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2022 年度 実績報告書

動植物ゲノム配列解析にもとづくヤポネシアへのヒトの移動の推定

計画研究

研究領域ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
研究課題/領域番号 18H05508
研究機関北海道大学

研究代表者

鈴木 仁  北海道大学, 地球環境科学研究院, 名誉教授 (40179239)

研究分担者 遠藤 俊徳  北海道大学, 情報科学研究院, 教授 (00323692)
坂井 寛章  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度分析研究センター, ユニット長 (20455322)
増田 隆一  北海道大学, 理学研究院, 教授 (80192748)
研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2023-03-31
キーワード全ゲノム解析 / ハツカネズミ / ジャコウネズミ / イネ / ヒョウタン / ヒグマ / 縄文・弥生時代 / ヒト随伴動植物
研究実績の概要

研究1: ヒトに帯同するジャコウネズミに関するゲノム学的解析を行い、5000-6000年前に中国南部およびベトナムを含むアジア大陸東南端部で急激な集団の増大現象が起こり、その後、フィリピンおよびインドネシアの島嶼域にも拡散したことが示唆され、ハツカネズミおよびクマネズミの時空間動態との類似性も認められた。これら3種の分布拡大にオーストロネシア祖語話者の活動が関与した可能性が示唆された。
研究2:高品質なゲノムデータでの集団遺伝解析により、アジアにおけるイネの集団構造を明らかにした。ヤポネシアにおいては、南北で頻度の異なる2つの分集団構造が見いだされ、芒の有無の原因遺伝子の座上する領域などが両集団間で分化していた。ヤポネシアの温帯ジャポニカは韓国の集団と近縁性を示し、韓半島経由での伝来を支持した。また熱帯ジャポニカ集団は中国の集団と最も近縁であったが、東南アジア島嶼集団からの移入が検出された。インディカについては、朝鮮半島の集団と近縁性を示したが、台湾集団からの移入が検出された。
研究3:ヒョウタン標本のNGS解析データに基づく分子系統ネットワーク解析はアジア型とアフリカ型を両極端として結ばれる直線の中央付近から他の標本が放射状に分岐する形を示した。RAD-seqデータによる主成分分析の結果とも整合性があり、ヒョウタン伝播の地理的経路を反映しているものと考えられた。
研究4: 北海道ヒグマについて、常染色体の一塩基多型に基づく集団構造解析を行い、道南地域と、日髙地方・道北道東地域の分化という地理的構造を明らかにした。また種分布モデルは、北海道ヒグマにおいて最終氷期最盛期の集団サイズの減少経験があったことを示した。さらに、ヒグマ全ゲノムデータにより、北海道とエトロフ島の個体群は、サハリンや極東ロシアの個体群よりもホッキョクグマとの間に遺伝子流入があることが示唆された。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (29件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 7件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] 大規模ゲノム情報を活かすプラットフォーム TASUKE の開発2023

    • 著者名/発表者名
      熊谷真彦, 坂井寛章
    • 雑誌名

      農研機構研究報告特集号

      巻: 2023 ページ: 89-97

    • DOI

      10.34503/naroj.2023.13_89

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phylogeography of the Altai weasel (Carnivora: Mustelidae: Mustela altaica) based on an analysis of mitochondrial control-region haplotype2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, N., Abramov, A.V., Amaike, Y., Nishita, Y., and Masuda, R.
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society

      巻: 138 ページ: 274-281

    • DOI

      10.1093/biolinnean/blac148

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Diversity of mitochondrial D-loop haplotypes from ancient Thracian horses in Bulgaria.2023

    • 著者名/発表者名
      Nishita, Y., Amaike, Y., Spassov, N., Hristova, L., Kostov, D., Vladova, D., Peeva, S., Raichev, E., Vlaeva, R., and Masuda, R.
    • 雑誌名

      Animal Science Journal

      巻: 94 ページ: -

    • DOI

      10.1111/asj.13810

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Whole-genome sequencing analysis of wild house mice (Mus musculus) captured in Madagascar2022

    • 著者名/発表者名
      Kazumichi Fujiwara, Marie C. Ranorosoa, Satoshi D. Ohdachi, Satoru Arai, Yuki Sakuma, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 97 ページ: 193-207

    • DOI

      10.1266/ggs.22-00090

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Quaternary Environmental Changes Shaped Mitochondrial DNA Diversity in the Large Japanese Wood Mouse Apodemus speciosus in Hokkaido, Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Yuta Inoue, Yutaro Suzuki, Kaori Hanazaki, Hitoshi Suzuki
    • 雑誌名

      Mammal Study

      巻: 47 ページ: 249-259

    • DOI

      10.3106/ms2021-0050

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Insights into Mus musculus Population Structure across Eurasia Revealed by Whole-Genome Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Kazumichi Fujiwara, Yosuke Kawai, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Naruya Saitou, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 14 ページ: -

    • DOI

      10.1093/gbe/evac068

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comparison of microsatellite and the MHC class II DRB locus diversity of raccoon dogs (Nyctereutes procyonoides) between Finland and Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, Y., Nishita, Y., Amaike, Y., Oksanen, A., Lavikainen, A., and Masuda, R.
    • 雑誌名

      Annales Zoologici Fennici

      巻: 60 ページ: 57-71

    • DOI

      10.5735/086.060.0108

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Diversity of the MHC class II DRB gene in the wolverine (Carnivora: Mustelidae: Gulo gulo) in Finland2022

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, Y., Nishita, Y., Lansink, G.M.J., Holmala, K. Aspi, J., and Masuda, R.
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 17 ページ: -

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0267609

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic diversity and phylogeography of urban hedgehogs (Erinaceus europaeus) around Helsinki, Finland, revealed by mitochondrial DNA and microsatellite analyses2022

