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2010 年度 実績報告書

π電子系の関与する生体エネルギー変換過程の理論とシミュレーション

計画研究

研究領域高次π空間の創発と機能開発
研究課題/領域番号 20108017
研究機関京都大学

研究代表者

安藤 耕司  京都大学, 理学研究科, 准教授 (90281641)

キーワード電子移動 / プロトンポンプ / エネルギー変換 / 量子動力学 / 生体分子
研究概要

本研究では、生体分子中においてπ電子系が主要な寄与を示す量子移動諸過程の微視的機構を探るための基礎理論と分子シミュレーション手法を開発・応用し、これらが協同的に機能することで実現される生体エネルギー変換の動作原理を分子レベルで解明することを目的としている。具体的には、電子移動、酸素還元、プロトンポンプが協働する膜タンパクであるチトクロム酸化酵素の機能解明を大課題に設定し、そこへ至る小課題として、(1)銅イオン酸化還元中心の電子状態とダイナミクス、(2)プロトンポンプの経路探索と量子波束シミュレーション、などに関する基盤的研究を推進している。平成22年度の研究成果としては、タンパク質中の長距離電子移動経路解析の新手法の開発と応用、青色銅タンパク質活性中心の電子状態変化と構造再配置における配位子揺らぎ制御機構の解析、プロトンポンプの量子波束シミュレーション手法の開発と応用、原子価結合電子波束法の開発などについて進展があった。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (12件)

  • [雑誌論文] Pathway analysis of super-exchange electronic couplings in electron transfer reactions using a multi-configuration self-consistent field method2011

    • 著者名/発表者名
      Nishioka and K. Ando
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 13 ページ: 7043-7059

    • DOI

      DOI:10.1039/C0CP01051K

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamics of Proton Transfer and Vibrational Relaxation in Dilute Hydrofluoric Acid2011

    • 著者名/発表者名
      T. Joutsuka and K. Ando
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A

      巻: 115 ページ: 678-684

    • DOI

      DOI:10.1021/jp108413p

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydration Structure in Dilute Hydrofluoric Acid2011

    • 著者名/発表者名
      T. Joutsuka and K. Ando
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A

      巻: 115 ページ: 671-677

    • DOI

      DOI:10.1021/jp108147e

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The axial methionine ligand may control the redox reorganizations in the active site of blue copper proteins2010

    • 著者名/発表者名
      K.Ando
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 133 ページ: 175101(1-9)

    • 査読あり
  • [学会発表] プロトン移動性分子結晶5-ブロモ-9-ヒドロキシフェナレノンの誘電物性に関する理論的研究2011

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹・安藤耕司
    • 学会等名
      日本物理学会 第66回年次大会
    • 発表場所
      新潟大学
    • 年月日
      2011-03-23
  • [学会発表] 球状ガウス波束を用いた水の準量子的MDシミュレーション:水素結合の組み換えに伴う核の量子揺らぎのメカニズム2011

    • 著者名/発表者名
      小野純一・安藤耕司
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2011
    • 発表場所
      自然科学研究機構 岡崎コンファレンスセンター
    • 年月日
      2011-01-24
  • [学会発表] プロトン移動性分子結晶5-ブロモ-9-ヒドロキシフェナレノンの誘電物性に関する理論的研究2010

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹・安藤耕司
    • 学会等名
      第8回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
    • 発表場所
      京都大学福井謙一記念研究センター
    • 年月日
      2010-12-03
  • [学会発表] Semiquantum molecular dynamics simulation of liquid water2010

    • 著者名/発表者名
      金賢得、安藤耕司
    • 学会等名
      第24回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      福井県県民ホール
    • 年月日
      2010-11-24
  • [学会発表] 水の水素結合ダイナミクスにおける核の量子効果の理論的解析2010

    • 著者名/発表者名
      小野 純一・金 賢得・安藤 耕司
    • 学会等名
      第33回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学百周年時計台記念館2階国際交流ホール
    • 年月日
      2010-11-17
  • [学会発表] Pathway Analysis of Electron Tunneling through Protein Media Using Divide-and-Conquer Electronic Structure Calculation2010

    • 著者名/発表者名
      西岡宏任・安藤耕司
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第48回年会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス
    • 年月日
      2010-09-20
  • [学会発表] 準量子的分子動力学法による水の水素結合ダイナミクスの理論的解析2010

    • 著者名/発表者名
      小野 純一・金 賢得・安藤 耕司
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪大学豊中キャンパス
    • 年月日
      2010-09-17
  • [学会発表] 水溶液中の振動緩和とプロトン移動2010

    • 著者名/発表者名
      城塚達也・安藤耕司
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪大学豊中キャンパス
    • 年月日
      2010-09-17
  • [学会発表] 分割統治(DC)電子状態計算を用いた蛋白質中電子移動反応のトンネル経路解析2010

    • 著者名/発表者名
      西岡宏任・安藤耕司
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪大学豊中キャンパス
    • 年月日
      2010-09-16
  • [学会発表] Quantum effects on hydrogen-bond network dynamics in water2010

    • 著者名/発表者名
      安藤耕司
    • 学会等名
      第26回化学反応討論会
    • 発表場所
      広島大学東広島キャンパス
    • 年月日
      2010-06-02
  • [学会発表] 多配置SCF法を用いた電子移動反応のトンネル経路解析2010

    • 著者名/発表者名
      西岡宏任・安藤耕司
    • 学会等名
      第13回理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学 学術交流会館
    • 年月日
      2010-05-25
  • [学会発表] 希釈フッ化水素酸中の振動緩和とプロトン移動2010

    • 著者名/発表者名
      城塚達也・安藤耕司
    • 学会等名
      第13回理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学 学術交流会館
    • 年月日
      2010-05-23

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公開日: 2012-07-19  

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