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2008 年度 実績報告書

細胞内分解システムの構造学的解析

計画研究

研究領域タンパク質分解による細胞・個体機能の制御
研究課題/領域番号 18076003
研究機関京都大学

研究代表者

杤尾 豪人  京都大学, 工学研究科, 准教授 (70336593)

研究分担者 栗本 英治  名古屋市立大学, 大学院・薬学研究科, 講師 (90234575)
野田 展生  北海道大学, 大学院・薬学研究科, 助教 (40396297)
キーワードユビキチン / オートファジー / 構造生物学 / 溶液NMR / X線結晶構造解析
研究概要

(京大グループ)p62のUBAドメインが溶液中で二量体であること、また、ユビキチンと結合する際には解離し、単量体となることを明らかにした。また、Lys48リンク型のヘキサユビキチンの結晶構造解析に成功した。その他、ヒト由来培養細胞中でのIn-Cell NMR法を開発した。この手法により、細胞内での脱ユビキチン反応やユビキチンとユビキチン結合タンパク質の相互作用がモニターできることを示したほか、同法を応用した細胞内水素交換実験によりユビキチンが細胞内では不安定化されているということを見いだした。
(名市大グループ)20Sプロテアソームを構成するサブユニットのうちα7に着目し、中性子小角散乱測定により溶液中での構造解析を行った。その結果、α7は7個のサブユニットが会合してリングとなり、20Sプロテアソーム中におけるβリングとの相互作用面同士で2つのリングが会合した構造を形成していることが明らかとなった。この他、直鎖型ユビキチン鎖を形成するHOIL-1・HOIP複合体の相互作用ドメインであるHOIL-1(Ub1)およびHOIP(UBA)の共結晶化に成功し、その結晶構造の解析を進めている。
(北大グループ)哺乳類ではユビキチン化された凝集タンパク質は選択的オートファジーにより分解を受ける。また酵母ではある種の液胞酵素は選択的オートファジーにより液胞へと輸送される。2つの経路において、積荷を認識する受容体タンパク質が共通のWXXL配列をもち、その配列を介してオートファゴソーム膜形成因子であるAtg8/LC3により受容体が認識され、オートファゴソームへの取り込みが起こることを構造生物学的に明らかにした。またAtg4BによるLC3の脂質修飾状態の制御機構を構造生物学的に明らかにした。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (6件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autophagy2009

    • 著者名/発表者名
      Satoo K, Noda NN, Kumeta H, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ATG SYstems from the Protein Structural Point of View2009

    • 著者名/発表者名
      Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F
    • 雑誌名

      Chemical Reviews 109

      ページ: 1587-1598

    • 査読あり
  • [雑誌論文] SANS simulation of aggregated protein in aueous solution2009

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Sugiyama, Kei Hamada, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Kenta Okamoto
    • 雑誌名

      Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. A 600

      ページ: 272-274

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells2009

    • 著者名/発表者名
      Kohsuke Inomata, et.al.
    • 雑誌名

      Nature 458

      ページ: 106-109

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of target recognition by Atg8/LC3 during selective autophagy2008

    • 著者名/発表者名
      Noda NN, Kumeta H, Nakatogawa H, Satoo K, Adachi W, Ishii J, Fujioka
    • 雑誌名

      Genes to Cells 13

      ページ: 1211-1218

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization of the coiled-coil domain of Atg16 essential for autophagy2008

    • 著者名/発表者名
      Fujioka Y, NN, Matsushita M, Ohsumi Y, Inagaki F
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications 64

      ページ: 1046-1048

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization of the Atg12-Atg5 conjugate bound to Atg16 by the free-interface diffusion method2008

    • 著者名/発表者名
      Noda NN, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F
    • 雑誌名

      Journal of Synchrotron Radiation 15

      ページ: 266-268

    • 査読あり
  • [雑誌論文] プロテアソームシャペロンX線結晶構造解析にとる26Sプロテアソームαリング形成機構の解析2008

    • 著者名/発表者名
      栗本英治,岡本健太、鈴木淳巨、日影達夫、山根隆、加藤晃一
    • 雑誌名

      名古屋大学X線回折研究のあゆみ 29

      ページ: 3-6

  • [雑誌論文] Hemi-methylated DNA recognition by the SRA protein Np95 via a base flipping mechanism2008

    • 著者名/発表者名
      Kyohei Arita, et.al.
    • 雑誌名

      Natrue 455

      ページ: 818-821

    • 査読あり
  • [学会発表] 溶液中における単量体・二量体平衡にあるp62のユビキチン結合ドメインの解析2008

    • 著者名/発表者名
      森本大智, ほか8名
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] Crystal structure of p62 ubiquitin associated (UBA) domain2008

    • 著者名/発表者名
      磯貝信, ほか8名
    • 学会等名
      IUCr2008
    • 発表場所
      Grand Cube Osaka、大阪
    • 年月日
      20080826-27
  • [学会発表] Cvt pathwayのレセプタータンパク質Atg19の構造生物学的研究2008

    • 著者名/発表者名
      渡辺康紀、野田展生、久米田博之、藤岡優子、鈴木邦律、大隅良典、稲垣冬彦
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会合同年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] オートファジーに必須な出芽酵母Atg16の多量体ドメインのX線構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      藤岡優子、野田展生、松下美奈子、大隅良典、稲垣冬彦
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会合同年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] 第47回NMR討論会2008

    • 著者名/発表者名
      磯貝信, ほか10名
    • 学会等名
      筑波大学
    • 発表場所
      筑波大学
    • 年月日
      2008-11-14
  • [学会発表] プロテアソームシャペロンX線結晶構造解析による26Sプロテアソームαリング形成機構の解析2008

    • 著者名/発表者名
      高木賢治, 水島恒裕, 八代田英樹, 岡本健太, 栗本英治, 山根隆, 田中啓二, 加
    • 学会等名
      第72回日本生化学会中部支部例会
    • 発表場所
      岐阜薬科大学
    • 年月日
      2008-05-24
  • [備考] 京大グループの研究成果

    • URL

      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news_data/h/h1/news6/2008/090305_2.htm

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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