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2017 年度 実績報告書

試験管内人工生合成系を活用した擬天然物合成生物学

計画研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 16H06444
研究機関東京大学

研究代表者

菅 裕明  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00361668)

研究分担者 後藤 佑樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (70570604)
尾仲 宏康  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (80315829)
研究期間 (年度) 2016-06-30 – 2021-03-31
キーワード試験管内リデザイン生合成系 / 擬天然物 / 人工生合成系 / 主鎖修飾型ペプチド
研究実績の概要

本研究課題では、生体内には存在し得ない人工生合成系を試験管内で構築すること、さらにこれらを用いて任意の生物活性をもつ天然物様化合物を創製することにより、新機軸の生物活性分子開発に資する『擬天然物合成生物学』の基盤を確立する。具体的には、改変翻訳系と異種由来のペプチド修飾酵素を複数組み合わせることで、各種主鎖修飾骨格を有する擬天然物ペプチドの試験管内リデザイン生合成系の創製を行う。さらに、この系を用いて、大規模な多様性(一兆種類以上)をもつ擬天然物のランダム配列ライブラリーを構築し、当該ライブラリーから新規生物活性擬天然物の探索系を構築することで医療に資する化合物の発見も視野に入れた研究を進める。
当該年度の研究では、チオペプチドと呼ばれる高度に修飾された骨格を有する天然物ペプチドの生合成クラスターの一つを試験管内で再構成することに成功した。また、この試験管内生合成系が高い基質許容性を示すことを実証した上で、多数の人工チオペプチドアナログの生産にも成功した。さらに、高い基質許容性を示す可能性の高いトリプトファンプレニル化酵素を組みこんだ試験管内リデザイン生合成系の構築にも別途成功した。これら二種の試験管内リデザイン生合成系は当初の計画では盛り込んでいなかった成果であり、研究課題全体として、多種多様な骨格の擬天然物ペプチドを生産するための幅広い生合成ツールを用意することに成功し、今後の擬天然物ライブラリー構築及び生物活性擬天然物探索の下地が整いつつある。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していた酵素の発現精製が不調であったため、軽微な計画変更を行ったが、別の菌株由来のホモログ酵素を使用することでこの問題を解決しており、研究課題の進捗に大きな影響はない。一方、当初の計画では想定していなかった知見を基に、チオペプチド及びプレニル化トリプトファン含有ペプチドの生産を行う試験管内リデザイン生合成系の構築に成功し、全体の研究計画通りもしくはそれ以上に順調な成果を上げていると自負している。

今後の研究の推進方策

これまでの研究により構築に成功した各種試験管内リデザイン生合成系について、そのさらなる実証実験と高度化を進める。さらに、これらの生合成系を用 いて、擬天然物ペプチドのライブラリーの構築とその試験管内選択系の構築・実証も行う計画である。

  • 研究成果

    (44件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 11件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 19件、 招待講演 33件)

  • [雑誌論文] Quality control by trans-editing factor prevents global mistranslation of non-protein amino acid α-aminobutyrate.2018

    • 著者名/発表者名
      Bacusmo JM, Kuzmishin AB, Cantara WA, Goto Y, Suga H, Musier-Forsyth K.
    • 雑誌名

      RNA Biol.

      巻: 15 ページ: 576-585

    • DOI

      10.1080/15476286.2017.1353846.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Rapid Discovery of Potent and Selective Glycosidase-Inhibiting De Novo Peptides.2017

    • 著者名/発表者名
      Jongkees SAK, Caner S, Tysoe C, Brayer GD, Withers SG, Suga H.
    • 雑誌名

      Cell Chem Biol.

      巻: 16 ページ: 381-390

    • DOI

      0.1016/j.chembiol.2017.02.001

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Macrocyclic peptide inhibitors for the protein-protein interaction of Zaire Ebola virus protein 24 and karyopherin alpha 5.2017

    • 著者名/発表者名
      Song X, Lu LY, Passioura T, Suga H.
    • 雑誌名

      Org Biomol Chem.

