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2019 年度 実績報告書

バイオイメージプロセッシング

計画研究

研究領域共鳴誘導で革新するバイオイメージング
研究課題/領域番号 15H05954
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

横田 秀夫  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, チームリーダー (00261206)

研究分担者 吉澤 信  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 上級研究員 (10455371)
世良 俊博  九州大学, 工学研究院, 准教授 (40373526)
森田 正彦  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 研究員 (40449038)
道川 隆士  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 上級研究員 (60435683)
研究期間 (年度) 2015-06-29 – 2020-03-31
キーワードVCAT5 / RBICP / sommelier / スケール対応画像フィルタ / CT再構築 / アップコンバージョン蛍光体 / バイオイメージング / 定量解析
研究実績の概要

新規イメージング技術から得られた画像データを統一的に管理・処理するクラウド型データベース、画像処理基盤システム、及び画像処理アルゴリズムとそのイメージング応用の研究を実施した。本年度の具体的な研究実績は、以下にまとめられる。
画像処理クラウドシステム:RBICP (Resonance Bio Image Communication Platform)を研究・開発し、領域内に公開した。Webブラウザを介して安全かつ簡便に画像の共有・処理・解析をいつでもどこでも行える。
画像処理システム:画像処理統合システムVCAT5の開発及び画像処理法の性能評価システム(Sommelier)の研究を実施した。多種多様な画像処理法の組み合わせを半自動的に生成し、正解情報に基づき、各処理法の性能を評価する。このシステムには,理論的背景の異なる画像処理法を、タスクに応じて誰でも容易に相対評価できる利点がある。
画像処理アルゴリズム:高速かつ高精度な画像フィルタ計算法の研究を実施し、顕著なエッジ・テクスチャー情報を保存しながら指定したスケールより小さい構造を除去するスケール対応フィルタへ応用した。また、外れ値に強い高精度な主成分分析計算法の研究も実施した。
イメージング応用:近赤外蛍光イメージングの3次元CTへの応用に取り組んだ。近赤外蛍光プローブをアガロースゲルに埋め込んだファントムを用いた実験では、一般的なフィルタ補正逆投影法と代数的再構成法の一つである逐次近似法による再構成を試みたが、屈折率の違いによって蛍光が散乱しノイズが大きかった。そこで、ファントムと屈折率の近い浸液内で撮影することにより散乱の影響を最小限にすることに成功し、さらに動物実験でもその有用性を確かめた。また、近赤外光による可視光発光が可能なアップコンバージョン蛍光体の生細胞イメージングへの応用研究も実施した。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

備考

本領域の期間中に開発された各班の応用ソフトウェア群のうち公開可能な物を,VCATのプラグインとして動作できるようにした.現在,10種類のプラグイン化が完了しており,随時追加予定である.

  • 研究成果

    (47件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 2件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (30件) (うち国際学会 14件、 招待講演 5件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] 中原大学(その他の国・地域(台湾))

    • 国名
      その他の国・地域
    • 外国機関名
      中原大学
  • [国際共同研究] カザン大学(ロシア連邦)

    • 国名
      ロシア連邦
    • 外国機関名
      カザン大学
  • [雑誌論文] An end-to-end CNN and LSTM network with 3D anchors for mitotic cell detection in 4D microscopic images and its parallel implementation on multiple GPUs2020

    • 著者名/発表者名
      T. Kitrungrotsakul, X.-X Han, Y. Iwamoto, S. Takemoto, H. Yokota, S. Ipponjima, T. Nemoto, X. Wei, and Y.-W. Chen,
    • 雑誌名

      Neural Computing and Applications

      巻: Vol. 32 ページ: 5669-5679

    • DOI

      10.1007/s00521-019-04374-8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Characterization of Glaucoma Patients with Low Ocular Blood Flow2020

    • 著者名/発表者名
      K. Omodaka, S. Fujioka, G. An, T. Udagawa, S. Tsuda, Y. Shiga, S. Morishita, T. Kikawa, K. Pak, M. Akiba, H. Yokota, and T. Nakazawa,
    • 雑誌名

      Current Eye Research

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1080/02713683.2020.1736306

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Imaging local brain activity of multiple freely moving mice sharing the same environment2019

