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2020 年度 実績報告書

光動作タンパク質の時分割構造解析と合理的改変

計画研究

研究領域高速分子動画法によるタンパク質非平衡状態構造解析と分子制御への応用
研究課題/領域番号 19H05777
研究機関京都大学

研究代表者

岩田 想  京都大学, 医学研究科, 教授 (60452330)

研究分担者 野村 紀通  京都大学, 医学研究科, 准教授 (10314246)
近藤 美欧  大阪大学, 工学研究科, 准教授 (20619168)
山下 恵太郎  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 客員共同研究員 (20721690) [辞退]
草木迫 司  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (80815316)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワード膜タンパク質 / 光遺伝学 / X線自由電子レーザー / 時分割X線結晶構造解析
研究実績の概要

(1)植物由来の光動作タンパク質CRY2はクロモフォアとしてFADを有し、青色光照射により異性化を起こす。培養細胞内のシグネル伝達を人為的に操作する光遺伝学ツールとしても多用されているが、二光子励起顕微鏡により生体内の深部組織の細胞をピンポイントで活性化する技術はこれまでに無かった。既報のCRY1の静止立体構造に基づき内部フレキシブルループに青色蛍光タンパク質TagBFP2を挿入する人工タンパク質の分子設計を行い、TagBFPからのFRETによりCRY2の構造異性化を誘起するというコンセプトに基づく新規な2光子励起光遺伝学ツールを創出した(Kinjo et al., Nat. Methods, 2019)。
(2)チャネルロドプシン(ChR)は光駆動型カチオンチャネルである。ChRは7本の膜貫通ヘリックス(TM1~7)を有し、クロモフォアとして全トランス型レチナール(ATR)を有し、特定波長の励起光を吸収すると異性化を起こし、その異性化に伴い構造変化が引き起こされる過程の高速分子動画撮像に成功した。SFX時分割構造解析に適した微結晶の作製条件を最適化後、X線自由電子レーザー施設SACLAにてSFX時分割構造計測を行い、励起光照射後50μs, 1 ms後の構造変化を2.8Å分解能で得た。異性化したATRによるアミノ酸残基、さらにそれに伴うヘリックスの構造変化によりChRは基底状態から開状態に遷移することが明らかになった。光動作タンパク質のSFX時分割構造解析の技術基盤が確立できた(Oda et al., eLife, 2021)。
(3)光動作性金属錯体触媒RuPの時間分割XAFS解析を行い、RuPが犠牲還元剤によって消光する過程が追跡できた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

(1)立体構造情報に基づく光動作タンパク質のエンジニアリングにより、新規の光遺伝学ツール2paCRY2を創出し、この成果は国際的にも評価が高い学術誌であるNature Methods誌にて発表できたため、本年度の目標は概ね達成できている。
(2)TR-SFXのモデル系として光応答性膜イオンチャネル(チャネルロドプシン)C1C2を対象として時分割構造計測を行い、レチナールの光異性化反応に伴うタンパク質分子骨格の動作原理が解明できた。この成果は国際的にも評価が高い学術誌であるeLife誌にて発表できたため、本年度の目標は概ね達成できている。

