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2020 年度 実績報告書

時分割実験のための多様な反応誘起システムの開発

計画研究

研究領域高速分子動画法によるタンパク質非平衡状態構造解析と分子制御への応用
研究課題/領域番号 19H05781
研究機関東北大学

研究代表者

南後 恵理子  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (90376947)

研究分担者 清水 伸隆  大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 教授 (20450934)
大和田 成起  公益財団法人高輝度光科学研究センター, XFEL利用研究推進室, 研究員 (90725962)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワードシリアルフェムト秒結晶構造解析 / タンパク質ダイナミクス / 溶液散乱
研究実績の概要

本課題では、X線自由電子レーザー(XFEL)を用いてタンパク質が機能する際の構造変化過程を高い空間・時間分解能で捉える技術の開発を行っている。当該年度の研究実績としては、新たな時分割実験手法として近赤外レーザーによる温度ジャンプ法の開発を行った。また、結晶を必要とする制約のない溶液を用いた実験を可能とするため、溶液散乱測定系の構築を行った。温度ジャンプ法の開発では、主に温度上昇量の定量的評価を行うため、水の近赤外吸収特性を応用して、一般的なサーモグラフィーカメラの露光時間と比較して極めて早い時間応答を持つナノ秒時間分解顕微イメージング装置を開発した。本装置の実証実験として、中心波長1450 nmのナノ秒レーザーを液体ジェット(水)に照射したところ、水の温度上昇を確認することができた。また、近赤外レーザーを照射する前の試料温度を一定に保つため、試料吐出部分の温度保持装置の開発も併せて行った。溶液散乱測定系の構築では、昨年度の測定結果から、①試料流径の最適化、②FELビームと試料流との位置合わせ手順の確立という、2点の問題が示された。そこで試料流径を拡大し、試料直下で計測可能散乱角の外側に位置する散乱強度モニターを設置した。その結果、安定に試料流からの散乱強度を計測できる環境が整った。標準試料を用いて複数の濃度における散乱プロファイルの獲得にも成功した。解析ソフトウェアに関しても高度化を行い、試料濃度に依存した散乱強度のコントラストを適切に評価可能となった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

XFELを利用した新たなタンパク質動的構造解析として、温度ジャンプ法による時分割実験手法の基盤を構築した。過去にも近赤外レーザーを用いた温度ジャンプ時分割実験の検討を行っていたが、当時は水の散乱リングの変化などから温度上昇を確認しており定量性に欠けていた。今回、ナノ秒時間分解顕微イメージング装置を開発し、水の液体ジェットの温度上昇を定量的に評価するに至った。また、試料吐出付近の温度は実験環境により変化が起きやすく、結果に影響を及ぼす恐れがあったが、試料の温度保持装置を開発することにより、一定の温度で試料を保持できることを確認した。また、XFELによる溶液散乱測定系の開発に関しては、測定解析結果をフィードバックしながら装置開発を進めており、散乱強度モニターの導入で安定的にデータが取得できる環境が整った。一方で、濃度変調データの取得など、一般的な溶液散乱データの計測に成功しているものの、ややバックグラウンドレベルが高く、また特に低角側の散乱強度の落ち込みも観測されたことから、現在対応を検討している。

今後の研究の推進方策

温度ジャンプ法の開発においては、実際にシリアルフェムト秒X線構造解析実験に用いられる様々なサンプルの温度の時間変化について、本装置による測定値および理論の両面から検証するとともに、X線回折実験を行いDebye-Waller因子の変化からも温度変化の計測を行う予定である。溶液散乱実験においては、引き続き測定系と解析系の高度化を進める。測定系は低角側の強度の落ち込み減少への対応を検討中である。解析に関しては、そのスキームが確立されつつあるため、それらをGUIを介さずテキストベースのプログラムで自動判定して進めるためのアルゴリズムの開発を進めている。また、さらに高速な処理環境を構築するために、マルチスレッド処理の最適化も進めている。またSACLAでの時分割溶液散乱と相補的に活用するための、SRにおける高精度時分割計測系を構築するために、PFに流路型の時分割測定セルの導入も進めている。その他、二液混合法など異なった反応誘起方法である時分割実験手法の開拓も進めていく。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 3件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Structure of the dopamine D2 receptor in complex with the antipsychotic drug spiperone2020

    • 著者名/発表者名
      Im Dohyun、Inoue Asuka、Fujiwara Takaaki、Nakane Takanori、Yamanaka Yasuaki、Uemura Tomoko、Mori Chihiro、Shiimura Yuki、Kimura Kanako Terakado、Asada Hidetsugu、Nomura Norimichi、Tanaka Tomoyuki、Yamashita Ayumi、Nango Eriko、Tono Kensuke、Kadji Francois Marie Ngako、Aoki Junken、Iwata So、Shimamura Tatsuro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 6442

