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2021 年度 実績報告書

適応過程の情報物理学的理解

計画研究

研究領域情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理
研究課題/領域番号 19H05799
研究機関東京大学

研究代表者

小林 徹也  東京大学, 生産技術研究所, 准教授 (90513359)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワード分散部分観測制御 / 化学熱力学 / 非平衡化学熱力学 / 情報幾何学 / 最適制御 / 化学走性 / エントロピー正則化 / Fisherの基本定理
研究実績の概要

【1. 反応の機能とその情報熱力学】 2020年度に見出した反応熱力学のもつ代数的構造を一般化させてゆくことにより、平衡の化学熱力学系のもつヘッセ幾何学的な双対構造を明らかにすることができた。この構造は熱力学の基礎であるルジャンドル双対に根ざした極めて一般的なものである。さらにこの理論をこれまで扱うことが難しかった自己複製する反応系などに拡張することにも成功した。そして平衡の結果を非平衡反応に拡張する目的で非平衡反応系の一般化勾配流との関連を調べた。
【2. 1細胞の適応・学習過程の情報物理学】
2020年度に発展させた大腸菌化学走性の感知と運動制御の最適性をエントロピー正則化最適制御の枠組みで扱う結果を論文としてまとめ掲載された。合わせて大腸菌の化学走性に対して活用したこれらの理論をより複雑な運動モードなどを持つアメーバ様の細胞に拡張する理論研究を開始した。アメーバ様の細胞形状に着目して、情報取得の最適化の観点から最適な細胞形状制御則の導出を進めた。また、大腸菌のべん毛モーターの相関する運動から伝達されている情報量を推定する方法を構築した。
【3. 多細胞集団現象の情報物理学】
多数エージェントに関する分散部分観測制御に関する結果を論文にまとめた。また新たに、制御を行うエージェントがメモリー制約や確率性などの不完全性を保つ場合に最適な感知や制御を求める理論的な枠組みを発展させることに成功した。
並行して、変動する環境下で状態依存的に増殖や死滅を行うエージェント集団の進化的ダイナミクスに対して、個々のエージェントが自身の祖先の振る舞いの情報を用いて学習(祖先学習)することにより、集団としての進化のスピードが本質的に加速されることを示した。また合わせて、Fisherの基本定理を学習をする集団に拡張した理論も導出し、個の学習が集団の適応に果たす役割を定量的に評価する手法も与えた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

平衡・非平衡の化学熱力学を捉える理論的な基盤を構築することができた。また、進化において個の学習と集団の適応の関係を結ぶ新たな理論も構築することができた。さらに生体制御に本質的な役割を果たすメモリーなどのリソース制約を扱う理論についてのヒントが得られた。

今後の研究の推進方策

これまでの計画通り研究をすすめつつ、新たに見出したリソース制約に関する理論を更に発展させる。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Acceleration of evolutionary processes by learning and extended Fisher's fundamental theorem2022

    • 著者名/発表者名
      Nakashima So、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 4 ページ: -

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.4.013069

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Optimal sensing and control of run-and-tumble chemotaxis2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Kento、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 4 ページ: -

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.4.013120

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Forward and Backward Bellman Equations Improve the Efficiency of the EM Algorithm for DEC-POMDP2021

    • 著者名/発表者名
      Tottori Takehiro、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Entropy

      巻: 23 ページ: 551~551

    • DOI

      10.3390/e23050551

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Representation and inference of size control laws by neural-network-aided point processes2021

    • 著者名/発表者名
      Kamimura Atsushi、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 3 ページ: -

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.3.033032

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 大腸菌走化性における感知・応答の情報論的な最適性2021

    • 著者名/発表者名
      中村絢斗、小林徹也
    • 雑誌名

      生体の科学

      巻: 3 ページ: 239-244

  • [学会発表] 単細胞はどこまでよくできているか? 最適フィルター・最適制御理論に基づくバクテリア化学感知機構の最適性の検証2021

    • 著者名/発表者名
      小林徹也
    • 学会等名
      統計物理と統計科学の連続セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 生体における化学情報処理機構の定量生物学2021

    • 著者名/発表者名
      小林徹也
    • 学会等名
      第4回センサ&IoTセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 感知ノイズ下の run-and-tumble 型化学走性の最適な制御方式2021

