「転写サイクル」領域の総括

2013 年度 実績報告書

• 研究領域: 高精細アプローチで迫る転写サイクル機構の統一的理解
• 研究課題/領域番号: 24118001
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 山口 雄輝 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50345360)
• 研究分担者: 十川 久美子 東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (20291073) ; 中村 春木 大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (80134485) ; 松本 直通 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (80325638) ; 高橋 陽介 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90183855) ; 緒方 一博 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (90260330) ; 伊藤 敬 長崎大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (90306275)
• 研究期間 (年度): 2012-06-28 – 2017-03-31
• キーワード: 遺伝子

研究概要

本領域では、先端的な解析技術の開発・導入、および、ウェットとドライ（情報科学・計算科学）の融合、という2つをドライビングフォースとして、転写制御の全体像を定量的に明らかにすることを目指している。総括班は、開発された技術を領域内外に普及させる活動や、ウェットとドライの融合を促進する場の醸成等を通じて、転写サイクル研究を推進する。今年度は以下の研究支援活動を行った。
（1）先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用。当初計画に従ってH24年度に松本、十川、緒方の各研究室に導入した次世代シーケンサー、1分子蛍光顕微鏡、構造解析用装置を用いて領域内共同利用システムの本格運用を開始した。
（2）トレーニングワークショップ（TWS）の開催。班員のニーズを踏まえつつ、5年の期間内に複数回のTWSを開催する予定である。今年度はH25年12月に1分子イメージングに関するTWSを東工大で開催した。さらに、H26年3月にChIP-seqの情報解析に関するTWSを九工大で開催した。
（3）領域内の研究交流ならびに若手支援。今年度は当初計画に従い、H25年8月に第2回班会議を箱根（神奈川県）で開催した。また、若手中心の研究発表の場として、転写研究会ならびに新学術「転写代謝」領域との共催で「冬の若手ワークショップ」をH26年1月に磯部（群馬県）で開催した。さらに、若手支援の一環として「若手海外派遣」を今年度も実施し、領域内公募を経て2名の大学院生の海外旅費と学会参加費をサポートした。
（4）広報活動。H24年度に立ち上げた領域ホームページを通じて、領域内外に情報発信した。また、H25年12月に第一回ニュースレターを発刊した。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

（1）先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用、（2）トレーニングワークショップの開催、（3）領域内の研究交流ならびに若手支援、（4）広報活動、の4点を総括班の研究支援活動として掲げている。これらを当初の計画どおりに進めることができた。現時点での課題の1つとして、共同利用システムの利用率の改善が挙げられる。また、広報活動を一層、強化する必要がある。

今後の研究の推進方策

（1）先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用。H26年度は、共同利用システムの利用率の改善を目指して、利用法の周知を図っていくとともに、トレーニングワークショップを通じて先端的技術の普及に務める。（2）トレーニングワークショップや講習会の開催。引き続き班員の要望も聞きながら、次世代シーケンシングや構造生物学等のウェット実験ならびにドライ解析に関するトレーニングワークショップを実施していく。（3）領域内の研究交流ならびに若手支援。H26年度以降は、班会議と若手主体の研究会に加え，国際シンポジウムを秋に開催する予定である。「若手海外派遣」も継続する。（4）広報活動。領域ホームページやニュースレターに掲載する情報の収集をより強化し、情報発信を強めていく。

研究成果

• [雑誌論文] Magnetically-promoted rapid immunoreactions using functionalized fluorescent magnetic beads (2014)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto, S., Omagari, K., Kita, Y., Mochizuki, Y., Naito, Y., Kawata, S., Matsuda, S., Itano, O., Jinno, H., Takeuchi, H., Yamaguchi, Y., Kitagawa, Y., and Handa, H.
