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2011 年度 実績報告書

π電子系の関与する生体エネルギー変換過程の理論とシミュレーション

計画研究

研究領域高次π空間の創発と機能開発
研究課題/領域番号 20108017
研究機関京都大学

研究代表者

安藤 耕司  京都大学, 理学研究科, 准教授 (90281641)

キーワード電子移動 / プロトンポンプ / エネルギー変換 / 量子動力学 / 生体分子
研究概要

本研究では、生体分子中においてπ電子系が主要な寄与を示す量子移動諸過程の微視的機構を探るための基礎理論と分子シミュレーション手法を開発・応用し、これらが協同的に機能することで実現される生体エネルギー変換の動作原理を分子レベルで解明することを目的としている。具体的には、電子移動、酸素還元、プロトンポンプが協働する膜タンパクであるチトクロム酸化酵素の機能解明を大課題に設定し、そこへ至る小課題として、(1)銅イオン酸化還元中心の電子状態とダイナミクス、(2)プロトンポンプの経路探索と量子波束シミュレーション、などに関する基盤的研究を推進している。平成23年度の研究成果としては、タンパク質中の長距離電子移動経路解析の新手法の開発と応用、プロトン移動性分子結晶における協同的誘電相転移の機構解析、プロトンポンプの量子波束シミュレーション手法の開発と応用、原子価結合電子波束法の開発、などについて着実な進展があった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

フラグメント分子軌道法(FMO-LCMO法)を利用した長距離電子移動経路解析プログラムが完成し、モデル系についてのテスト計算において良好な結果を得て、原著論文の発表まで至った。現在は、現実的な電子移動蛋白質への応用を進めており、来年度には一定の成果を得ることが期待できる。また、プロトン移動性分子結晶の誘電相転移に関する研究も、今年度になって成果が出て、原著論文発表の他、多くの学会で発表し、有益な情報を得ることができた。

今後の研究の推進方策

これまでに開発してきた長距離電子移動経路解析プログラムを、より現実的な生体電子移動糸に適用していく。現在進行中なのは、光合成反応中心における電子移動である。その次の課題としては、チトクロム酸化酵素における電子伝達とプロトンポンプとの共役の解析を計画している。これらの応用計算の他に、電子移動経路解析の新しい手法の開発にも取り組む。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (14件)

  • [雑誌論文] Electron wave packet modeling of chemical bonding : Floating and breathing minimal packets with perfect-pairing valence-bond spin2012

    • 著者名/発表者名
      K.Ando
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 523 ページ: 134-138

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2011.12.019

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Vibrational spectroscopy and relaxation of an anharmonic oscillator coupled to harmonic bath2011

    • 著者名/発表者名
      T. Joutsuka and K. Ando
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 134 ページ: 204511-1-12

    • DOI

      DOI:10.1063/1.3594093

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The role of intermolecular hydrogen bond on dielectric properties in hydrogen-bonded material 5-bromo-9-hydroxyphenalenone : theoretical2011

    • 著者名/発表者名
      H.Otaki, K.Ando
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 13 ページ: 10719-10728

    • DOI

      10.1039/C1CP20264B

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electronic coupling calculation and pathway analysis of electron transfer reaction using ab initio fragment-based method. I. FMO-LCMO2011

    • 著者名/発表者名
      H.Nishioka, K.Ando
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 134 ページ: 204109-1-204109-12

    • DOI

      10.1063/1.3594100

    • 査読あり
  • [学会発表] Enhancement of dipole moment in hydrogen-bonded molecular crystal 5-bromo-9-hydroxyphenalenone : Computational study2012

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹, 安藤耕司
    • 学会等名
      NTHU-KAIST-KYOTO junior chemist symposium
    • 発表場所
      National Tsing Hua University
    • 年月日
      2012-02-15
  • [学会発表] Atoms-in-Molecules Analysis of Dipole Moment Enhancement in Hydrogen-Bonded Molecular Crystal 5-Bromo-9-hydroxyphenalenone2012

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹, 安藤耕司
    • 学会等名
      第9回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
    • 発表場所
      京都大学福井謙一記念研究センター
    • 年月日
      2012-01-06
  • [学会発表] The effect of intermolecular interactions on dielectric properties in hydrogen-bonded molecular crystal 5-X-9-hydroxyphenalenone (X=Br, I, Methyl)2011

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹, 安藤耕司
    • 学会等名
      New Zealand Institute of Chemistry Conference 2011
    • 発表場所
      The University of Waikato
    • 年月日
      2011-11-29
  • [学会発表] 楕円状ガウス波束を用いた水の準量子的分子動力学シミュレーション:水素結合の組み換えに伴う核の量子揺らぎのメカニズム2011

    • 著者名/発表者名
      小野 純一, 安藤 耕司
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2011-09-23
  • [学会発表] プロトン移動性分予結晶5-ブロモ-9-ヒドロキシフェナレノンにおける誘電物性の理論的研究2011

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹, 安藤耕司
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2011-09-20
  • [学会発表] フラグメント分子軌道法を用いた電子移動反応の電子的相互作用計算と経路解析2011

    • 著者名/発表者名
      西岡宏任, 安藤耕司
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] Analysis of the effect of intermolecular interactions on dielectric properties in hydrogen-bonded material 5-bromo-9-hydroxyphenalenone2011

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Otaki, Koji Ando
    • 学会等名
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2011-09-03
  • [学会発表] Electronic coupling calculation and pathway analysis of electron transfer reaction by using ab initio fragment-based method2011

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Nishioka, Koji Ando
    • 学会等名
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2011-09-03
  • [学会発表] Simple wavepacket modeling of electron and nuclear dynamics2011

    • 著者名/発表者名
      Koji Ando
    • 学会等名
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2011-09-03
  • [学会発表] 水の構造やダイナミクスにおいて核の量子効果は重要なのか?2011

    • 著者名/発表者名
      小野純一, 安藤耕司
    • 学会等名
      放射光学会第3回若手研究会
    • 発表場所
      姫路市立美術館講堂
    • 年月日
      2011-08-18
  • [学会発表] Semiquantum valence-bond wavepacket description of chemical bonding2011

    • 著者名/発表者名
      安藤耕司
    • 学会等名
      第27回化学反応討論会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2011-06-10
  • [学会発表] FMO-LCMO法を用いた長距離電子移動反応の理論的研究2011

    • 著者名/発表者名
      西岡宏任, 安藤耕司
    • 学会等名
      第14回理論化学討論会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2011-05-12
  • [学会発表] 有機反強誘電体5-ブロモ-9-ヒドロキシフェナレノンにおける誘電物性の理論的研究2011

    • 著者名/発表者名
      大滝大樹, 安藤耕司
    • 学会等名
      第14回理論化学討論会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2011-05-12
  • [学会発表] 楕円状ガウス波束を用いた水の準量子的MDシミュレーション:核の量子波束の異方性と揺らぎのメカニズム2011

    • 著者名/発表者名
      小野純一, 安藤耕司
    • 学会等名
      第14回理論化学討論会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2011-05-12

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公開日: 2013-06-26  

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