今後の研究の推進方策

(1)光動作タンパク質のSFX時分割構造解析:これまでに培ったSFX時分割構造解析の基盤技術と経験を活用し、各種の光動作タンパク質を対象としてSFX時分割構造計測を進める。とくに本研究課題で創出された2光子励起型の光遺伝学ツール2paCRY2のSFX時分割構造解析を行い、分子設計の合理性を検証するとともに、さらなる高機能化に向けての改善方針を見出す。B01南後班、C01 久保班との連携のもとに研究を進める。
(2)光で機能制御が可能な人工タンパク質の合理的創出とSFX時分割構造解析:生体内の大部分のタンパク質は光動作性ではないので、(1)で記した方法はごく一部のタンパク質にしか適用できないことになる。この弱点を補完するために、元来、天然では光動作性を示さないGPCR等のタンパク質を、光で異性化するフォトクロミック分子を用いて人工的に光動作タンパク質に変換し、SFX時分割構造解析を行う。B01清中班と連携して、光異性化するアゾベンゼン修飾リガンドで構造変化を惹起できる化学遺伝学的なGPCR活性制御法を開発し、時分割結晶構造解析を行う。
(3)光で反応制御が可能な小分子のSFX時分割構造解析:新学術分野開拓の意欲的な試みとして、光応答性金属錯体触媒―抗体複合体化による人工機能性分子の創出と時分割構造解析を実施する。金属錯体触媒が関わる反応の高速分子動画の撮影と反応に伴って生成する各種中間体の原子分解能での構造を同定することで反応機構の詳細を解明する。低分子金属触媒フレームワーク化とその触媒反応の時分割構造解析を試みる。B01南後班との連携のもとに研究を進める。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 5件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Endogenous agonist?bound S1PR3 structure reveals determinants of G protein?subtype bias2021

    • 著者名/発表者名
      Maeda Shintaro、Shiimura Yuki、Asada Hidetsugu、Hirata Kunio、Luo Fangjia、Nango Eriko、Tanaka Nobuo、Toyomoto Masayasu、Inoue Asuka、Aoki Junken、Iwata So、Hagiwara Masatoshi
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 ページ: eabf5325

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf5325

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The structure of MgtE in the absence of magnesium provides new insights into channel gating2021

    • 著者名/発表者名
      Jin Fei et al.
    • 雑誌名

      PLOS Biology

      巻: 19 ページ: e3001231

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3001231

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein2021

    • 著者名/発表者名
      Nojima Shingo、Fujita Yoko、Kimura Kanako Terakado、Nomura Norimichi、Suno Ryoji、Morimoto Kazushi、Yamamoto Masaki、Noda Takeshi、Iwata So、Shigematsu Hideki、Kobayashi Takuya
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 29 ページ: 252~260

    • DOI

      10.1016/j.str.2020.11.007

    • 査読あり
  • [雑誌論文] S1PR3?G12-biased agonist ALESIA targets cancer metabolism and promotes glucose starvation2021

    • 著者名/発表者名
      Toyomoto Masayasu、Inoue Asuka、Iida Kei、Denawa Masatsugu、Kii Isao、Ngako Kadji Francois Marie、Kishi Takayuki、Im Dohyun、Shimamura Tatsuro、Onogi Hiroshi、Yoshida Suguru、Iwata So、Aoki Junken、Hosoya Takamitsu、Hagiwara Masatoshi
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 28 ページ: 1132~1144

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.01.004

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-resolution crystal structures of transient intermediates in the phytochrome photocycle2021

    • 著者名/発表者名
      Carrillo Melissa、Pandey Suraj、et al.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 29 ページ: 743~754

    • DOI

      10.1016/j.str.2021.03.004

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin2021

    • 著者名/発表者名
      Oda Kazumasa、Nomura Takashi、et al.
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: e62389

    • DOI

      10.7554/eLife.62389

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comparing serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) as methods for routine structure determination from small macromolecular crystals2020

    • 著者名/発表者名
      Wolff Alexander M.、Young Iris D.、et al.
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 7 ページ: 306~323

    • DOI

      10.1107/S205225252000072X

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The primary structural photoresponse of phytochrome proteins captured by a femtosecond X-ray laser2020

    • 著者名/発表者名
      Claesson Elin、Wahlgren Weixiao Yuan、et al.
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 9 ページ: e53514

    • DOI

      10.7554/eLife.53514

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insights into tetraspanin CD9 function2020

    • 著者名/発表者名
      Umeda Rie、Satouh Yuhkoh、Takemoto Mizuki、Nakada-Nakura Yoshiko、Liu Kehong、Yokoyama Takeshi、Shirouzu Mikako、Iwata So、Nomura Norimichi、Sato Ken、Ikawa Masahito、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 1606