  • 雑誌名: Clin. Chem. 巻: 60 ページ: 610-620
  • DOI: 10.1373/clinchem.2013.211433
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A hemizygous GYG2 mutation and Leigh syndrome: a possible link? (2014)
  • 著者名/発表者名: Imagawa E, Osaka H, Yamashita A, Shiina M, Takahashi E, Sugie H, Nakashima M, Tsurusaki Y, Saitsu H, Ogata K, Matsumoto N, Miyake N
  • 雑誌名: Hum Genet 巻: 133 ページ: 225-234
  • DOI: 10.1007/s00439-013-1372-6
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Characterization of nuclear pore complex components in fission yeast Schizosaccharomyces pombe (2014)
  • 著者名/発表者名: Asakawa H, Yang HJ, Yamamoto TG, Ohtsuki C, Chikashige Y, Sakata-Sogawa K, Tokunaga M, Iwamoto M, Hiraoka Y, Haraguchi T
  • 雑誌名: Nucleus 巻: 5 ページ: 1-14
  • DOI: 10.4161/nucl.28487
  • 査読あり
• [雑誌論文] Scaffold function of Ca2+-dependent protein kinase: NtCDPK1 transfers 14-3-3 to the substrate RSG after phosphorylation (2014)
  • 著者名/発表者名: Ito, T., Nakata, M., Fukazawa, J., Ishida, S. and Takahashi, Y.
  • 雑誌名: Plant Physiol. 巻: in press ページ: in press
  • DOI: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Vesnarinone suppresses TNFalpha mRNA expression by inhibiting valosin-containing protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Hotta, K., Nashimoto, A., Yasumura, E., Suzuki, M., Azuma, M., Iizumi, Y., Shima, D., Nabeshima, R., Hiramoto, M., Okada, A., Sakata-Sogawa, K., Tokunaga, M., Ito, T., Ando, H., Sakamoto, S., Kabe, Y., Aizawa, S., Imai, T., Yamaguchi, Y., Watanabe, H., and Handa, H.
  • 雑誌名: Mol. Pharmacol. 巻: 83 ページ: 930-938
  • DOI: 10.1124/mol.112.081935
  • 査読あり
• [雑誌論文] Viral protein-coating of magnetic nanoparticles using simian virus 40 VP1 (2013)
  • 著者名/発表者名: Enomoto, T., Kawano, M., Fukuda, M., Sawada, W., Inoue, T., Haw, K.C., Kita, Y., Sakamoto, S., Yamaguchi, Y., Imai, T., Hatakeyama, M., Saito, S., Sandhu, A., Matsui, M., Aoki, I., and Handa, H.
  • 雑誌名: J. Biotechnol. 巻: 167 ページ: 8-15
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2013.06.005
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activation-induced cytidine deaminase auto-activates and triggers aberrant gene expression (2013)
  • 著者名/発表者名: Isobe, T., Song, S.-N. J., Tiwari, P., Ito, H., Yamaguchi, Y., and Yoshizaki, K.
  • 雑誌名: FEBS Letters 巻: 587 ページ: 2487-2492
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2013.06.028
  • 査読あり
• [雑誌論文] Salicylic acid induces mitochondrial injury by inhibiting ferrochelatase heme biosynthesis activity (2013)
  • 著者名/発表者名: Gupta, V., Liu, S., Ando, H., Ishii, R., Tateno, S., Kaneko, Y., Yugami, M., Sakamoto, S., Yamaguchi, Y., Nureki, O., and Handa, H.
