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2019 年度 実績報告書

植物二次代謝経路のゲノム進化に学ぶ生合成デザイン

計画研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 16H06454
研究機関千葉大学

研究代表者

山崎 真巳  千葉大学, 大学院薬学研究院, 准教授 (70222370)

研究期間 (年度) 2016-06-30 – 2021-03-31
キーワードアルカロイド / リジン脱炭酸 / 代謝拡張 / 統合オミクス / カンプトテシン
研究実績の概要

塩基性アミノ酸であるリジンは化学多様性と活性多様性に富むアルカロイドの生合成前駆体である。本研究ではリジンをアルカロイド生合成に方向付ける脱炭酸反応の導入による代謝拡張を試みた。リジン脱炭酸活性を欠くシロイヌナズナ(Col-0)にリジン由来アルカロイドを生産するホソバルピナス由来のリジン/オルニチン脱炭酸酵素(L/ODC)遺伝子(La-L/ODC)を導入発現させた。アグロバクテリウムバイナリーベクター方によりCaMV 35Sプロモーター制御下に置いたLa-L/ODC遺伝子を導入したT0種子を得、さらに選択培地での播種、培養土での育成と採種を経て、T3ホモ体を複数ライン得た。これらについてLa-L/ODCの導入と発現を確認した。発現量の多いラインおよびCol-0をそれぞれ1/2 MS寒天培地上で同時に育成した植物体について、代謝物変化をLC-MS/MSを用いたノンターゲット分析により解析した。その結果、リジン脱炭酸産物であるcadaverineの他にさらに酸化等の代謝を受けて生じたと推定される 5-aminopentanal, 5-aminovaleric acid, δ-valerolactamがL/ODC導入植物体に特異的に検出された。またcadaverineがアシル化を受けたN-acetylcadaverineとp-coumaroylcadaverine、5- aminopentanalの代謝物と考えられるpelletierineおよびslaframineと予測される代謝物ピークが形質転換体特異的に検出された。これらは外来酵素L/ODCによって生じたカダベリンがシロイヌナズナの内在性酵素により代謝を受けて生じた代謝物であると考えられる。
また、抗腫瘍アルカロイド、カンプトテシン生産するアカネ科チャボイナモリについて、統合オミクス解析の基盤となるゲノム解析を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は、アミノ酸リジンからのアルカロイド生合成へ代謝方向付け段階のエンジニアリングにより代謝拡張に成功し学術論文として発表した。これは従来蓄積してきたリジン由来アルカロイド生産植物におけるリジン脱炭酸酵素の分子進化とアルカロイド生産能の共進化に関する基礎情報に基づく成果であり、一つの酵素遺伝子の導入によりアルカロイド非生産植物にアルカロイド生産能を付与できることをモデル植物を用いて実現したものである。これらの知見は今後より複雑な代謝系の構築や有用物質生産に応用ができると期待される。またこの過程で形質転換体において変動する代謝物のノンターゲット分析法および安定同位体投与により代謝前駆体からの代謝フローを包括的に明らかにする分析法を確立した。また、カンプトテシン生産植物チャボイナモリについて高品質ゲノム配列情報を得ることに成功し、今後の精密な統合オミクス解析およびゲノム編集等による遺伝子機能解析の基盤として利用できると期待できる。これらの成果は代謝研究における新しい応用展開のための重要な知見を含んでいる。

今後の研究の推進方策

塩基性アミノ酸リジンからのアルカロイド生合成へ代謝方向付け段階を触媒するL/ODCについては、タンパク質構造と計算化学に基づく予測からタンパク質工学を行い、基質特異性の分子機構を明らかにする。またオルニチン由来アルカロイド生産植物にL/ODCを導入することにより新規アルカロイド生産を導入し有用物質生産に応用する。カンプトテシン生合成については、従来のチャボイナモリ植物組織を用いたトランスクリプトーム解析により絞り込んだ生合成候補遺伝子について、ゲノム編集毛状根の代謝物解析による遺伝子機能解析を行うことにより生合成の全貌を明らかにする。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Inherent atomic mobility changes in carbocation intermediates during the sesterterpene cyclization cascade2019

    • 著者名/発表者名
      Sato Hajime、Mitsuhashi Takaaki、Yamazaki Mami、Abe Ikuro、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      巻: 15 ページ: 1890~1897

    • DOI

      10.3762/bjoc.15.184

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolic diversification of nitrogen‐containing metabolites by the expression of a heterologous lysine decarboxylase gene in Arabidopsis2019

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Yohei、Rai Amit、Okawa Yuko、Tomatsu Hajime、Sato Masaru、Kera Kota、Suzuki Hideyuki、Saito Kazuki、Yamazaki Mami
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 100 ページ: 505~521

    • DOI

      10.1111/tpj.14454

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms2019

    • 著者名/発表者名
      Tsugawa Hiroshi、Nakabayashi Ryo、Mori Tetsuya、Yamada Yutaka、Takahashi Mikiko、Rai Amit、Sugiyama Ryosuke、Yamamoto Hiroyuki、Nakaya Taiki、Yamazaki Mami、Kooke Rik、Bac-Molenaar Johanna A.、Oztolan-Erol Nihal、Keurentjes Joost J. B.、Arita Masanori、Saito Kazuki
    • 雑誌名

