ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

2022 年度 実績報告書

• 研究領域: 遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
• 研究課題/領域番号: 18H05534
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
• 研究分担者: 杉山 正明 京都大学, 複合原子力科学研究所, 教授 (10253395) ; 河野 秀俊 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, プロジェクトディレクター (40291918)
• 研究期間 (年度): 2018-06-29 – 2023-03-31
• キーワード: ヌクレオソーム / クロマチン / 遺伝子発現 / 転写 / エピジェネティクス

研究実績の概要

真核生物において、遺伝情報を担うゲノムDNAは、４種類のヒストンとDNAから構成されるヌクレオソームにクロマチン制御因子群が結合することで、多様なクロマチンを形成している。このクロマチンの多様性によって遺伝子発現制御が成し遂げられると考えられる。本研究では、多様なクロマチンの形成機構とそのダイナミクスを明らかにすることで、遺伝子発現制御機構の解明を目指す。本年度は、以下の項目１－４の研究を継続した。（項目１）リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明：リンカーヒストン機能ホモログとヌクレオソームとの複合体の立体構造解明に成功した。さらに、そのクロマチン上での機能解析を生化学的手法を用いて行った。（項目２）ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明：複数のヘテロクロマチン関連タンパク質とジヌクレオソームとの複合体のクライオ電子顕微鏡解析を行った。様々な試料調製法や解析手法を検討することで、複合体の安定性や構造解析における分解能の向上を試みた。（項目３）遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明：骨格筋や脳において発現するヒストンバリアントH3mm18を含むヌクレオソームについて、生化学、構造生物学、細胞生物学、ゲノム生物学の手法を用いた機能・構造解析を行った。その結果、H3mm18がヌクレオソーム構造不安定性を引き起こすことが明らかになった。加えて、H3mm18の高発現により筋分化が抑制されることを見出した。（項目４）ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析：再構成ヌクレオソームを用いたin vitro転写反応系を用いて、ヒストンシャペロンFACT及び転写伸長複合体によって、RNAポリメラーゼIIが通過し崩壊したヌクレオソームが、RNAポリメラーゼIIの通過後に再形成されることを構造生物学的に明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] Stony Brook University/The University of Colorado(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: Stony Brook University/The University of Colorado
• [国際共同研究] Institut Laue-Langevin(フランス)
  • 国名: フランス
  • 外国機関名: Institut Laue-Langevin
• [雑誌論文] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Spontaneous Nucleosome Sliding of H2A.Z at the Subsecond Time Scale (2023)
  • 著者名/発表者名: Morioka Shin、Sato Shoko、Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Tomita Takuya、Baba Yudai、Kakuta Takahiro、Ogoshi Tomoki、Puppulin Leonardo、Sumino Ayumi、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Kurumizaka Hitoshi、Shibata Mikihiro
  • 雑誌名: Nano Letters 巻: 23 ページ: 1696～1704
  • DOI: 10.1021/acs.nanolett.2c04346
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The cryo-EM structure of full-length RAD52 protein contains an undecameric ring (2023)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita Chiaki、Takizawa Yoshimasa、Saotome Mika、Ogino Shun、Kurumizaka Hitoshi、Kagawa Wataru
  • 雑誌名: FEBS Open Bio 巻: 13 ページ: 408～418
  • DOI: 10.1002/2211-5463.13565
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structural and biochemical analyses of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones (2022)
  • 著者名/発表者名: Fukushima Yutaro、Hatazawa Suguru、Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: The Journal of Biochemistry 巻: 172 ページ: 79～88
  • DOI: 10.1093/jb/mvac043
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structural basis for binding diversity of acetyltransferase p300 to the nucleosome (2022)
  • 著者名/発表者名: Hatazawa Suguru、Liu Jiuyang、Takizawa Yoshimasa、Zandian Mohamad、Negishi Lumi、Kutateladze Tatiana G.、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: iScience 巻: 25 ページ: 104563～104563
  • DOI: 10.1016/j.isci.2022.104563
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Nucleosome Structures Built from Highly Divergent Histones: Parasites and Giant DNA Viruses (2022)