  • 雑誌名: Mol. Pharmacol. 巻: 84 ページ: 824-833
  • DOI: 10.1124/mol.113.087940
  • 査読あり
• [雑誌論文] KDM6A point mutations cause Kabuki syndrome (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyake N, Mizuno S, Okamoto N, Ohashi H, Shiina M, Ogata K, Tsurusaki Y, Nakashima M, Saitsu H, Niikawa N, Matsumoto N
  • 雑誌名: Hum Mutat 巻: 34 ページ: 108-110
  • DOI: 10.1002/humu.22229
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial complex III deficiency caused by a homozygous UQCRC2 mutation presenting with neonatal-onset recurrent metabolic decompensation (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyake N, Yano S, Sakai C, Hatakeyama H, Matsushima Y, Shiina M, Watanabe Y, Bartley J, Abdenur JE, Wang RY, Chang R, Tsurusaki Y, Doi H, Nakashima M, Saitsu H, Ogata K, Goto Y, Matsumoto N
  • 雑誌名: Hum Mutat 巻: 34 ページ: 446-452
  • DOI: 10.1002/humu.22257
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exome sequencing identifies a novel INPPL1 mutation in opsismodysplasia (2013)
  • 著者名/発表者名: Iida A, Okamoto N, Miyake N, Nishimura G, Minami S, Sugimoto T, Nakashima M, Tsurusaki Y, Saitsu H, Shiina M, Ogata K, Watanabe S, Ohashi H, Matsumoto N, Ikegawa S
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 58 ページ: 391-394
  • DOI: 10.1038/jhg.2013.25
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of KLHL41 mutations implicates BTB-Kelch-mediated ubiquitination as an alternate pathway to myofibrillar disruption in nemaline myopathy (2013)
  • 著者名/発表者名: Gupta V, Shiina M, Ogata K, Matsumoto N, Beggs N et al.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet 巻: 93 ページ: 1108-1117
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.10.020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutations in KLHL40 are a frequent cause of severe autosomal-recessive nemaline myopathy (2013)
  • 著者名/発表者名: Ravenscroft G, Ogata K, Shiina M, Matsumoto N, Laing NG et al.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet 巻: 93 ページ: 6-18
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.05.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] De Novo mutations in GNAO1, encoding a Gαo subunit of heterotrimeric G proteins, cause epileptic encephalopathy (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakamura K, Kodera H, Akita T, Shiina M, Kato M, Hoshino H, Terashima H, Osaka H, Nakamura S, Tohyama J, Kumada T, Furukawa T, Iwata S, Shiihara T, Kubota M, Miyatake S, Koshimizu E, Nishiyama K, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Hayasaka K, Ogata K, Fukuda A, Matsumoto N, Saitsu H
  • 雑誌名: Am J Hum Genet 巻: 93 ページ: 496-505
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.07.014
  • 査読あり
• [雑誌論文] De novo mutations in the autophagy gene WDR45 cause static encephalopathy of childhood with neurodegeneration in adulthood (2013)
  • 著者名/発表者名: Saitsu H, Nishimura T, Muramatsu K, Kodera H, Kumada S, Sugai K, Kasai-Yoshida E, Sawaura N, Nishida H, Hoshino A, Ryujin F, Yoshioka S, Nishiyama K, Kondo Y, Tsurusaki Y, Nakashima M, Miyake N, Arakawa H, Kato M, Mizushima, Matsumoto N
  • 雑誌名: Nat Genet 巻: 45 ページ: 445-449
  • DOI: 10.1038/ng.2562
  • 査読あり
• [雑誌論文] Essential role of the IRF8-KLF4 transcription factor cascade in the monocyte differentiation program (2013)
  • 著者名/発表者名: Kurotaki D, Osato N, Nishiyama A, Yamamoto M, Sato H, Nakabayashi J, Ban T, Miyake N, Matsumoto N, Nakazawa M, Ozato K, *Tamura T.
