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2010 年度 自己評価報告書

ATP加水分解の自由エネルギー解析

計画研究

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研究領域水を主役としたATPエネルギー変換
研究課題/領域番号 20118002
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関京都大学

研究代表者

松林 伸幸  京都大学, 化学研究所, 准教授 (20281107)

研究期間 (年度) 2008 – 2012
キーワードATP / 自由エネルギー / 加水分解 / 水和 / 溶媒和 / 分子シミュレーション
研究概要

ATP加水分解は、生体エネルギー代謝に中心的な役割を果たしている。本研究では、ATPとそれに関連する分子の分子間相互作用と自由エネルギーの計算によって、「なぜATPが水を環境母体とする生体内でエネルギー通貨として有用なのか」という問に分子論的アプローチを試みる。全原子型の自由エネルギー計算によって、統計熱力学的に理解することが目的である。
ATPは、糖・核酸塩基・リン酸の部分からなる。これらの構成部分の役割を明らかにするために、まず、バルク水中でのピロリン酸や様々なアナログの加水分解との比較を行う。NMRや誘電測定で得られる構造形成・破壊の知見と水和自由エネルギーの関連についても検討する。次いで、F1型ATPアーゼ存在下での解析に進む。ATPとADPの結合自由エネルギーの解析である。結合自由エネルギーをタンパク質と水からの寄与に分割し、タンパク質構造変化と基質結合の補償作用の解析によって、化学力学エネルギー変換の分子論を展開する。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (5件) 学会発表 (5件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Energetic Origin of Proton Affinity to the Air/Water Interface2011

    • 著者名/発表者名
      H.Takahashi, K.Maruyama, Y.Karino, A.Morita, M.Nakano, P.Jungwirth, N.Matubayasi
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.B 115

      ページ: 4745-4751

  • [雑誌論文] Free-energy analysis of hydration effect on protein with explicit solvent : Equilibrium fluctuation of cytochrome c2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Karino, N.Matubayasi
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys.(Communication) 134

      ページ: 041105(4)

  • [雑誌論文] Hydration property of globular proteins : An analysis of solvation free energy by energy representation method2010

    • 著者名/発表者名
      H.Saito, N.Matubayasi, K.Nishikawa, H.Nagao
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 497

      ページ: 218-222

  • [雑誌論文] End-point calculation of solvation free energy of amino-acid analogs by molecular theories of solution2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Karino, M.V.Fedorov, N.Matubayasi
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 496

      ページ: 351-355

  • [雑誌論文] Controlling the Equilibrium of Formic Acid with Hydrogen and Carbon Dioxide Using Ionic Liquid2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Yasaka, C.Wakai, N.Matubayasi, M.Nakahara
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.A 114

      ページ: 3510-3515

  • [学会発表] Free-Energy Analysis of Biomolecular Solvation in the Energetic Perspective2010

    • 著者名/発表者名
      N.Matubayasi
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on Water and Aqueous Solutions
    • 発表場所
      Holderness, USA
    • 年月日
      20100808-20100813
  • [学会発表] Free-Energy Analysis of Nano-Organized Systems in Solution2010

    • 著者名/発表者名
      N. Matubayasi
    • 学会等名
      21st IUPAC International Conference on Chemical Thermodynamics
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      20100801-06
  • [学会発表] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective2010

    • 著者名/発表者名
      N.Matubayasi
    • 学会等名
      Trilateral Scientific Seminar "Solvation in Complex Liquids : Bridging Length Scales by Theory and Experiment
    • 発表場所
      Leipzig, Germany
    • 年月日
      20100623-20100625
  • [学会発表] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective2009

    • 著者名/発表者名
      N.Matubayasi
    • 学会等名
      Mini-Symposium on Computation of Interactions in Biological Systems
    • 発表場所
      Nove Hrady, Czech Republic
    • 年月日
      20091212-20091213
  • [学会発表] Free Energy of Solvation in the Energetic Perspective2009

    • 著者名/発表者名
      N.Matubayasi
    • 学会等名
      International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20090714-20090716
  • [図書] Advances in QuantumChemistry, vol592010

    • 著者名/発表者名
      H.Takahashi, N.Matubayasi, M.Nakan
    • 総ページ数
      283-351
    • 出版者
      Development of a Quantum ChemicalMethod Combined with a Theory ofSolutions -- Free-Energy Calculation forChemical Reactions by Condensed PhaseSimulations
  • [図書] 熱測定(ISSN: 0386-2615), 36 (3)2009

    • 著者名/発表者名
      松林伸幸
    • 総ページ数
      165-172
    • 出版者
      エネルギー表示法による溶媒和の自由エネルギー解析
  • [図書] Frontiers in Bioscience 142009

    • 著者名/発表者名
      N.Matubayasi
    • 総ページ数
      3536-3549
    • 出版者
      Free-Energy Analysis ofSolvation with the Method of EnergyRepresentation

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公開日: 2012-03-09   更新日: 2016-04-21  

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