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2018 年度 実績報告書

試験管内人工生合成系を活用した擬天然物合成生物学

計画研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 16H06444
研究機関東京大学

研究代表者

菅 裕明  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00361668)

研究分担者 後藤 佑樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (70570604)
尾仲 宏康  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (80315829)
研究期間 (年度) 2016-06-30 – 2021-03-31
キーワード試験管内リデザイン生合成系 / 擬天然物 / 人工生合成系 / 主鎖修飾型ペプチド
研究実績の概要

本研究課題では、生体内には存在し得ない人工生合成系を試験管内で構築すること、さらにこれらを用いて任意の生物活性をもつ天然物様化合物を創製することにより、新機軸の生物活性分子開発に資する『擬天然物合成生物学』の基盤を確立する。具体的には、改変翻訳系と異種由来のペプチド修飾酵素を複数組み合わせることで、各種主鎖修飾骨格を有する擬天然物ペプチドの試験管内リデザイン生合成系の創製を行う。さらに、この系を用いて、大規模な多様性(一兆種類以上)をもつ擬天然物のランダム配列ライブラリーを構築し、当該ライブラリーから新規生物活性擬天然物の探索系を構築することで医療に資する化合物の発見も視野に入れた研究を進める。昨年度の研究において、人工チオペプチド及びプレニル化トリプトファン含有人工ペプチドを生産可能な試験管内リデザイン生合成系をそれぞれ構築することに成功している。
今年度の研究では、チオペプチドの試験管内リデザイン生合成系について、非タンパク質性アミノ酸の利用が可能な我々独自の人工翻訳系を活かし、非タンパク質性アミノ酸を含む前駆体ペプチドを当該チオペプチド生合成酵素群が許容すること、またそれにより多彩な非タンパク質アミノ酸を併せ持つ人工チオペプチドを生産しうること、も実証することに成功した。さらに、通常のタンパク質性アミノ酸からなる前駆体ペプチドを用いた膨大な基質許容性調査実験も完了した。
一方、トリプトファンプレニル化酵素を組みこんだ試験管内リデザイン生合成系についても、詳細な基質許容性調査研究の結果、生産しうるプレニル化環状人工ペプチドのバリエーションを精細に同定することに成功した。以上の成果により、擬天然物ライブラリー構築及び生物活性擬天然物探索の基盤が整った。
さらに、トリプトファンプレニル化酵素のホモログタンパク質の中から、全く新奇の反応を触媒する新酵素を発見することにも成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

計画通り、これまで研究で構築した各種試験管内リデザイン生合成系の実証実験と高度化をほぼ完了した。また、これらの生合成系を用いた擬天然物ペプチドのライブラリーの構築にも着手済みである。これにより、擬天然物ライブラリー構築、ひいては最終目標である生物活性擬天然物探索に向けた研究が着実に進捗している。
さらに、当初の計画では全く想定していなかった発見として、未知反応を触媒する新酵素も発見した。これにより、当初計画以上に、多種多様な骨格の擬天然物ペプチドを生産する幅広い生合成ツールを用意できる可能性がでてきた。

今後の研究の推進方策

これまでの研究により構築に成功した各種試験管内リデザイン生合成系について得た基質許容特性に関する知見を基に、擬天然物ペプチドライブラリーの構築を行う。また、これら擬天然物ペプチドライブラリーの試験管内選択系の構築/実証も実施する。さらに、2018年度に発見した新酵素の反応生成物の詳細を解明するとともに、新規構造を有する擬天然ペプチドライブラリーの構築と探索に応用可能かどうかの実験的調査もあわせて進める計画である。

  • 研究成果

    (44件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 6件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (31件) (うち国際学会 18件、 招待講演 30件) 産業財産権 (2件)

  • [国際共同研究] Univ. of North Carolina at Chapel Hill(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Univ. of North Carolina at Chapel Hill
  • [国際共同研究] National Institutes of Health(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      National Institutes of Health
  • [雑誌論文] Identification of the common biosynthetic gene cluster for both antimicrobial streptoaminals and antifungal 5-alkyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolines2019

    • 著者名/発表者名
      Ozaki Taro、Sugiyama Ryosuke、Shimomura Morito、Nishimura Shinichi、Asamizu Shumpei、Katsuyama Yohei、Kakeya Hideaki、Onaka Hiroyasu
    • 雑誌名

      Organic & Biomolecular Chemistry

      巻: 17 ページ: 2370~2378

    • DOI

      10.1039/c8ob02846j

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ribosomal Synthesis of Backbone-Cyclic Peptides Compatible with In Vitro Display.2019

    • 著者名/発表者名
      Takatsuji R, Shinbara K, Katoh T, Goto Y, Passioura T, Yajima R, Komatsu Y, Suga H.
    • 雑誌名

      J Am Chem Soc.

