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2019 年度 実績報告書

発動分子の自律的運動と機能設計のエネルギー論的研究

計画研究

研究領域発動分子科学:エネルギー変換が拓く自律的機能の設計
研究課題/領域番号 18H05427
研究機関九州大学

研究代表者

前多 裕介  九州大学, 理学研究院, 准教授 (30557210)

研究分担者 鳥谷部 祥一  東北大学, 工学研究科, 准教授 (40453675)
研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2023-03-31
キーワードアクティブマター / エネルギー変換 / 非平衡ゆらぎ / 回転分子モーター / べん毛モーター / 集団運動 / 人工細胞
研究実績の概要

前多Gでは,生体発動分子によって駆動されるアクティブマターの集団運動の研究を進めた.バクテリアはべん毛モーターで水中を遊泳するアクティブマターである.高密度のバクテリア懸濁液では多数の渦に組織化した集団運動が生じることが知られており,この集団運動を制御するため,バクテリアの遊泳運動のキラリティーを増強させるマイクロ流体デバイスによる制御法を構築した.キラルな渦同士の相互作用では,より大きなサイズの渦へと成長する幾何学的特徴をもつことをVicsekモデルの平均場理論から明らかにした.
さらに,ミオシン分子モーターとアクチン細胞骨格を含む卵抽出液を細胞サイズの区画に封入し,自律的に収縮するアクティブゲルを再構成した。この細胞サイズのアクティブゲルは自律的に変形し,細孔内を自発的に運動する.この人工細胞の運動が境界との摩擦力に駆動されることを理論と実験から明らかにした.

鳥谷部Gでは,回転分子モーターF1-ATPaseおよびべん毛モーターのエネルギー変換機構について,1分子実験および統計力学的解析を用いて研究を進めた. 特に,F1-ATPaseのブレーキ機構(インヒビション状態)の挙動を明らかにし,実験結果を説明する新しい理論モデルを構築した.また,F1-ATPaseの高効率なエネルギー変換機構を明らかにするため,3種類の変異型F1-ATPaseと野生型F1-ATPaseの比較実験を行い,野生型の高効率性を発見した.
また,べん毛モーターのデューティ比を測定することに初めて成功し,論文を出版した(Sato, et al., Biophys. J.).さらに進めて,べん毛モーターの固定子結合ダイナミクスを明らかにした.
さらに,自律的な非平衡系のマクロなモデル実験として,スターリングエンジンを用いた実験を行い,そのダイナミクスを少数自由度のモデルで記述することに成功した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

前多Gでは,遊泳バクテリアの集団運動を制御するため,渦の秩序度に着目した幾何学的制御の手法を考案した.渦のサイズと渦間の距離の比が重要な制御パラメータであることを既に明らかにしていたが,本年度は新たに転移点がアクティブマターのキラリティーで調節できることを示し,その具体的な転移点を与えるルールを明らかにした.個々の発動分子のキラリティーの設計がマクロな集団運動を制御するメカニズムがわかったことで,より分子集団の秩序形成と機能発現の設計指針が明らかになった.さらに,アクチンとミオシン分子モーターを含む細胞抽出液を細胞サイズの液滴に封入して構築した自律運動アクティブゲルは,発動分子の集団運動としては新規のダイナミクスである.この運動が底面との摩擦力を介していることをマイクロ流体デバイスの実験から見出しており,研究は計画通り進行している.

鳥谷部Gでは,生体分子モーターの高効率なエネルギー変換機構を明らかにすることを目指している.2019年度は,回転分子モーターF1-ATPaseの無駄なATP消費を抑えるインヒビション機構を1分子実験により実証し,また,モデルにより実験結果を説明した.エネルギー変換機構自体についても,野生型と変異型の回転による熱を測定して比較し,野生型の効率が有意に高いことを発見した.この違いが生じるメカニズムを理解するため,現在,研究を進めている.また,べん毛モーターが効率的なエネルギー戦略を実現するために利用しているトルク制御のメカニズムを調べた.べん毛モーターのデューティ比を測定することに成功するとともに,トルク制御メカニズムが固定子の協働性によって実現していることを初めて明らかにした.また,生体分子モーター等の自律的な非平衡のモデル実験系として,スターリングエンジンの回転機構を調べた.以上のように,研究は計画通り順調に進展している.