  • 雑誌名: Blood 巻: 121 ページ: 1839-1849
  • DOI: 10.1182/blood-2012-06-437863
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutations in B3GALT6, which encodes a glycosaminoglycan linker region enzyme, cause a spectrum of skeletal and connective tissue disorders (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakajima M, Mizumoto S, Miyake N, Kogawa R, Iida A, Ito H, Kitoh H, Hirayama A, Mitsubuchi H, Miyazaki O, Kosaki R, Horikawa R, Lai A, Mendoza-Londono R, Dupuis R, Chitayat D, Howard A, Ferraz-Leal G, Cavalcanti D, Tsurusaki Y, Saitsu H et al.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet 巻: 92 ページ: 927-934
  • DOI: 10.1038/ng.2562
  • 査読あり
• [雑誌論文] Whole genome sequencing in patients with retinitis pigmentosa reveals pathogenic DNA structural changes and NEK2 as a new disease gene (2013)
  • 著者名/発表者名: Nishiguchi KM, Tearle RG, Liu Y, Oh EC, Miyake N, Benaglio P, Harper S, Koskiniemi-Kuendig H, Venturini G, Sharon D, Koenekoop RK, Nakamura M, Kondo M, Ueno S, Yasuma T, Beckmann JS, Ikegawa I, Matsumoto N, Terasaki H, Berson EL, Katsanis N, Rivolta C.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 110 ページ: 16139-16144
  • DOI: 10.1073/pnas.1308243110
  • 査読あり
• [雑誌論文] MLL2 and KDM6A mutations and their clinical consequences in Kabuki syndrome (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyake N, Koshimizu E, Okamoto N, Mizuno S, Ogata T, Nagai T, Kosho T, Ohashi H, Kato M, Sasaki G, Mabe H, Watanabe Y, Yoshino M, Matsuishi T, Takanashi J, Shotelersuk V, Tekin M, Ochi N, Kubota M, Ito N, Ihara K, Hara T, Tonoki H, Ohta T, Saito K, Matsuo M, Urano M, Enokizono T, Sato A, Tanaka H, Ogawa A et al.
  • 雑誌名: Am J Med Genet Part A 巻: 161 ページ: 2234-2243
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.36072
  • 査読あり
• [雑誌論文] The USP21 short variant (USP21SV) lacking NES, located mostly in the nucleus in vivo, activates transcription by deubiquitylating ubH2A in vitro (2013)
  • 著者名/発表者名: Okuda H, Ohdan H, Nakayama M, Koseki H, Nakagawa T, Ito T.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: 1-9
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0079813
  • 査読あり
• [雑誌論文] A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: principles and applications to free-energy landscape of protein-protein interaction with an all-atom model in explicit solvent (2013)
  • 著者名/発表者名: Junichi Higo, Koji Umezawa, Haruki Nakamura
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 138 ページ: 184106
  • DOI: 10.1063/1.4803468
  • 査読あり
• [雑誌論文] LigandBox: a database for 3D structures of chemical compounds (2013)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Kawabata, Yusuke Sugihara, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura
  • 雑誌名: Biophysics 巻: 9 ページ: 113-121
  • DOI: 10.2142/biophysics.9.113
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Murakami, Kengo Kinoshita, Akira R. Kinjo, Haruki Nakamura
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 22 ページ: 1379-1391
  • DOI: 10.1002/pro.2329
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of a double-stranded DNA in an explicit solvent model with zero-dipole summation method (2013)
  • 著者名/発表者名: Takamasa Arakawa, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Ikuo Fukuda
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: e76606
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0076606
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics simulations accelerated by GPU for biological macromolecules with a non-Ewald scheme for electrostatic interactions (2013)
  • 著者名/発表者名: Tadaaki Mashimo, Yoshifumi Fukunishi, Narutoshi Kamiya, Yu Takano, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 9 ページ: 5599-5609
  • DOI: 10.1002/pro.2329
  • 査読あり
• [学会発表] Transcriptome analysis of red seabream (Pagrus major) embryos treated with 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) (2014)
