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2022 年度 実績報告書

複合生物系を形作るポストコッホ微生物

計画研究

研究領域超地球生命体を解き明かすポストコッホ機能生態学
研究課題/領域番号 19H05682
研究機関筑波大学

研究代表者

野村 暢彦  筑波大学, 生命環境系, 教授 (60292520)

研究分担者 豊福 雅典  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (30644827)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワード微生物間相互作用 / 複合微生物 / Quorum-sensing / イメージング解析 / 遺伝子解析
研究実績の概要

新規イメージング解析技術(CRIF)は、自家蛍光シグネチャーに基づいて細胞の増殖状態や生育条件を高感度に判別できること、細胞の生理状態によって自家蛍光シグネチャーが変化することが明らかになった。本新学術プロジェクトの展開において、複合微生物系における微生物間相互作用をCRIFを用いて、非破壊・未処理でその細胞間の相互作用を理解することが最終目的になる。まず、環境サンプル由来の種々細菌においても1細胞レベルでの分類が可能であることが示された。さらに、複合微生物系の理解において、最も重要になる細菌間相互作用(クオラムセンシング (Quorum sensing、QS)) に着目し、そのシグナル応答をCRIFで非破壊・無処理で1細胞レベルで検知できるかを確認した。その結果、CRIFにより、1細胞レベルでQSの応答を確認出来た。つまり、本成果は、細胞の生理状態を反映する自家蛍光シグネチャーをCRIFを用いることで、非破壊・未処理で環境サンプル由来の細胞集団のQSの活性を1細胞レベルで予測・診断することができると期待される。QSの活性化は病原性発現などにも関係してることから、今後新たな研究手法の一つとしてだけでなく、環境中の細菌診断のみならず医療方面などでの診断さらには細菌制御技術への応用も見込める。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本新学術プロジェクトの展開において、複合微生物系における微生物間相互作用をCRIFを用いて、非破壊・未処理でその細胞間の相互作用を理解することが最終目的になる。そこで、微生物間相互作用であるクオラムセンシング (Quorum sensing、QS) に着目する。圃場から作物根圏から微生物を単離し、それらが微生物シグナルAに応答するかをCRIFで解析した。その結果、数種が応答している可能性が得られた。実際に応答しているかを別の実験系で検証したところ、確かにシグナルに応答することが確認出来た。この成果は、1細胞レベルで、単離株がシグナル応答しているかを非破壊でスクリーニング出来ることを示しており、革新的である。

今後の研究の推進方策

本新学術プロジェクトの展開において、複合微生物系における微生物間相互作用をCRIFを用いて、非破壊・未処理でその細胞間の相互作用を理解することが最終目的である。ここまでに、CRIFを用いて、非破壊・無処理による1細胞レベルの分類とさらに細菌間相互作用のクォーラムセンシングの1細胞レベルの応答を環境単離株を用いて検出出来る事が見いだせた。今後は、得られたQS環境単離株は新規な株が含まれているため、ゲノム解析からそのシグナル応答機構を詳細に解析する予定である。

  • 研究成果

    (34件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (18件) (うち国際共著 6件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 13件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 1件、 招待講演 13件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Identification of lthB, a Gene Encoding a Putative Glycosyltransferase Family 8 Protein Required for Leptothrix Sheath Formation2023

    • 著者名/発表者名
      Kunoh Tatsuki、Yamamoto Tatsuya、Ono Erika、Sugimoto Shinya、Takabe Kyosuke、Takeda Minoru、Utada Andrew S.、Nomura Nobuhiko
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 89 ページ: -

    • DOI

      10.1128/aem.01919-22

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a Gene Replacement Method for the Filamentous Bacterium Leptothrix cholodnii SP-62023

    • 著者名/発表者名
      Kunoh Tatsuki、Ono Erika、Yamamoto Tatsuya、Suzuki Ichiro、Takeda Minoru、Nomura Nobuhiko
    • 雑誌名

      BIO-PROTOCOL

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.21769/BioProtoc.4652

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intracellular Phage Tail-Like Nanostructures Affect Susceptibility of Streptomyces lividans to Osmotic Stress2023