今後の研究の推進方策

これまでに前多Gでは,アクティブマターのキラル渦と集団運動の幾何学的制御について基礎的な理論モデルを構築した.遊泳バクテリアの配向相互作用は極性に従うものであり,キネシン-微小管の生体分子モーターのように前後の極性を区別しないネマチック相互作用では,キラリティーに誘起される集団運動に特異的な幾何学的制御が可能となると予測される.これを明らかにし,分子配向の特徴に根ざした発動分子の集団運動の制御指針を確立する.更に,アクティブゲルの自律運動を連続体モデルから解析し,自律的な収縮力を発生する発動分子の作動原理を解明する.これを収縮力を発揮する人工発動分子の集合体(人工アクティブゲル)に展開するため,ナノスケールでの運動制御についても解析を進める.収縮力を制御しながら動く発動分子の理解は光で配向する液晶デバイスにも援用できるため,光アクチュエーターとして利用可能な発動分子デバイスに実装する.

鳥谷部Gでは,2019年度,野生型に比べて効率が低いF1-ATPase変異型として3つの変異型を特定し,回転による熱散逸量や固定子の硬さなどの基本的な量の測定に成功した.2020年度は,これらの変異型の固定子-回転子間の相互作用ポテンシャルを測定し,野生型が高効率を実現するメカニズムについて考察し,論文としてまとめる予定である.
また,F1-ATP内部で,ATP分解から回転運動へどのようにエネルギーが流れるのか,その可視化に挑戦する.これまでは回転角のみを解析していたが,1分子観察の動画から,他の自由度についての情報も得られる.そこで,軸の回転角,あおり角,回転半径の3自由度の運動を解析する.これらの自由度間の相関を解析し,最近発展している確率的熱力学および情報熱力学の理論を応用することで,各自由度の間のエネルギーと情報のやりとりを時間の関数として定量化することを目指す.

  • 研究成果

    (48件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 3件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (37件) (うち国際学会 4件、 招待講演 9件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Randomness and optimality in enhanced DNA ligation with crowding effects2020

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Y. Shiraki, Ken-ichiro Kamei, Yusuke T. Maeda
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 2 ページ: 013360

    • DOI

      https://doi.org/10.1103/PhysRevResearch.2.013360

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Optothermal diffusiophoresis of soft biological matters: From physical principle to molecular manipulation2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Fukuyama, Yusuke T. Maeda
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: - ページ: -

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 遊泳バクテリアで探るアクティブマターの秩序と制御2020

    • 著者名/発表者名
      前多裕介, 別府航早
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 60 ページ: 13-18

    • DOI

      https://doi.org/10.2142/biophys.60.013

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tight chemomechanical coupling of the F1 motor relies on structural stability2020

    • 著者名/発表者名
      M. Tanaka, T. Kawakami, T. Okaniwa, Y. Nakayama, S. Toyabe, H. Ueno, E. Muneyuki
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: - ページ: -

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficiencies of molecular motors: a comprehensible overview2020

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Shoichi Toyabe
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: - ページ: -

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s12551-020-00672-x

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Session 2SDA-Nonequilibrium energetics of biological molecular machines2020

    • 著者名/発表者名
      Shoichi Toyabe, Chun-Biu Li, Kazushi Kinbara
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: - ページ: -

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s12551-020-00634-3

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mechanically distinct microtubule arrays determine the length and force response of the meiotic spindle2019

    • 著者名/発表者名
      Jun Takagi, Ryota Sakamoto, Gen Shiratsuchi, Yusuke T. Maeda, Yuta Shimamoto
    • 雑誌名

      Developmental Cell

      巻: 49 ページ: 267-278

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.devcel.2019.03.014

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene Expression in on-Chip Membrane-Bound Artificial Cells2019

    • 著者名/発表者名
      Ziane Izri, David Garenne, Vincent Noireaux, Yusuke T. Maeda
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 8 ページ: 1705-1712

