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2022 年度 実績報告書

機能性翻訳途上鎖の生理機能と分子機構

計画研究

研究領域マルチファセット・プロテインズ:拡大し変容するタンパク質の世界
研究課題/領域番号 20H05926
研究機関京都産業大学

研究代表者

千葉 志信  京都産業大学, 生命科学部, 教授 (20523517)

研究分担者 内藤 哲  北海道大学, 農学研究院, 農学研究院研究員 (20164105)
研究期間 (年度) 2020-11-19 – 2025-03-31
キーワード機能性新生鎖 / 翻訳アレスト / リボソーム
研究実績の概要

本研究課題は、新生鎖の状態で細胞内環境をモニタリングし、遺伝子発現制御を介して細胞の機能を調節する「機能性新生鎖」の生理機能と分子機構の解明を目指している。
代表者・千葉は、昨年度に引き続き、放線菌由来のアレスト因子ApcA、ApdA、および、根粒菌由来のApdPについて、変異解析を行ってきた。本年度は、リボソームトンネルの変異によるアレストへの影響を検討しApcA、ApdA、ApdPが、リボソームトンネルの狭窄部位の変異に対して異なる影響を受けることを見出した。この結果と、昨年度までの変異解析の結果を合わせると、ApcA、ApdA、ApdPが、異なるリボソームとの相互作用を介してアレストを安定化させていることを示唆している。さらに、バイオインフォマティクスの手法を用いたスクリーニングから、これらの因子と類似のアレスト配列を持つ因子が様々な生物種に存在する可能性を示唆する結果を得た。
研究分担者の内藤は、真核生物における「機能性新生鎖」の生理機能と分子機構の解明に資する研究材料として、変異型リボソームのみを発現するトランスジェニック・シロイヌナズナ株の作出を継続して実施した。細胞質のリボソームタンパク質uL4は2つのパラログ遺伝子uL4AとuL4Dを持つ。uL4Dのノックアウト株に、変異型uL4D遺伝子を導入し、トランスジェニック・シロイヌナズナ株の確立後に、uL4Aのノックアウト株との掛け合わせを行う方策により,各種の変異を持つuL4D遺伝子を導入したトランスジェニック・シロイヌナズナ株の確立を行なった。同様の方策で、葉緑体とミトコンドリアのリボソームのuL4遺伝子(いずれも核コード)の変異株の作出を行なった。また、ウサギ網状赤血球ライセートの試験管内翻訳系での翻訳アレストを生化学的に記述する解析系を構築し,コムギ胚芽抽出液とは異なる点を見出した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

千葉は、アレストペプチドとリボソームの変異解析を進めた結果、共通配列を持つ3つのアレストペプチドの多様なリボソーム-新生鎖相互作用の存在を明らかにしつつあり、さらに、類似の配列を持つ新規アレスト因子の存在を示唆する結果を得つつある。
内藤は、細胞質リボソームタンパク質uL4に変異をもつトランスジェニック・シロイヌナズナ株の作出に成功し、変異型リボソームのみを持つ株の構築に向けた解析を進めた。また、これまでに確立した植物に加えて、動物の無細胞翻訳系における翻訳アレストを生化学的に記述する実験系の確立にも成功した。

今後の研究の推進方策

千葉は、ApcA、ApdAについて、放線菌を宿主としたin vivoの系で、下流遺伝子の発現制御への関与を検討する。また、海外の共同研究者とともに、ApcA、ApdA、ApdPの構造解析を進める。
内藤は、細胞質のリボソームについて、変異型リボソーム遺伝子を導入したトランスジェニック・シロイヌナズナのホモ接合体個体で、染色体上の遺伝子導入位置の同定、並びにmRNA、タンパク質、およびリボソームレベルでの発現量の解析等を行い、変異型リボソーム遺伝子のみを持つ株の構築へと進める。葉緑体とミトコンドリアのリボソーム遺伝子についても変異型リボソーム遺伝子を導入したトランスジェニック・シロイヌナズナのホモ接合体個体の構築を行う。シロイヌナズナにおけるN末端メチオニンの除去酵素の欠損変異株、および、新たな翻訳アレスト系の解析を行い、「機能性新生鎖」の生理機能の研究へ展開する。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (24件) (うち招待講演 2件)

  • [国際共同研究] ハンブルク大学(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      ハンブルク大学
  • [雑誌論文] Nascent chain-mediated translation regulation in bacteria: translation arrest and intrinsic ribosome destabilization2023

    • 著者名/発表者名
      Chiba Shinobu、Fujiwara Keigo、Chadani Yuhei、Taguchi Hideki
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 173 ページ: 227~236

    • DOI

      10.1093/jb/mvad007

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide identification of Arabidopsis non-AUG-initiated upstream ORFs with evolutionarily conserved regulatory sequences that control protein expression levels2022

    • 著者名/発表者名
      Hiragori Yuta、Takahashi Hiro、Karino Taihei、Kaido Atsushi、Hayashi Noriya、Sasaki Shun、Nakao Kodai、Motomura Taichiro、Yamashita Yui、Naito Satoshi、Onouchi Hitoshi
    • 雑誌名

      Plant Molecular Biology

      巻: 111 ページ: 37~55

    • DOI

      10.1007/s11103-022-01309-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Translational Landscape of a C4 Plant, <i>Sorghum bicolor</i>, Under Normal and Sulfur-Deficient Conditions2022

