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2022 年度 実績報告書

生命金属動態に関与するタンパク質分子の構造機能ダイナミクス研究

計画研究

研究領域「生命金属科学」分野の創成による生体内金属動態の統合的研究
研究課題/領域番号 19H05761
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

城 宜嗣  兵庫県立大学, 理学研究科, 特任教授 (70183051)

研究分担者 澤井 仁美  長崎大学, 工学研究科, 准教授 (50584851)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワード生体鉄 / 鉄動態 / トランスポーター / センサータンパク質 / 構造機能解析 / ヘム鉄
研究実績の概要

ヒトの腸管上皮細胞での鉄動態に関連する一連のタンパク質(鉄還元酵素Dcytb、還元鉄トランスポーターDMT1、鉄シャペロンPCBP、鉄貯蔵タンパク質フェリチンFt)を研究対象とした。Dcytbにより還元された鉄(Fe2+)を腸管上皮細胞内に吸収するDMT1を、ハムスターCHO細胞の細胞膜に発現させ、ベシクル化によりそのDMT1含有の細胞膜を回収後、単離精製することに成功した。低温電子顕微鏡法により構造解析するために、多量に精製する方法を検討した。PLA法によって、HeLa細胞に発現させたDcytbとDMT1が細胞膜上で近接して存在していることを見出した。腸管上皮細胞のモデル細胞であるヒト結腸ガン由来Caco-2細胞でも同様の分析を試みている。この結果を基に、細胞毒性の高い還元鉄(Fe2+)を細胞内外に拡散させないために両タンパク質複合体を形成しているとの作業仮説を立てて、Dcytb/DMT1複合体の単離精製を検討し始めた。同様の観点から、DMT1とPCBP、PCBPとFtの相互作用を検討した。PCBPとFtの相互作用は、SEC、Mass Photometry、X線小角散乱などの手法で検討できている。
病原菌は自身の増殖に必要な鉄を得るために、宿主赤血球よりヘム(鉄ポルフィリン錯体)を奪取し取り込む。しかし、細胞内ヘムは過剰になると毒性を示すことから、ヘム濃度を感知するシステムを有しており、過剰のヘムを細胞外に排出するヘム排出ポンプ(ヘムエクスポーター)を有する。ヘムトランスポーターの構造機能解析の研究を、今年度、論文として発表した。また、ヘム濃度センサータンパク質を阻害する化合物は有効な抗菌薬となる可能性があることから、候補化合物の検索を開始した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

今までDcytbの構造解析には成功していたが、Dcytbへの鉄結合に関する実験的な証拠は得られていなかった、Native MASS法により、Dcytbー鉄複合体形成の予備的証拠が得られた。 DMT1は、大腸菌、酵母、昆虫細胞をホストとした発現系構築を試みてきたが、CHO細胞での発現に成功し、単離精製から構造機能解析による分子レベルでの研究推進の目処がたった。さらに、DcytbとDMT1の細胞内での複合体形成の予備的な実験証拠が得られたので、分子レベルでの研究に進展可能である。同様に、ヒトの腸管上皮細胞での鉄動態に関連する一連のタンパク質がお互いに相互作用していることを示す証拠も得られ始めて、細胞・分子レベルでの鉄動態理解への突破口が見え始めた。

今後の研究の推進方策

分子レベルでの研究では、DMT1、Dcytb/DMT1複合体、DMT1/PCBP複合体、PCBP/Ft複合体の構造解析(低温電子顕微鏡による)を進めていく。細胞レベルの研究では、PLA分析と免疫沈降法により、Caco-2細胞とHeLa細胞内でのこれらのタンパク質複合体の形成の確証を得る。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Trapping of a Mononitrosyl Nonheme Intermediate of Nitric Oxide Reductase by Cryo-Photolysis of Caged Nitric Oxide2023

    • 著者名/発表者名
      Takeda Hanae、Shimba Kanji、Horitani Masaki、Kimura Tetsunari、Nomura Takashi、Kubo Minoru、Shiro Yoshitsugu、Tosha Takehiko
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 ページ: 846~854

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05852

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette?type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Hiro、Hisano Tamao、Rahman Md. Mahfuzur、Tosha Takehiko、Shirouzu Mikako、Shiro Yoshitsugu
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 ページ: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2123385119

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases2022

    • 著者名/発表者名
      Nishida Yuya、et al. Shiro Yoshitsugu、Honma Teruki、Shigeta Yasuteru、Kubo Minoru、Takashima Seiji、Shintani Yasunori
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34771-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Capacity of extracellular globins to reduce liver fibrosis via scavenging reactive oxygen species and promoting MMP-1 secretion2022

    • 著者名/発表者名
      Hieu Vu Ngoc、Thuy Le Thi Thanh、Hai Hoang、Dat Ninh Quoc、Hoang Dinh Viet、Hanh Ngo Vinh、Phuong Dong Minh、Hoang Truong Huu、Sawai Hitomi、Shiro Yoshitsugu、Sato-Matsubara Misako、Oikawa Daisuke、Tokunaga Fuminori、Yoshizato Katsutoshi、Kawada Norifumi
    • 雑誌名

      Redox Biology

      巻: 52 ページ: 102286~102286

    • DOI

      10.1016/j.redox.2022.102286

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Elucidation of Mechanisms for Catalytic Reaction of Nitric Oxide Reductases by Time-resolved Techniques2022

    • 著者名/発表者名
      T. Tosha, H. Takeda, Y. Shiro and M. Kubo
    • 学会等名
      International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-12)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular Mechanism of NO Reduction Catalyzed by Fe-containing Nitric Oxide Reductases2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Shiro
    • 学会等名
      8th Asian Conference on Coordination Chemistry (ACCC8)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Heme Controls the Structural Rearrangement of Its Sensor Protein Mediating Survival of Pathogenic Bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      H. Sawai
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] ヘムタンパク質の科学2022

    • 著者名/発表者名
      城 宜嗣、青野 重利、齋藤 正男
    • 総ページ数
      472
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-778-7

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公開日: 2023-12-25  

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