  • 著者名/発表者名: Sato Shoko、Dacher Mariko、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: Epigenomes 巻: 6 ページ: 22～22
  • DOI: 10.3390/epigenomes6030022
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Method for Evaluating Effects of Non-coding RNAs on Nucleosome Stability (2022)
  • 著者名/発表者名: Dacher Mariko、Fujita Risa、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: piRNA: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology 巻: 2509 ページ: 195～208
  • DOI: 10.1007/978-1-0716-2380-0_12
• [雑誌論文] Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT (2022)
  • 著者名/発表者名: Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Shirouzu Mikako、Kurumizaka Hitoshi、Sekine Shun-ichi
  • 雑誌名: Science 巻: 377 ページ: eabp9466
  • DOI: 10.1126/science.abp9466
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structural basis for p53 binding to its nucleosomal target DNA sequence (2022)
  • 著者名/発表者名: Nishimura Masahiro、Takizawa Yoshimasa、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: PNAS Nexus 巻: 1 ページ: pgac177
  • DOI: 10.1093/pnasnexus/pgac177
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Cryo-electron microscopy structure of the H3-H4 octasome: A nucleosome-like particle without histones H2A and H2B (2022)
  • 著者名/発表者名: Nozawa Kayo、Takizawa Yoshimasa、Pierrakeas Leonidas、Sogawa-Fujiwara Chizuru、Saikusa Kazumi、Akashi Satoko、Luk Ed、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: Proceedings of the National Academy of Sciences 巻: 119 ページ: e2206542119
  • DOI: 10.1073/pnas.2206542119
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H1 (2022)
  • 著者名/発表者名: Hirano Rina、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Uejima Tamami、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 13 ページ: -
  • DOI: 10.1038/s41467-022-35003-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance (2022)
  • 著者名/発表者名: Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Inoue Rintaro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
  • 雑誌名: Angewandte Chemie International Edition 巻: 62 ページ: e202214412
  • DOI: 10.1002/anie.202214412
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations (2022)
  • 著者名/発表者名: Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yunoki Yasuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 12 ページ: 9970
  • DOI: 10.1038/s41598-022-13982-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Data Collection for Dilute Protein Solutions via a Neutron Backscattering Spectrometer (2022)
  • 著者名/発表者名: Tominaga Taiki、Nakagawa Hiroshi、Sahara Masae、Oda Takashi、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
  • 雑誌名: Life 巻: 12 ページ: 675～675
  • DOI: 10.3390/life12050675
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Tracking the Structural Development of Amyloid Precursors in the Insulin B Chain and the Inhibition Effect by Fibrinogen (2022)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto Naoki、Inoue Rintaro、Makino Yoshiteru、Sekiguchi Hiroshi、Shibayama Naoya、Naito Akira、Sugiyama Masaaki、Chatani Eri
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 126 ページ: 10797～10812
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c05136
