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2020 年度 実績報告書

試験管内人工生合成系を活用した擬天然物合成生物学

計画研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 16H06444
研究機関東京大学

研究代表者

菅 裕明  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00361668)

研究分担者 後藤 佑樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (70570604)
尾仲 宏康  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (80315829)
研究期間 (年度) 2016-06-30 – 2021-03-31
キーワード試験管内リデザイン整合性系 / 主鎖修飾型ペプチド / 人工生合成系 / 擬天然物
研究実績の概要

本研究課題では、生体内には存在し得ない人工生合成系を試験管内で構築すること、さらにこれらを用いて任意の生物活性をもつ天然物様化合物を創製すること により、新機軸の生物活性分子開発に資する『擬天然物合成生物学』の基盤を確立する。具体的には、改変翻訳系と異種由来のペプチド修飾酵素を複数組み合わ せることで、各種主鎖修飾骨格を有する擬天然物ペプチドの試験管内リデザイン生合成系の創製を行う。さらに、この系を用いて、大規模な多様性(一兆種類以 上)をもつ擬天然物のランダム配列ライブラリーを構築し、当該ライブラリーから新規生物活性擬天然物の探索系を構築することで医療に資する化合物の発見も視 野に入れた研究を進める。昨年度までの研究において、人工チオペプチド及びプレニル化トリプトファン含有人工ペプチドの試験管内リデザイン生合成系の構築と高度化に成功してきた。 今年度の研究(4月~7月のみ)では、機械学習を駆使した人工チオペプチドライブラリー基質の設計と構築を達成した。さらに、これまでに開発を進めてきたプレニル化トリプ トファンを含有する人工ペプチドの生物活性評価を推進した。また、これまでに報告されていない新規酵素を含め、3種類のペプチドプレニル化酵素の結晶構造の解明にも成功した。
研究期間を通じた研究の成果として、複数の試験管内リデザイン生合成系の確立および擬天然物ペプチドライブラリーの構築を達成し、擬天然物ペプチドの試験管内生産戦略の有用性を実証した。さらに、いくつかの生物活性擬天然物ペプチドの開発にも成功しており、擬天然物ペプチド創薬戦略の先鞭をつけた。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2020

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 4件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Promiscuous Enzymes Cooperate at the Substrate Level En Route to Lactazole A2020

    • 著者名/発表者名
      Vinogradov Alexander A.、Shimomura Morito、Kano Naokazu、Goto Yuki、Onaka Hiroyasu、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 13886~13897

    • DOI

      10.1021/jacs.0c05541

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Minimal lactazole scaffold for in vitro thiopeptide bioengineering2020

    • 著者名/発表者名
      Vinogradov Alexander A.、Shimomura Morito、Goto Yuki、Ozaki Taro、Asamizu Shumpei、Sugai Yoshinori、Suga Hiroaki、Onaka Hiroyasu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 2272~2272

    • DOI

      10.1038/s41467-020-16145-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Initiating ribosomal peptide synthesis with exotic building blocks2020

    • 著者名/発表者名
      Tsiamantas Christos、Rogers Joseph M.、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 56 ページ: 4265~4272

    • DOI

      10.1039/d0cc01291b

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Macrocyclic Peptide Library with a Structurally Constrained Cyclopropane‐containing Building Block Leads to Thiol‐independent Inhibitors of Phosphoglycerate Mutase2020

    • 著者名/発表者名
      Okuma Rika、Kuwahara Tomoki、Yoshikane Takafumi、Watanabe Mizuki、Dranchak Patricia、Inglese James、Shuto Satoshi、Goto Yuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Chemistry An Asian Journal

      巻: 15 ページ: 2631~2636

    • DOI

      10.1002/asia.202000700

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ribosomal Elongation of Aminobenzoic Acid Derivatives2020

    • 著者名/発表者名
      Katoh Takayuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 16518~16522

    • DOI

      10.1021/jacs.0c05765

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ribosomal synthesis and de novo discovery of bioactive foldamer peptides containing cyclic β-amino acids2020

    • 著者名/発表者名
      Katoh Takayuki、Sengoku Toru、Hirata Kunio、Ogata Kazuhiro、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Nature Chemistry

      巻: 12 ページ: 1081~1088

    • DOI

      10.1038/s41557-020-0525-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An aminoacylation ribozyme evolved from a natural tRNA-sensing T-box riboswitch2020

    • 著者名/発表者名
      Ishida Satoshi、Terasaka Naohiro、Katoh Takayuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 16 ページ: 702~709

    • DOI

      10.1038/s41589-020-0500-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Affinity Maturation of Macrocyclic Peptide Modulators of Lys48‐Linked Diubiquitin by a Twofold Strategy2020

    • 著者名/発表者名
      Huang Yichao、Nawatha Mickal、Livneh Ido、Rogers Joseph M.、Sun Hao、Singh Sumeet K.、Ciechanover Aaron、Brik Ashraf、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Chemistry A European Journal

      巻: 26 ページ: 8022~8027

    • DOI

      10.1002/chem.202000273

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Exploring the Post-translational Enzymology of PaaA by mRNA Display2020

    • 著者名/発表者名
      Fleming Steven R.、Himes Paul M.、Ghodge Swapnil V.、Goto Yuki、Suga Hiroaki、Bowers Albert A.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 5024~5028

    • DOI

      10.1021/jacs.0c01576

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Introduction to Thiopeptides: Biological Activity, Biosynthesis, and Strategies for Functional Reprogramming2020

    • 著者名/発表者名
      Vinogradov Alexander A.、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 27 ページ: 1032~1051

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2020.07.003

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Methodologies for Backbone Macrocyclic Peptide Synthesis Compatible With Screening Technologies2020

    • 著者名/発表者名
      Shinbara Koki、Liu Wenyu、van Neer Renier Herman Pieter、Katoh Takayuki、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Frontiers in Chemistry

      巻: 8 ページ: 447~447

    • DOI

      10.3389/fchem.2020.00447

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] The next generation of RaPID display2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      RSC Desktop Seminar
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 特殊ペプチド医薬品スクリーニングの革命2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      第10回レギュラトリーサイエンス学会学術大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 特殊ペプチドによる創薬革命2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      第79回日本癌学会学術総会
    • 招待講演
  • [学会発表] 特殊ペプチド創薬からネオバイオロジクス創薬2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      第24回日本がん分子標的治療学会学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] From Basic Science to Innovation - From genetic code reprogramming to peptide therapeutics2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Suga
    • 学会等名
      MIRAI Seminar
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Artificial in vitro biosynthesis for elaboration of pseudo-natural peptides2020

    • 著者名/発表者名
      Yuki Goto
    • 学会等名
      The 6th International Symposium On Middle Molecular Strategy
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Artificial in vitro biosynthesis for elaboration of pseudo-natural peptides2020

    • 著者名/発表者名
      Yuki Goto
    • 学会等名
      7th FIP Pharmaceutical Sciences World Congress (PSWC2020 Virtual)
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2023-12-25  

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