非コードＲＮＡ作用マシナリー

2013 年度 研究成果報告書

• 研究領域: 非コードＲＮＡ作用マシナリー
• 研究課題/領域番号: 21115001
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 泊 幸秀 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90447368)
• 研究分担者: 鈴木 健夫 東京大学, 大学院工学系研究科, 講師 (90533125) ; 程 久美子 東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50213327) ; 中澤 敬信 大阪大学, 大学院薬学研究科, 特任准教授 (00447335) ; 和田 猛 東京理科大学, 薬学部, 教授 (90240548) ; 佐渡 敬 近畿大学, 農学部, 教授 (70321601) ; 影山 裕二 神戸大学, 遺伝子実験センター, 准教授 (90335480)
• 連携研究者: 塩見 美喜子 東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (20322745) ; 宮川 さとみ 大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任講師 (90291153) ; 中川 真一 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA 生物学研究室, 准主任研究員 (50324679) ; 竹下 文隆 独立行政法人国立がんセンター, 分子細胞治療研究分野, 主任研究員 (40466199) ; 小田 健昭 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 研究員 (00608523) ; 山下 暁朗 横浜市立大学, 医学部, 講師 (20405020) ; 西村 教子 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 特任助教 (30514567)
• 研究期間 (年度): 2009-07-23 – 2014-03-31
• キーワード: 遺伝子 / 発現制御 / 核酸 / 蛋白質 / ゲノム

研究概要

「非コードRNA作用マシナリー」領域研究を効果的に展開するため、毎年領域会議を開催し、班員の研究の進捗状況についてのオープンな議論と情報交換を行い、さらにバイオインフォマティクスなどについての技術講習会も開催した。また、領域内の共同研究や連携を加速するため、共著論文の出版支援を行い、多数の優れた論文が発表された。また、非コードRNAに関する国内・国際シンポジウムを開催し、最新の知見についての情報収集と成果発表を行った。さらには、ホームページの開設やブログ、雑誌企画などを通じ、領域の研究成果を広く国内外に発信した。また、若手の勉強会や国際学会参加も積極的に支援し、次世代を担う人材の育成に努めた。

