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2022 年度 実績報告書

細胞核・クロマチン構造のダイナミクスと遺伝子制御

計画研究

研究領域遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
研究課題/領域番号 18H05527
研究機関東京工業大学

研究代表者

木村 宏  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (30241392)

研究分担者 伊藤 由馬  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (70803245)
大川 恭行  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2023-03-31
キーワードクロマチン / エピジェネティクス / 遺伝子発現制御 / 転写調節 / ヒストン修飾
研究実績の概要

(1)遺伝子活性化に働くクロマチン構造と動態の解析:
遺伝子発現の無い状態から転写活性化が起こるモデル系として、ゼブラフィッシュ胚性ゲノム活性化(ZGA; zygotic genome activation)に着目し、DNA複製因子であるPCNAの生細胞イメージングを用いてクロマチン動態解析を進めた。ZGA前では特定のクロマチン構造をとらないと思われていたが、PCNAの局在は必ずしも均一でなく、ゲノムの領域に応じて複製タイミングが異なる可能性も示唆された。また、ZGA後には、初期複製と後期複製のドメインが検出され、クロマチンドメインの形成が確認できた。この複製タイミングとクロマチンドメイン形成が転写活性化のポテンシャルを制御する可能性も考えられた。
(2)遺伝子発現変動に働くクロマチン構造の解析:
RNAポリメラーゼIIの開始型に特異的なSer5ph-Mintbodyと伸長型に特異的なSer2ph-Mintbodyを同時に発現する細胞に、ヒストン修飾特異的Mintbodyや転写関連蛋白質を発現させ、ヒストン修飾や各転写関連蛋白質と転写の開始と伸長との関係を明らかにした。また、RNAポリメラーゼIIのサブユニットとSer5ph、Ser2phを比較すると、RNAポリメラーゼの集積はSer5phと類似していた。このことから、開始部位にはより多くの分子が集積していることが明らかになり、RNAポリメラーゼIIは開始クラスターを形成すると考えられた。
(3)遺伝子発現安定化状態でのクロマチン構造と動態の解析:
RNAポリメラーゼII Ser2ph-Mintbodyを発現するノックインマウスを作製した。また、筋芽細胞の分化過程でおこる特定のヒストン修飾の局在性変化を明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 5件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 5件、 招待講演 6件) 備考 (5件)

  • [国際共同研究] Hubrecht Institute(オランダ)

    • 国名
      オランダ
    • 外国機関名
      Hubrecht Institute
  • [国際共同研究] Memorial Sloan Kettering Cencer Center/Colorado State University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Memorial Sloan Kettering Cencer Center/Colorado State University
  • [国際共同研究] Lausanne University(スイス)

    • 国名
      スイス
    • 外国機関名
      Lausanne University
  • [国際共同研究] Cambridge University(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Cambridge University
  • [雑誌論文] Epigenetic plasticity safeguards heterochromatin configuration in mammals2023

    • 著者名/発表者名
      Fukuda Kei、Shimi Takeshi、Shimura Chikako、Ono Takao、Suzuki Takehiro、Onoue Kenta、Okayama Satoko、Miura Hisashi、Hiratani Ichiro、Ikeda Kazuho、Okada Yasushi、Dohmae Naoshi、Yonemura Shigenobu、Inoue Azusa、Kimura Hiroshi、Shinkai Yoichi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      ページ: gkad387

    • DOI

      10.1093/nar/gkad387

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Actin filaments accumulated in the nucleus and remain in the vicinity of condensing chromosomes during prophase in zebrafish early embryo2023

    • 著者名/発表者名
      Oda Haruka、Sato Yuko、Kawashima Shigehiro A.、Fujiwara Yusuke、Palfy Mate、Wu Edlyn、Vastenhouw Nadine L.、Kanai Motomu、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Biology Open

      巻: 12 ページ: bio059783.

    • DOI

      10.1242/bio.059783

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Live-cell tracking of γ-H2AX kinetics reveals the distinct modes of ATM and DNA-PK in the immediate response to DNA damage2023

    • 著者名/発表者名
      Trakarnphornsombat Watanya、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Cell Science

      巻: 136 ページ: jcs.260698

    • DOI

      10.1242/jcs.260698

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dense and Acidic Organelle-Targeted Visualization in Living Cells: Application of Viscosity-Responsive Fluorescence Utilizing Restricted Access to Minimum Energy Conical Intersection2023

    • 著者名/発表者名
      Adachi Junya、Oda Haruka、Fukushima Toshiaki、Lestari Beni、Kimura Hiroshi、Sugai Hiroka、Shiraki Kentaro、Hamaguchi Rei、Sato Kohei、Kinbara Kazushi
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 95 ページ: 5196~5204

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c04133

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nanog organizes transcription bodies2023

    • 著者名/発表者名
      Kuznetsova Ksenia、Chabot Noemie M.、Ugolini Martino、Wu Edlyn、Lalit Manan、Oda Haruka、Sato Yuko、Kimura Hiroshi、Jug Florian、Vastenhouw Nadine L.
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 33 ページ: 164~173.e5

