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2010 年度 自己評価報告書

構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算

計画研究

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研究領域揺らぎが機能を決める生命分子の科学
研究課題/領域番号 20107002
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関名古屋大学

研究代表者

岡本 祐幸  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70185487)

研究期間 (年度) 2008 – 2012
キーワード生体系 / 分子シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 自由エネルギー計算
研究概要

生体系のような多自由度複雑系では、系にエネルギー極小状態が無数に存在するために、従来の分子シミュレーションでは、初期状態の近傍に留まってしまい、系の本来の熱的なゆらぎを再現するのは至難の業である。拡張アンサンブル法はこのような従来の手法の困難を克服するシミュレーション手法である。よって、大きな構造ゆらぎを実現することができるばかりでなく、幅広い温度領域において、精度の高い熱力学量の計算が可能である。本研究においては、以下のような計画で研究を推進する。
(1)現在、生体系の分子シミュレーションの分野で最も広く使われている拡張アンサンブル法である、マルチカノニカル法、焼き戻し法、レプリカ交換法とそれらの多次元への拡張版を更に発展させた手法の開発を目指す。また、これらの手法を実際の実験系に適用した共同研究を進める。
(2)本申請では、精度の高い自由エネルギー計算が重要であるが、以前、申請者らが開発した、レプリカ交換アンブレラサンプリング法という拡張アンサンブル法が自由エネルギー計算に有効なので、この手法を駆使する。これにより、大きな構造ゆらぎばかりでなく、ある反応座標に沿ったランダムウォークを実現することができ、反応座標の関数である自由エネルギー(平均力ポテンシャル)の正確な計算ができることになる。これらの強力な拡張アンサンブル法や新規に開発する手法、そして、より基本的なレプリカ交換法やマルチカノニカル法などを適用して、様々な自由エネルギー計算を実行して、実際の実験結果の再現を目指した共同研究を推進していく。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (3件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized-ensemble simulations2010

    • 著者名/発表者名
      T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 99

      ページ: 1637-1644

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble.2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Mori , Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan 79

      ページ: 074003(5)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multidimensional generalized- ensemble algorithms for complex systems.2009

    • 著者名/発表者名
      A.Mitsutake , Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics 130

      ページ: 214105(14)

    • 査読あり
  • [学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Okamoto
    • 学会等名
      The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
    • 発表場所
      Dubna-Moscow, Russia[Invited Keynote Talk]
    • 年月日
      20100926-20100929
  • [学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Okamoto
    • 学会等名
      The 23rd Annual Workshop of the Center of Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics, Athens
    • 発表場所
      Georgia, USA[Invited Talk]
    • 年月日
      20100221-20100227
  • [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Okamoto
    • 学会等名
      2009 International Conference on Computational, &, Experimental Engineering and Sciences, ICCES'09
    • 発表場所
      Phuket, Thailand[Invited Keynote Talk]
    • 年月日
      20090508-20090513
  • [図書] Springer-Verlag, Berlin2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Okamoto
    • 総ページ数
      61-95
    • 出版者
      Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding in Water and Biomolecules(K.Kuwajima, Y.Goto, F.Hirata, M.Kataoka, and M.Terazima, (eds.))
  • [備考]

    • URL

      http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/okamoto/

URL: 

公開日: 2012-03-09   更新日: 2016-04-21  

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