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Orchestration of Proteins in cyanobacterial Circadian Clock System 1 (2022)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama Masaaki、Morishima Ken、Yunoki Yasuhiro、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yagi Hirokazu、Kato Koichi
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: - ページ: -
  • DOI: 10.1101/2022.08.26.505376
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule (2022)
  • 著者名/発表者名: Higo Junichi、Kasahara Kota、Bekker Gert-Jan、Ma Benson、Sakuraba Shun、Iida Shinji、Kamiya Narutoshi、Fukuda Ikuo、Kono Hidetoshi、Fukunishi Yoshifumi、Nakamura Haruki
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 12 ページ: 13792
  • DOI: 10.1038/s41598-022-17920-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Free Energy Landscape of H2A-H2B Displacement From Nucleosome (2022)
  • 著者名/発表者名: Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
  • 雑誌名: Journal of Molecular Biology 巻: 434 ページ: 167707～167707
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2022.167707
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Chemical catalyst/protein hybrid as artificial histone-modifying enzyme for epigenome manipulation (2022)
  • 著者名/発表者名: Fujimura Akiko、Ishida Hisashi、Nozaki Tamiko、Azumaya Yuto、Ishiguro Tadashi、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi、Yamatsugu Kenzo、Kawashima Shigehiro、Kanai Motomu
  • 雑誌名: ChemRxiv 巻: - ページ: -
  • DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-xt610
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] 多分散・多成分溶液中の生体高分子の構造解析のための小角散乱と各種成分分離手法の複合的アプローチ (2022)
  • 著者名/発表者名: 守島健、佐藤信浩、井上倫太郎、杉山正明
  • 雑誌名: 波紋 巻: 32 ページ: 16-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] 時計タンパク質複合体の構造解析を通して明らかとなった中性子小角散乱の強み (2022)
  • 著者名/発表者名: 柚木康弘、松本淳、守島健、Martel Anne、Porcar Lionel、佐藤信浩、與語理那、富永大輝、矢木真穂、井上倫太郎、河野秀俊、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
  • 雑誌名: 波紋 巻: 32 ページ: 158-164
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] RNAPII driven post-translational modifications of nucleosomal histones (2022)
  • 著者名/発表者名: Chan Justin、Kumar Amarjeet、Kono Hidetoshi
  • 雑誌名: Trends in Genetics 巻: 38 ページ: 1076～1095
  • DOI: 10.1016/j.tig.2022.04.010
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明 (2023)
  • 著者名/発表者名: 中川洋、井上倫太郎、小田隆、矢木-内海真穂、斎尾智英、苙口友隆、長田裕也、杉山正明、佐藤衛、川北至信、岩瀬裕希、富永大輝、高田慎一
  • 学会等名: 2022年度量子ビームサイエンスフェスタ
• [学会発表] BL02による希薄タンパク質溶液のデータ収集最適化 (2023)
  • 著者名/発表者名: 富永大輝, 中川洋, 佐原雅恵, 小田隆, 井上倫太郎, 杉山正明
  • 学会等名: 2022年度量子ビームサイエンスフェスタ
• [学会発表] X線小角散乱と全原子分子動力学シミュレーションによるα-glucosidaseの溶液構造研究 (2023)
  • 著者名/発表者名: 會澤直樹、清水将裕、横田幸紀、守島健、柚木康弘、奥田綾、佐藤信浩、井上倫太郎、大田ゆかり、裏出令子、杉山正明
  • 学会等名: 2022年度量子ビームサイエンスフェスタ
• [学会発表] The effect of Mg2+ ions on nucleosomal array under external force (2023)
  • 著者名/発表者名: Amarjeet Kumar、Tomoko Sunami、Shoko Sato、Hitoshi Kurumizaka、Hidetoshi Kono
  • 学会等名: The 67th Biophysical Society Annual Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるクロマチン構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 胡桃坂 仁志
  • 学会等名: 日本顕微鏡学会 第78回学術講演会
• [学会発表] Structural dynamics of the nucleosome during transcription elongation (2022)
  • 著者名/発表者名: Kurumizaka Hitoshi
  • 学会等名: The 2022 (6th) Telluride Workshop on Chromatin Structure and Dynamics
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Impact of torque and TF-binding on nucleosome investigated by molecular dynamics simulation and SAXS (2022)