    • DOI

      https://doi.org/10.1021/acssynbio.9b00247

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Evaluation of the Duty Ratio of the Bacterial Flagellar Motor by Dynamic Load Control2019

    • 著者名/発表者名
      Kento Sato, Shuichi Nakamura, Seishi Kudo, Shoichi Toyabe
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 116 ページ: 1952-1959

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bpj.2019.04.004

    • 査読あり
  • [学会発表] Chirality of bacterial vortices and enhanced pairing order as collective effects2020

    • 著者名/発表者名
      Kazusa Beppu, Ziane IZRI, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      Workshop on physics of soft, active and living matter
  • [学会発表] Continuum mechanical model of ERK wave-driven collective cell migration in wound healing2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Fukuyama, Hiroyuki Ebata, Kazuhiro Aoki, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      Workshop on physics of soft, active and living matter
  • [学会発表] Kinetics of length-selective and optimal DNA growth with crowding effects2020

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Shiraki, Ken-ichiro Kamei, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      Workshop on physics of soft, active and living matter
  • [学会発表] Chiral vortex formation in active matter as collective effect2020

    • 著者名/発表者名
      Kazusa Beppu, Ziane IZRI, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Chirality of bacterial vortices and enhanced pairing order as collective effects2020

    • 著者名/発表者名
      Kazusa Beppu, Ziane IZRI, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
    • 国際学会
  • [学会発表] Continuum mechanical model of ERK wave-driven collective cell migration in wound healing2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Fukuyama, Hiroyuki Ebata, Kazuhiro Aoki, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
    • 国際学会
  • [学会発表] Kinetics of length-selective and optimal DNA growth with crowding effects2020

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Shiraki, Ken-ichiro Kamei, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
    • 国際学会
  • [学会発表] Chirality of bacterial vortices and enhanced pairing order as collective effects2020

    • 著者名/発表者名
      Kazusa Beppu, Ziane IZRI, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第3回領域会議
  • [学会発表] 分子混雑による選択的DNA成長と最適化反応の速度論2020

    • 著者名/発表者名
      白木天晴, 亀井謙一郎, 前多裕介
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年会
  • [学会発表] 紡錘体の自己組織化の力学モデルに向けた分裂期紡錘体の定量的解析2020

    • 著者名/発表者名
      厳路燦, 福山達也, 島本勇太, 前多裕介
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年会
  • [学会発表] 弾性バブルのねじれと振動現象2020

    • 著者名/発表者名
      萩原宙, 前多裕介
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年会
  • [学会発表] 波に駆動される非平衡流れと細胞集団運動の力学への展開2020

    • 著者名/発表者名
      福山達也, 江端宏之, 木戸秋悟, 近藤洋平, 青木一洋, 前多裕介
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年会
  • [学会発表] 遊泳バクテリアのキラリティーを介したキラルな渦形成とアクティブ乱流2020

    • 著者名/発表者名
      別府航早, Ziane Izri, 住野豊, 前多裕介
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年会
  • [学会発表] Stator-assembly dynamics of the bacterial flagellar motor2020

    • 著者名/発表者名
      K. Ito,S. Nakamura, S. Toyabe
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
  • [学会発表] Stator-assembly dynamics of the bacterial flagellar motor2020

    • 著者名/発表者名
      K. Ito,S. Nakamura, S. Toyabe
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第3回領域会議
  • [学会発表] Effect of hinge mutations on F1 -ATPase energetics2020

    • 著者名/発表者名
      N. Sato, Y. Nakayama, T. Yoshidome, E. Muneyuki, S. Toyabe
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第3回領域会議
  • [学会発表] Kinetic ratchet mechanism of F1-ATPase reduces free-energy loss without affecting ATP-synthesis activity2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakayama, S. Toyabe
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
  • [学会発表] Kinetic ratchet mechanism of F1-ATPase reduces free-energy loss without affecting ATP-synthesis activity2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakayama, S. Toyabe
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第3回領域会議
  • [学会発表] F1-ATPaseにおけるATP合成/分解の非対称性2020

    • 著者名/発表者名
      中山洋平, 鳥谷部祥一
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年会
  • [学会発表] 物理で理解する発動分子:1分子実験データから情報を絞り出す -2020

