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2021 年度 実績報告書

ケモテクノロジーを利用したタンパク質分解制御

計画研究

研究領域ケモテクノロジーが拓くユビキチンニューフロンティア
研究課題/領域番号 18H05500
研究機関東京大学

研究代表者

村田 茂穂  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (20344070)

研究分担者 山野 晃史  公益財団法人東京都医学総合研究所, 生体分子先端研究分野, 主席研究員 (30547526)
研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2023-03-31
キーワードプロテアソーム / ユビキチン / オートファジー / 化合物
研究実績の概要

1. ケモテクノロジーによるプロテアソーム制御:①プロテアソームユビキチン受容体の基質選別機構の解明:プロテアソーム上の3種類のユビキチン受容体サブユニット(RPN1, RPN10, RPN13)とユビキチンとの相互作用を阻害を検出するスクリーニング系では有望な化合物が取得出来ず、戦略を転換した。Rpn10の立体構造情報に基づき、小ポケットの存在する部位を絞り込み、in silicoスクリーニングを行うことで結合化合物の候補の取得を進めている。。②栄養環境に応答したプロテアソーム分子集合の動的制御の生理的意義の解明:スクリーニングにより、プロテアソーム分子集合の要であるアセンブリーシャペロンUmp1を組み替えタンパク質として精製し、化合物アレイによる阻害剤候補化合物を取得し、当該化合物投与によりプロテアソーム機能が低下することを細胞レベルで確認した。
2. ケモテクノロジーによるユビキチン選択的オートファジーの制御:①オートファジー専用デコーダー分子の基質選別機構の解明:PROTAC/SNIPER技術を用いて、人為的にミトコンドリア外膜タンパク質のユビキチン化およびmitophagyを誘導するシステムの樹立に成功した。また、ユビキチン化タンパク質をオートファジーマシナリーへ運ぶデコーダー分子群のユビキチン鎖特異性と基質特異性を明らかにするための、相互作用阻害剤の取得のためのスクリーニング系を構築の構築が完了した。
3. キメラ化合物による選択的分解誘導系の開発:ユビキチン非依存的な選択的分解誘導法の開発:スクリーニングにより取得済みの化合物とJQ1のキメラ化合物を作製したが、Brd4の直接分解を誘導出来なかった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初立ち上げたスクリーニング系により取得した化合物に有用なものが含まれていなかったことなど、困難もあったが、新しいスクリーニング系を立ち上げることが出来、順調に進展し始めている。最終年度には化合物が取得出来、評価の完了をすることが出来る見込みであり、順調と判断している。

今後の研究の推進方策

1. ケモテクノロジーによるプロテアソーム制御:①プロテアソームユビキチン受容体の基質選別機構の解明: Rpn10の立体構造情報に基づき、小ポケットの存在する部位を絞り込み、in silicoスクリーニングを行うことで結合化合物の候補の取得を進めており、化合物の評価を行う。②栄養環境に応答したプロテアソーム分子集合の動的制御の生理的意義の解明:取得化合物がプロテアソーム機能を低下させることを確認したので、実際の作用機序を詳細に解明し、さらに治療薬のベースとなる可能性探索に向けた評価も行っていく。
2. ケモテクノロジーによるユビキチン選択的オートファジーの制御:ユビキチン化タンパク質をオートファジーマシナリーへ運ぶデコーダー分子群のユビキチン鎖特異性と基質特異性を明らかにするための、相互作用阻害剤の取得のためのスクリーニング系を完了させ、目的に適う化合物かどうかを評価していく。
3. キメラ化合物による選択的分解誘導系の開発:ユビキチン非依存的な選択的分解誘導法の開発:上記1で取得する化合物をベースに結合の評価、キメラ化による標的タンパク質分解能を評価していく。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (13件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The effect of nutrient deprivation on proteasome activity in 4-week-old mice and 24-week-old mice2022

    • 著者名/発表者名
      Tanahashi Nobuyuki、Komiyama Moeko、Tanaka Mina、Yokobori Yuta、Murata Shigeo、Tanaka Keiji
    • 雑誌名

      The Journal of Nutritional Biochemistry

      巻: 105 ページ: 108993~108993

    • DOI

      10.1016/j.jnutbio.2022.108993

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The ubiquitination-deubiquitination cycle on the ribosomal protein eS7A is crucial for efficient translation2021