  • 著者名/発表者名: M. Iida, S. Fujii, M. Uchida, H. Nakamura, Y. Kagami, S.M. Bak, E.Y. Kim, Y. Shima, H. Iwata
  • 学会等名: Society of Toxicology
  • 発表場所: Phoenix Convention Center（米国アリゾナ州）
  • 年月日: 20140323-20140327
• [学会発表] 植物の新奇転写抑制モチーフ –真核生物に保存された転写抑制機構の解析– (2014)
  • 著者名/発表者名: 伊藤岳，岡村僚太，佐久間哲史，山本卓，高橋陽介
  • 学会等名: 第55回日本植物生理学会
  • 発表場所: 富山大学（富山県）
  • 年月日: 20140319-20140319
• [学会発表] ジベレリン生合成酵素遺伝子 AtGA20ox2 のフィードバック制御機構の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 森雅彦，渡辺哲史，深沢寿太郎，伊藤岳，高橋陽介
  • 学会等名: 第55回日本植物生理学会
  • 発表場所: 富山大学（富山県）
  • 年月日: 20140318-20140318
• [学会発表] Quantitative imaging analysis of molecular dynamics of actin-related protein in the nucleus (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuma Ito, Naomichi Inaba, Masahiko Harata, Hiroshi Kimura, Makio Tokunaga, Kumiko Sakata-Sogawa
  • 学会等名: 58th Annual Meeting of Biophysical Society
  • 発表場所: Moscone Center（米国カリフォルニア州）
  • 年月日: 20140215-20140219
• [学会発表] Molecular imaging analysis of regulatory mechanism of inflammatory response (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuma Ito, Jun Takimoto, Takashi Tanaka, Tsuneyasu Kaisho, Makio Tokunaga, Kumiko Sakata-Sogawa
  • 学会等名: 58th Annual Meeting of Biophysical Society
  • 発表場所: Moscone Center（米国カリフォルニア州）
  • 年月日: 20140215-20140219
• [学会発表] ジベレリンの転写代謝システム及翻訳後修飾制御機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 深澤壽太郎，森雅彦，増谷優次，宮本知佳，高橋陽介
  • 学会等名: 冬の若手ワークショップ
  • 発表場所: 磯部ガーデン（群馬県）
  • 年月日: 20140201-20140201
• [学会発表] 複数のChIP-Seqデータの統合解析手法の検討 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤井 聡、西山 晃、田村 智彦
  • 学会等名: 冬の若手ワークショップ2014
  • 発表場所: 舌切雀のお宿 磯部ガーデン（群馬県）
  • 年月日: 20140130-20140201
• [学会発表] 転写因子Ets1のDNA結合制御に関する分子シミュレーション研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 笠原 浩太，福田 育夫，中村 春木
  • 学会等名: 冬の若手ワークショップ2014
  • 発表場所: 舌切雀のお宿 磯部ガーデン（群馬県）
  • 年月日: 20140130-20140201
• [学会発表] Cellecta社製プール型レンチウイルスshRNAライブラリーを用いたスクリーニングデータ解析法の検討 (2014)
  • 著者名/発表者名: 飯田 緑, 舘野 峻平, 山口 雄輝, 藤井 聡
  • 学会等名: 冬の若手ワークショップ2014
  • 発表場所: 舌切雀のお宿 磯部ガーデン（群馬県）
  • 年月日: 20140130-20140201
• [学会発表] Computational protein science: structural bioinformatics and molecular simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: CDAST symposium
  • 発表場所: Jember University（インドネシア・ジャワ）
  • 年月日: 20131214-20131214
  • 招待講演
• [学会発表] TCDD曝露したマダイ胚のトランスクリプトーム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 飯田 緑, 藤井 聡, 内田 雅也, 中村 浩, 鏡 良弘, Bak, Su-Min, 金 恩英, 島 康洋, 岩田久人
  • 学会等名: 日本内分泌撹乱化学物質学会
  • 発表場所: 東京大学（東京都）
  • 年月日: 20131212-20131213
• [学会発表] New approaches to dynamic properties of proteins and their applications to drug discovery of GPCR (2013)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: CADD’13
  • 発表場所: Institut Teknologi Bandung（インドネシア・バンドン）
  • 年月日: 20131212-20131212
  • 招待講演
• [学会発表] The cooperative activity of Ets1 and Runx1 on various target gene enhancers and the effect of phosphorylation of Ets1 on the cooperation (2013)
  • 著者名/発表者名: Uchiyama A
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • 年月日: 20131205-20131205
• [学会発表] PDBnet: Integration of Structural and Biochemical Information into Protein Interaction Network (2013)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Fujii, Yuji Kawakami, Satoshi komori, Akinori Sarai
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • 年月日: 20131203-20131206
• [学会発表] 植物の新奇転写抑制ドメイン –真核生物に保存された転写抑制機構の解析– (2013)
  • 著者名/発表者名: 伊藤岳, 岡村僚太, 高橋陽介
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • 年月日: 20131203-20131206
• [学会発表] Allosteric Regulation of a Multiple Transcription Factor Assembly on an Enhancer DNA (2013)
  • 著者名/発表者名: Shiina M
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • 年月日: 20131203-20131203
• [学会発表] Mechanisms of DNA recognition by the Nrf2-containing transcription factor heterodimer (2013)
  • 著者名/発表者名: Suzuki K
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • 年月日: 20131203-20131203