    • 著者名/発表者名
      Nagakubo Toshiki、Asamizu Shumpei、Yamamoto Tatsuya、Kato Manami、Nishiyama Tatsuya、Toyofuku Masanori、Nomura Nobuhiko、Onaka Hiroyasu
    • 雑誌名

      mSphere

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1128/msphere.00114-23

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Iron delivery through membrane vesicles in Corynebacterium glutamicum2023

    • 著者名/発表者名
      Kawashima Kayuki, Nagakubo Toshiki, Nomura Nobuhiko, Toyofuku Masanori
    • 雑誌名

      Microbiology spectrum

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1128/spectrum.01222-23

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genome-encoded ABCF factors implicated in intrinsic antibiotic resistance in Gram-positive bacteria: VmlR2, Ard1 and CplR2023

    • 著者名/発表者名
      Obana Nozomu、Takada Hiraku、Crowe-McAuliffe Caillan、Iwamoto Mizuki、Egorov Artyom A、Wu Kelvin J Y、Chiba Shinobu、Murina Victoriia、Paternoga Helge、Tresco Ben I C、Nomura Nobuhiko、Myers Andrew G、Atkinson Gemma?C、Wilson Daniel N、Hauryliuk Vasili
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/nar/gkad193

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Composition and functions of bacterial membrane vesicles2023

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku Masanori、Schild Stefan、Kaparakis-Liaskos Maria、Eberl Leo
    • 雑誌名

      Nature Reviews Microbiology

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41579-023-00875-5

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Novel Insights into Microbial Behavior Gleaned Using Microfluidics2023

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Kohei、Li Xiaojie、Kunoh Tatsuki、Nagasawa Ryo、Takeshita Norio、Utada Andrew S.
    • 雑誌名

      Microbes and Environments

      巻: 38 ページ: -

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME22089

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Visualization and characterization of spore morphogenesis in Paenibacillus polymyxa ATCC395642022

    • 著者名/発表者名
      Abe Kimihiro、Kato Hiroko、Hasegawa Yuta、Yamamoto Tatsuya、Nomura Nobuhiko、Obana Nozomu
    • 雑誌名

      The Journal of General and Applied Microbiology

      巻: 68 ページ: 79~86

    • DOI

      10.2323/jgam.2021.10.006

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phage Genes Induce Quorum Sensing Signal Release through Membrane Vesicle Formation2022

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Marina、Yamamoto Tatsuya、Nagakubo Toshiki、Morinaga Kana、Obana Nozomu、Nomura Nobuhiko、Toyofuku Masanori
    • 雑誌名

      Microbes and Environments

      巻: 37 ページ: -

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME21067

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Controllable secretion of multilayer vesicles driven by microbial polymer accumulation2022

    • 著者名/発表者名
      Koh Sangho、Sato Michio、Yamashina Kota、Usukura Yuki、Toyofuku Masanori、Nomura Nobuhiko、Taguchi Seiichi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41598-022-07218-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Membrane Vesicles Derived From Clostridium botulinum and Related Clostridial Species Induce Innate Immune Responses via MyD88/TRIF Signaling in vitro2022

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Nobuhide、Abe Kimihiro、Akagi Sachiyo、Kitamura Mayu、Shiraishi Yoshitake、Yamaguchi Aki、Yutani Masahiro、Amatsu Sho、Matsumura Takuhiro、Nomura Nobuhiko、Ozaki Noriyuki、Obana Nozomu、Fujinaga Yukako
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fmicb.2022.720308

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Alcanivorax borkumensis Biofilms Enhance Oil Degradation By Interfacial Tubulation2022

    • 著者名/発表者名
      Prasad M.、Obana N.、Lin S.-Z.、Sakai K.、Blanch-Mercader C.、Prost J.、Nomura N.、Rupprecht J.-F.、Fattaccioli J.、Utada A. S.
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2022.08.06.503017

    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Porous Pellicle Formation of a Filamentous Bacterium, Leptothrix2022

    • 著者名/発表者名
      Kunoh Tatsuki、Yamamoto Tatsuya、Prasad Manoj、Ono Erika、Li Xiaojie、Sugimoto Shinya、Iida Eiji、Obana Nozomu、Takeda Minoru、Nomura Nobuhiko、Utada Andrew S.
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 88 ページ: -