  • 著者名/発表者名: Kono Hidetoshi
  • 学会等名: The 2022 (6th) Telluride Workshop on Chromatin Structure and Dynamics
  • 国際学会
• [学会発表] Structural insights into chromatin dynamics during gene expression (2022)
  • 著者名/発表者名: Kurumizaka Hitoshi
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory "Epigenetics & Chromatin" Meeting
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 遺伝子転写におけるクロマチン構造ダイナミクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 胡桃坂 仁志
  • 学会等名: 2022年度国立遺伝学研究所クロマチン研究会 令和4年度遺伝研研究会 (クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御)
• [学会発表] ジヌクレオソームを用いたヘテロクロマチン基盤構造のクライオ電子顕微鏡解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 何承翰、鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 新学術領域・学術変革A合同「若手の会 2022」
• [学会発表] ヒストンバリアントによるクロマチン転写の制御機構 (2022)
  • 著者名/発表者名: 赤津綜隆、鯨井智也、滝沢由政、平野里奈、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 新学術領域・学術変革A合同「若手の会 2022」
• [学会発表] ヌクレオソームにおけるヒストンN末端テールの機能 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大石匠美、畠澤卓、鯨井智也、林剛介、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 新学術領域・学術変革A合同「若手の会 2022」
• [学会発表] エピジェネティックな遺伝子制御のクロマチン構造基盤 (2022)
  • 著者名/発表者名: 胡桃坂 仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] 病原性寄生虫Giardia lambliaのクロマチン基盤構造 (2022)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 祥子、滝沢 由政、Dacher Mariko、田中大貴、立和名博昭、飯倉ゆかり、鯨井智也、Ho Cheng-Han、安達成彦、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] リンカーヒストンH1を含むヘテロクロマチン基盤構造のクライオ電顕解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 何承翰、鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] 転写におけるクロマチン構造の維持機構 (2022)
  • 著者名/発表者名: 赤津綜隆、江原晴彦、鯨井智也、藤田理紗、滝沢由政、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] メタノール資化酵母 K. pastorisヌクレオソームにおける転写解析およびcryo-EM構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 福島友太郎、畠澤卓、平井誠也、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] ヒストンアセチル化酵素p300によるヌクレオソーム結合の構造基盤 (2022)
  • 著者名/発表者名: 畠澤卓、Liu Jiuyang、滝沢由政、Zandian Mohamad、根岸瑠美、Kutateladze Tatiana G.、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] ヒストンN末端テールがヌクレオソームの機能に与える影響 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大石匠美、畠澤卓、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] 核内タンパク質による高次クロマチン形成機構の構造生物学的解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 堀越直樹、三宅諒祐、曽川千鶴、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] クライオ電子顕微鏡による色素性乾皮症E群タンパク質DDB2の紫外線損傷認識機構の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 松本翔太、滝沢由政、小笠原光雄、橘春奈、山元淳平、岩井成憲、菅澤薫、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
• [学会発表] 転写におけるクロマチン構造とダイナミクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 胡桃坂 仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] ヒストンH3バリアントを標的とした細胞核抽出クロマチンの構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 塩井琢郎、畠澤卓、大川恭行、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] クライオ電子顕微鏡解析から明らかになった新しいサブヌクレオソーム・H3-H4オクタソームの構造機能解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] H3-H4オクタソーム上で起こる転写機構の解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大井茉祐子、野澤佳世、西村正宏、滝沢由政、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] piRNA因子Rhinoとヌクレオソームの複合体構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大畑健汰、大角健、滝沢由政、塩見美喜子、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] ピキア酵母ヌクレオソームの立体構造および転写解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 福島友太郎、畠澤卓、平井誠也、鯨井智也、江原晴彦、滝沢由政、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] ヒストンH3バリアントH3.8を含むヌクレオソームの性状解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 平井誠也、鯨井智也、大川恭行、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 転写共役修復におけるRNAポリメラーゼII-ヌクレオソーム複合体の構造ダイナミクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 大角健、鯨井智也、滝沢由政、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] クロマチン結合因子DEKの構造とクロマチン制御機構 (2022)
