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生体分子モーターの作動機構を明らかにするために、駆動機構の解明と制御機構の解明は車の両輪である。分子モーターの制御とは、モーター分子の原子レベルでの動きの制御である。これを理解するために、回転軸(・サブユニット)側からの研究と、外的要因の研究を同時平行して実施する。特に、(1)・サブユニットの構造変化による回転制御を1分子レベルで解析し、正確な角度解析により軸受け側の・サブユニットの構造と停止位置の対応付けを行う。また、磁気ピンセット技術を用いて、停止と回転に要する力を実測する。さらに、制御時に起こる構造変化を立体構造レベルで解明し、制御と構造の関連付けを行なう。(2)内在性阻害因子である・サブユニットの機能を、阻害にかかる力の測定と分子構造の変化の両面から検証する。さらに内在性阻害因子の構造変化と膜ポテンシャルの関連付けを行う。(3)外来因子によるATP合成酵素の再活性化の分子機構を調べることで、回転調節の分子機構を明らかにする。
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