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15459-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The discovery of a new antibody for BRIL-fused GPCR structure determination2020

    • 著者名/発表者名
      Miyagi Hikaru、Asada Hidetsugu、Suzuki Michihiko、Takahashi Yuichi、Yasunaga Mai、Suno Chiyo、Iwata So、Saito Jun-ichi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 11669

    • DOI

      10.1038/s41598-020-68355-x

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure of an antagonist-bound ghrelin receptor reveals possible ghrelin recognition mode2020

    • 著者名/発表者名
      Shiimura Yuki、Horita Shoichiro、Hamamoto Akie、Asada Hidetsugu、Hirata Kunio、Tanaka Misuzu、Mori Kenji、Uemura Tomoko、Kobayashi Takuya、Iwata So、Kojima Masayasu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 4160

    • DOI

      10.1038/s41467-020-17554-1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion2020

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Kotani Tetsuya、Tsutsumi Akihisa、Tsuji Takuma、Mori Takaharu、Noshiro Daisuke、Sugita Yuji、Nomura Norimichi、Iwata So、Ohsumi Yoshinori、Fujimoto Toyoshi、Nakatogawa Hitoshi、Kikkawa Masahide、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Nature Structural and Molecular Biology

      巻: 27 ページ: 1185~1193

    • DOI

      10.1038/s41594-020-00518-w

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isoprenoid-chained lipid EROCOC17+4: a new matrix for membrane protein crystallization and a crystal delivery medium in serial femtosecond crystallography2020

    • 著者名/発表者名
      Ihara Kentaro、Hato Masakatsu、Nakane Takanori、Yamashita Keitaro、Kimura-Someya Tomomi、Hosaka Toshiaki、Ishizuka-Katsura Yoshiko、Tanaka Rie、Tanaka Tomoyuki、Sugahara Michihiro、Hirata Kunio、Yamamoto Masaki、Nureki Osamu、Tono Kensuke、Nango Eriko、Iwata So、Shirouzu Mikako
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 19305

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76277-x

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Isolation and thermal stabilization of mouse ferroportin2020

    • 著者名/発表者名
      Deshpande Chandrika N.、Azucenas Corbin R.、Qiao Bo、Nomura Norimichi、Xin Vicky、Font Josep、Iwata So、Ganz Tomas、Nemeth Elizabeta、Mackenzie Bryan、Jormakka Mika
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio

      巻: 11 ページ: 26~34

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13039

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure of the dopamine D2 receptor in complex with the antipsychotic drug spiperone2020

    • 著者名/発表者名
      Im Dohyun、Inoue Asuka、Fujiwara Takaaki、Nakane Takanori、Yamanaka Yasuaki、Uemura Tomoko、Mori Chihiro、Shiimura Yuki、Kimura Kanako Terakado、Asada Hidetsugu、Nomura Norimichi、Tanaka Tomoyuki、Yamashita Ayumi、Nango Eriko、Tono Kensuke、Kadji Francois Marie Ngako、Aoki Junken、Iwata So、Shimamura Tatsuro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 6442

    • DOI

      10.1038/s41467-020-20221-0

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Intervening Removable Affinity Tag (iRAT) System for the Production of Recombinant Antibody Fragments2020

    • 著者名/発表者名
      Nomura Norimichi、Nomura Yayoi、Sato Yumi、Iwata So
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol.

      巻: 2247 ページ: 77~103

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1126-5_5

    • 査読あり
  • [学会発表] Beyond the molecular movies2021

    • 著者名/発表者名
      岩田想
    • 学会等名
      SACLA Users' Meeting(Online)
  • [学会発表] 抗体フラグメントを用いたGPCRの構造解析と創薬への応用2020

    • 著者名/発表者名
      岩田想
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会(Online)
    • 招待講演

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公開日: 2022-12-28  

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