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2021 年度 実績報告書

生体分子ダイナミクスと細胞メカニクスの統合による植物周期動態の数理的解明

計画研究

研究領域細胞システムの自律周期とその変調が駆動する植物の発生
研究課題/領域番号 19H05678
研究機関京都大学

研究代表者

望月 敦史  京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 教授 (10304726)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワード数理モデル / ダイナミクス / ネットワーク / 構造理論 / バイオメカニクス
研究実績の概要

本研究では数理的手法を用い、植物形態形成に対して、(1) 生体分子ダイナミクスと、(2) 細胞メカニクスの2つの階層から、周期性を創出するメカニズムとその変調がもたらす効果の解明に迫る。これまでに開発した構造理論を発展させ、(i) 周期的振る舞いが現れるための生体分子相互作用の条件および、周期性やその変調が器官形態にもたらす効果を数理的に決定する。さらに、これらを用いて、(ii) 領域内の実験グループとの共同研究を推進し、植物形態形成でみられる様々な振動現象のメカニズムを予測検証的に解明する。
(1) 2021年度は、構造分岐解析の理論的展開をさらに進めた。細胞周期システムの解明を題材とした。一つの分裂から次の分裂までには,G1期,S期,G2期,M期の4つの段階を経る必要があり,これらを総称して細胞周期と呼ぶ.細胞周期は複数種のCdkやサイクリンといったタンパク質の活性によって調節されている。G1期からS期,あるいはG2期からM期へ移行するためには,それぞれ異なるCdk/サイクリン複合体のスイッチ様の活性化が必要だと分かっている.細胞周期のダイナミクスの本質は,周期振動ではなく,システムが持つ複数の定常状態を不可逆的に遷移することだと考えられている。生体分子ネットワークの情報に対し構造感度解析を適用することで、各種のサイクリン分子の活性が変化した時に、システム中のそれぞれの分子がどのように活性変化するかを予測した。
(2) 2021年度は、周期的挙動が形態形成に与える影響を解明するための数理モデルの構築を行った。前年度に行った数理モデルの構築と解析をさらに進め、より広範な理解を得る。細胞間相互作用に加えて、細胞-環境相互作用が器官の形態を可塑的に変化させる可能性がある。この可能性について、数理モデルの徹底的な解析により、解明を進める。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

数理理論の構築は順調に進み、論文作成を進めている。また具体的な生命現象の解明を目指して、実験生物学者と共同研究を行っている。

今後の研究の推進方策

今後も理論解析を進め、論文業績につなげたい。また具体的な生命現象の解明を目指して、実験生物学者と共同研究を進める。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021

すべて 雑誌論文 (5件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Using linkage logic theory to control dynamics of a gene regulatory network of a chordate embryo2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Kenji、Maeda Kazuki、Tokuoka Miki、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 ページ: 4001

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83045-y

  • [雑誌論文] The gene regulatory system for specifying germ layers in early embryos of the simple chordate2021

    • 著者名/発表者名
      Tokuoka Miki、Maeda Kazuki、Kobayashi Kenji、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 ページ: -

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf8210

  • [雑誌論文] Quantitative analyses reveal extracellular dynamics of Wnt ligands in Xenopus embryos2021

    • 著者名/発表者名
      Mii Yusuke、Nakazato Kenichi、Pack Chan-Gi、Ikeda Takafumi、Sako Yasushi、Mochizuki Atsushi、Taira Masanori、Takada Shinji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.7554/eLife.55108

  • [雑誌論文] Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems2021

    • 著者名/発表者名
      Okada Takashi、Mochizuki Atsushi、Furuta Mikio、Tsai Je-Chiang
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 103 ページ: -

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.103.062212

  • [雑誌論文] IRAK1-dependent Regnase-1-14-3-3 complex formation controls Regnase-1-mediated mRNA decay2021

    • 著者名/発表者名
      Akaki Kotaro、Ogata Kosuke、Yamauchi Yuhei、Iwai Noriki、Tse Ka Man、Hia Fabian、Mochizuki Atsushi、Ishihama Yasushi、Mino Takashi、Takeuchi Osamu
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.7554/eLife.71966

  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから解明する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      明治非線形サマーセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークの構造に基づく細胞運命の操作2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      MathHuB研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      武蔵野大学数理工学シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 化学反応ネットワークの構造に基づく振る舞いの解析 -基礎から生命機能まで-2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      開放系トポロジーの探求
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] Controlling cell fate specification system based on network structure2021

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Mochizuki
    • 学会等名
      DARS-SWARM2021
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 理論生物学概論2021

    • 著者名/発表者名
      望月 敦史
    • 総ページ数
      328
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      978-4-320-05830-9

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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