研究成果

• [雑誌論文] Elements and machinery of non-coding RNAs : toward their taxonomy (2014)
  • 著者名/発表者名: Hirose T, Mishima Y, Tomari Y.
  • 雑誌名: EMBO Rep 巻: 15(5) ページ: 489-507
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nuclear lncRNAs as epigenetic regulators-beyond skepticism (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa S, Kageyama Y.
  • 雑誌名: Biochim Biophys Acta 巻: 39(3) ページ: 215-222
  • 査読あり
• [雑誌論文] Making piRNAs in vitro (2014)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S, Katsuma S, Tomari Y.
  • 雑誌名: Methods Mol Biol 巻: 1093 ページ: 35-46
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hsp90 facilitates accurate loading of precursor piRNAs into PIWI proteins (2013)
  • 著者名/発表者名: Izumi N, Kawaoka S, Yasuhara S, Suzuki Y, Sugano S, Katsuma S, Tomari Y.
  • 雑誌名: RNA 巻: 19(7) ページ: 896-901
  • 査読あり
• [雑誌論文] The comprehensive epigenome map of piRNA clusters (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S, Hara K, Shoji K, Kobayashi M, Shimada T, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Katsuma S
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 41(3) ページ: 1581-1590
  • 査読あり
• [雑誌論文] Targeted gene silencing in mouse germ cells by insertion of a homologous DNA into a piRNA generating locus (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto Y, Watanabe T, Hoki Y, Shirane K, Li Y, Ichiiyanagi K, Kuramochi-Miyagawa S, Toyoda A, Fujiyama A, Oginuma M, Suzuki H, Sado T, Nakano T, Sasaki H
  • 雑誌名: Genome Res 巻: 23(2) ページ: 292-299
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and function of Zucchini endoribonuclease in piRNA biogenesis (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishimasu H, Ishizu H, Saito K, Fukuhara S, Kamatani MK, Bonnefond L, Matsumoto N, Nishizawa T, Nakanaga K, Aoki J, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O
  • 雑誌名: Nature 巻: 491(7423) ページ: 284-287
  • 査読あり
• [雑誌論文] A role for transcription from a piRNA cluster in de novo piRNA production (2012)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S, Mitsutake H, Kiuchi T, Kobayashi M, Yoshikawa M, Suzuki Y, Sugano S, Shimada T, Kobayashi J, Tomari Y, Katsuma S
  • 雑誌名: RNA 巻: 18(2) ページ: 265-273
  • 査読あり
• [雑誌論文] Translational inhibition by deadenylation-independent mechanisms is central to microRNA-mediated silencing in zebrafish (2012)
  • 著者名/発表者名: Mishima Y, Fukao A, Kishimoto T, Sakamoto H, Fujiwara T, Inoue K
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 109(4) ページ: 1104-1109
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA and epigenetic silencing : insight from fission yeast (2012)
  • 著者名/発表者名: Goto DB, Nakayama J.
  • 雑誌名: Dev Growth Differ 巻: 54(1) ページ: 129-141
  • 査読あり
• [雑誌論文] The silkworm W chromosome is a source of female-enriched piRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S, Kadota K, Arai Y, Suzuki Y, Fujii T, Abe H, Yasukochi Y, Mita K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S
  • 雑誌名: RNA 巻: 17(12) ページ: 2144-2151
  • 査読あり
• [雑誌論文] 3' end formation of PIWI-interacting RNAs in vitro (2011)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S, Izumi N, Katsuma S, Tomari Y
  • 雑誌名: Mol Cell 巻: 43(6) ページ: 1015-1022
  • 査読あり
• [雑誌論文] Zygotic amplification of secondary piRNAs during silkworm embryogenesis (2011)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S, Arai Y, Kadota K, Suzuki Y, Hara K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S
  • 雑誌名: RNA 巻: 17(7) ページ: 1401-1407
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role for piRNAs and noncoding RNA in de novo DNA methylation of the imprinted mouse Rasgrf1 locus (2011)
  • 著者名/発表者名: Watanabe T, Tomizawa S, Mitsuya K, Totoki Y, Yamamoto Y, Kuramochi-Miyagawa S, Iida N, Hoki Y, Murphy PJ, Toyoda A, Gotoh K, Hiura H, Arima T, Fujiyama A, Sado T, Shibata T, Nakano T, Lin H, Ichiyanagi K, Soloway PD, Sasaki H
  • 雑誌名: Science 巻: 332 ページ: 848-852
  • 査読あり
• [雑誌論文] MITOPLD is a mitochondrial protein essential for nuage nuage formation and piRNA buigenesis in the mouse germline (2011)
  • 著者名/発表者名: Watanabe T, Chuma S, Yamamoto Y, Kuramochi-Miyagawa S, Totoki Y, Toyoda A, Hoki Y, Fujiyama A, Shibata T, Sado T, Noce T, Nakano T, Nakatsuji N, Lin H, Sasaki H
  • 雑誌名: Dev Cell 巻: 23 ページ: 364-375
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hsc70/Hsp90 chaperone machinery mediates ATP-dependent RISC loading of small RNA duplexes (2010)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki S, Kobayashi M, Yoda M, Sakaguchi Y, Katsuma S, Suzuki T, Tomari Y
  • 雑誌名: Mol Cell 巻: 39(2) ページ: 292-299
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sunspot, a link between Wingless signaling and endoreplication in Drosophila (2010)
  • 著者名/発表者名: Taniue K, Nishida A, Hamada F, Sugie A, Oda T, Ui-Tei K, Tabata T, Akiyama T
  • 雑誌名: Development 巻: 137(10) ページ: 1755-1764
  • 査読あり
• [雑誌論文] Agmatine-conjugated cytidine in a tRNA anticodon is essential for AUA decoding in archaea (2010)
  • 著者名/発表者名: Ikeuchi Y, Kimura S, Numata T, Nakamura D, Yokogawa T, Ogata T, Wada T, Suzuki T, Suzuki T
  • 雑誌名: Nat Chem Biol 巻: 6(4) ページ: 277-282
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA silencing in germlines--exquisite collaboration of Argonaute proteins with small RNAs for germline survival (2009)
  • 著者名/発表者名: Siomi MC, Kuramochi-Miyagawa S
  • 雑誌名: Curr. Opin. Cell. Biol 巻: 21(3) ページ: 426-434
  • 査読あり
• [雑誌論文] Yb integrates piRNA intermediates and processing factors into perinuclear bodies to enhance piRISC assembly
  • 著者名/発表者名: Murota Y, Ishizu H, Nakagawa, S, Iwasaki YW, Shibata S, Kamatani, MK, Saito K, Okano H, Siomi H and Siomi MC
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: (in press)
  • 査読あり