    • DOI

      10.1016/j.cub.2022.11.015

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The role of H3K9me3 in oral squamous cell carcinoma2023

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Misako、Harada Hiroyuki、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 640 ページ: 56~63

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.11.102

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transient Methionine Deprivation Triggers Histone Modification and Potentiates Differentiation of Induced Pluripotent Stem Cells2022

    • 著者名/発表者名
      Ozawa Hiroki、Kambe Azusa、Hibi Kodai、Murakami Satoshi、Oikawa Akira、Handa Tetsuya、Fujiki Katsunori、Nakato Ryuichiro、Shirahige Katsuhiko、Kimura Hiroshi、Shiraki Nobuaki、Kume Shoen
    • 雑誌名

      Stem Cells

      巻: 41 ページ: 271~286

    • DOI

      10.1093/stmcls/sxac082

    • 査読あり
  • [雑誌論文] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity2022

    • 著者名/発表者名
      Ohishi Hiroaki、Shimada Seiru、Uchino Satoshi、Li Jieru、Sato Yuko、Shintani Manabu、Owada Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Pertsinidis Alexandros、Yamamoto Takashi、Kimura Hiroshi、Ochiai Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 7672

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35286-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-cell profiling of transcriptome and histone modifications with EpiDamID2022

    • 著者名/発表者名
      Rang Franka J.、de Luca Kim L.、de Vries Sandra S.、Valdes-Quezada Christian、Boele Ellen、Nguyen Phong D.、Guerreiro Isabel、Sato Yuko、Kimura Hiroshi、Bakkers Jeroen、Kind Jop
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 82 ページ: 1956~1970.e14

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2022.03.009

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Nucleoplasmic lamin C rapidly accumulates at sites of nuclear envelope rupture with BAF and cGAS2022

    • 著者名/発表者名
      Kono Yohei、Adam Stephen A.、Sato Yuko、Reddy Karen L.、Zheng Yixian、Medalia Ohad、Goldman Robert D.、Kimura Hiroshi、Shimi Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: 221 ページ: jcb.202201024

    • DOI

      10.1083/jcb.202201024

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Superfluid helium nanoscope insert with millimeter working range2022

    • 著者名/発表者名
      Kamiya Naoki、Kuramoto Kazuki、Takishima Kento、Yumoto Tatsuya、Oda Haruka、Shimi Takeshi、Kimura Hiroshi、Matsushita Michio、Fujiyoshi Satoru
    • 雑誌名

      Review of Scientific Instruments

      巻: 93 ページ: 103703~103703

    • DOI

      10.1063/5.0107395

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intra Q-body: an antibody-based fluorogenic probe for intracellular proteins that allows live cell imaging and sorting2022

    • 著者名/発表者名
      Dai Yancen、Sato Yuko、Zhu Bo、Kitaguchi Tetsuya、Kimura Hiroshi、Ghadessy Farid J.、Ueda Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 13 ページ: 9739~9748

    • DOI

      10.1039/d2sc02355e

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Euchromatin factors HULC and Set1C affect heterochromatin organization and mating-type switching in fission yeast Schizosaccharomyces pombe2022

    • 著者名/発表者名
      Esquivel-Chavez Alfredo、Maki Takahisa、Tsubouchi Hideo、Handa Testuya、Kimura Hiroshi、Haber James E.、Thon Genevieve、Iwasaki Hiroshi
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 97 ページ: 123~138

    • DOI

      10.1266/ggs.22-00012

    • 査読あり
  • [学会発表] クロマチン修飾と転写の生細胞ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      木村 宏
    • 学会等名
      第4回ゲノム生物物理学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamics of chromatin organization and transcription in early zebrafish embryos2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamics of histone RNA polymerase II modifications in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      EMBO Workshop “Nuclear structure and dynamics”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamics of histone and RNA polymerase II modifications in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      Japan-UK Regulation through Chromatin Conference 2022
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Histone modification dynamics during transcription activation in living cells and embryos2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      Gordon Research Conference “Chromatin Structure and Function: Chromatin Modifications, RNA and Metabolism”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Chromatin domain organization and dynamics in zebrafish embryos as revealed by live-cell imaging2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      EMBO Workshop “Awakening of the genome: The maternal-to-zygotic transition”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 東工大 木村研究室

    • URL

      http://kimura-lab.bio.titech.ac.jp/

  • [備考] 東工大 細胞制御工学研究センター

    • URL

      http://www.rcb.iir.titech.ac.jp/index.html

  • [備考] 新学術領域「遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル」

    • URL

      http://www.nibb.ac.jp/potentia/index.html

  • [備考] リサーチマップ 木村宏

    • URL

      https://researchmap.jp/hiroshikimura

  • [備考] ORCID Hiroshi Kimura

    • URL

      https://orcid.org/0000-0003-0854-083X

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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