• [学会発表] 希少疾患・難病の全エクソーム解析-現状と課題- (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 日経バイオテク「希少疾患・難病の治療薬開発におけるゲノム活用」
  • 発表場所: 秋葉原コンベンションホ―ル（東京都）
  • 年月日: 20131203-20131203
  • 招待講演
• [学会発表] ATP-Dependent Stimulator of Nucleosomal Histone Acetylation (ASNA) plays a role in transcriptional regulation together with CBP/p300. (2013)
  • 著者名/発表者名: Takashi Ito
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • 年月日: 20131203-20131203
• [学会発表] ヒト疾患エクソーム解析の現状と課題 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 第58回日本人類遺伝学会大会
  • 発表場所: 江陽グランドホテル仙台（宮城県）
  • 年月日: 20131123-20131123
  • 招待講演
• [学会発表] Single molecule analysis of signaling membrane proteins in T cell microcluster by multicolor live cell imaging (2013)
  • 著者名/発表者名: 伊藤由馬、十川久美子、徳永万喜洋
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] FRET - based analysis of interactions between elongin B and elongin C (2013)
  • 著者名/発表者名: 大山浩史、伊藤由馬、十川久美子、徳永万喜洋
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] Quantification of calcium concentration in cells by imaging analysis using GEM-GECO. (2013)
  • 著者名/発表者名: 大木杜生、伊藤由馬、十川久美子、徳永万喜洋
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] Why do cells use signaling cascades with a variety of the number of steps? (2013)
  • 著者名/発表者名: 深川暁弘、梶田真司、十川久美子、徳永万喜洋
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] Quantitative molecular imaging analysis of molecular dynamics of Arp4β upon transcriptional activation. (2013)
  • 著者名/発表者名: 稲葉直道、伊藤由馬、原田昌彦、木村宏、徳永万喜洋、十川久美子
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] The elucidation of the mechanism of PDLIM2 localization regulation (2013)
  • 著者名/発表者名: 鳥山悟、伊藤由馬、徳永万喜洋、十川久美子
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] Zero-dipole summation method for evaluating eletrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system (2013)
  • 著者名/発表者名: Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館（京都府）
  • 年月日: 20131028-20131030
• [学会発表] The diverse pharmacological effects of thalidomide (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, Y.
  • 学会等名: BioJapan 2013 World Business Forum
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県）
  • 年月日: 20131009-20131011
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代シーケンス解析で分かってきたこと (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 第18回山形小児神経研究会
  • 発表場所: パレスグランデール（山形県）
  • 年月日: 20130927-20130927
  • 招待講演
• [学会発表] 分子動力学法を用いた転写因子アロステリック制御機構の検討 (2013)
  • 著者名/発表者名: 笠原 浩太
  • 学会等名: 計算タンパク質科学研究会
  • 発表場所: 鳴子観光ホテル（宮城県）
  • 年月日: 20130918-20130920
• [学会発表] ゲノム情報（1D）から蛋白質の動的構造情報（4D）へ (2013)
  • 著者名/発表者名: 中村 春木
  • 学会等名: 日本学術会議公開シンポジウム
  • 発表場所: 日本学術会議講堂（東京都）
  • 年月日: 20130917-20130917
  • 招待講演
• [学会発表] Structural analyses for the effects of Ets1 phosphorylation on Ets1-containing TF-DNA assemblies (2013)
  • 著者名/発表者名: Shiina M
  • 学会等名: HUPO 2013（12th Human Proteome Organization Annual World Congress）
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県）
  • 年月日: 20130916-20130916
• [学会発表] Cooperative Formation of a Multiple Transcription Factor Assembly on an Enhancer DNA and Its Regulation by Phosphorylation of a Transcription Factor via a Cell Signaling (2013)
  • 著者名/発表者名: Shiina M
  • 学会等名: HUPO 2013（12th Human Proteome Organization Annual World Congress）
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県）
  • 年月日: 20130916-20130916
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた疾患ゲノム解析：現状と限界 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 第22回発達腎研究会
  • 発表場所: 高槻市生涯学習センター（大阪府）
  • 年月日: 20130913-20130913
  • 招待講演
• [学会発表] NGSがもたらしたヒト疾患ゲノム解析のパラダイムシフト (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 現場の会第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • 年月日: 20130904-20130904
  • 招待講演
• [学会発表] DSIF and NELF interact with Integrator and participate in 3’ processing of snRNA genes: A possible mechanism controlling the fate of Pol II (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, Y., Yamamoto, J., and Handa, H.