      巻: 141 ページ: 2279-2287

    • DOI

      10.1021/jacs.8b05327.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Flexizyme-Enabled Benchtop Biosynthesis of Thiopeptides.2019

    • 著者名/発表者名
      Fleming SR, Bartges TE, Vinogradov AA, Kirkpatrick CL, Goto Y, Suga H, Hicks LM, Bowers AA.
    • 雑誌名

      J Am Chem Soc.

      巻: 141 ページ: 758-762

    • DOI

      10.1021/jacs.8b11521.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Artificial Division of Codon Boxes for Expansion of the Amino Acid Repertoire of Ribosomal Polypeptide Synthesis.2018

    • 著者名/発表者名
      Iwane Y, Katoh T, Goto Y, Suga H.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol.

      巻: 1728 ページ: 17-47

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7574-7_2.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure-activity studies of a macrocyclic peptide inhibitor of histone lysine demethylase 4A.2018

    • 著者名/発表者名
      Passioura T, Bhushan B, Tumber A, Kawamura A, Suga H.
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem.

      巻: 26 ページ: 1225-1231

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2018.01.013.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ribosomal synthesis and folding of peptide-helical aromatic foldamer hybrids.2018

    • 著者名/発表者名
      Rogers JM, Kwon S, Dawson SJ, Mandal PK, Suga H, Huc I.
    • 雑誌名

      Nat Chem.

      巻: 10 ページ: 405-412

    • DOI

      10.1038/s41557-018-0007-x.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Engineering of RiPP pathways for the production of artificial peptides bearing various non-proteinogenic structures2018

    • 著者名/発表者名
      Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Current Opinion in Chemical Biology

      巻: 46 ページ: 82~90

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2018.06.014

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Artificial In Vitro Biosynthesis Systems for the Development of Pseudo-Natural Products2018

    • 著者名/発表者名
      Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 91 ページ: 410~419

    • DOI

      10.1246/bcsj.20170379

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non-competitive cyclic peptides for targeting enzyme?substrate complexes2018

    • 著者名/発表者名
      McAllister T. E.、Yeh T.-L.、Abboud M. I.、Leung I. K. H.、Hookway E. S.、King O. N. F.、Bhushan B.、Williams S. T.、Hopkinson R. J.、M?nzel M.、Loik N. D.、Chowdhury R.、Oppermann U.、Claridge T. D. W.、Goto Y.、Suga H.、Schofield C. J.、Kawamura A.
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 9 ページ: 4569~4578

    • DOI

      10.1039/C8SC00286J

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 擬天然ペプチドのリボソーム型生体外発現に関する最近の研究成果2019

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      AsiaTIDES: Oligonucleotide & Peptide Therapeutics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Macrocyclic pseudo-natural peptides for anti-cancer therapies2019

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      11th AACR-JCA Joint Conference on Breakthroughs in Cancer Research: Biology to Precision Medicine
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] From constrained peptides to biologics2019

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      The Festival of Biologics San Diego
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Combined-culture: Potential secondary metabolism is promoted by co-culture with mycolic acid containing bacteria2019

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      2nd China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RiPPs型生合成リデザインによる迅速多様な中分子創薬に向けた修飾ペプチド創製手法2019

    • 著者名/発表者名
      尾仲宏康
    • 学会等名
      2019年度日本農芸化学会シンポジウム生合成マシナリからリデザインへ
    • 招待講演
  • [学会発表] 試験管内人工生合成系で擬天然物をつくる2019

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      鹿児島大学理学部先端科学講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] 中分子創薬を見据えた擬天然ペプチド開発戦略2019

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      技術情報協会セミナー「環状ペプチドの探索法と構造・配座解析」
    • 招待講演
  • [学会発表] 生合成系を改造して擬天然物を創る2019

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      東京工業大学LiHub 創薬技術革新G ワークショップ「創薬関連研究の最先端」
    • 招待講演
  • [学会発表] 翻訳反応を改造して擬天然物をつくる2019