    • 著者名/発表者名
      Sotta Naoyuki、Chiba Yukako、Aoyama Haruka、Takamatsu Seidai、Suzuki Takamasa、Miwa Kyoko、Yamashita Yui、Naito Satoshi、Fujiwara Toru
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 63 ページ: 592~604

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac023

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 非チャネル型タンパク質膜挿入装置YidCの解析2023

    • 著者名/発表者名
      千葉志信
    • 学会等名
      サントリー生命科学財団セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Antibiotic resistance mediated by ribosome-associated ABCF ATPase2023

    • 著者名/発表者名
      Hiraku Takada、Gemma C. Atkinson、Vasili Hauryliuk
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 招待講演
  • [学会発表] 植物の小胞体ストレス応答に関与するリボソーム停滞2023

    • 著者名/発表者名
      今道朋哉,楠本奈央,高松世大,本多悠吾,村岡栞,尾之内均,内藤哲,山下由衣
    • 学会等名
      第64回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 新たに示唆されたN 末端メチオニン除去と光応答の関連性2023

    • 著者名/発表者名
      小田一輝,村岡栞,鈴木孝征,佐藤心郎,平井優美,尾之内均,内藤哲,山下由衣
    • 学会等名
      第64回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 非AUG 開始型上流ORFとRNA 二次構造による翻訳制御を介したポリアミン合成のフィードバック機構2023

    • 著者名/発表者名
      平郡雄太,安室美陽,海藤篤,狩野泰平,山下由衣,内藤哲,尾之内均
    • 学会等名
      第64回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] タンパク質局在化装置に関連した翻訳アレスト因子の探索と解析2022

    • 著者名/発表者名
      千葉志信、吉田真悠、辻奈緒子、藤原圭吾
    • 学会等名
      第68回日本生化学会近畿支部例会
  • [学会発表] 放線菌由来の新規アレスト因子の探索と解析2022

    • 著者名/発表者名
      辻奈緒子、藤原圭吾、高田啓、千葉志信
    • 学会等名
      第68回日本生化学会近畿支部例会
  • [学会発表] TnDR 法による新生鎖の動的挙動のプロテオームワイドな検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      第68回日本生化学会近畿支部例会
  • [学会発表] タンパク質局在化装置と翻訳アレスト因子の進化的な繋がり2022

    • 著者名/発表者名
      千葉志信、崎山歌恋、吉田真悠、下川-千葉直美、藤原圭吾
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
  • [学会発表] TnDR-seq による新生鎖の動的挙動の網羅的検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、赤岡大暉、千葉志信
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
  • [学会発表] 微生物における新規翻訳品質管理機構 RQC の分子メカニズムの解明2022

    • 著者名/発表者名
      高田啓、藤原圭吾、Gemma C. Atkinson、Vasili Hauryliuk、千葉 志信
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
  • [学会発表] 枯草菌における翻訳途上鎖依存的な翻訳終了現象の解析2022

    • 著者名/発表者名
      赤岡大暉、高田啓、藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
  • [学会発表] 放線菌の新規翻訳アレスト因子の探索と解析2022

    • 著者名/発表者名
      辻奈緒子、藤原圭吾、高田啓、千葉志信
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
  • [学会発表] モデル細菌における新生鎖ダイナミクスの網羅的検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾
    • 学会等名
      第15回 小胞体ストレス研究会・若手の会
  • [学会発表] 真正細菌の翻訳アレスト因子の網羅的探索2022

    • 著者名/発表者名
      千葉志信
    • 学会等名
      第15回 小胞体ストレス研究会
  • [学会発表] モデル細菌における新生鎖ダイナミクスの網羅的検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      第15回 小胞体ストレス研究会
  • [学会発表] 放線菌由来の翻訳アレスト因子の探索と in vitro での解析2022

    • 著者名/発表者名
      辻奈緒子、藤原圭吾、高田啓、千葉志信
    • 学会等名
      2022年度グラム陽性菌ゲノム機能会議
  • [学会発表] 枯草菌における新生鎖依存的な翻訳終了現象2022

    • 著者名/発表者名
      赤岡大暉、高田啓、藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      2022年度グラム陽性菌ゲノム機能会議
  • [学会発表] TnDR-seq による新生鎖挙動の検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      2022年度グラム陽性菌ゲノム機能会議
  • [学会発表] TnDR-seq による新生鎖挙動の網羅的検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 微生物翻訳研究のこれから2022

    • 著者名/発表者名
      高田啓、藤原圭吾、千葉 志信
    • 学会等名
      第1回マルチファセットプロテインズ・若手ワークショップ
  • [学会発表] 真正細菌における翻訳アレストの解析と応用2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      第1回マルチファセットプロテインズ・若手ワークショップ
  • [学会発表] 機能性翻訳途上鎖の生理機能と分子機構2022

    • 著者名/発表者名
      千葉志信
    • 学会等名
      第3回マルチファセットプロテインズ領域会議
  • [学会発表] TnDR-seqによる新生鎖挙動の検出2022

    • 著者名/発表者名
      藤原圭吾、千葉志信
    • 学会等名
      第3回マルチファセットプロテインズ領域会議

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公開日: 2023-12-25  

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