      巻: 15 ページ: 5155-5160

    • DOI

      10.1039/c7ob00012j.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Macrocycle peptides delineate locked-open inhibition mechanism for microorganism phosphoglycerate mutases.2017

    • 著者名/発表者名
      Yu H, Dranchak P, Li Z, MacArthur R, Munson MS, Mehzabeen N, Baird NJ, Battalie KP, Ross D, Lovell S, Carlow CK, Suga H, Inglese J.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 8 ページ: 14932

    • DOI

      10.1038/ncomms14932.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Logical engineering of D-arm and T-stem of tRNA that enhances d-amino acid incorporation.2017

    • 著者名/発表者名
      Katoh T, Iwane Y, Suga H.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 45 ページ: 12601-12610

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1129.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Linker-free incorporation of carbohydrates into in vitro displayed macrocyclic peptides.2017

    • 著者名/発表者名
      Jongkees SAK, Umemoto S, Suga H
    • 雑誌名

      Chem Sci.

      巻: 8 ページ: 1474-1481

    • DOI

      10.1039/c6sc04381j.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Highly selective inhibition of histone demethylases by de novo macrocyclic peptides.2017

    • 著者名/発表者名
      Kawamura A, Mnzel M, Kojima T, Yapp C, Bhushan B, Goto Y, Tumber A, Katoh T, King ON, Passioura T, Walport LJ, Hatch SB, Madden S, Muller S, Brennan PE, Chowdhury R, Hopkinson RJ, Suga H, Schofield CJ.
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 8 ページ: 14773

    • DOI

      10.1038/ncomms14773.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Efficient siRNA Delivery by Lipid Nanoparticles Modified with a Nonstandard Macrocyclic Peptide for EpCAM-Targeting.2017

    • 著者名/発表者名
      Sakurai Y, Mizumura W, Murata M, Hada T, Yamamoto S, Ito K, Iwasaki K, Katoh T, Goto Y, Takagi A, Kohara M, Suga H, Harashima H.
    • 雑誌名

      Mol Pharm

      巻: 14 ページ: 3290-3298

    • DOI

      10.1021/acs.molpharmaceut.7b00362.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dissection of goadsporin biosynthesis by in vitro reconstitution leading to designer analogues expressed in vivo.2017

    • 著者名/発表者名
      Ozaki T, Yamashita K, Goto Y, Shimomura M, Hayashi S, Asamizu S, Sugai Y, Ikeda H, Suga H, Onaka H.
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 8 ページ: 14207

    • DOI

      10.1038/ncomms14207.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Consecutive Elongation of D-Amino Acids in Translation.2017

    • 著者名/発表者名
      Katoh T, Tajima K, Suga H.
    • 雑誌名

      Cell Chem Biol

      巻: 24 ページ: 46-54

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2016.11.012.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Conformational and chemical selection by a trans-acting editing domain.2017

    • 著者名/発表者名
      Danhart EM, Bakhtina M, Cantara WA, Kuzmishin AB, Ma X, Sanford BL, Vargas-Rodriguez O, Ko; M, Goto Y, Suga H, Nakanishi K, Micura R, Foster MP, Musier-Forsyth K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: 114 ページ: E6774-E6783