    • 著者名/発表者名
      鳥谷部祥一
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 招待講演
  • [学会発表] On-chip membrane-bound transcription and translation as minimal cells2019

    • 著者名/発表者名
      Ziane Izri, Vincent Noireaux, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第2回領域会議
  • [学会発表] Adhesion-independent migration of actomyosin droplet2019

    • 著者名/発表者名
      Ryota Sakamoto, Makito Miyazaki, Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第2回領域会議
  • [学会発表] 交わる物理学と生命科学:分子, 細胞, 細胞集団の非平衡ダイナミクス2019

    • 著者名/発表者名
      前多 裕介
    • 学会等名
      第1回理研科学者会議セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 非接触型の自律運動とアクティブゲルの力学2019

    • 著者名/発表者名
      前多 裕介
    • 学会等名
      第9回分子モーター討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] セルフリー遺伝子発現の転写抑制と幾何的制御2019

    • 著者名/発表者名
      賀屋紘典, 高松凌, 前多 裕介
    • 学会等名
      2019年日本物理学会秋季大会
  • [学会発表] 細胞間シグナルと集団運動を結ぶ連続体力学モデルと実験検証2019

    • 著者名/発表者名
      福山達也, 江端宏之, 木戸秋悟, 近藤洋平, 青木一洋, 前多裕介
    • 学会等名
      2019年日本物理学会秋季大会
  • [学会発表] 遊泳バクテリアのキラリティーと集団運動の制御2019

    • 著者名/発表者名
      別府航早, Ziane Izri, 前多裕介
    • 学会等名
      2019年日本物理学会秋季大会
  • [学会発表] 発動分子集合体のソフトマター物理学:輸送現象からアクティブゲルまで2019

    • 著者名/発表者名
      前多裕介, 福山達也, 坂本遼太
    • 学会等名
      第68回高分子討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] 非平衡ソフトマターの輸送現象と生命科学への展開2019

    • 著者名/発表者名
      前多裕介, 福山達也
    • 学会等名
      OCU先端光科学シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure and dynamics in soft active matter: Towards smart material2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      第3回日英先端科学シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Geometric principle for controlling active matters: From bacterial suspension to active cytoskeletons2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke T. Maeda
    • 学会等名
      第3回日英先端科学シンポジウム
  • [学会発表] サイズが誘起する秩序形成:細胞内から多細胞まで2019

    • 著者名/発表者名
      坂本遼太・宮﨑牧人・前多裕介
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 集団運動による機能発現 - バクテリア走性を例に2019

    • 著者名/発表者名
      鳥谷部祥一,甲斐達朗
    • 学会等名
      Collective motion and functional dynamics in molecular engines
    • 招待講演
  • [学会発表] Measurement of fluctuation and response of bacterial collective motion2019

    • 著者名/発表者名
      T. Kai, T. Abe, S. Nakamura, S. Kudo, S. Toyabe
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第2回領域会議
  • [学会発表] Towards the realization of artificial molecular motor using DNA molecules2019

    • 著者名/発表者名
      K. Arai,Y. Tsushima, S. Toyabe
    • 学会等名
      新学術領域「発動分子科学」第2回領域会議
  • [学会発表] Measurement of fluctuation and response of bacterial collective motion2019

    • 著者名/発表者名
      T. Kai, T. Abe, S. Nakamura, S. Kudo, S. Toyabe
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Towards the realization of artificial molecular motor using DNA molecules2019

    • 著者名/発表者名
      K. Arai,Y. Tsushima, S. Toyabe
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
  • [図書] 分子ロボティクス概論「回転分子モーター」2019

    • 著者名/発表者名
      鳥谷部祥一
    • 総ページ数
      312
    • 出版者
      CBI学会出版
    • ISBN
      4990907647
  • [備考] 遺伝情報・脂質膜・エネルギー供給を備えたオンチップバイオリアクターを開発

    • URL

      https://www.kyushu-u.ac.jp/f/36546/19_07_18_1.pdf

URL: 

公開日: 2021-01-27  

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