    • 著者名/発表者名
      S. Inagaki, M. Agetsuma, S. Ohara, T. Iijima, H. Yokota, T. Wazawa, Y. Arai, and T. Nagai
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: Vol 9 ページ: 7460:1-9

    • DOI

      10.1038/s41598-019-43897-x

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Assessment of the deformation of the outer nuclear layer in the Epiretinal membrane using spectral-domain optical coherence tomography2019

    • 著者名/発表者名
      S. Takagi, S. Kudo, H. Yokota, M. Akiba, M. Mandai, Y. Hirami, M. Takahashi, Y. Kurimoto, and M. Ishida
    • 雑誌名

      BMC Ophthalmology

      巻: Vol. 19 ページ: 113:1-7

    • DOI

      10.1186/s12886-019-1124-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Deep Learning Classification Models Built with Two-step Transfer Learning for Age Related Macular Degeneration Diagnosis2019

    • 著者名/発表者名
      G. An, H. Yokota, N. Motozawa, S. Takagi, M. Mandai, S. Kitahata, Y. Hirami, M. Takahashi, Y. Kurimoto, and M. Akiba
    • 雑誌名

      Proceedings of International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society

      巻: - ページ: 2049-2052

    • DOI

      10.1109/EMBC.2019.8857468

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of binding characteristics between von Willebrand factor and platelet glycoprotein Ibα with various mutations by molecular dynamic simulation2019

    • 著者名/発表者名
      S. Goto, H. Oka, K. Ayabe, H. Yabushita, M. Nakayama, T. Hasebe, H. Yokota, S. Takagi, M. Sano, and A. Tomita
    • 雑誌名

      Thrombosis Research

      巻: Vol. 184 ページ: 129-135

    • DOI

      10.1016/j.thromres.2019.10.022

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human Induced Pluripotent Stem Cell Reprogramming Prediction in Microscopy Images using LSTM based RNN2019

    • 著者名/発表者名
      Y.-H. Chang, K. Abe, H. Yokota, K. Sudo, Y. Nakamura, S. Chu, C. Hsu, and M.-D. Tsai
    • 雑誌名

      Proceedings of International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society

      巻: - ページ: 2416-2419

    • DOI

      10.1109/EMBC.2019.8857568

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Optical Coherence Tomography-Based Deep-Learning Models for Classifying Normal and Age-Related Macular Degeneration and Exudative and Non-Exudative Age-Related Macular Degeneration Changes2019

    • 著者名/発表者名
      N. Motozawa, G. An, S. Takagi, S. Kitahata, M. Mandai, Y. Hirami, H. Yokota, M. Akiba, A. Tsujikawa, M. Takahashi, and Y. Kurimoto
    • 雑誌名

      Ophthalmology and Therapy

      巻: Vol. 8 ページ: 527-539

    • DOI

      10.1007/s40123-019-00207-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Cascade of 2.5D CNN and Bidirectional CLSTM Network for Mitotic Cell Detection in 4D Microscopy Image2019

    • 著者名/発表者名
      T. Kitrungrotsakul, X.-X Han, Y. Iwamoto, S. Takemoto, H. Yokota, S. Ipponjima, T. Nemoto, X. Wei, and Y.-W. Chen
    • 雑誌名

      EEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1109/TCBB.2019.2919015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Cascade of CNN and LSTM Network with 3D Anchors for Mitotic Cell Detection in 4D Microscopic Image2019

    • 著者名/発表者名
      T. Kitrungrotsakul, X.-X Han, Y. Iwamoto, S. Takemoto, H. Yokota, S. Ipponjima, T. Nemoto, X. Wei, and Y.-W. Chen
    • 雑誌名

      Proceedings of IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing

      巻: - ページ: 1239-1243

    • DOI

      10.1109/ICASSP.2019.8682326

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The effectiveness of an averaged airway model in predicting the airflow and particle transport through the airway2019

    • 著者名/発表者名
      T. Sera, H. Kuninaga, K. Fukasaku, H. Yokota, and M. Tanaka
    • 雑誌名

      Journal of Aerosol Medicine and Pulmonary Drug Delivery

      巻: Vol. 32, No. 5 ページ: 278-292

    • DOI

      10.1089/jamp.2018.1500

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Voxel-based modeling of airflow in the human nasal cavity2019

    • 著者名/発表者名
      S. Kimura, T. Sakamoto, T. Sera, H. Yokota, K. Ono, D. Doorly, R. Schroter, and G. Tanaka
    • 雑誌名

      Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering

      巻: vol. 22, No.3 ページ: 331-339

    • DOI

      10.1080/10255842.2018.1555584

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] CNNによる少数教師データからの早期胃がん領域の検出2019

    • 著者名/発表者名
      竹本 智子, 堀 圭介,坂井 良匡,西村 将臣,池松 弘朗,矢野 友規,横田 秀夫
    • 雑誌名

      精密工学会誌

      巻: Vol. 85(9) ページ: 791-764

    • DOI

      10.2493/jjspe.85.761

  • [学会発表] 定義域分割法による高速スケール対応画像フィルタ2020

    • 著者名/発表者名
      吉澤 信, 横田 秀夫
    • 学会等名
      精密工学会春季大会学術講演会
    • 国際学会
  • [学会発表] コンピュータ断層画像法(CT) による三次元OTN近赤外蛍光イメージング2020

    • 著者名/発表者名
      梅澤 雅和, 世良 俊博, 横田 秀夫, 竹松 真歩, 宮田 敬充, 大久保 喬平, 上村 真生, 曽我 公平
    • 学会等名
      バイオメディカルインターフェース・ワークショップ
  • [学会発表] 内視鏡画像における早期胃がん領域の自動認識2020

    • 著者名/発表者名
      横田 秀夫
    • 学会等名
      日本メディカルAI学会学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] Images and Shapes2019

    • 著者名/発表者名
      吉澤 信
    • 学会等名
      理化学研究所・広島大学合同公開シンポジウム「イメージングから理論」
    • 国際学会
  • [学会発表] 画像処理法の決定支援システム: Sommelier2019

    • 著者名/発表者名
      竹本智子, 横田秀夫
    • 学会等名
      理化学研究所・広島大学合同公開シンポジウム「イメージングから理論」
  • [学会発表] Image Communication Platform ~クラウド型画像処理履歴管理システム~2019

    • 著者名/発表者名
      森田 正彦
    • 学会等名
      理化学研究所・広島大学合同公開シンポジウム「イメージングから理論」
  • [学会発表] 画像解析ソフトウェア VCAT5 の開発2019

    • 著者名/発表者名
      西村 将臣
    • 学会等名
      理化学研究所・広島大学合同公開シンポジウム「イメージングから理論」
  • [学会発表] Robust Plane Fitting for Road Inspection2019

    • 著者名/発表者名
      吉澤 信, 宮川 雄, 横田 秀夫
    • 学会等名
      理研シンポジウム: 光量子工学研究
  • [学会発表] Glaucoma screening models using machine learning based on optical coherence tomography and color fundus images2019

    • 著者名/発表者名
      G. An, K. Omodaka, S. Tsuda, Y. Shiga, N. Takada, T. Kikawa, H. Takahashi, T. Nakazawa, M. Akiba, H. Yokota
    • 学会等名
      理研シンポジウム: 光量子工学研究
  • [学会発表] 共焦点3次元内部構造顕微鏡2019

    • 著者名/発表者名
      蛭川 英男, 松本 健郎, 王 軍鋒, 中村 佐紀子, 横田 秀夫
    • 学会等名
      理研シンポジウム: 光量子工学研究
  • [学会発表] Performance evaluation system for image processing methods: Sommelier2019

    • 著者名/発表者名
      S. Takemoto and H. Yokota
    • 学会等名
      理研シンポジウム: 光量子工学研究
  • [学会発表] Image and Geometry Processing2019

    • 著者名/発表者名
      吉澤 信
    • 学会等名
      理化学研究所・東北大学連携ワークショップ
  • [学会発表] 深層畳み込みニューラルネットワークと転移学習による, 胃がんの内視鏡画像自動検出モデルの構築2019

    • 著者名/発表者名
      堀 圭介, 竹本 智子, 横田 秀夫, 池松 弘朗, 矢野 友規
    • 学会等名
      日本メディカルAI学会学術集会
  • [学会発表] CNNを用いた内視鏡画像からの早期胃がん領域の検出2019

    • 著者名/発表者名
      竹本智子
    • 学会等名
      理化学研究所・東北大学連携ワークショップ
  • [学会発表] 実在物の計測と生物図鑑制作、クラウド型画像処理システムの研究・開発について2019