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      新潟大学UGCE連携教育研究センター第9回シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of tunable and selective protein modifiers based on macrocyclic peptides2019

    • 著者名/発表者名
      Y Goto
    • 学会等名
      3rd ETH Zurich-UTokyo Strategic Partnership Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID discovery of bioactive pseudo-natural peptides2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      CHI's 13th Annual Drug Discovery Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID way to discover bioactive pseudo-natural peptides with macrocyclic scaffold2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      The Protein Society Annual Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID way to discover bioactive macrocyclic peptides expressed under the reprogrammed genetic code2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      2018 Genetic Code Espansion Conference
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery process of peptide drug leads2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      Nature Conference on Chemical Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID Discovery of Bioactive Pseudo-Natural Peptides2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      1st Japanese-German Symposium Biosynthesis and Function of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery process of bioactive peptides2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      Basel Life 2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID System That Has Revolutionized the Discovery Process of Peptide Therapeutics2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      ACS Publications Symposium: Innovation at the Frontier of Chemistry and Life Science
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID way to discover bioactive pseudo-natural macrocycles2018

    • 著者名/発表者名
      H Suga
    • 学会等名
      10th International Peptide Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 微生物による「ものづくり」のイノベーション:微生物の潜在能力発掘・応用のための新手法の開発と実践2018

    • 著者名/発表者名
      尾仲宏康
    • 学会等名
      (公財)発酵研究所第12回助成研究報告会
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物を用いたものづくり ~抗生物質をワンポット試験管内反応でつくる~2018

    • 著者名/発表者名
      尾仲宏康
    • 学会等名
      東京大学大学院農学生命科学研究科微生物潜在機能探索寄付講座最終報告会および記念講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] RiPPs biosynthesis by in vitro reconstitution system2018

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 微生物を用いたものづくり ~抗生物質をワンポット試験管内反応でつくる~2018

    • 著者名/発表者名
      尾仲宏康
    • 学会等名
      ライフサイエンス技術部会反応分科会講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro reconstitution of RiPPs biosynthesis coupled by in vitrotranslation and post-translation modifications2018

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      3rd Europian Conference on Natural Products, DECHEMA
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Combined-culture: potential secondary metabolism is promoted by co-culture with mycolic acid containing bacteria2018

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      The Japanese-German Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Combined-culture: Physical contact with mycolic acid containing bacteria promotes potential secondary metabolism of actinomycetes2018

    • 著者名/発表者名
      H Onaka
    • 学会等名
      OSU seminar, Oregon Sttes University
    • 招待講演
  • [学会発表] 複合培養法による休眠遺伝子の効率的な覚醒をめざして2018

    • 著者名/発表者名
      尾仲宏康
    • 学会等名
      バイオインダストリー協会 “未来へのバイオ技術” 勉強会「微生物・覚醒」
    • 招待講演
  • [学会発表] 共有結合を介して標的に結合する高選択性中分子化合物の汎用創製手法の確立2018

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      第21回生命化学研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] mRNAディスプレイ法によるペプチド修飾酵素基質の網羅的変異導入解析2018

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      第91回日本生化学会大会物理、化学の力で生物を理解する」シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro biosynthesis system for peptides with diverse modified backbones2018

    • 著者名/発表者名
      Y Goto
    • 学会等名
      6.Asian Synthetic Biology Association 2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In vitro biosynthesis system for peptides with diverse modified backbones2018

    • 著者名/発表者名
      Y Goto
    • 学会等名
      4th International Conference on Circular Proteins and Peptides 2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 試験管内リデザイン生合成系で擬天然物を創る2018

    • 著者名/発表者名
      後藤佑樹
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 11.0
    • 招待講演
  • [産業財産権] 化合物ライブラリー及び化合物ライブラリーの製造方法2018

    • 発明者名
      菅 裕明,後藤 佑樹,尾仲 宏康,ヴィノグラドフ アレクサンダー
    • 権利者名
      国立大学法人東京大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2018185481
  • [産業財産権] ペプチドライブラリーの製造方法2018

    • 発明者名
      菅 裕明,後藤 佑樹,阿部 郁朗,岡田 正弘,井上 澄香
    • 権利者名
      国立大学法人東京大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2018196102

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公開日: 2019-12-27  

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