  • 学会等名: CSHL Meeting on Mechanisms of Eukaryotic Transcription
  • 発表場所: Cold Spring Harbor Laboratory（米国ニューヨーク州）
  • 年月日: 20130827-20130831
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた疾患ゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: CiRA genomics epigenomics and bioinformatics seminar series VIII
  • 発表場所: CiRA京都大学（京都府）
  • 年月日: 20130823-20130823
  • 招待講演
• [学会発表] Gene Expression Changes Exposed to 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) in Early Developmental Stage Embryos of Red Seabream (Pagrus major) (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Iida, Y. Murakami, Y. Shima, H. Nakamura, Y. Kagami, S. Fujii, A. Srai, H. Iwata
  • 学会等名: 転写サイクル合同班会議
  • 発表場所: ホテルおかだ（神奈川県）
  • 年月日: 20130805-20130807
• [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water (2013)
  • 著者名/発表者名: Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
  • 学会等名: Protein Society the 27th Annual Symposium
  • 発表場所: Boston Marriott, Copley Place（米国マサチューセッツ州）
  • 年月日: 20130720-20130723
• [学会発表] 疾患ゲノム解析における次世代シーケンサーの有用性 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 第20回日本遺伝子診療学会大会
  • 発表場所: アクトシティ―浜松コングレスセンター（静岡県）
  • 年月日: 20130719-20130719
  • 招待講演
• [学会発表] GIANT: a web-server for analyzing protein-small ligand interactions based on statistically preferred patterns of atomic contacts (2013)
  • 著者名/発表者名: Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
  • 学会等名: ISMB/ECCB 2013
  • 発表場所: ICC Berlin（ドイツ・ベルリン）
  • 年月日: 20130718-20130725
• [学会発表] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
  • 学会等名: The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
  • 発表場所: 幕張メッセ（千葉県）
  • 年月日: 20130715-20130718
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いてわかってきたこと (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本直通
  • 学会等名: 第17回小児分子内分泌研究会
  • 発表場所: 札幌北広島クラッセホテル（北海道）
  • 年月日: 20130707-20130707
  • 招待講演
• [学会発表] Prediction of Protein-Protein Interactions: Structural Approaches (2013)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: The 2nd HD Physiology International Symposium
  • 発表場所: 丸の内MY PLAZAホール（東京都）
  • 年月日: 20130628-20130628
  • 招待講演
• [学会発表] GAF1, a DELLA interacting protein, regulates gibberellin signaling in Arabidopsis (2013)
  • 著者名/発表者名: Fukazawa J, Fujiki T, Mori M, Miyamoto C, Kamiya Y, Yamaguchi S, Takahashi Y.