  • 著者名/発表者名: 鯨井智也、越後谷健太、岸雄介、滝沢由政、佐伯麻衣、増本博司、木村宏、後藤由季子、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 細胞核内より抽出したクロマチンユニットのクライオ電顕構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 滝沢由政、畠澤卓、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] NSD2酵素のメチル基付加機構と翻訳後修飾のヌクレオソームに与える影響 (2022)
  • 著者名/発表者名: 河野秀俊、Kumar Amarjeet、佐藤光、仙石徹
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] ヌクレオソームDNAのほどけやすさに見られる非対称性 (2022)
  • 著者名/発表者名: 角南智子、石田恒、河野秀俊
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 転写におけるヌクレオソーム構造のダイナミクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第15回日本エピジェネティクス研究会年会
• [学会発表] クロマトソーム上での転写伸長機構に関する解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 平野里奈、江原晴彦、鯨井智也、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第15回日本エピジェネティクス研究会年会
• [学会発表] 転写因子p53によるヌクレオソーム中のDNA配列認識機構の構造的研究 (2022)
  • 著者名/発表者名: 西村正宏
  • 学会等名: 第15回日本エピジェネティクス研究会年会
• [学会発表] NSD2によるヌクレオソーム上H3 Lys36メチル化の構造基盤 (2022)
  • 著者名/発表者名: 仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、河野秀俊、緒方一博
  • 学会等名: 第15回日本エピジェネティクス研究会年会
• [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるヒトヌクレオソームの高分解能構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 滝沢由政、佐藤祥子、何承翰、ダネフラドスティン、胡桃坂 仁志
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 新しいクロマチン基盤構造 H3-H4 オクタソームのクライオ電子顕微鏡解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 小角散乱及び中性子準弾性散乱によるHef-IDRの構造・ダイナミクス解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 井上 倫太郎、小田隆、中川洋、富永大輝、川北至信、佐藤衛、杉山 正明
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] X線小角散乱プロファイルと粗視化分子動力学計算に基づく4ドメインタンパク質ER-60の構造研究 (2022)
  • 著者名/発表者名: 清水将裕、奥田綾、守島健、柚木康弘、井上倫太郎、佐藤信浩、裏出令子、杉山正明
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 小角散乱と超遠心分析を組み合わせた多分散溶液中の蛋白質構造解析法の開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 守島健、奥田綾、佐藤信浩、井上倫太郎、清水将裕、柚木康弘、裏出令子、杉山正明
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 生物物理と計算科学の統合手法による時計タンパク質KaiABC複合体全長の溶液構造の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 柚木康弘、松本淳、守島健、マーテル アン、ポーカー リオネル、佐藤信浩、與語理那、富永大輝、井上倫太郎、矢木真穂、奥田綾、清水将裕、裏出令子、寺内一姫、河野秀俊、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] X線小角散乱法による酸化的フォールディング酵素ER-60の溶液構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 奥田綾、清水将裕、守島健、井上倫太郎、佐藤信浩、柚木康弘、裏出令子、杉山正明
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] ヌクレオソームとその関連タンパク質との相互作用 (2022)
  • 著者名/発表者名: 河野秀俊
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] ヌクレオソームDNAの配列依存的アンラッピングのFRET解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 角南智子、河野秀俊
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] JRR3で最先端の生体高分子の中性子溶液散乱を！ (2022)
  • 著者名/発表者名: 杉山正明
  • 学会等名: 日本中性子科学会第22回年会
• [学会発表] 好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の生理的温度における動的構造とダイナミクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 小田隆、井上倫太郎、富永大輝、中川洋、守島健、岩瀬裕希、石野良純、佐藤衛、杉山正明
  • 学会等名: 日本中性子科学会第22回年会
