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2019 年度 実績報告書

試験管内人工生合成系を活用した擬天然物合成生物学

計画研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 16H06444
研究機関東京大学

研究代表者

菅 裕明  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00361668)

研究分担者 後藤 佑樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (70570604)
尾仲 宏康  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (80315829)
研究期間 (年度) 2016-06-30 – 2021-03-31
キーワード試験管内リデザイン生合成系 / 主鎖修飾型ペプチド / 人工生合成系 / 擬天然物
研究実績の概要

本研究課題では、生体内には存在し得ない人工生合成系を試験管内で構築すること、さらにこれらを用いて任意の生物活性をもつ天然物様化合物を創製することにより、新機軸の生物活性分子開発に資する『擬天然物合成生物学』の基盤を確立する。具体的には、改変翻訳系と異種由来のペプチド修飾酵素を複数組み合わせることで、各種主鎖修飾骨格を有する擬天然物ペプチドの試験管内リデザイン生合成系の創製を行う。さらに、この系を用いて、大規模な多様性(一兆種類以上)をもつ擬天然物のランダム配列ライブラリーを構築し、当該ライブラリーから新規生物活性擬天然物の探索系を構築することで医療に資する化合物の発見も視野に入れた研究を進める。昨年度までの研究において、人工チオペプチド及びプレニル化トリプトファン含有人工ペプチドを生産可能な試験管内リデザイン生合成系をそれぞれ構築することに成功しており、各リデザイン生合成系についてその特性の評価や人工誘導体の生産を進めてきた。
今年度の研究では、人工チオペプチドの生合成系に存在する6個の翻訳後修飾酵素の緻密な協働性の分子基盤を解明することに成功した。一方、プレニル化トリプトファン含有人工ペプチドの生合成系を活用することで擬天然物ライブラリー構築と探索を実施し、新規生物活性擬天然物を開発することにも成功した。さらに、これまでに報告のないbifunctionalなペプチドプレニル化酵素を新たに発見した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

計画通り、これまで研究で構築した複数の試験管内リデザイン生合成系を用いて実証実験・高度化・ライブラリー構築/探索を順調に進めている。特に、プレニル化トリプトファン含有人工ペプチドの系については、構築した大規模擬天然物ペプチドライブラリーから新規生物活性擬天然物の単離にも成功しており、本研究課題の最終目標である生物活性擬天然物探索が一部達成されつつある。 さらに、当初の計画では全く想定していなかった発見として、未知反応を触媒する新酵素も発見している。これにより、当初計画以上に、多種多様な骨格の擬天然物ペプチドの生産が達成しようとしている。

今後の研究の推進方策

これまでの研究により開発に成功した新規生物活性擬天然物の酵素阻害能などの機能評価を進める。また、他の試験管内リデザイン生合成系を活用した生物活性擬天然物の開発を推進すると共に、発見した新酵素を用いた擬天然ペプチドライブラリーの構築もあわせて進める計画である。

  • 研究成果

    (49件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 6件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 23件、 招待講演 33件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] Univ. of North Carolina at Chapel Hill/National Institutes of Health(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Univ. of North Carolina at Chapel Hill/National Institutes of Health
  • [雑誌論文] Exploring the Post-translational Enzymology of PaaA by mRNA Display2020

    • 著者名/発表者名
      Fleming Steven R.、Himes Paul M.、Ghodge Swapnil V.、Goto Yuki、Suga Hiroaki、Bowers Albert A.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 5024~5028

    • DOI

      10.1021/jacs.0c01576

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ribosomal Incorporation of Aromatic Oligoamides as Peptide Sidechain Appendages2020

    • 著者名/発表者名
      Tsiamantas Christos、Kwon Sunbum、Rogers Joseph M.、Douat Cline、Huc Ivan、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 ページ: 4860~4864

    • DOI

      10.1002/anie.201914654

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemoenzymatic Posttranslational Modification Reactions for the Synthesis of Ψ[CH 2 NH]‐Containing Peptides2020