    • 著者名/発表者名
      Osaka, M., Pynnonen-Oudman, K., Lavikainen, A., Amaike, Y., Nishita, Y., and Masuda, R.
    • 雑誌名

      Mammal Research

      巻: 67 ページ: 99-107

    • DOI

      10.1007/s13364-021-00603-5

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Hybridization between brown bears Ursus arctos and related species2023

    • 著者名/発表者名
      Yu ENDO, Naoki OSADA, Tsutomu MANO, Alexei V. ABRAMOV, Ryuichi MASUDA
    • 学会等名
      The 69th Annual Meeting of the Ecological Society of Japan
  • [学会発表] 受け継がれるハツカネズミの進化史学2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木仁
    • 学会等名
      日本遺伝学会大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 野生ハツカネズミ(Mus musculus)のゲノムからみる人と米の道2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木仁
    • 学会等名
      東京都医学総合研究セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 日本産野生ハツカネズミにおける適応進化にかかわるゲノム領域の探索2022

    • 著者名/発表者名
      久保俊平、藤原一道、遠藤俊徳、鈴木仁、長田直樹
    • 学会等名
      久保俊平、藤原一道、遠藤俊徳、鈴木仁、長田直樹
  • [学会発表] 野生ハツカネズミの全ゲノム集団解析:亜種間比較と移住・混合様式の解明2022

    • 著者名/発表者名
      藤原一道,鈴木仁,長田直樹
    • 学会等名
      日本分子生物学会
  • [学会発表] マダガスカル産野生ハツカネズミの全ゲノム配列を用いた遺伝的背景の解明2022

    • 著者名/発表者名
      藤原一道, Marie C. Ranorosoa, 大舘智志, 新井智, 佐久間有希, 鈴木仁, 長田直樹
    • 学会等名
      日本遺伝学会
  • [学会発表] ヤポネシアにおけるイネ受容の歴史をゲノム情報から探る2022

    • 著者名/発表者名
      熊谷 真彦、坂井 寛章
    • 学会等名
      日本進化学会
  • [学会発表] ヤポネシアにおけるイネ受容の歴史をゲノム情報から探る2022

    • 著者名/発表者名
      熊谷 真彦、坂井 寛章
    • 学会等名
      日本遺伝学会
  • [学会発表] 縄文糞石のDNAメタバーコーディングによる植物性摂食物の同定2022

    • 著者名/発表者名
      熊谷真彦、谷野彰勇、若林賢、塩野貴之、高木世里、片岡新、鵜野愛美、稲田健一、鯵本眞友美、和久大介、覚張隆史、澤藤りかい、小金渕佳江、勝村啓史、小川元之、米田穣、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類学会大会
  • [学会発表] 古代土壌ゲノム解析にむけたDNA精製・濃縮法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      片岡新、谷野彰勇、小金渕佳江、渡部裕介、鰺本眞由美、熊谷真彦、勝村啓史、小川元之、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類学会大会
  • [学会発表] TASUKE+: A Web-Based Platform for Visualizing Large-Scale Resequencing Data and GWAS2022

    • 著者名/発表者名
      Kumagai M, Tabei N, Kawahara Y, Sakai H, and Itoh T
    • 学会等名
      Plant and Animal Genomes 30, Jan 2023, CA USA
    • 国際学会
  • [学会発表] RAD-seqと全ゲノムデータに基づく広範な地域のヒョウタンの地理的分岐モデルを推定する集団遺伝解析2022

    • 著者名/発表者名
      渡部大、長田直樹、湯浅浩史、遠藤俊徳
    • 学会等名
      日本遺伝学会
  • [学会発表] ヒグマ学とうんち学 ~ 動物の進化と多様性を探る ~2022

    • 著者名/発表者名
      増田隆一
    • 学会等名
      第46回湧別町民 大学(湧別町民大学実行委員会主催)
    • 招待講演
  • [学会発表] うんち学入門 生き物にとって「排泄物」とは何か2022

    • 著者名/発表者名
      増田隆一
    • 学会等名
      第20回消化管先進画 像診断研究会(GAIA)特別講演
    • 招待講演
  • [学会発表] ブルガリアの哺乳類、自然、文化2022

    • 著者名/発表者名
      増田隆一
    • 学会等名
      日本哺乳類学会
  • [学会発表] うんち学への招待2022

    • 著者名/発表者名
      増田隆一
    • 学会等名
      北海道 to the future プロジェクト presents 北大 ・HBC(北海道放送)子どもSDGs大学
    • 招待講演
  • [学会発表] ddRAD-seq法による、オスに偏った分散がヒグマの島嶼個体群形成に及ぼす影響2022

    • 著者名/発表者名
      遠藤優, 長田直樹, 間野勉, 永野惇, 増田隆一
    • 学会等名
      日本哺乳類学会
  • [学会発表] ヒグマはどのように分散し、定着したか?~;全ゲノム解析によるユーラシア内陸部と島嶼のヒグマの移動史~2022

    • 著者名/発表者名
      遠藤優, 長田直樹, 間野勉, Alexei V. Abramov, 増田隆一
    • 学会等名
      日本進化学会
  • [図書] はじめての動物地理学 ― なぜ北海道にヒグマで,本州はツキノワグ マなの?2022

    • 著者名/発表者名
      増田隆一
    • 総ページ数
      126
    • 出版者
      岩波書店
    • ISBN
      9784000272476
  • [図書] 知られざる食肉目動物の多様な世界 ― 東欧と日本 ―2022

    • 著者名/発表者名
      増田隆一,金子弥生
    • 総ページ数
      295
    • 出版者
      中西出版
    • ISBN
      9784891154165

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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