部第238回月例薬学セミナー
    • 発表場所
      静岡県立大学小講堂
    • 年月日
      20130930-20130930
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein Dynamics Investigated by SAXS and MD Simulation2013

    • 著者名/発表者名
      Mamoru Sato
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics-Structural Life Science-(ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      Keio Plaza Hotel Sapporo in Sapporo
    • 年月日
      20130729-20130801
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural study on REV7, the adaptor protein coordinating REV1 and REV3 polymerase in ttanslesion DNA synthesis2013

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Kikuchi, Kodai Hara, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics-Structural Life Science-(ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      Keio Plaza Hotel Sapporo in Sapporo
    • 年月日
      20130729-20130801
  • [学会発表] REV7-REV3複合体構造から示唆されるREV7/Mad2L2と赤痢菌タンパク質IpaBとの相互作用2013

    • 著者名/発表者名
      菊池 壮太郎、原 幸大、清水 敏之、佐藤 衛、橋本 博
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取)
    • 年月日
      20130612-20130614
  • [学会発表] 天然変性領域をターゲットにした抗体医薬の創成を目指して2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤 衛
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館
    • 年月日
      20130612-14
  • [学会発表] 神経疾患における天然変性タンパク質の認識と創薬2013

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館
    • 年月日
      20130612-14
  • [図書] “Protein Conformational Dynamics” in “Advances in Experimental Medicine and Biology” Vol. 8052014

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Koji Umezawa
    • 総ページ数
      21
    • 出版者
      Springer
  • [備考] 新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」ホームページ

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/IDP/

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公開日: 2015-05-28  

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