    • 著者名/発表者名
      Kato Yasuharu、Kuroda Tomohiro、Huang Yichao、Ohta Risa、Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 ページ: 684~688

    • DOI

      10.1002/anie.201910894

    • 査読あり
  • [雑誌論文] In Vitro Biosynthesis of Peptides Containing Exotic Azoline Analogues2019

    • 著者名/発表者名
      Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 21 ページ: 84~87

    • DOI

      10.1002/cbic.201900521

    • 査読あり
  • [雑誌論文] De Novo Carborane-Containing Macrocyclic Peptides Targeting Human Epidermal Growth Factor Receptor2019

    • 著者名/発表者名
      Yin Yizhen、Ochi Nobuaki、Craven Timothy W.、Baker David、Takigawa Nagio、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 141 ページ: 19193~19197

    • DOI

      10.1021/jacs.9b09106

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Optimizing aromatic oligoamide foldamer side-chains for ribosomal translation initiation2019

    • 著者名/発表者名
      Tsiamantas Christos、Kwon Sunbum、Douat C?line、Huc Ivan、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 55 ページ: 7366~7369

    • DOI

      10.1039/c9cc03547h

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ribosomal Formation of Thioamide Bonds in Polypeptide Synthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Maini Rumit、Kimura Hiroyuki、Takatsuji Ryo、Katoh Takayuki、Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 141 ページ: 20004~20008

    • DOI

      10.1021/jacs.9b11097

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Flexizyme-catalyzed synthesis of 3′-aminoacyl-NH-tRNAs2019

    • 著者名/発表者名
      Katoh Takayuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 ページ: e54~e54

    • DOI

      10.1093/nar/gkz143

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Case Study on the Keap1 Interaction with Peptide Sequence Epitopes Selected by the Peptidomic mRNA Display2019

    • 著者名/発表者名
      Hirose Hisaaki、Hideshima Tomoki、Katoh Takayuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 20 ページ: 2089~2100

    • DOI

      10.1002/cbic.201900039

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Flexizyme-Enabled Benchtop Biosynthesis of Thiopeptides2019

    • 著者名/発表者名
      Fleming Steven R.、Bartges Tessa E.、Vinogradov Alexander A.、Kirkpatrick Christine L.、Goto Yuki、Suga Hiroaki、Hicks Leslie M.、Bowers Albert A.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 141 ページ: 758~762

    • DOI

      10.1021/jacs.8b11521

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of the common biosynthetic gene cluster for both antimicrobial streptoaminals and antifungal 5-alkyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolines2019

    • 著者名/発表者名
      Ozaki Taro、Sugiyama Ryosuke、Shimomura Morito、Nishimura Shinichi、Asamizu Shumpei、Katsuyama Yohei、Kakeya Hideaki、Onaka Hiroyasu
    • 雑誌名

      Organic & Biomolecular Chemistry

      巻: 17 ページ: 2370~2378

    • DOI

      10.1039/c8ob02846j

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery of Functional Macrocyclic Peptides by Means of the RaPID System2019

    • 著者名/発表者名
      Tsiamantas Christos、Otero-Ramirez Manuel E.、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 2001 ページ: 299~315

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-9504-2_14

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Macrocyclic Peptides as Drug Candidates: Recent Progress and Remaining Challenges2019

    • 著者名/発表者名
      Vinogradov Alexander A.、Yin Yizhen、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 141 ページ: 4167~4181

    • DOI

      10.1021/jacs.8b13178

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RiPP生合成経路の改変による人工ペプチド生産2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹、井上 澄香、菅 裕明
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 55 ページ: 662~667