    • DOI

      10.1073/pnas.1703925114.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] A RaPID Way to Discover Bioactive Pseudo-Natural Peptides2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      Symposium and celebrations of the 25th anniversary of the Leibniz-Institut fur Molekulare Pharmakologie
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Translation-coupled in vitro reconstitution of pseudo-natural peptide biosynthesis2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      9th US-Japan Seminar on the Biosynthesis of Naural Products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A RaPID Way to Discover Pseudo-natural Peptides and Products for Therapeutic Uses2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      Dutch Peptide Symposium 2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] One-Pot Synthesis and Screening of Pseudo-Natural Peptides and Products2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      The Bioorganic Chemistry Gordon Research Conference
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID Discovery of Pseudo-Natural Peptides2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      25th American Peptide Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A RaPID way to discover pseudo-natural peptides and products2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      Benzon Symposium; New Paradigms of Protein Engineering & Applications in Modern Medicine
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A RaPID Way to Discover Pseudo-natural Peptides2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      7th Symposium on Advances in Synthetic and Medicinal Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Inorporation of nonproteinogenic amino acids into polypeptides from protein functional studies to drug discovery2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      The Ins-and-Outs of Membrane Biolog
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RaPID Way to Discover Pseudo-natural Peptides for Therapeutic Uses2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      GDCh Scientific Forum Chemistry 2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A RaPID way to discover pseudo-natural peptides and products for therapeutic uses2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      14th Horizons in Molecular Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A RaPID way to discover bioactive pseudo-natural peptides2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      26th French-Japanese Symposium on Medicinal & Fine Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A RaPID way to discover pseudo-natural peptides for therapeutic uses2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      11th International Symposium on Bioorganic Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID discovery of bioactive pseudo-natural peptides2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      Nanoscience Days 2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Genetic code reprogramming assisted by flexizymes and pseudo-natural peptide discovery2017

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      AARS2017 (2017 IUBMB Focused Meeting on Aminoacyl-tRNA Synthetases)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 複合培養、微生物コミュニケーションを利用した天然物探索法2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      日本薬学会第138年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 中分子創薬に向けたRiPPs型生合成機構による迅速多様な修飾ペプチド創製手法2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      2018年度日本農芸化学会
    • 招待講演
  • [学会発表] RiPPs biosynthesis by in vitro translation-coupled post-translational modification2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      1st China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RiPPs (ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides) biosynthesis coupled by in vitro translation and post-translation modifications2017

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      19th German-Japanese workshop on enzyme technology, Rostock
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] マイクロファクトリー:微生物によるものづくり、酒から薬まで2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      石川県立大学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 無細胞翻訳系と翻訳後修飾反応を介したRiPPs試験管内完全合成2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      石川県立大学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] マイクロファクトリー:微生物によるものづくり、酒から薬まで2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      田産研第26回バイオテクノロジー教室講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro reconstitution of RiPPs biosynthesis by translational-coupled post-translational modification2017

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      ASP meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 天然ペプチド生合成系を利用した新規ペプチド薬剤の開発2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      低・中分子創薬推進プラットフォーム特別講演
    • 招待講演
  • [学会発表] 多段階連続酵素反応によるペプチド系抗生物質の試験管内完全合成と翻訳後修飾酵素群の基質認識の解明2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      第18回酵素応用シンポジウム研究奨励賞受賞講演
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro reconstitution of RiPPs biosynthesis by translational-coupled post-translational modification2017

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      9th US-JAPAN seminar on the biosynthesis of natural products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dissection of Goadsporin Biosynthesis by in vitro Reconstitution Leading to Designer Analogs Expressed in vivo2017

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      18th International Symposium on the Biology of Actinomycetes Workshop 1-1
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 無細胞翻訳系と翻訳後修飾反応を介したRiPPs試験管内完全合成2017

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      東大薬学部特別講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] 調節可能な共有結合性阻害能を示す環状ペプチドの創製2017

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 試験管内人工生合成系で擬天然物を創る2017

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      Waters ペプチド医薬品分析セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工生合成系を活用して擬天然物を創製する2017

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      2017疾患関連分子の認識技術の革新シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 擬天然物の創製を指向した試験管内人工生合成系2017

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      北陸先端科学技術大学院大学マテリアルサイエンス系セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工生合成系を活用した擬天然物の創製戦略2017

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      環境微生物系学会合同大会2017微生物を使った「ものづくり」最前線~代謝物から酵素まで~シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 特殊ペプチドがもつ中分子創薬に向けたポテンシャル2017

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      構造活性フォーラム2017
    • 招待講演

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公開日: 2019-12-27  

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