• [学会発表] 超遠心分析と小角散乱の複合手法による時計タンパク質複合体の溶液構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 守島健、柚木康弘、清水将裕、奥田綾、井上倫太郎、佐藤信浩、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
  • 学会等名: 日本中性子科学会第22回年会
• [学会発表] 逆転コントラスト同調中性子小角散乱解析を目指したER-60の重水素化試料調製 (2022)
  • 著者名/発表者名: 奥田綾、井上倫太郎、守島健、柚木康弘、清水将裕、佐藤信浩、裏出令子、杉山正明
  • 学会等名: 日本中性子科学会第22回年会
• [学会発表] 高濃度環境下のα-クリスタリンのサブユニット交換 (2022)
  • 著者名/発表者名: 井上倫太郎、守島健、奥田綾、佐藤信浩、 杉山正明
  • 学会等名: 日本中性子科学会第22回年会
• [学会発表] Future Perspective of Biological Small-Angle Scattering (2022)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama M
  • 学会等名: Neutron Scattering on continuous sources - future developments, US-Japan workshop, Oak Ridge National Laboratory, USA
  • 国際学会
• [学会発表] SANS for soft matter (2022)
  • 著者名/発表者名: Inoue R, Sugiyama M
  • 学会等名: Neutron Scattering on continuous sources - future developments, US-Japan workshop, Oak Ridge National Laboratory, USA
  • 国際学会
• [学会発表] Integrated Method with Analytical Ultracentrifugation and Small-Angle Scattering (AUC-SAS) for the Structural Analysis of a Biomacromolecule in a Polydisperse Solution (2022)
  • 著者名/発表者名: Morishima K, Okuda A, Sato N, Shimizu M, Yunoki Y, Inoue R, Urade R, Sugiyama M
  • 学会等名: XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
  • 国際学会
• [学会発表] Solution Structure Analysis of the Multi-domain Protein, ER-60 by Small Angle Scattering (2022)
  • 著者名/発表者名: Okuda A, Shimizu M, Morishima K, Inoue R, Sato N, Yunoki Y, Urade R, Sugiyama M
  • 学会等名: XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
  • 国際学会
• [学会発表] Domain Conformation of Multi-domain Protein ER-60 Studied with Hybrid Approach of Coarse-grained Simulations and Small-angle X-ray Scattering (2022)
  • 著者名/発表者名: Shimizu M, Okuda A, Morishima K, Sato N, Inoue R, Yunoki Y, Urade R, Sugiyama M
  • 学会等名: XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
  • 国際学会
• [学会発表] Dynamics and Structure of Intrinsically Disordered Region of Hef as Studied by Solution Scattering (2022)
  • 著者名/発表者名: Inoue R, Oda T, Nakagwa H, Tominaga T, Kawakita Y, Sato M, Sugiyama M
  • 学会等名: XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
  • 国際学会
• [学会発表] 新しいクロマチン基盤ユニットであるH3-H4オクタソームのクライオ電子顕微鏡解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] Internal Dynamics of Intrinsically Disordered Protein as Studied by Neutron Scattering (2022)
  • 著者名/発表者名: 井上倫太郎、小田隆、中川洋、富永大輝、川北至信、佐藤衛、杉山正明
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] 多分散溶液中の生体高分子の構造解析のための超遠心分析と小角散乱による統合アプローチ (2022)
  • 著者名/発表者名: 守島健、井上倫太郎、奥田綾、佐藤信浩、清水将裕、柚木康弘、裏出令子、杉山正明
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] Kai 時計システムにおける分子の統合運動 (2022)
  • 著者名/発表者名: 杉山正明、守島健、柚木康弘、井上倫太郎、佐藤信浩、矢木宏和、加藤晃一
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] ヌクレオソームからH2A-H2B2量体が脱離する際の自由エネルギー局面解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: Ishida H, Kono H.
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] Study on photoactivated enzyme OaPAC by QM/MM molecular simulation (2022)
  • 著者名/発表者名: Taguchi M, Sakuraba S, Wai S. Chan, Kono H.
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] Building a Coarse-grained Model of Chromatin (2022)
  • 著者名/発表者名: Justin Chan, Hidetoshi Kono
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] FRET study of the sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping (2022)
  • 著者名/発表者名: Sunami T, Kono H.