    • 著者名/発表者名
      Takehara Y, Yashiroda H, Matsuo Y, Zhao X, Kamigaki A, Matsuzaki T, Kosako H, Inada T, Murata S
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102145

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Heterozygous missense variant of the proteasome subunit α-type 9 causes neonatal-onset autoinflammation and immunodeficiency.2021

    • 著者名/発表者名
      Kanazawa N, Hemmi H, Kinjo N, Ohnishi H, Hamazaki J, et al.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 6819

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27085-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unfolding is the driving force for mitochondrial import and degradation of the Parkinson's disease-related protein DJ-12021

    • 著者名/発表者名
      Queliconi BB, Kojima W, Kimura M, Imai K, Udagawa C, Motono C, Hirokawa T, Tashiro S, Caaveiro JMM, Tsumoto K, Yamano K, Tanaka K, Matsuda N.
    • 雑誌名

      J Cell Sci

      巻: 134 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1242/jcs.258653

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mammalian BCAS3 and C16orf70 associate with the phagophore assembly site in response to selective and non-selective autophagy2021

    • 著者名/発表者名
      Kojima W, Yamano K, Kosako H, Imai K, Kikuchi R, Tanaka K, Matsuda N.
    • 雑誌名

      Autophagy

      巻: 17 ページ: 2011-2036

    • DOI

      10.1080/15548627.2021.1874133

  • [学会発表] ユビキチン・プロテアソーム系の不調による炎症性疾患発症の分子機構2022

    • 著者名/発表者名
      濱崎純、村田茂穂
    • 学会等名
      第5回日本免疫不全・自己炎症学会 総会・学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] プロテアソーム転写因子Nrf1活性化に働く新規プロテアーゼDDI2によるプロセシング条件の検討2021

    • 著者名/発表者名
      下岡雅和、濱崎純、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Elucidation of the mechanism of cleavage of transcription factor Nrf1 by DDI22021

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Shimooka, Jun Hamazaki, Shigeo Murata
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 核のUFD経路の生理的意義の解明2021

    • 著者名/発表者名
      西澤晏理、平山尚志郎、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Senescence-associated nuclear proteasome foci degrade p21 and suppress mitochondrial activation2021

    • 著者名/発表者名
      増田竣, 入木朋洋, 安田柊, 小迫英尊, 平山尚志郎, 大竹史明, 佐伯泰, 濱崎純, 村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] MHCクラスIの細胞膜表面における発現と抗原提示に関与する新規因子の探索2021

    • 著者名/発表者名
      渡邊綾香、平山尚志郎、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ユビキチンリガーゼRNF181はプロテアソーム機能低下時のプロテアソーム活性維持に重要な役割を果たす2021

    • 著者名/発表者名
      吉敷純、平山尚志郎、小迫英尊、濱崎純、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 哺乳類プロテアソームの基礎的発現制御因子の探索2021

    • 著者名/発表者名
      山村まどか、本杉良、濱崎純、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Screening of regulator of basal proteasome expression2021

    • 著者名/発表者名
      Madoka Yamamura, Ryo Motosugi, Jun Hamazaki, Shigeo Murata
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 加齢依存的に凝集するタンパク質の同定とその生理的意義の解明2021

    • 著者名/発表者名
      小湊樹、平山尚志郎、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 26Sプロテアソームの細胞内局在制御機構とその生理学的意義の解明2021

    • 著者名/発表者名
      上羅彩加、平山尚志郎、村田茂穂
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 翻訳におけるリボソームタンパク質eS7のユビキチン化/脱ユビキチン化の重要性2021

    • 著者名/発表者名
      八代田英樹、竹原由香、松尾芳隆、Xian Zhao、 神垣あかね、松崎哲郎、小迫英尊、稲田利文、村田茂穂
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム 第54回研究報告会
  • [学会発表] 哺乳類プロテアソームは細胞老化に伴い核内fociに局在し、p21分解やミトコンドリア活性の抑制に関わる2021

    • 著者名/発表者名
      増田竣
    • 学会等名
      第20回次世代を担う若手のためのファーマ・バイオフォーラム2021
  • [備考] 研究室ホームページ

    • URL

      https://tanpaku.f.u-tokyo.ac.jp

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公開日: 2022-12-28  

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