  • 学会等名: 21th International Plant Growth Substances Association Conference
  • 発表場所: 中国・上海
  • 年月日: 20130621-20130621
• [学会発表] All-atomic molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water (2013)
  • 著者名/発表者名: Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館（鳥取県）
  • 年月日: 20130612-20130614
• [学会発表] GIANT: a database for pattern analysis of protein-small ligand atomic contacts (2013)
  • 著者名/発表者名: Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館（鳥取県）
  • 年月日: 20130612-20130614
• [学会発表] De novo mutations in the autophagy gene encoding WDR45 (WIPI4) cause static encephalopathy of childhood with neurodegeneration in adulthood (2013)
  • 著者名/発表者名: N. Matsumoto, T. Nishimura, K. Muramatsu, H. Kodera, S. Kumada, K. Sugai, E. Kasai-Yoshida, N. Sawaura, H. Nishida, A. Hoshino, F. Ryujin, S. Yoshioka, H. Arakawa, M. Kato, N. Mizushima, H. Saitsu
  • 学会等名: European Conference of Human Genetic 2013
  • 発表場所: Palais des Congres（フランス・パリ）
  • 年月日: 20130609-20130609
• [学会発表] Measuring similarity of binding modes between 3D structures of protein-small ligand complexes (2013)
  • 著者名/発表者名: 笠原 浩太
  • 学会等名: JCUP IV
  • 発表場所: 大手町サンスカイルーム（東京都）
  • 年月日: 20130606-20130607
• [学会発表] DNA-mediated allosteric regulation in a complex of multiple transcription factors with DNA (2013)
  • 著者名/発表者名: Shiina M
  • 学会等名: 4th International Symposium on Diffraction Structural Biology
  • 発表場所: 名古屋市中小企業振興会館（愛知県）
  • 年月日: 20130528-20130528
• [学会発表] Crystal structural analysis of drosophila nucleosome assembly protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Hamada K
  • 学会等名: 4th International Symposium on Diffraction Structural Biology
  • 発表場所: 名古屋市中小企業振興会館（愛知県）
  • 年月日: 20130528-20130528
• [学会発表] Mendelian Exome Analysis (2013)
  • 著者名/発表者名: Naomichi Matsumoto
  • 学会等名: The 10th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: National Center of Sciences（東京都）
  • 年月日: 20130521-20130521
  • 招待講演
• [学会発表] １分子研究が明かす動的でエントロピー的な分子間・分子内相互作用 (2013)
  • 著者名/発表者名: 徳永万喜洋、深川暁弘、十川久美子
  • 学会等名: 日本顕微鏡学会第69回学術講演会・シンポジウム“超解像顕微鏡技術と生物応用”
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
  • 年月日: 20130520-20130522
• [学会発表] Ca2+を介する新しいGA 信号伝達経路の探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡田佳那子, 伊藤岳, 高橋陽介
  • 学会等名: 第70回中国四国植物学会
  • 発表場所: 徳島大学（徳島県）
  • 年月日: 20130512-20130512
• [学会発表] ジベレリンによる転写制御に関与するGAF1の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 宮本知佳, 深澤壽太郎, 高橋陽介
  • 学会等名: 第70回中国四国植物学会
  • 発表場所: 徳島大学（徳島県）
  • 年月日: 20130511-20130511
• [学会発表] DELLA とSCL3 によるGA 生合成酵素遺伝子の転写制御機構の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 寺脇綾香, 伊藤岳, 高橋陽介
  • 学会等名: 第70回中国四国植物学会
  • 発表場所: 徳島大学（徳島県）
  • 年月日: 20130511-20130511
• [図書] Fundamentals of Chromatin (Chapter 8 Histone Phosphorylation and Chromatin Dynamics) (2014)
  • 著者名/発表者名: Mizusaki H, Aihara H, Ito T.
  • 総ページ数: 587 (341-354)
  • 出版者: Springer Science+Business Media New York
• [備考] 新学術領域「転写サイクル」
  • URL: http://transcriptioncycle.org
• [産業財産権] Coffin-Siris症候群の新規遺伝子診断法 (2013)
  • 発明者名: 鶴崎美徳、松本直通
  • 権利者名: 鶴崎美徳、松本直通
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 特願2013-252720
  • 出願年月日: 2013-12-06