    • 著者名/発表者名
      中村絢斗 , 小林徹也
    • 学会等名
      2021年度日本数理生物学会年会
  • [学会発表] Poisson 点過程と Ginibre 点過程上での連続パーコレーションと 確率論的感染症モデル2021

    • 著者名/発表者名
      香取 真知子, 香取 眞理, 小林 徹也
    • 学会等名
      2021年度日本数理生物学会年会
  • [学会発表] 集団動態における生物学的コストとリーマン多様体上の勾配流:免疫系への応用2021

    • 著者名/発表者名
      堀口 修平, 小林 徹也
    • 学会等名
      2021年度日本数理生物学会年会
  • [学会発表] 学習による進化の加速とFisherの基本定理の拡張2021

    • 著者名/発表者名
      中島蒼, 小林徹也
    • 学会等名
      2021年度日本数理生物学会年会
  • [学会発表] バクテリア化学走性機構の最適性2021

    • 著者名/発表者名
      小林徹也
    • 学会等名
      2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第十回生命医薬情報連合大会(IIBMP2021)
  • [学会発表] Acceleration of evolutionary processes by learning and extended Fisher's fundamental theorem2021

    • 著者名/発表者名
      So Nakashima, Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      The 20th Congress of the International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB)
    • 国際学会
  • [学会発表] Biochemical implementation of optimal control for run-and-tumble chemotaxis2021

    • 著者名/発表者名
      Kento Nakamura, Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      The 20th Congress of the International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB)
  • [学会発表] 生命現象をとらえる理論的方法とその展開:情報から構造まで2021

    • 著者名/発表者名
      小林徹也
    • 学会等名
      東京大学理学部物理学科・2021年度 後期 物理学教室コロキウム
    • 招待講演
  • [学会発表] A gradient flow of the heterogeneous cellular population2021

    • 著者名/発表者名
      Shuhei A. Horiguchi, Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      International Conference on "Emergence of Cooperation and Organization in Groups of Animals and Non-living Objects" (ICMMA 2021)
    • 国際学会
  • [学会発表] 前向き後向きBellman方程式による分散型部分観測確率制御の効率化2021

    • 著者名/発表者名
      鳥取 岳広, 小林 徹也
    • 学会等名
      第 64 回自動制御連合講演会
  • [学会発表] 推定・制御の最適性に基づくバクテリア化学走性の理解2021

    • 著者名/発表者名
      中村絢斗, 小林徹也
    • 学会等名
      第 64 回自動制御連合講演会
  • [学会発表] Representation and inference of cell growth and division by neural-network-aided point processes2021

    • 著者名/発表者名
      上村 淳, 小林徹也
    • 学会等名
      日本生物物理学会第59回年次大会
  • [学会発表] 機械学習によるシングルセル・ダイナミクスからの生物学的原理の解読2021

    • 著者名/発表者名
      小林徹也
    • 学会等名
      日本生物物理学会第59回年次大会
  • [学会発表] 機械学習による免疫レパトア分類2021

    • 著者名/発表者名
      小林徹也
    • 学会等名
      iB Seminar:名古屋大学ハイブリッドセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞集団の勾配流とT細胞分化モデル2021

    • 著者名/発表者名
      堀口 修平, 小林 徹也
    • 学会等名
      第6回理論免疫学ワークショップ
  • [学会発表] T細胞レパトアデータによる免疫状態の分類手法について2021

    • 著者名/発表者名
      堅山 耀太郎, 小林 徹也
    • 学会等名
      第6回理論免疫学ワークショップ
  • [備考] データからばらつき成分を取り除き、隠れた細胞分裂の法則を推定する機械学習手法を開発

    • URL

      https://www.iis.u-tokyo.ac.jp/ja/news/3597/

  • [備考] 先祖の経験を学ぶと、進化は加速する:学習が進化に与える影響を考察する数理的枠組みを構築

    • URL

      http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/ja/news/3769/

  • [備考] 生物はどこまで賢く匂いを探索するのか?~ノイズに負けない探索戦略を紐解く新理論を構築~

    • URL

      https://www.iis.u-tokyo.ac.jp/ja/news/3783/

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公開日: 2023-12-25  

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