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.55.7_662

  • [学会発表] From constrained peptides to neobiologics2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      AsiaTIDES: Oligonucleotide & Peptide Therapeutics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Displayable Pseudo-Natural Products2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      Gordon Research Conferences: Advancing Peptides as Tools, Materials and Therapeutics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery process de novo bioactive peptides and biologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      5th Peptides & Proteins Symposium Singapre
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery processes of de novo bioactive peptides and biologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      Bohlmann Lecture Freie University Berlin
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Worldwide Perspectives on SynCell2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      SynCell2019: Defining the Challenges
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery processes of de novo bioactive peptides and neobiologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      34th William S. Johnson Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Peptide therapeutics innovation2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Assocation
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In vitro pseudo-natural product biosynthesis and selection2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      14th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms (GIM) 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Rvolutionizing the discovery processes of de novo bioactive peptidesand biologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      27th International Society of Heterocyclic Chemistry Congress
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery process of peptide drug leads by the RaPID system2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      26th International smposium: Synthesis in organic chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery processes of therapeutically valuable peptides and biologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      47th IUPAC Chemistry Congress
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the Discovery Processes of de novo Bioactive Peptides and Biologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      26th American Peptide Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The RaPID way to devise biologically active peptides and biologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      20th Tetrahedron Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] From Constrained Peptides to NeoBiologics2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      The 8thChemical Protein Synthesis (CPS) Meeting 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] De novo discovery of bioactive pseudo-natural peptides from biosynthetic libraries2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      30th Anniversary Today-Unistra Symposium on Complexity
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery process of macrocyclic peptides for therapeutic use2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      21st GFPP Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revolutionizing the discovery process of bioactive peptides2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      RU Lemieux Lecture on Biotechnology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unnatural Amino Acids for Exotic Macrocyclic Peptides and Targeting IL6R as a Case Study2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      Drug Discovery Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 微生物相互作用と「ものづくり」~東京大学微生物潜在酵素(天野エンザイム)寄付講座の歩み~2019

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      天野エンザイム社内講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] リホゾーム翻訳型ペプチドの生合成の多様性2019

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      第8回食品薬学シンポジウムシンポジウム②【天然薬物学研究のこれから】
    • 招待講演
  • [学会発表] GNAT superfamily enzyme plays a key role in the biosynthesis of polyketide/peptide hybrid lipopeptides2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyasu Onaka
    • 学会等名
      1st Japan-Germany-Switzerland Workshop for Enzyme Technology and Bioprocess Development
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Combined-culture: co-culture with MACB induced potential secondary metabolism in actinomycetes2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyasu Onaka
    • 学会等名
      Guest lecture at Gadjah Mada University, Yogyakarta, Indonesia
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 複合培養:物理的接触を利用した放線菌抗生物質生産手法2019

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      早稲田大学 理工学術院セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 物理的接触が引き起こす放線菌抗生物質生産2019

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      微生物ウィーク2019 シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Introduction2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyasu Onaka
    • 学会等名
      The 4th A3 Foresight Symposium on “Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 物理的接触が介在する放線菌二次代謝誘導2019

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2019年度大会年会シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Combined-culture: co-culture with MACB induced potential secondary metabolism in actinomycetes2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyasu Onaka
    • 学会等名
      ISCE 2019 Annual Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ペプチド薬剤を作る人工生合成システム2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      第9回 CSJ化学フェスタ2019
    • 招待講演
  • [学会発表] 試験管内人工生合成系で擬天然物を創る2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      理研 Chemical Probe 第二回合同合宿セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 試験管内人工生合成系で擬天然物ペプチドを創る2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 試験管内人工生合成系で擬天然物ペプチドを創る2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      日本遺伝学会第91回大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Artificial in vitro biosynthesis for elaboration of pseudo-natural peptides2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Goto
    • 学会等名
      10th RSC-CSJ Joint Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 試験管内人工生合成系で擬天然物をつくる2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 佑樹
    • 学会等名
      第7回慶應有機化学若手シンポジウム
    • 招待講演
  • [図書] ペプチド創薬の最前線2019

    • 著者名/発表者名
      木曽良明
    • 総ページ数
      265
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • ISBN
      978-4-7813-1417-4

URL: 

公開日: 2021-01-27  

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