    • DOI

      10.1128/aem.01341-22

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simple One-Step and Rapid Patterning of PDMS Microfluidic Device Wettability for PDMS Shell Production2022

    • 著者名/発表者名
      Feng Chunying、Takahashi Kohei、Zhu Jianan
    • 雑誌名

      Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fbioe.2022.891213

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Microdroplet-Based In Situ Characterization Of The Dynamic Evolution Of Amorphous Calcium Carbonate during Microbially Induced Calcium Carbonate Precipitation2022

    • 著者名/発表者名
      Feng Chunying、Zhao Shufeng、Zong Yiwu、He Qing、Winarto William、Zhang Wenchao、Utada Andrew S.、Zhao Kun
    • 雑誌名

      Environmental Science & Technology

      巻: 56 ページ: 11017~11026

    • DOI

      10.1021/acs.est.1c08858

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Physiological Benefits of Oxygen-Terminating Extracellular Electron Transfer2022

    • 著者名/発表者名
      Tokunou Yoshihide、Toyofuku Masanori、Nomura Nobuhiko
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.1128/mbio.01957-22

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Single Shot of Vesicles2022

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku Masanori、Kikuchi Yousuke、Taoka Azuma
    • 雑誌名

      Microbes and Environments

      巻: 37 ページ: -

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME22083

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bacterial chemotaxis to saccharides is governed by a trade-off between sensing and uptake2022

    • 著者名/発表者名
      Norris Noele、Alcolombri Uria、Keegstra Johannes M.、Yawata Yutaka、Menolascina Filippo、Frazzoli Emilio、Levine Naomi M.、Fernandez Vicente I.、Stocker Roman
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 121 ページ: 2046~2059

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.05.003

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 細菌の集団性と社会性2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦,豊福雅典,尾花望
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会 総会長企画シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物間のコミュニケーション2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      令和4年度「福島イノベーション・コースト構想の実現に貢献する人材育成」成果報告会
    • 招待講演
  • [学会発表] Biofilms and membrane vesicles2022

    • 著者名/発表者名
      Nomura N
    • 学会等名
      The 10th International Conference on Legionella
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細菌が放つ細胞外膜小胞メンブレンベシクル 細胞死を介した生成機構による情報伝達と遺伝子多様性の維持2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      第59回日本細菌学会中部支部総会
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物制御の今後の展開 バイオフィルムの理解と制御2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      品質保証懇話会(日本食品工業倶楽部)
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物は集団になり社会性を創発する 微生物も群れて会話する2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      日本学術会議 食料科学委員会・農学委員会合同 農芸化学分科会主催 連続公開シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 細菌の集団性と不均一性 細胞を壊さずに解析することで見えてくること2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      [大隅基礎科学創成財団]微生物コンソーシアム 第5回全体会
    • 招待講演
  • [学会発表] 見るだけで細胞の種類・機能・状態を評価 誰もがスマホでポケモンGoのように2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      Laboratory Automation研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 細菌の集団と不均一性の理解と展望~サイエンスとテクノロジーの双輪~2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      第29回内毒素・LPS研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 21世紀の微生物制御に向けて 微生物の集団性と生態の理解2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      ISIJ MIC研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物間のコミュニケーション2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      常総学院高等学校 講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] バイオフィルムは細胞不均一性をうむ場である2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      糸状菌遺伝子研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物制御3.0を目指して ~微生物の集団性と不均一性の理解~2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 学会等名
      公益社団法人新化学技術推進協会ライフサイエンス技術部会反応分科会
    • 招待講演
  • [図書] Nextcom2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      株式会社KDDI総合研究所
  • [図書] 成形加工 2023年2月号特集2022

    • 著者名/発表者名
      野村暢彦
    • 総ページ数
      1
    • 出版者
      インフォーママーケッツジャパン(株)
  • [図書] 発酵・醸造食品の最前線Ⅱ2022

    • 著者名/発表者名
      山本達也、野村暢彦
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      シーエムシー出版

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公開日: 2023-12-25  

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