      Nature Methods

      巻: 16 ページ: 295~298

    • DOI

      10.1038/s41592-019-0358-2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The complexity of intercellular localisation of alkaloids revealed by single‐cell metabolomics2019

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Kotaro、Takahashi Katsutoshi、Caputi Lorenzo、Mizuno Hajime、Rodriguez‐Lopez Carlos E.、Iwasaki Tetsushi、Ishizaki Kimitsune、Fukaki Hidehiro、Ohnishi Miwa、Yamazaki Mami、Masujima Tsutomu、O'Connor Sarah E.、Mimura Tetsuro
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 224 ページ: 848~859

    • DOI

      10.1111/nph.16138

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Transcriptome analysis of Pueraria candollei var. mirifica for gene discovery in the biosyntheses of isoflavones and miroestrol2019

    • 著者名/発表者名
      Suntichaikamolkul Nithiwat、Tantisuwanichkul Kittitya、Prombutara Pinidphon、Kobtrakul Khwanlada、Zumsteg Julie、Wannachart Siriporn、Schaller Hubert、Yamazaki Mami、Saito Kazuki、De-eknamkul Wanchai、Vimolmangkang Sornkanok、Sirikantaramas Supaart
    • 雑誌名

      BMC Plant Biology

      巻: 19 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s12870-019-2205-0

  • [学会発表] Whole Genome Assembly and Characterization of Medicinal Plant Sophora flavescens2020

    • 著者名/発表者名
      Amit Rai, Yohei Shimizu, Hideki Hirakawa, Mami Yamazaki, Kazuki Saito
    • 学会等名
      Plant & Animal Genome Conference XXVIII, San Diego, USA.
    • 国際学会
  • [学会発表] テルペン生合成での多段階カスケード反応の理論解析と実験的改変2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤玄,山崎真巳,内山真新
    • 学会等名
      第22回理論化学討論会
  • [学会発表] シロイヌナズナへのリジン脱炭酸酵素遺伝子導入による新規代謝経路誘導2019

    • 著者名/発表者名
      清水陽平,Rai Amit,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      新学術領域研究「生合成リデザイン」第3回若手シンポジウム(千葉)
  • [学会発表] シス調節配列のモチーフ解析と共発現解析の統合によるカンプトテシン生合成候補遺伝子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      林剛生,Rai Amit,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      新学術領域研究「生合成リデザイン」第3回若手シンポジウム(千葉)
  • [学会発表] シロイヌナズナへのリジン脱炭酸酵素遺伝子導入による化学多様性の拡張2019

    • 著者名/発表者名
      清水陽平,Amit Rai,佐藤大,鈴木秀幸,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      第37回日本植物細胞分子生物学会(京都)
  • [学会発表] ゲノム編集によるカンプトテシン生合成経路関連ERF転写因子の機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      蓬田梨那,矢野亮介,Amit Rai,刑部祐里子,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      第37回日本植物細胞分子生物学会(京都)
  • [学会発表] 植物ゲノム情報に基づく抗がん剤カンプトテシン生合成の解明2019

    • 著者名/発表者名
      山崎真巳
    • 学会等名
      第63回日本薬学会関東支部大会 若手シンポジウム(東京)
    • 招待講演
  • [学会発表] 薬用植物における物質生産の分子基盤を探る2019

    • 著者名/発表者名
      山崎真巳
    • 学会等名
      日本生物環境工学会2019年千葉大会(千葉)
    • 招待講演
  • [学会発表] シロイヌナズナへのリジン脱炭酸酵素遺伝子導入による化学多様性の拡張2019

    • 著者名/発表者名
      清水陽平,Amit Rai,鈴木秀幸,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      第13回メタボロームシンポジウム(つくば)
  • [学会発表] シロイヌナズナへのリジン脱炭酸酵素遺伝子導入による化学多様性の拡張2019

    • 著者名/発表者名
      清水陽平,Amit Rai,鈴木秀幸,齊藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      第56回植物化学シンポジウム(株)常磐植物化学研究所創業70周年記念シンポジウム“植物化学研究の基礎と展開”(東京)
  • [学会発表] シス調節配列のモチーフ解析と共発現解析の統合によるカンプトテシン生合成候補遺伝子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      林剛生,Amit Rai,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      第56回植物化学シンポジウム (株)常磐植物化学研究所創業70周年記念シンポジウム“植物化学研究の基礎と展開”(東京)
  • [学会発表] シス調節配列のモチーフ解析と共発現解析の統合によるカンプトテシン生合成遺伝子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      林剛生, Amit Rai,斉藤和季,山崎真巳
    • 学会等名
      文部科学省科学研究費助成事業 新学術領域研究「学術研究支援基盤形成」『先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム(先進ゲノム支援)』-拡大班会議-(名古屋)

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公開日: 2021-01-27  

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