    • 著者名/発表者名
      森田 正彦
    • 学会等名
      VCADシステム研究会 第52回 定例研究会
  • [学会発表] クオリティデータを用いた機械学習による医療画像診断補助法の開発2019

    • 著者名/発表者名
      横田 秀夫
    • 学会等名
      電子情報通信学会 信号処理研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Bilateral Domain Image Processing2019

    • 著者名/発表者名
      S. Yoshizawa
    • 学会等名
      生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内・細胞間Ca2+伝播に関する3次元数値シミュレーション2019

    • 著者名/発表者名
      世良 俊博
    • 学会等名
      バイオレオロジー学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 3D model of intracellular Ca2+ wave and PKCαtranslocation in endothelial cell2019

    • 著者名/発表者名
      T. Sera
    • 学会等名
      International Symposium on Micro-Nano Mechatronics and Human Science
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Edge-aware Image Filters via Domain Splitting L1 Gaussian Convolutions2019

    • 著者名/発表者名
      1.S. Yoshizawa
    • 学会等名
      International Congress on Industrial and Applied Mathematics
    • 国際学会
  • [学会発表] Bioimage Processing2019

    • 著者名/発表者名
      2.H. Yokota, S. Yoshizawa, S. Takemoto, M. Morita, T. Sera, M. Nishimura, Y. Tsujimura, S. Nakamura, and T. Michikawa
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] RAome - omics of RA2019

    • 著者名/発表者名
      S. Shimozono, S. Nakamura, H. Yokota, and A. Miyawaki
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Computed Tomography for In Vivo Deep Over-Thousand-Nanometer Near-Infrared (OTN-NIR) Fluorescence Imaging2019

    • 著者名/発表者名
      M. Umezawa, T. Sera, H. Yokota, M. Kamimura, and K. Soga
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Trimmed Median PCA2019

    • 著者名/発表者名
      S. Yoshizawa, S. Miyagawa, and H. Yokota
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Cloud-based image processing system: RBICP2019

    • 著者名/発表者名
      M. Morita, M. Nishimura, S. Takemoto, Y. Tsujimura, and H. Yokota
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] An End-to-end CNN and CLSTM Network with 3D Anchors for Mitotic Cell Detection inResonance Bio International Symposium 4D Microscopic Images2019

    • 著者名/発表者名
      Y.-W. Chen, T. Kitrungrotsakul, X.-H. Han, Y. Iwamoto, J. Liu, S. Takemoto, H. Yokota, S. Ipponjima, and T. Nemoto
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Three-Dimensional Imaging of Over-1000-Nanometer (OTN) Near-Infrared Fluorescence by Sheet-Laser Excitation2019

    • 著者名/発表者名
      M. Umezawa T. Sera, H. Yokota, M. Yoshida, M. Kamimura, K. Soga
    • 学会等名
      Joint Meeting for Young Researchers on “Frontiers in Imaging Probes and Technologies”
    • 国際学会
  • [学会発表] Receptor-linked environment-sensitive probe reveals the heterogeneity of local-membrane environment surrounding the insulin receptor2019

    • 著者名/発表者名
      M. Umebayashi, S. Takemoto, L. Reymond, M. Sundukova, A. Bucci, P.A. Heppenstall, H. Yokota, K. Johnsson, H. Riezman
    • 学会等名
      International Conference on the Bioscience of Lipids
    • 国際学会
  • [学会発表] Evaluation of glaucoma diagnosis machine learning models based on color optical coherence tomography and color fundus images2019

    • 著者名/発表者名
      M. Akiba, G. An, H. Yokota, K. Omodaka, K. Hashimoto. S. Tsuda, Y. Shiga, N. Takada, T. Kikawa, and T. Nakazawa
    • 学会等名
      ARVO Annual Meeting
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of a Machine Learning Combination with Deep Learning for Diagnosing Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Interstitial Lung Disease2019

    • 著者名/発表者名
      T. Furukawa, S. Oyama, H. Yokota, Y. Kondoh, and Y. Hasegawa
    • 学会等名
      American Thoracic Society International Conference
    • 国際学会
  • [備考] WEBページ

    • URL

      www.riken.jp/brict

  • [備考] 画像処理ソフトウェアVCAT

    • URL

      https://logistics.riken.jp/vcat/vcat/ja

URL: 

公開日: 2021-01-27   更新日: 2022-08-26  

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