    • DOI

      10.1038/s41467-020-20221-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Isoprenoid-chained lipid EROCOC17+4: a new matrix for membrane protein crystallization and a crystal delivery medium in serial femtosecond crystallography2020

    • 著者名/発表者名
      Ihara Kentaro、Hato Masakatsu、Nakane Takanori、Yamashita Keitaro、Kimura-Someya Tomomi、Hosaka Toshiaki、Ishizuka-Katsura Yoshiko、Tanaka Rie、Tanaka Tomoyuki、Sugahara Michihiro、Hirata Kunio、Yamamoto Masaki、Nureki Osamu、Tono Kensuke、Nango Eriko、Iwata So、Shirouzu Mikako
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 19305

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76277-x

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A tool for visualizing protein motions in time-resolved crystallography2020

    • 著者名/発表者名
      Wickstrand Cecilia、Katona Gergely、Nakane Takanori、Nogly Przemyslaw、Standfuss Joerg、Nango Eriko、Neutze Richard
    • 雑誌名

      Structural Dynamics

      巻: 7 ページ: 024701~024701

    • DOI

      10.1063/1.5126921

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The Measles Virus V Protein Binding Site to STAT2 Overlaps That of IRF92020

    • 著者名/発表者名
      Yuma Nagano, Aoi Sugiyama, Madoka Kimoto, Takuya Wakahara, Yasuyo Noguchi, Xinxin Jiang, Shinya Saijo, Nobutaka Shimizu, Nana Yabuno, Min Yao, Paul R. Gooley, Gregory W. Moseley, Takashi Tadokoro, Katsumi Maenaka, Toyoyuki Ose
    • 雑誌名

      Journal of Virology

      巻: 94 ページ: e01169-20

    • DOI

      10.1128/JVI.01169-20

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 2.Crystal structure of GCN5 PCAF N-terminal domain reveals atypical ubiquitin ligase structure2020

    • 著者名/発表者名
      Sachiko Toma Fukai, Ryota Hibi, Takao Naganuma, Makishito Sakai, Shinya Saijo, Nobutaka Shimizu, Michihiro Matsumoto, Toshiyuki Shimizu
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 ページ: 14630-14639

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.013431

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Time-resolved serial femtosecond crystallography of light-sensitive proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Eriko Nango
    • 学会等名
      Belgian Crystallography Symposium BCS-11
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Measurement Systems for Biomolecular Movies using X-ray Free Electron Lasers2021

    • 著者名/発表者名
      Eriko Nango
    • 学会等名
      SACLA Users' Meeting 2021
    • 国際学会
  • [学会発表] Protein structural dynamics revealed by molecular movie analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Eriko Nango
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2021 “Structuring Biosystems: FunctionsEmerging from Molecules”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 「高速分子動画法のこれまでとこれから」2021

    • 著者名/発表者名
      南後 恵理子
    • 学会等名
      2020年度 生物物理学会 北海道支部-東北支部 合同例会
    • 招待講演
  • [学会発表] Photon Factory の散乱ビームラインの現状2021

    • 著者名/発表者名
      清水伸隆、高木秀彰、永谷康子、米澤健人、大田浩正、森丈晴、 谷田部景子、高橋正剛、西條慎也、鈴木文俊、羽方望、五十嵐教之
    • 学会等名
      第34回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [学会発表] ヘテロクロマチン蛋白質(HP1α)の溶液構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      米澤健人、古川亜矢子、安達成彦、千田俊哉、清水伸隆、西村善文
    • 学会等名
      第34回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [学会発表] 高速分子動画:タンパク質が機能する際の構造変化を可視化する2020

    • 著者名/発表者名
      南後 恵理子
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会シンポジウム 拡大する構造生物学 Expanding Structural Biology
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein dynamics structures revealed by time-resolved serial femtosecond crystallography2020

    • 著者名/発表者名
      Eriko Nango
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Recent Progress of BioSAXS Equipment for Complex Molecular Systems at The Photon Factory2020

    • 著者名/発表者名
      Kento Yonezawa, Masatsuyo Takahashi, Keiko Yatabe, Yasuko Nagatani, Yugo Hayashi, Shinji Amano, Hironari Kamikubo, Nobutaka Shimizu
    • 学会等名
      第20回日本タンパク質科学会年会
  • [学会発表] Current Status of BioSAXS at the Photon Factory2020

    • 著者名/発表者名
      Nobutaka Shimizu, Kento Yonezawa, Masatsuyo Takahashi, Keiko Yatabe, Yasuko Nagatani
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Recent hybrid methods approach utilizing Biological Small Angle X-ray Scattering at the Photon Factory2020

    • 著者名/発表者名
      Kento Yonezawa, Ayako Furukawa, Naruhiko Adachi, Toshiya Senda, Nobutaka Shimizu, Yoshifumi Nishimura
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会

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公開日: 2021-12-27  

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