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] Benchmark of force fields to characterize the short intrinsically disordered region of FUS-LC domain (2022)
  • 著者名/発表者名: Maud Chan-Yao-Chong, Justin Chan, Hidetoshi Kono
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
  • 国際学会
• [学会発表] Molecular insight into photoactivation mechanism of BLUF protein by QM/MM free energy simulation (2022)
  • 著者名/発表者名: Taguchi M, Sakuraba S, Wai S. Chan, Kono H.
  • 学会等名: The 5th International Forum on Quantum Metrology and Sensing
  • 国際学会
• [学会発表] 転写伸長におけるヌクレオソームの崩壊と再構築機構の構造生物学的解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
• [学会発表] ヌクレオソームにおけるヒストンN末端テールによる転写制御 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大石匠美、畠澤卓、赤津綜隆、鯨井智也、林剛介、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
  • 学会等名: 第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
• [学会発表] ヌクレオソームからのH2A-H2B脱離における重要なアミノ酸残基の特定 (2022)
  • 著者名/発表者名: 石田恒、河野秀俊
  • 学会等名: 第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
• [学会発表] Benchmark of force fields to characterize the intrinsically disordered region of FUS-LC domain (2022)
  • 著者名/発表者名: Chan-Yao-Chong Maud, Chan S. Wai, Kono H.
  • 学会等名: 量子生命科学会 第４回大会
• [学会発表] Building a Coarse-grained Model of Chromatin: Nucleosome-Nucleosome Interaction Patterns (2022)
  • 著者名/発表者名: Chan S. Wai, Kono H.
  • 学会等名: 量子生命科学会 第４回大会
• [学会発表] 転写開始点のヌクレオソームDNAアンラッピングのFRET解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 角南智子、河野秀俊
  • 学会等名: 量子生命科学会 第４回大会
• [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヒストンH2A-H2B のヌクレオソームからの脱離メカニズム解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 石田恒、河野秀俊
  • 学会等名: 量子生命科学会 第４回大会
• [学会発表] QM/MM 分子シミュレーションによ る光活性化酵素 PAC の機能解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦、櫻庭俊、ソオンチワ、河野秀俊
  • 学会等名: 量子生命科学会 第４回大会
• [学会発表] 核内DNA収納体の構造形成崩壊の自由エネルギー地形解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 石田恒
  • 学会等名: 第9回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題
• [学会発表] 溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 柚木康弘、松本淳、守島健、Martel A、Porcar L、佐藤信浩、與語 理那、富永大輝、井上倫太郎、矢木真穂、et al.
  • 学会等名: 第29回日本時間生物学会学術大会
• [学会発表] Structure and dynamics of nucleosomes, the fundamental structural unit of chromatin (2022)
  • 著者名/発表者名: Hidetoshi Kono、Jinzen Ikebe、Hisashi Ishida、Shun Sakuraba
  • 学会等名: Joint Meeting of the 20th KIAS Conference on Protein Structure and Function and The 7th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"
  • 国際学会 / 招待講演
• [図書] 実験医学 増刊号Vol.40 No.12「セントラルドグマの新常識」 『転写・翻訳の驚きの新機構と再定義されるDNA・RNA・タンパク質の世界』第2章「転写の新常識」1.「クロマチンにおける転写機構の新たな知見」 (2022)
  • 著者名/発表者名: 鯨井智也、胡桃坂仁志
  • 総ページ数: 264
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 978-4-7581-0404-3
• [備考] 東京大学 定量生命科学研究所 胡桃坂仁志研究室
  • URL: https://www.iqb.u-tokyo.ac.jp/kurumizakalab/
• [備考] 京都大学 複合原子力科学研究所 粒子線物性学研究室
  • URL: https://www.rri.kyoto-u.ac.jp/PSlab/